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文檔簡(jiǎn)介
ICS65.020.30
CCSB44
23
黑龍江省地方標(biāo)準(zhǔn)
DB23/T3873—2024
實(shí)驗(yàn)動(dòng)物實(shí)驗(yàn)豬副流感病毒5型RT-PCR
檢測(cè)技術(shù)規(guī)范
2024-08-30發(fā)布2024-09-29實(shí)施
黑龍江省市場(chǎng)監(jiān)督管理局??發(fā)布
DB23/T3873—2024
前言
本文件按照GB/T1.1—2020《標(biāo)準(zhǔn)化工作導(dǎo)則第1部分:標(biāo)準(zhǔn)化文件的結(jié)構(gòu)和起草規(guī)則》的規(guī)定
起草。
請(qǐng)注意本文件的某些內(nèi)容可能涉及專利。本文件的發(fā)布機(jī)構(gòu)不承擔(dān)識(shí)別專利的責(zé)任。
本文件由黑龍江省科學(xué)技術(shù)廳提出并歸口。
本文件起草單位:中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院哈爾濱獸醫(yī)研究所。
本文件主要起草人:陳建飛、馮力、劉懷然、張?chǎng)?、郭龍軍、石達(dá)、時(shí)洪艷。
I
DB23/T3873—2024
實(shí)驗(yàn)動(dòng)物實(shí)驗(yàn)豬副流感病毒5型RT-PCR檢測(cè)技術(shù)規(guī)范
1范圍
本文件規(guī)定了實(shí)驗(yàn)豬副流感病毒5型RT-PCR檢測(cè)的樣品采集、樣品記錄保存、樣品處理、病毒RNA
提取、RT-PCR操作程序和結(jié)果判定的要求,描述了相應(yīng)的操作方法。
本文件適用于實(shí)驗(yàn)豬糞便、小腸及內(nèi)容物中副流感病毒5型的定性檢測(cè)。
2規(guī)范性引用文件
下列文件中的內(nèi)容通過文中的規(guī)范性引用而構(gòu)成本文件必不可少的條款。其中,注日期的引用文件,
僅該日期對(duì)應(yīng)的版本適用于本文件;不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改單)適用于本
文件。
GB/T6682分析實(shí)驗(yàn)室用水規(guī)格和實(shí)驗(yàn)方法
GB19489實(shí)驗(yàn)室生物安全通用要求
NY/T1948獸醫(yī)實(shí)驗(yàn)室生物安全要求通則
SN/T4835—2017實(shí)驗(yàn)室生物廢棄物管理要求
3術(shù)語(yǔ)和定義
本文件沒有需要界定的術(shù)語(yǔ)和定義。
4縮略語(yǔ)
下列縮略語(yǔ)適用于本文件。
cDNA:互補(bǔ)脫氧核糖核酸(complementaryceoxyribonucleicacid)
DEPC:焦碳酸二乙酯(diethylpyrocarbonate)
ddH2O:雙蒸水(doubledistilledwater)
dNTPs:三磷酸脫氧核糖核苷混合物(deoxyribonucleotidetriphosphatemixture)
M-MLV:莫洛尼鼠白血病病毒(moloneyMurineLeukemiaVirus)
PBS:磷酸鹽緩沖液(phosphatebufferedsaline)
PPIV5:豬副流感病毒5型(porcineparainfluenzavirus5)
RNA:核糖核酸(ribonucleicacid)
RNase:核糖核酸酶(ribonuclease)
RT-PCR:反轉(zhuǎn)錄-聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(reversetranscription-polymerasechainreaction)
5基本要求
生物安全
1
DB23/T3873—2024
應(yīng)按照GB19489、NY/T1948、SN/T4835-2017的規(guī)定執(zhí)行。
人員
5.2.1采樣人員應(yīng)具有一定的專業(yè)技術(shù)知識(shí),熟練掌握采樣工作程序和采樣操作技術(shù)。采樣時(shí)應(yīng)戴口
罩、手套,穿一次性防護(hù)服、鞋套。
5.2.2檢測(cè)人員進(jìn)行樣品處理、病毒RNA提取和RT-PCR操作時(shí)應(yīng)穿工作服、戴一次性無菌手套。
6樣品采集
采樣工具
6.1.1手術(shù)刀、剪刀和鑷子應(yīng)無菌處理。
6.1.2一次性無菌注射器、無菌采樣棉簽和無菌采樣管(2mL、25mL、50mL)。
糞便采集
用一次性無菌注射器吸取腹瀉豬只的糞便1mL~2mL,或輕輕擠壓腹瀉豬的腹部,用無菌采樣棉簽
從肛門處采集糞便5g~10g,放入無菌采樣管中編號(hào)保存?zhèn)溆谩?/p>
小腸及內(nèi)容物采集
用手術(shù)刀剖開病死仔豬腹腔,分別在病變明顯(膨脹、腸壁變薄、充滿淡黃色或灰色液體)的腸管
兩端結(jié)扎,用剪刀在結(jié)扎線外端剪斷,放入無菌采樣管中編號(hào)保存?zhèn)溆谩?/p>
7樣品保存記錄
保存
樣品應(yīng)及時(shí)采用低溫運(yùn)輸?shù)綄?shí)驗(yàn)室。樣品在2℃~8℃條件下保存不應(yīng)超過24h;在-20℃~
-15℃條件下保存不應(yīng)超過1個(gè)月。
記錄
收到樣品后,應(yīng)做好記錄。
8樣品處理
糞便
在生物安全柜內(nèi)向保存樣品的無菌采樣管中加入等體積含雙抗的0.02mol/LpH7.2磷酸鹽緩沖液
(A.1),經(jīng)振蕩器2000r/min震蕩3min~5min,經(jīng)離心機(jī)4℃、5000r/min離心20min,取上清液,
立即進(jìn)行病毒RNA提取。
注:如不能立即試驗(yàn),可冷凍保存上清液,并在2日內(nèi)提取病毒RNA。
小腸及內(nèi)容物
2
DB23/T3873—2024
在生物安全柜內(nèi)取3cm~5cm的小腸及其內(nèi)容物,稱重,用含雙抗的0.02mol/LpH7.2磷酸鹽緩沖
液(A.1)按重量體積比制成5倍懸液,經(jīng)離心機(jī)4℃、5000r/min離心20min,取上清液,立即進(jìn)
行病毒RNA提取。
注:如不能立即試驗(yàn),可冷凍保存上清液,并在2日內(nèi)提取病毒RNA。
9病毒RNA提取
在生物安全柜內(nèi)提取病毒RNA,提取方法按照附錄B執(zhí)行。
注:如不能立即進(jìn)行cDNA合成,可將病毒RNA置-70℃保存,并在2日內(nèi)使用。
10RT-PCR操作程序
cDNA合成
在生物安全柜內(nèi)合成cDNA,合成方法按照附錄C執(zhí)行。
注:如不能立即進(jìn)行PCR反應(yīng),可將cDNA置-20℃保存,并在2日內(nèi)使用。
PCR反應(yīng)體系和條件
在潔凈臺(tái)內(nèi)配制PCR反應(yīng)體系,配制方法按照附錄D執(zhí)行。
PCR產(chǎn)物電泳檢測(cè)
10.3.1儀器設(shè)備
10.3.1.1分析天平:分度值不大于0.1mg。
10.3.1.2容量瓶:容積分別為100mL、500mL、1000mL、5000mL。
10.3.1.3微波爐:容量不小于18L,功率為500W~900W。
10.3.1.4電泳儀:輸出電壓為5V~600V,輸出電流為4mA~400mA,輸出功率為1W~240W。
10.3.1.5水平電泳槽:容積不小于300mL。
10.3.1.6凝膠成像系統(tǒng):分辨率不小于130萬(wàn)像素。
10.3.1.7微量移液器:10μL。
10.3.1.8量筒:容量200mL。
10.3.1.9無菌配套吸頭:10μL。
10.3.2試劑
10.3.2.150×TAE貯存液,按照A.2配制。
10.3.2.21×TAE緩沖液,按照A.3配制。
10.3.2.36×電泳加樣緩沖液,按照A.4配制。
10.3.2.41%瓊脂糖凝膠,按照A.5配制。
10.3.2.5DNAMarker,標(biāo)準(zhǔn)分子量的分子量范圍100bp~2000bp。
10.3.3試驗(yàn)步驟
3
DB23/T3873—2024
取3μL~5μL擴(kuò)增產(chǎn)物與0.6μL~1μL6×電泳加樣緩沖液混勻,加到凝膠孔內(nèi),再加入標(biāo)準(zhǔn)
分子量。在150V~180V條件下電泳10min~15min。用凝膠成像儀觀察凝膠,并拍照、記錄檢測(cè)結(jié)果。
凝膠和剩余PCR產(chǎn)物應(yīng)做無害化處理。
11結(jié)果判定
試驗(yàn)成立條件
陽(yáng)性對(duì)照應(yīng)出現(xiàn)336bp左右的特異性目的條帶,并且陰性對(duì)照應(yīng)無特異性目的條帶。
判定
符合11.1,若待檢樣品泳道有336bp左右的目的條帶,則判為PPIV5核酸陽(yáng)性;反之,則判為PPIV5
核酸陰性。PCR產(chǎn)物電泳圖見附錄E。若進(jìn)一步驗(yàn)證,宜對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序。
4
DB23/T3873—2024
A
A
附錄A
(規(guī)范性)
溶液配制
A.1含雙抗0.02mol/LpH7.2磷酸鹽緩沖液(PBS)
A.1.10.2mol/L的磷酸氫二鈉溶液:稱取磷酸氫二鈉(Na2HPO4?12H2O)71.64g,加適量ddH2O溶解,
定容至1000mL,混勻。
A.1.20.2mol/L的磷酸二氫鈉溶液:稱取磷酸二氫鈉(NaH2PO4·2H2O)31.21g,加適量ddH2O溶解,
定容至1000mL,混勻。
A.1.30.02mol/LpH7.2磷酸鹽緩沖液:分別量取0.2mol/L磷酸氫二鈉溶液360mL、0.2mol/L磷酸
二氫鈉溶液各140mL,稱取氯化鈉38g,用ddH2O溶解,定容至5000mL。4℃保存。
A.1.40.02mol/LpH7.2磷酸鹽緩沖液滅菌后,加入無菌青霉素和鏈霉素,終濃度分別為1000IU/m
L和1000μg/mL。
A.250×TAE電泳緩沖儲(chǔ)存液
稱取三羥甲基氨基甲烷(Tris堿)242g、乙二胺四乙酸二鈉(Na2EDTA)37.2g溶于800mLddH2O
中,加入57.1mL醋酸,充分?jǐn)嚢韬蠹觗dH2O定容至1000mL。室溫保存。
A.31×TAE電泳緩沖液
用ddH2O將50×TAE電泳緩沖儲(chǔ)存液50倍稀釋。
A.46×電泳加樣緩沖液
稱取乙二胺四乙酸(EDTA)4.4g、溴酚蘭0.25g、二甲苯藍(lán)FF0.25g溶于200mLddH2O中,加
熱攪拌充分溶解。冷卻至室溫,加入180mL甘油,以2mol/L氫氧化鈉溶液調(diào)節(jié)pH值至7.0,用ddH2O定
容至500mL。室溫保存。
A.51%瓊脂糖凝膠
稱取1g瓊脂糖,加入100mL1×TAE電泳緩沖液,微波爐加熱融化,搖勻。待溫度降至40℃左右
時(shí),加入10mg/mL溴化乙錠(EB)或EB替代物5μL,均勻鋪板,厚度為3mm~5mm。
5
DB23/T3873—2024
B
B
附錄B
(規(guī)范性)
病毒RNA提取
B.1儀器設(shè)備
B.1.1臺(tái)式低溫離心機(jī):溫度范圍為2℃~8℃,轉(zhuǎn)速不小于12000r/min。
B.1.2高壓滅菌鍋:壓力不小于0.1MPa,溫度范圍為105℃~135℃。
B.1.3渦旋振蕩器:不小于100r/min。
B.1.4冰箱:-70℃~-65℃。
B.1.5生物安全柜:空氣流速范圍為100~400ft/min,噪音水平不超過65dB,振動(dòng)水平不超過0.025
4mm,過濾器效率在99.99%以上。
B.1.6微量移液器:2.5μL、10μL、200μL、1000μL。
B.1.7無RNA酶的無菌配套吸頭:10μL、200μL、1000μL。
B.1.8無RNA酶的滅菌離心管:1.5mL。
B.2試劑
B.2.1異丙醇,分析純。
B.2.2無水乙醇,分析純。
B.2.3Trizol試劑。
B.2.4酚氯仿抽提液:苯酚、三氯甲烷、異戊醇體積比為25:24:1。
B.2.5DEPC水:ddH2O按0.1%含量加入焦磷酸二乙酯配制而成。
B.2.675%乙醇:無水乙醇與DEPC水按3:1配制而成。
B.2.7陽(yáng)性對(duì)照:已知病毒材料,如PPIV5感染的細(xì)胞。
B.3方法
B.3.1在生物安全柜內(nèi),取待檢樣品上清液和陽(yáng)性對(duì)照各300μL分別置于1.5mL無RNA酶的滅菌離心
管中,加500μLTrizol試劑,充分混勻,室溫靜置10min。
B.3.2加入500μL酚氯仿抽提液,充分混勻,室溫靜置10min。
B.3.3在4℃條件下12000r/min離心10min,取上清液500μL于新的無RNA酶的滅菌離心管中,加
入1.0mL異丙醇,充分混勻,在-20℃條件下靜置30min。
B.3.4在4℃條件下12000r/min離心10min,小心棄去上清液;加1.0mL75%乙醇,在4℃條件下1
2000r/min離心10min,小心棄去上清液,倒置于吸水紙上,室溫自然風(fēng)干。
B.3.5向離心管中加入20μLDEPC水溶解RNA沉淀,瞬時(shí)離心使殘留管壁的液滴聚集于管底,獲得含R
NA溶液,立即使用。
注:若條件允許,還可采用商品化核酸提取試劑盒、自動(dòng)化核酸提取儀及配套核酸抽提試劑提取病毒RNA。
6
DB23/T3873—2024
C
C
附錄C
(規(guī)范性)
cDNA合成
C.1儀器設(shè)備
C.1.1臺(tái)式低溫離心機(jī):溫度范圍為2℃~8℃,轉(zhuǎn)速不小于10000r/min。
C.1.2制冰機(jī):功率為0.5kW~20kW。
C.1.3冰箱:-20℃~-15℃。
C.1.4電熱恒溫水槽:溫度范圍為5℃~95℃。
C.1.5生物安全柜:空氣流速范圍為100~400ft/min,噪音水平不超過65dB,振動(dòng)水平不超過0.025
4mm,過濾器效率在99.99%以上。
C.1.6微量移液器:2.5μL、10μL、200μL、1000μL。
C.1.7無菌配套吸頭:10μL、200μL、1000μL。
C.1.8無RNA酶的滅菌離心管:1.5mL。
C.2試劑
C.2.15×M-MLV緩沖液。
C.2.2dNTPs,各10mmol/L。
C.2.3RNase抑制劑,40U/μL。
C.2.4M-MLV逆轉(zhuǎn)錄酶,200U/μL)。
C.2.5隨機(jī)六聚體,Random6mers,10μmol/L。
C.2.6樣品病毒RNA。
C.2.7陽(yáng)性對(duì)照RNA。
C.3方法
C.3.1在生物安全柜內(nèi)取制備的病毒RNA各12.5μL分別置于無RNA酶的滅菌離心管中,加入1μL隨
機(jī)6聚體、混勻,70℃水浴10min、冰浴2min。
C.3.2瞬時(shí)離心,依次加入4μL5×M-MLV緩沖液、1μLdNTPs混合物、0.5μLRNase抑制劑、1.
0μLM-MLV逆轉(zhuǎn)錄酶,混勻。
C.3.342℃水浴1h。
C.3.470℃水浴15min、冰浴3min,得到cDNA溶液,立即使用或置-20℃保存、備用。
7
DB23/T3873—2024
D
D
附錄D
(規(guī)范性)
PCR反應(yīng)體系和條件
D.1引物
引物名稱、序列及擴(kuò)增產(chǎn)物大小見表1。用滅菌ddH2O配制成10mmol/L,分裝、冷凍保存?zhèn)溆谩?/p>
表D.1PCR引物和擴(kuò)增產(chǎn)物大小
引物名稱引物序列產(chǎn)物大小
NP9F5′-CGTGCTTAAAGCATATGAGCGA-3′
336bp
NP326R5′-ATTAAGCGGAATGATCCCT-3′
D.2儀器設(shè)備
D.2.1PCR擴(kuò)增儀:96孔或3×32孔或3×21孔,溫度范圍為0℃~100℃,升降溫速率為4℃/秒~6℃
/秒。
D.2.2微量移液器:10μL、200μL。
D.2.3無菌配套吸頭:10μL,200μL。
D.2.4PCR擴(kuò)增管:0.2mL。
D.3試劑
D.3.110×ExTaqbuffer。
D.3.22.5mmol/LdNTPs。
D.3.3ExTaqDNA聚合酶。
D.3.4滅菌ddH20。
D.3.5NP9F,10mmol/L。
D.3.6NP326R,10mmol/L。
D.3.7樣品cDNA。
D.3.8陽(yáng)性對(duì)照cDNA。
D.4反應(yīng)體系
D.4.1在PCR管中依次加入滅菌ddH2O
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