1、DNA測(cè)序結(jié)果分析比對(duì)（實(shí)例）關(guān)鍵詞：dna測(cè)序結(jié)果2013-08-22 11:59來(lái)源：互聯(lián)網(wǎng)點(diǎn)擊次數(shù)：14423從測(cè)序公司得到的一份DNA測(cè)序結(jié)果通常包含.seq格式的測(cè)序結(jié)果序列文本和.ab1格式的測(cè)序圖兩個(gè)文件，下面是一份測(cè)序結(jié)果的實(shí)例： CYP3A4-E1-1-1(E1B).ab1 CYP3A4-E1-1-1(E1B).seq .seq文件可以用系統(tǒng)自帶的記事本程序打開(kāi)，.ab1文件需要用專門的軟件打開(kāi)。軟件名稱：Chromas軟件Chromas下載 .seq文件打開(kāi)后如下圖： .ab1文件打開(kāi)后如下圖： 通常一份測(cè)序結(jié)果圖由紅、黑、綠和藍(lán)色測(cè)序峰組成，代表不同的堿基序列。測(cè)序圖的兩

2、端（下圖原圖的后半段被剪切掉了）大約50個(gè)堿基的測(cè)序圖部分通常雜質(zhì)的干擾較大，無(wú)法判讀，這是正?，F(xiàn)象。這也提醒我們?cè)谧鲆镌O(shè)計(jì)時(shí)，要避免將所研究的位點(diǎn)離PCR序列的兩端太近（通常要大于50個(gè)堿基距離），以免測(cè)序后難以分析比對(duì)。我的課題是研究基因多態(tài)性的，因此下面要介紹的內(nèi)容也主要以判讀測(cè)序圖中的等位基因突變位點(diǎn)為主。 實(shí)際上，要在一份測(cè)序圖中找到真正確實(shí)的等位基因多態(tài)位點(diǎn)并不是一件容易的事情。一般認(rèn)為等位基因位點(diǎn)假如在測(cè)序圖上出現(xiàn)像套疊的兩個(gè)峰，就是雜合子位點(diǎn)。實(shí)際比對(duì)后才知道，情況并非那么簡(jiǎn)單，下面測(cè)序圖中標(biāo)出的兩個(gè)套峰均不是雜合子位點(diǎn)，如圖并說(shuō)明如下：說(shuō)明： 第一組套峰，兩峰的軸線并不在同

3、一位置，左側(cè)的T峰是干擾峰；第二組套峰，雖兩峰軸線位置相同，但兩峰的位置太靠近了，不是雜合子峰，藍(lán)色的C峰是干擾峰通常的雜合子峰由一高一略低的兩個(gè)軸線相同的峰組成，此處的序列被機(jī)器誤判為“C”，實(shí)際的序列應(yīng)為“A”，通常一個(gè)高大堿基峰的前面12個(gè)位點(diǎn)很容易產(chǎn)生一個(gè)相同堿基的干擾峰，峰的高度大約是高大堿基峰的1/2，離得越近受干擾越大。 一個(gè)摸索出來(lái)的規(guī)律是：主峰通常在干擾峰的右側(cè)，干擾峰并不一定比主峰低。最關(guān)鍵的一點(diǎn)是一定要拿疑似為雜合子峰的測(cè)序圖位點(diǎn)與測(cè)序結(jié)果的文本序列和基因庫(kù)中的比對(duì)結(jié)果相比較；一個(gè)位點(diǎn)的多個(gè)樣本相比較；你得出的該位點(diǎn)的突變率與權(quán)威文獻(xiàn)或數(shù)據(jù)庫(kù)中的突變率相比較。 通常，對(duì)于一個(gè)疑似突變位點(diǎn)來(lái)說(shuō)，即使是國(guó)際上權(quán)威組織大樣本的測(cè)序結(jié)果中都沒(méi)有報(bào)道的話，那么單純通過(guò)測(cè)序結(jié)果就判定它是突變點(diǎn)，是并不嚴(yán)謹(jǐn)?shù)?，因一?PCR產(chǎn)物中各個(gè)堿基的實(shí)際含量并不相同，很