經(jīng)典word整理文檔，僅參考，轉(zhuǎn)Word此處可刪除頁眉頁腳。本資料屬于網(wǎng)絡(luò)整理，如有侵權(quán)，請(qǐng)聯(lián)系刪除，謝謝！AUTODOCK4.0使用中文版國立東華大學(xué)生物技術(shù)研究所宣戴維教授實(shí)驗(yàn)室制作版面:林世浤如有問題請(qǐng)回信指教e-mail:jolin31912811@.twAutoDock是一套做docking的軟件，主要是做小分子與大分子(receptor)鍵結(jié)的預(yù)測(cè)，使用autodock4.0圖形接口，需安裝四項(xiàng)程序：PS.找機(jī)會(huì)會(huì)把安裝程序放上去*AUTODOCK4.0的接口，所有設(shè)定都會(huì)在此接口執(zhí)行。一、1.File->ReadMolecule(選擇分子)2.Select->SelectFrom要標(biāo)定水分子)->Add3.Edit->Delete->DeleteAtomSet->Continue將水分子消除)4.Edit->Hydrogen->Add->OK5.File->Save->WrtiePDB6.Display->Show/HideMolecule(先隱藏起來，接下來要設(shè)定ligand)二、/*Ligand*/1.Ligand->input->open->檔名.pdb)2.Ligand->Output->Saveaspdbqt三)autodock4.0新增的東西FlexibleResidues)：文獻(xiàn)上沒有提到，接合位置的重要胺基酸，就直接跳過File->Save->WritePDBQT：文獻(xiàn)上提到，接合位置的重要胺基酸，就直接尋找1.FlexibleResidues->Input->ChooseMacromolecule2.Edit->Hydrogens->MergeNon-Polar->CONTINUE3.Select->SelectFromString/*Residue打上ARG8->Add*/4.FlexibleResidues->ChooseTorsionsinCurrentlySelectResdues…5.FlexibleResidues->Oput->SaveRigidpdbqt四)/*Grid*/1.Grid->macromolecule->檔名.pdbqt)(protein)2.Grid->SetMapType->檔名.pdbqt)(ligand)3.Grid->GridBox(把所有參數(shù)調(diào)整好)->4.File(GridOptions)->Closesavingcurrent5.Grid->Output->SaveGPF檔名.gpf)6./*EditGPF(是在看檔案，的文件)*/五)/*Run*/1.Run->RunAutoGrid2.Laumch(autodcok3要改成autodcok4才能執(zhí)行)PS.執(zhí)行結(jié)束后，有幾個(gè)檔案出來，之后要執(zhí)行分子間的力場(chǎng)。六)/*Docking*/1.Docking->Mocromolecule->檔名.pdbqt)(protein)2.Docking->Ligand->檔名.pdbqt)(ligand)3.Docking->Output->(看你要選擇哪一個(gè)算法，存取它)4./*EditDPF(是在看檔案.dpf，的文件)*/七)/*Run*/1.Run->RunAutoDock2.Laumch(autodcok3要改成autodcok4才能執(zhí)行)八)/*Analyze*/：1.Analyze->Docking->檔名.dlg)2.Analyze->Conformations->Play可讓ligand變更位置，ps.已對(duì)結(jié)好的位置)3.Macromolecule->檔名.pdbqt)(protein)八)/*Analyze*/：1.Analyze->Grids->OpenOther[選擇步驟五)中的九個(gè)由autogrid產(chǎn)生的文件，每一個(gè)文件都代表不同的力場(chǎng)]2.Analyze->Conformations->Play(ligand可配合任一力場(chǎng)，做autodock所產(chǎn)生出的九個(gè)docking位置，并判斷它們的關(guān)系)八)/*Analyze*/C：1.Analyze->Conformations->Extrac