軟件的操作與使用演示文稿目前一頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)軟件的操作與使用目前二頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)第二章化學(xué)編輯排版和分子模擬計(jì)算目前三頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)第二部分ChemOffice軟件的使用

目錄2.1簡介

2.2ChemDraw的使用

2.3Chem3D的使用

2.4ChemFinder的使用分子式和結(jié)構(gòu)式是化學(xué)家的語言化學(xué)辦公軟件目前四頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)主要內(nèi)容第一部分：化學(xué)結(jié)構(gòu)繪制軟件ChemWin1.ChemWin簡介2.鍵、環(huán)、箭頭箭頭工具3.編輯工具、原子標(biāo)記、軌道、組合工具、菜單命令等第二部分：集成化學(xué)軟件桌面系統(tǒng)ChemOffice1.ChemDraw2.Chem3D3.ChemFinder第三部分：數(shù)學(xué)公式及長篇文章排版1.Mathtype2.長篇文章排版目前五頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)2.1簡介美國劍橋(CambridgeSoft)公司()其最新版本ChemOfficeUltra2010是目前世界上最優(yōu)秀、最重要和最權(quán)威的桌面化學(xué)辦公應(yīng)用軟件，集強(qiáng)大的應(yīng)用功能于一身，為化學(xué)工作者提供了優(yōu)秀的化學(xué)輔助系統(tǒng)。它既可以輕松的繪出分子結(jié)構(gòu)圖和化學(xué)反應(yīng)方程式、實(shí)驗(yàn)室儀器裝置和化學(xué)工藝流程圖等，并應(yīng)用到字處理軟件中；而且可以將化合物名稱直接轉(zhuǎn)為結(jié)構(gòu)圖，省卻繪圖的麻煩；也可以對已知結(jié)構(gòu)的化合物命名，給出正確的化合物名稱。目前六頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)目前七頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)目前八頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)目前九頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)目前十頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)包含三大模塊1.ChemDraw模塊——化學(xué)結(jié)構(gòu)繪圖是世界上最受歡迎的化學(xué)結(jié)構(gòu)繪圖軟件，是國際上論文期刊指定的格式。2.

Chem3D模塊——分子構(gòu)型與仿真分析具有完整的界面及功能，提供工作站級(jí)的3D分子輪廓圖及分子軌道特性分析，并和數(shù)種量子化學(xué)軟件結(jié)合在一起。3.ChemFinder模塊——化學(xué)信息搜尋整合系統(tǒng)智能型的快速化學(xué)搜索引擎?？梢越⒒瘜W(xué)數(shù)據(jù)庫、儲(chǔ)存及搜索，也可以使用現(xiàn)成的化學(xué)數(shù)據(jù)庫。目前十一頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)2.2ChemDraw的使用2.2.1概述2.2.2化學(xué)結(jié)構(gòu)繪圖2.2.3ChemNMR-核磁譜的計(jì)算2.2.4ChemProp-分子物理化學(xué)性質(zhì)計(jì)算和標(biāo)準(zhǔn)命名2.2.5原子軌道和分子軌道圖的制作目前十二頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)ChemDraw可在Win9X/Win2000/WinXP下運(yùn)行。雙擊，程序打開后，窗口主界面與一般Windows軟件相似，依次為菜單欄、工具欄和文檔區(qū)以及狀態(tài)欄，工具欄提供了很多常用的化學(xué)分子及化學(xué)鍵。使用時(shí)只用鼠標(biāo)點(diǎn)一下工具欄中所需工具，移動(dòng)鼠標(biāo)到編輯區(qū)后，鼠標(biāo)指針變?yōu)椤?”，再在文檔區(qū)的合適位置點(diǎn)擊鼠標(biāo)，則分子結(jié)構(gòu)式就會(huì)出現(xiàn)，使用十分方便支持Windows剪貼板，所有結(jié)構(gòu)式可以方便地剪貼到Word文檔中，而當(dāng)要修改時(shí)，只需在Word文檔中雙擊結(jié)構(gòu)式，即可打開ChemDraw進(jìn)行修改。2.2.1概述ChemDraw奉行的理念是：化學(xué)家能懂的，ChemDraw也應(yīng)該能懂ChemDraw是ChemOffice中使用最為頻繁的組件目前十三頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)結(jié)構(gòu)工具欄主工具欄格式欄繪圖區(qū)模板工具欄菜單欄狀態(tài)欄主界面目前十四頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)15套索實(shí)鍵雙鍵虛鍵切割鍵切割楔鍵黑體鍵黑體楔鍵空心楔鍵波浪鍵表格長鏈環(huán)丙烷環(huán)環(huán)戊烷環(huán)環(huán)庚烷環(huán)環(huán)己烷椅式環(huán)戊二烯環(huán)蓬罩橡皮文本筆箭頭軌道繪圖元素基元化學(xué)符號(hào)弧形原子反應(yīng)模板環(huán)丁烷環(huán)環(huán)己烷環(huán)環(huán)辛烷環(huán)環(huán)己烷椅式苯環(huán)目前十五頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)目前十六頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)模板箭頭、軌道、繪圖元素、括弧、化學(xué)符號(hào)、詢問工具模板氨基酸模板芳香族、雙環(huán)、生物藝術(shù)模板玻璃儀器模板構(gòu)象異構(gòu)體模板環(huán)戊二烯、環(huán)烷模板DNA、RNA模板官能團(tuán)模板己糖模板苯環(huán)模板多面體模板立構(gòu)中心模板超分子模板垂直工具欄上的【模板】按鈕包含了常用的和重要的模板如多種較復(fù)雜的分子種類和玻璃儀器模板目前十七頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)繪圖實(shí)例繪制阿司匹林結(jié)構(gòu)式利用模板按左圖繪制出簡式；單擊選取框按鈕，選中畫好的阿司匹林結(jié)構(gòu)式；執(zhí)行【Structure】/【CleanUpStructure】菜單命令，整理圖形到最佳狀態(tài)。圖形存盤

ChemDraw文件的擴(kuò)展名為“cdx”，執(zhí)行【File】/【SaveAs】菜單命令，即可保存。目前十八頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)圖形的旋轉(zhuǎn)與縮放檢查結(jié)構(gòu)錯(cuò)誤和整理結(jié)構(gòu)式根據(jù)化合物名稱得到結(jié)構(gòu)式根據(jù)結(jié)構(gòu)得出化合物命名預(yù)測核磁共振化學(xué)位移分子結(jié)構(gòu)估計(jì)性質(zhì)元素周期表符號(hào)、字體和顏色快捷菜單和快捷鍵繪制化學(xué)反應(yīng)式繪制實(shí)驗(yàn)裝置執(zhí)行【Structure】/CheckStructure】功能自動(dòng)執(zhí)行執(zhí)行【Structure】/【ConvertNametoStructure】菜單命令如aspirin、EDTA、morphine、2-acetoxybenzoicacid等目前十九頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)2.2.2結(jié)構(gòu)繪制功能1.簡單的無機(jī)反應(yīng)式和有機(jī)分子式ChemDraw中可以一次性輸入反應(yīng)式文本，在應(yīng)用“Formula”進(jìn)行優(yōu)化，其Formula格式化的智能程度較其他軟件有所增強(qiáng)。2.Fischer（費(fèi)舍爾）投影式3.Haworth（霍沃思）投影式4.Newman（紐曼）投影式5.立體化學(xué)目前二十頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)1.Fischer（費(fèi)舍爾）投影式文本工具單鍵工具下圖為葡萄糖分子的Fischer投影式首先使用單鍵繪制工具建立主碳鏈接，重點(diǎn)是要確保下一個(gè)單鍵緊接在上一個(gè)單鍵的下面（鼠標(biāo)會(huì)提示）。完成后仍然使用單鍵繪制工具建立其他C—H和C—OH鍵，也要保證每個(gè)鍵之間的鏈接點(diǎn)，最后使用文本輸入工具輸入文字，View菜單的AnalysisWindow功能可以提供一些當(dāng)前結(jié)構(gòu)的簡單信息這根直線其實(shí)是五個(gè)單鍵連起來的目前二十一頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)2.Haworth（霍沃思）投影式下圖為α-D-葡萄糖的Haworth投影式繪制這個(gè)圖形使用單鍵、文本、楔鍵等工具和對象的旋轉(zhuǎn)、縮放等操作首先建立一個(gè)六元環(huán)（環(huán)己烷），選中六元環(huán)并旋轉(zhuǎn)90度（用鼠標(biāo)或Object菜單的Rotate命令），用文本輸入工具把六元環(huán)中的一個(gè)碳原子變?yōu)檠踉?，然后使用單鍵工具欄建立其他化學(xué)鍵。關(guān)鍵在于第五個(gè)碳原子的向下方向的鍵，為了避免與其他鍵交叉需要按住Alt鍵再繪制。接著選中整個(gè)圖形，按住Shift鍵進(jìn)行縮放（不對稱縮放），把高度縮小至50%，用文本輸入工具輸入相應(yīng)的基團(tuán)，再用楔鍵工具修改即可使用單鍵工具按住Alt鍵繪制，適當(dāng)減少長度以免與下面的鍵接觸目前二十二頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)3.Newman（紐曼）投影式Newman投影式繪制相對比較簡單。關(guān)鍵在于化學(xué)鍵的疊放順序（圖層相互覆蓋的問題），方法是選中一部分對象，按鼠標(biāo)右鍵選擇SendtoBack和BringtoFront以改變其層次關(guān)系。目前二十三頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)4.立體化學(xué)下圖中的四個(gè)結(jié)構(gòu)式是同一種物質(zhì)第二個(gè)圖形是使用Object菜單的ShowStereochemistry命令建立的第三個(gè)圖形是第二個(gè)圖形水平反轉(zhuǎn)的結(jié)構(gòu)第四個(gè)圖形是第三個(gè)圖形垂直旋轉(zhuǎn)180度的結(jié)果為了出現(xiàn)Rotate180Vertical，這個(gè)菜單項(xiàng)需要同時(shí)按住Alt鍵目前二十四頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)2.2.3ChemNMR-核磁譜的計(jì)算ChemDraw提供了核磁位移的估計(jì)計(jì)算，可以在選定分子后在Estimate菜單選擇1HNMRShift或1CNMRShift，相應(yīng)給出分子各個(gè)H或C的位移。列表給出詳細(xì)資料：目前二十五頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)目前二十六頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)心血管藥物心得安（propranolol）執(zhí)行【Structure】/【Predict1H-NMR-Shift】菜單命令執(zhí)行【Structure】/【Predict13C-NMR-Shift】菜單命令目前二十七頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)分別執(zhí)行【View】/【ShowAnalysisWindow】和【View】/【ShowChemicalPropertiesWindow】菜單命令目前二十八頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)執(zhí)行【View】/【ShowPeriodTableWindow】菜單命令，并可以得到該元素的物理性質(zhì)目前二十九頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)執(zhí)行【View】/【OtherToolbars】/【Clipware，Part1或Part2】菜單命令繪制實(shí)驗(yàn)裝置圖可以用磨口玻璃儀器接插件迅速搭建化學(xué)反應(yīng)裝置目前三十頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)2.2.4ChemProp——分子物理化學(xué)性質(zhì)計(jì)算和標(biāo)準(zhǔn)命名目前三十一頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)ChemDraw繪制軌道的方法是使用軌道繪制工具箱，這個(gè)工具箱能夠繪制s軌道、σ軌道、單瓣軌道、p軌道、雜化軌道、d軌道和dz2軌道。每種軌道都包括有三種填充類型：背景色、陰影和純色，具體的顏色則可以自己設(shè)置。下圖是一個(gè)例子：7.2.5原子軌道圖與分子軌道圖的制作目前三十二頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)2.3Chem3D的使用Chem3D是與ChemDraw配合使用的軟件，主要是為了打開三維結(jié)構(gòu)，再使用各種量子化學(xué)軟件計(jì)算和預(yù)測該結(jié)構(gòu)的各種性質(zhì)。它能很好地同ChemDraw一起協(xié)同工作，ChemDraw上畫出的二維結(jié)構(gòu)式可以正確地自動(dòng)轉(zhuǎn)換為三維結(jié)構(gòu)，目前三十三頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)Chem3D中α-D-葡萄糖的顯示效果圖垂直工具欄模型窗口旋轉(zhuǎn)柄旋轉(zhuǎn)柄旋轉(zhuǎn)柄目前三十四頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)線狀模型棒狀模型球棍模型圓柱鍵模型比例模型建立3D模型的方法利用鍵工具建立利用文本工具建立使用子結(jié)構(gòu)建立使用模板建立目前三十五頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)ChemDraw結(jié)構(gòu)式與3D模型間的轉(zhuǎn)換

ChemDraw結(jié)構(gòu)式轉(zhuǎn)換為3D模型選中結(jié)構(gòu)式，復(fù)制到3D窗口中，自動(dòng)轉(zhuǎn)變成3D模型。直接打開ChemDraw文件在3D窗口中執(zhí)行【File】/【Open】菜單命令，在【文件類型】窗口中選中“ChemDraw（*.cdx,*chm）”類型，單擊“打開”按鈕打開文件。3D模型轉(zhuǎn)換為平面結(jié)構(gòu)式選中3D模型，執(zhí)行【Edit】/【CopyAs】/【chemDrawStructure】菜單命令，復(fù)制該模型粘貼到ChemDraw窗口中。目前三十六頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)以乙烯為例，首先使用文本輸入工具輸入分子式CH2CH2，則會(huì)自動(dòng)生成3D的乙烯分子，然后使用Analyze菜單的ExtendedHuckelSurfaces功能，再使用View菜單的MolecularOrbitals（顯示各種分子軌道），出現(xiàn)對話框后可以選擇顯示HOMO還是LUMO，根據(jù)參數(shù)的不同產(chǎn)生的軌道形狀不同，還可以選擇不同的表面顯示效果。目前三十七頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)整理結(jié)構(gòu)與簡單優(yōu)化執(zhí)行【Edit】/【SelectAll】菜單命令，將模型全部選中；執(zhí)行【Tools】/【CleanUpStructure】菜單命令，整理結(jié)構(gòu)執(zhí)行【MM2】/【Minimize】菜單命令，彈出【MinimizeEnergy】對話框。單擊RUN按鈕開始對模型進(jìn)行優(yōu)化，最終給出能量最低狀態(tài)。目前三十八頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)顯示3D模型信息將鼠標(biāo)移動(dòng)至3D模型的原子上，會(huì)彈出一個(gè)窗口顯示該原子的相關(guān)信息；將鼠標(biāo)移動(dòng)至3D模型的化學(xué)鍵上，會(huì)彈出一個(gè)窗口顯示該化學(xué)鍵的相關(guān)信息，包括鍵長、鍵級(jí)等。按住【Shift】鍵不動(dòng)，用鼠標(biāo)順序選中連續(xù)的3個(gè)原子，然后將鼠標(biāo)停留在任一個(gè)原子上，即可顯示這3個(gè)原子形成的鍵角；要顯示更詳細(xì)的信息，可執(zhí)行【Analyze】/【ShowMeasurements】/【ShowBondLengths】菜單命令目前三十九頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)目前四十頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)目前四十一頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)下圖是選擇LUMO（N=7）的顯示效果目前四十二頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)目前四十三頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)2.4ChemFinder的使用2.4.1概述

ChemFinder是一個(gè)智能型的快速化學(xué)搜尋引擎，所提供的ChemInfo是目前世界上最豐富的數(shù)據(jù)庫之一，他可以從本機(jī)或網(wǎng)上搜尋分子結(jié)構(gòu)文件。

根據(jù)結(jié)構(gòu)式檢索根據(jù)分子式檢索根據(jù)化學(xué)名稱檢索根據(jù)相對分子量檢索使用化學(xué)反應(yīng)數(shù)據(jù)庫查找免費(fèi)網(wǎng)絡(luò)資源目前四十四頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)2.4.2根據(jù)結(jié)構(gòu)式檢索ChemFinder自帶多個(gè)數(shù)據(jù)庫，其擴(kuò)展名為“sfw”

啟動(dòng)ChemFinder打開對話框，其中包括3個(gè)選項(xiàng)卡，單擊【Existing】選項(xiàng)卡單擊選中“CS_DEMO”數(shù)據(jù)庫，單擊“打開”按鈕目前四十五頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)目前四十六頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)目前四十七頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)根據(jù)分子式檢索輸入分子式目前四十八頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)輸入C5-6N2，按回車鍵與輸入分子式相關(guān)的結(jié)構(gòu)選項(xiàng)有7項(xiàng)，可單擊按鈕逐項(xiàng)查看目前四十九頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)單擊【SwitchtoTable】按鈕，顯示窗口變成列表目前五十頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)根據(jù)化學(xué)名稱檢索輸入*nico*，按回車鍵目前五十一頁\總數(shù)六十二頁\編于五點(diǎn)單擊按鈕逐項(xiàng)查看，可顯示大名鼎鼎的尼古丁分子，其貌不揚(yáng)但危害巨大。目前五十二頁\總