摘要：奶牛全基因組選擇技術(shù)就是在全基因組范圍內(nèi)，檢測一類遺傳標(biāo)記-單核苷酸多態(tài)性，利用基因組水平的遺傳信息對(duì)奶牛個(gè)體進(jìn)行遺傳評(píng)估，進(jìn)而進(jìn)行選種選育的育種方法。該文對(duì)呼和浩特市規(guī)?；B(yǎng)殖場奶牛基因組檢測結(jié)果進(jìn)行分析，以期為基因組選擇育種技術(shù)在牧場應(yīng)用提供參考。關(guān)鍵詞：奶牛；基因組選擇技術(shù)；牧場應(yīng)用

奶?；蚪M是一整套遺傳物質(zhì)的總和，也就是全部染色體、全部基因的總和。全基因組選擇育種技術(shù)就是在全基因組范圍內(nèi)，檢測一類遺傳標(biāo)記單核苷酸多態(tài)性(SingleNucleotidePolymorphism，SNP），利用基因組水平的遺傳信息對(duì)奶牛個(gè)體進(jìn)行遺傳評(píng)估，進(jìn)而進(jìn)行選種選育的方法。該技術(shù)在奶業(yè)發(fā)達(dá)國家已經(jīng)得到廣泛應(yīng)用，極大地縮短了奶牛遺傳改良的世代間隔，節(jié)約選育成本、提高選育效率。隨著參考群體的不斷擴(kuò)大，基因組檢測的準(zhǔn)確性也逐步提高，越來越多的牧場將該技術(shù)應(yīng)用于母牛群體。該技術(shù)可在犢牛階段就判斷出牛只的遺傳潛力，牧場可以通過減少后備牛養(yǎng)殖規(guī)模大幅減少養(yǎng)殖成本；在種母牛和種公牛的選育方面，基因組選擇育種技術(shù)可有效縮短時(shí)代間隔，顯著降低育種成本[1,2]。2021年，依托“高品質(zhì)奶牛種公牛培育新技術(shù)開發(fā)應(yīng)用協(xié)同推廣項(xiàng)目”，呼和浩特市農(nóng)牧技術(shù)推廣中心在本地區(qū)選擇兩家規(guī)模化奶牛牧場開展奶?；蚪M檢測，以篩選高產(chǎn)后備牛。首先，參測牧場積極配合技術(shù)團(tuán)隊(duì)各項(xiàng)工作，牧場配備牛群管理軟件，連續(xù)進(jìn)行生產(chǎn)性能測定(DairyHerdImprovement，DHI）工作，保證牧場奶牛全部基本信息都有記錄并準(zhǔn)確。其次，相應(yīng)的技術(shù)隊(duì)伍將檢測評(píng)估報(bào)告應(yīng)用到牧場繁育工作中。技術(shù)團(tuán)隊(duì)在兩家牧場隨機(jī)選擇302頭4～6月齡左右后備母牛，通過采集尾根毛囊方式提取DNA，委托內(nèi)蒙古賽科星繁育生物技術(shù)股份有限公司進(jìn)行基因組檢測，參考美國奶牛育種協(xié)會(huì)數(shù)據(jù)庫，獲得牧場牛只綜合育種值(IntegratedPerformanceIndex，IPI）及各單性狀估計(jì)值。技術(shù)人員對(duì)兩家牧場后備牛生產(chǎn)性能表型值之間的關(guān)系進(jìn)行分析，指導(dǎo)牧場合理選種選配。1牧場檢測樣本整體遺傳水平目前我國規(guī)?；翀龊宛B(yǎng)殖模式同奶業(yè)發(fā)達(dá)國家極為相似，因此對(duì)于國內(nèi)的育種體系而言，綜合育種值(IPI）和凈效益(NetMerit，NM）指數(shù)都具有很重要的參考意義。表1列出了兩家牧場育種性狀評(píng)分，通過與美國牧場育種指數(shù)相比(見表2），兩家牧場當(dāng)前后備牛群的整體遺傳水平，與美國荷斯坦牛群相比處于中等偏上水平(美國牧場IPI均值為2055），兩個(gè)牧場參測牛只IPI平均值分別為2015和2006，凈效益(NM）平均值為120和119(美國牧場NM均值為112）。表1參測牧場育種性狀評(píng)分注：①產(chǎn)奶量表示在年平均產(chǎn)奶量12t的基礎(chǔ)上，多增加的產(chǎn)奶量；②生產(chǎn)壽命估計(jì)了在牛群中按月計(jì)量的存活壽命，該值越大表示生產(chǎn)壽命越長。表2參測牧場奶牛育種指數(shù)與美國牧場對(duì)比2牧場已使用凍精分析檢測報(bào)告對(duì)牧場已使用公牛凍精進(jìn)行初步分析，并對(duì)每個(gè)牧場NM、IPI以及產(chǎn)奶量育種值排名前20及前50的牛只及父親公牛信息進(jìn)行排序(見表3），發(fā)現(xiàn)牧場1參測牛只的父親遺傳指數(shù)相對(duì)都不高，如果該牧場想大幅改良后代的遺傳品質(zhì)，需要考慮使用更高TPI指數(shù)的公牛凍精；牧場2出現(xiàn)頻率較高的公牛為513HO03088和551HO03723，尤其是551HO03723公牛，其后代關(guān)鍵性能指數(shù)平均水平均表現(xiàn)優(yōu)良；147HO02424公牛雖然IPI和NM指數(shù)不高，但是后代產(chǎn)奶量育種值很高，這與該公牛本身的產(chǎn)奶量育種值高達(dá)1849有很大關(guān)系。牧場如果想大幅改良后代的遺傳進(jìn)展，需要考慮使用更高指數(shù)的公牛凍精，同時(shí)在選擇凍精時(shí)除考慮總性能指數(shù)(TotalPerformanceIndex,TPI）外，還要考慮牧場自身需求進(jìn)行綜合篩選，選擇可為牧場帶來最大經(jīng)濟(jì)效益的公牛。表3牧場已使用凍精分析注：①參考美國育種委員會(huì)202108公布的測算結(jié)果；②IPI、NM和參考群相比，數(shù)值越大越好；③乳脂量和乳蛋白量育種值是指每頭牛305d泌乳期的預(yù)估值，實(shí)際上是根據(jù)預(yù)測奶牛產(chǎn)奶量和預(yù)測牛奶中乳脂率和乳蛋白率計(jì)算得來；④體細(xì)胞評(píng)分估計(jì)了每毫升牛奶中的體細(xì)胞數(shù)目(除以10萬），間接評(píng)估乳房健康狀況，評(píng)分值越低越好。⑤女兒情期受胎率用來衡量奶牛21d情期的受胎率。⑥女兒配種易產(chǎn)性是衡量分娩能力的指標(biāo)，評(píng)價(jià)小母牛的難產(chǎn)率，分?jǐn)?shù)越低越可取；⑦肢蹄結(jié)構(gòu)評(píng)分是由蹄角度、后肢后視和后肢側(cè)視組成，該值越高越好；⑧乳房綜合評(píng)分包括乳房深度、懸韌帶、前乳房附著、后乳房高度、寬度、前后乳頭位置和長度，分值越高越好。3系譜準(zhǔn)確率問題通過親子鑒定發(fā)現(xiàn)，牧場1中的100頭奶牛里有兩頭系譜錯(cuò)誤，錯(cuò)誤率為2%，說明該批次檢測牛只系譜檔案記錄較好；牧場2中的202頭奶牛里有64頭系譜錯(cuò)誤錯(cuò)誤率為31.7%(見表4，選取5頭錯(cuò)誤父號(hào)牛只）。美國商品牧場系譜錯(cuò)誤率均值為15%。系譜檔案記錄是一切育種工作的基礎(chǔ)，對(duì)于牧場育種工作非常重要，因此牧場需要對(duì)系譜檔案記錄引起足夠重視，建議參見基因組檢測遺傳顯示的父親號(hào)對(duì)系譜進(jìn)行更改。表4參測牧場牛只遺傳顯示父親號(hào)及血統(tǒng)鑒定結(jié)果通過基因組檢測，可檢測出單一奶牛品種血統(tǒng)是否低于90%，是否含有其他奶牛品種的血統(tǒng)，如愛爾夏牛、娟珊牛、更賽牛、荷斯坦牛和瑞士褐牛血統(tǒng)。經(jīng)測定，兩家參測牧場中分別有2頭和13頭牛不是純種荷斯坦牛，雜交比例分別為3%和6.43%(表4）。4育種建議第一，根據(jù)奶牛基因組檢測報(bào)告，可以針對(duì)牧場牛群的短板性狀確定遺傳改良方向，因?yàn)門PI(IPI）和NM都是美國的國家育種指數(shù)，可能不完全符合國內(nèi)或者本牧場的遺傳趨勢，而每個(gè)牧場由于群體、環(huán)境、管理等因素不同，面臨的問題和育種目標(biāo)也不盡相同，因此制定適合自己牧場的育種目標(biāo)至關(guān)重要。可以根據(jù)育種值建立本牧場指數(shù)，如參測牧場育種指數(shù)為：產(chǎn)奶量(15%）+乳蛋白量(20%）+乳脂量(10%）+生產(chǎn)壽命(20%）+女兒懷孕率(15%）+體細(xì)胞數(shù)(10%）+乳房結(jié)構(gòu)(10%）。第二，牧場選擇凍精時(shí)可根據(jù)牧場指數(shù)來制定選擇凍精各性狀的最低標(biāo)準(zhǔn)，對(duì)前10%的牛只單獨(dú)選擇排名靠前的種公牛凍精，避免遺傳倒退。第三，牧場應(yīng)持續(xù)對(duì)后備牛做基因組檢測，陸續(xù)制定犢牛淘汰或出售計(jì)劃。基因組檢測對(duì)于犢牛的早期篩選和核心群劃分，應(yīng)按照參測牛只的IPI、NM或者牧場自己的指數(shù)對(duì)牛群進(jìn)行篩選或劃分核心群。建議將牛群劃分為高、中、低遺傳水平三個(gè)等級(jí)，IPI、NM指數(shù)排名前10%的可作為胚胎供體等，中間80%可用于性控凍精擴(kuò)群及常規(guī)生產(chǎn)，后10%可作肉用、胚胎移植受體牛或者根據(jù)牛只繁殖狀況和健康狀態(tài)決定是否淘汰。第四，建議牧場將前20%最優(yōu)質(zhì)的犢牛作為供體母牛，生產(chǎn)高產(chǎn)奶牛性控胚胎，后20%低產(chǎn)奶牛作為受體母牛，阻斷其基因在牛群中的流動(dòng)，提高利用率，快速提高牛群素質(zhì)和水平，加快育種進(jìn)展。5小結(jié)基因組檢測方法的使用，能夠在犢牛階段便進(jìn)行預(yù)測，可以及早