合成生物學(xué)“細胞工廠”生產(chǎn)過程數(shù)字孿生模型校準(zhǔn)與驗證合同鑒于甲方希望利用合成生物學(xué)技術(shù)構(gòu)建“細胞工廠”用于特定產(chǎn)品的生產(chǎn)，并期望通過建立數(shù)字孿生模型對“細胞工廠”的生產(chǎn)過程進行精確模擬、校準(zhǔn)與驗證，以期優(yōu)化生產(chǎn)效率、降低成本并確保產(chǎn)品質(zhì)量；

鑒于乙方在合成生物學(xué)、生物過程模擬、數(shù)字孿生技術(shù)及工業(yè)軟件領(lǐng)域擁有專業(yè)技術(shù)、經(jīng)驗及成熟解決方案；

甲乙雙方本著平等互利、誠實信用的原則，經(jīng)友好協(xié)商，就合成生物學(xué)“細胞工廠”生產(chǎn)過程數(shù)字孿生模型校準(zhǔn)與驗證事宜，達成如下協(xié)議：

###第一條項目背景與目標(biāo)

1.1項目背景

甲方擬通過合成生物學(xué)手段改造或構(gòu)建微生物“細胞工廠”，用于生產(chǎn)目標(biāo)化合物或生物材料。為提升生產(chǎn)過程的可控性與效率，降低試錯成本，甲方計劃基于實際“細胞工廠”數(shù)據(jù)，建立數(shù)字孿生模型，實現(xiàn)生產(chǎn)過程的動態(tài)模擬與優(yōu)化。

1.2項目目標(biāo)

1.基于甲方提供的“細胞工廠”實驗數(shù)據(jù)，構(gòu)建高精度的數(shù)字孿生模型；

2.通過模型校準(zhǔn)與驗證，確保數(shù)字孿生模型能夠準(zhǔn)確反映實際生產(chǎn)過程中的關(guān)鍵參數(shù)（如代謝通路活性、生長速率、底物消耗率、產(chǎn)物分泌速率等）；

3.利用數(shù)字孿生模型進行生產(chǎn)過程優(yōu)化，輸出優(yōu)化方案并協(xié)助甲方進行實際生產(chǎn)驗證；

4.最終交付經(jīng)驗證的數(shù)字孿生模型及相關(guān)技術(shù)文檔，并支持甲方后續(xù)的模型迭代與應(yīng)用。

###第二條雙方權(quán)利與義務(wù)

####2.1甲方的權(quán)利與義務(wù)

2.1.1權(quán)利

（1）甲方有權(quán)要求乙方按照合同約定提供數(shù)字孿生模型的開發(fā)、校準(zhǔn)與驗證服務(wù)；

（2）甲方有權(quán)對乙方提交的階段性成果及最終交付的模型進行驗收，并保留提出修改意見的權(quán)利；

（3）若乙方未能按期交付符合要求的模型，甲方有權(quán)根據(jù)合同條款要求賠償或解除合同。

2.1.2義務(wù)

（1）甲方應(yīng)向乙方提供“細胞工廠”相關(guān)的實驗數(shù)據(jù)，包括但不限于基因工程改造方案、培養(yǎng)基成分、培養(yǎng)條件、代謝通路信息、生長曲線、產(chǎn)物分泌數(shù)據(jù)等；

（2）甲方應(yīng)指定專門的技術(shù)對接人，負責(zé)與乙方溝通項目需求、提供必要的技術(shù)支持，并配合完成模型驗證所需的實際實驗；

（3）甲方應(yīng)保障乙方在項目執(zhí)行期間能夠合法使用其提供的知識產(chǎn)權(quán)（如實驗數(shù)據(jù)、工藝參數(shù)等），并承擔(dān)因數(shù)據(jù)保密不力導(dǎo)致的損失。

####2.2乙方的權(quán)利與義務(wù)

2.2.1權(quán)利

（1）乙方有權(quán)要求甲方按約定提供項目所需的實驗數(shù)據(jù)與技術(shù)支持；

（2）乙方有權(quán)根據(jù)項目進展收取合同約定的服務(wù)費用；

（3）若甲方未能配合提供必要數(shù)據(jù)或?qū)嶒灄l件，導(dǎo)致項目延期，乙方有權(quán)調(diào)整交付時間或解除合同。

2.2.2義務(wù)

（1）乙方應(yīng)組建專業(yè)的技術(shù)團隊，負責(zé)數(shù)字孿生模型的構(gòu)建、校準(zhǔn)與驗證，并按照行業(yè)規(guī)范和技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)執(zhí)行；

（2）乙方應(yīng)定期向甲方匯報項目進展，包括模型開發(fā)狀態(tài)、校準(zhǔn)結(jié)果、驗證數(shù)據(jù)等，并接受甲方的監(jiān)督；

（3）乙方應(yīng)保證交付的數(shù)字孿生模型具有商業(yè)實用性，能夠支持甲方生產(chǎn)過程的優(yōu)化；

（4）乙方應(yīng)提供完整的技術(shù)文檔，包括模型架構(gòu)說明、參數(shù)校準(zhǔn)方法、驗證結(jié)果分析等，并協(xié)助甲方進行初步的操作培訓(xùn)。

###第三條項目范圍與交付物

3.1項目范圍

（1）數(shù)據(jù)采集與預(yù)處理：根據(jù)甲方需求，整理并標(biāo)注“細胞工廠”的實驗數(shù)據(jù)；

（2）數(shù)字孿生模型構(gòu)建：基于代謝網(wǎng)絡(luò)模型、動力學(xué)方程等，開發(fā)生產(chǎn)過程的仿真系統(tǒng)；

（3）模型校準(zhǔn)：利用實驗數(shù)據(jù)對模型參數(shù)進行優(yōu)化，確保模型與實際過程的一致性；

（4）模型驗證：通過對比模擬結(jié)果與實際生產(chǎn)數(shù)據(jù)，評估模型的準(zhǔn)確性及可靠性；

（5）生產(chǎn)優(yōu)化方案：基于驗證后的模型，提出工藝參數(shù)優(yōu)化建議（如培養(yǎng)基配比調(diào)整、培養(yǎng)條件優(yōu)化等）；

（6）技術(shù)文檔交付：提供模型使用手冊、參數(shù)說明、驗證報告等。

3.2交付物

（1）可運行的數(shù)字孿生模型（含源代碼或仿真軟件）；

（2）模型校準(zhǔn)與驗證報告（包含誤差分析、置信區(qū)間等）；

（3）生產(chǎn)優(yōu)化方案建議書；

（4）技術(shù)文檔（電子版或紙質(zhì)版）。

###第四條項目周期與進度安排

4.1項目周期

本合同項下的數(shù)字孿生模型開發(fā)、校準(zhǔn)與驗證工作自雙方簽字之日起計算，預(yù)計周期為**[具體時間，例如：12個月]**。實際周期可能根據(jù)數(shù)據(jù)質(zhì)量、實驗配合度等因素調(diào)整，雙方應(yīng)協(xié)商確認。

4.2進度安排

（1）合同簽訂后**[例如：1個月]**內(nèi)，乙方完成項目初步方案設(shè)計并提交甲方確認；

（2）**[例如：3個月]**內(nèi)，乙方完成模型初步構(gòu)建并提交甲方測試；

（3）**[例如：6個月]**內(nèi)，完成模型校準(zhǔn)并進入驗證階段；

（4）**[例如：9個月]**內(nèi)，輸出生產(chǎn)優(yōu)化方案；

（5）項目最終交付時間不超過**[例如：12個月]**。

###第五條費用與支付方式

5.1項目費用

本項目總費用為人民幣**[具體金額]**元（大寫：**[金額大寫]**），包含模型開發(fā)、校準(zhǔn)、驗證、技術(shù)文檔及初期培訓(xùn)等所有服務(wù)費用。

5.2支付方式

（1）合同簽訂后**[例如：7個工作日]**內(nèi)，甲方支付總費用的**[例如：30%]**作為預(yù)付款；

（2）模型校準(zhǔn)完成并經(jīng)甲方初步驗收后**[例如：7個工作日]**內(nèi)，甲方支付剩余**[例如：70%]**的款項；

（3）如甲方對最終交付物有異議，應(yīng)在收到交付物后**[例如：15個工作日]**內(nèi)提出，乙方應(yīng)在合理期限內(nèi)修改并補充，費用由乙方承擔(dān)。

###第六條知識產(chǎn)權(quán)

6.1乙方在項目執(zhí)行過程中產(chǎn)生的所有知識產(chǎn)權(quán)（如模型算法、軟件代碼等）歸乙方所有，但甲方有權(quán)在合同約定范圍內(nèi)使用該模型進行生產(chǎn)優(yōu)化。

6.2甲方提供的實驗數(shù)據(jù)及相關(guān)知識產(chǎn)權(quán)仍歸甲方所有，乙方僅能在本合同框架下使用，不得用于其他商業(yè)目的。

###第七條驗收標(biāo)準(zhǔn)

7.1驗收標(biāo)準(zhǔn)

（1）數(shù)字孿生模型能夠模擬“細胞工廠”關(guān)鍵生產(chǎn)參數(shù)，誤差范圍不超過**[例如：±5%]**；

（2）模型校準(zhǔn)后的預(yù)測結(jié)果與實際實驗數(shù)據(jù)的相關(guān)系數(shù)（R2）不低于**[例如：0.95]**；

（3）交付的生產(chǎn)優(yōu)化方案需具有可操作性，經(jīng)甲方初步驗證后能夠帶來**[例如：10%]**以上的效率提升或成本降低。

7.2驗收流程

（1）乙方完成交付物后，應(yīng)書面通知甲方進行驗收；

（2）甲方應(yīng)在收到通知后**[例如：20個工作日]**內(nèi)組織驗收，若無異議，則視為通過；

（3）若甲方提出修改意見，乙方應(yīng)在**[例如：10個工作日]**內(nèi)完成修改并重新提交，直至驗收合格。

###第八條違約責(zé)任

8.1若甲方未按時支付款項，每逾期一日，應(yīng)向乙方支付應(yīng)付未付款項的**[例如：0.05%]**作為滯納金；逾期超過**[例如：30日]**，乙方有權(quán)暫停服務(wù)或解除合同。

8.2若乙方未能按期交付符合要求的模型，每延期一日，應(yīng)向甲方支付合同總金額的**[例如：0.05%]**作為違約金；但延期超過**[例如：3個月]**，甲方有權(quán)解除合同并要求乙方退還已支付款項的**[例如：80%]**。

###第九條保密條款

9.1雙方應(yīng)對在本合同履行過程中獲知的對方商業(yè)秘密（包括但不限于技術(shù)數(shù)據(jù)、客戶信息、價格等）承擔(dān)保密義務(wù)，未經(jīng)對方書面同意，不得泄露或用于第三方。

9.2本保密義務(wù)在本合同終止后**[例如：2年]**內(nèi)持續(xù)有效。

###第十條爭議解決

10.1因本合同引起的或與本合同有關(guān)的任何爭議，雙方應(yīng)首先通過友好協(xié)商解決；

10.2協(xié)商不成的，任何一方均有權(quán)向**[例如：合同簽訂地]**人民法院提起訴訟。

###第十一條合同生效與終止

11.1本合同自雙方簽字蓋章之日起生效；

11.2合同在項目完成且款項結(jié)清后自動終止，但保密條款、知識產(chǎn)權(quán)條款等持續(xù)有效。

###第十二條其他

12.1本合同未盡事宜，雙方可另行簽訂補充協(xié)議，補充協(xié)議與本合同具有同等法律效力；

12.2本合同一式**[例如：四]**份，甲乙雙方各執(zhí)**[例如：兩]**份，具有同等法律效力。

（以下無正文）

甲方（蓋章）：乙方（蓋章）：

法定代表人或授權(quán)代表（簽字）：法定代表人或授權(quán)代表（簽字）：

日期：日期：

**一、附件列表**

該合同文檔在執(zhí)行過程中可能需要以下附件（雖然合同原文未要求，但實際操作中通常會涉及）：

1.**項目需求詳細說明：**甲方對數(shù)字孿生模型的具體功能、性能指標(biāo)、需要模擬的工藝參數(shù)等的詳細描述。

2.**數(shù)據(jù)清單與格式：**明確甲方需提供的數(shù)據(jù)類型、來源、時間跨度、格式要求（如CSV,Excel,specificAPI等）。

3.**“細胞工廠”基礎(chǔ)信息文檔：**包括但不限于“細胞工廠”的微生物菌株信息、基因改造圖譜、已知的代謝通路、培養(yǎng)基配方、生產(chǎn)過程流程圖等。

4.**模型開發(fā)方法論說明：**乙方擬采用的模型構(gòu)建方法（如動態(tài)代謝模型、系統(tǒng)生物學(xué)模型等）、軟件工具、編程語言等的技術(shù)細節(jié)說明。

5.**校準(zhǔn)與驗證計劃：**詳細說明模型校準(zhǔn)的方法、使用的實驗數(shù)據(jù)、驗證的指標(biāo)、誤差容忍度等。

6.**階段性成果報告：**項目執(zhí)行過程中各關(guān)鍵節(jié)點（如模型初版、校準(zhǔn)后、驗證后）的輸出報告。

7.**最終交付物清單確認：**雙方確認最終需交付的所有文件、代碼、模型文件等的詳細清單。

8.**保密協(xié)議（可選）：**如果需要，可簽訂單獨的保密協(xié)議，以更嚴格地約束雙方對敏感信息的保密義務(wù)。

**二、違約行為羅列及認定**

根據(jù)合同文檔第十一條“違約責(zé)任”的規(guī)定，可能出現(xiàn)的違約行為及認定如下：

|違約行為|認定依據(jù)|后果|

|:------------------------------------------|:------------------------------------------------------------------------------------------------------|:----------------------------------------------------------------|

|**甲方違約行為**|||

|逾期支付款項|未能按照合同第五條約定的時間支付預(yù)付款或尾款|每日支付滯納金（應(yīng)付未付款項的0.05%）；逾期超過30日，乙方有權(quán)暫停/解除合同|

|未按時提供必要數(shù)據(jù)或技術(shù)支持|未在合同約定或合理期限內(nèi)提供乙方執(zhí)行項目所必需的實驗數(shù)據(jù)、技術(shù)資料或配合完成驗證實驗|乙方有權(quán)調(diào)整項目周期或解除合同；若因此導(dǎo)致項目延期，甲方需承擔(dān)相應(yīng)責(zé)任（如支付部分費用）|

|未能按期驗收合格交付物|在乙方提交驗收通知后，無合理理由拒絕驗收或在規(guī)定期限內(nèi)（20個工作日）內(nèi)未完成驗收|視為驗收通過；若提出修改意見，乙方需在10個工作日內(nèi)完成修改后重新提交|

|對最終交付物提出不合理或無理異議|提出的異議缺乏事實或合同依據(jù)，經(jīng)乙方解釋后仍要求修改或賠償|相關(guān)修改費用由乙方承擔(dān)；若因此導(dǎo)致額外延期，甲方需考慮相應(yīng)責(zé)任（合同中對此未明確，可能引發(fā)爭議）|

|逾期支付款項|未能按照合同第五條約定的時間支付預(yù)付款或尾款|每日支付滯納金（應(yīng)付未付款項的0.05%）；逾期超過30日，甲方有權(quán)解除合同并要求乙方退還部分款項（80%）|

|**乙方違約行為**|||

|未能按期交付符合要求的模型|未在合同約定或合理期限內(nèi)完成模型開發(fā)、校準(zhǔn)、驗證，并交付給甲方|每日支付違約金（合同總金額的0.05%）；逾期超過3個月，甲方有權(quán)解除合同并要求乙方退還大部分款項（80%）|

|交付的模型質(zhì)量不符合合同約定的驗收標(biāo)準(zhǔn)|模型誤差超過約定范圍（±5%），相關(guān)系數(shù)（R2）低于約定值（0.95），或優(yōu)化方案缺乏可操作性且經(jīng)修改后仍不滿足要求|乙方需在合理期限內(nèi)（10個工作日）免費修改直至符合要求；若無法滿足，甲方有權(quán)解除合同|

|泄露或不當(dāng)使用甲方提供的商業(yè)秘密|在合同履行或終止后，未經(jīng)甲方同意，向第三方披露、使用或允許他人使用甲方提供的保密信息|承擔(dān)保密義務(wù)；若造成甲方損失，需承擔(dān)賠償責(zé)任（合同中未明確具體賠償方式，通常為實際損失或約定金額）|

**三、法律名詞解釋**

1.**合成生物學(xué)（SyntheticBiology）：**指通過工程化的方法設(shè)計和改造生物系統(tǒng)（如微生物、細胞）的遺傳或分子結(jié)構(gòu)，以實現(xiàn)特定的有用功能或產(chǎn)品生產(chǎn)。在此合同中，指甲方改造或構(gòu)建的“細胞工廠”所依賴的技術(shù)領(lǐng)域。

2.**細胞工廠（CellFactory）：**指經(jīng)過基因工程或其他生物技術(shù)改造的微生物（如細菌、酵母、真菌）或細胞（如哺乳動物細胞），用于高效生產(chǎn)目標(biāo)化合物、生物材料或提供特定生物學(xué)功能。

3.**數(shù)字孿生（DigitalTwin）：**指物理實體（在此合同中指“細胞工廠”的生產(chǎn)過程）的動態(tài)虛擬映射，通過集成數(shù)據(jù)、模型和算法，能夠?qū)崟r反映、預(yù)測和模擬物理實體的狀態(tài)和行為。

4.**校準(zhǔn)（Calibration）：**指調(diào)整模型參數(shù)，使其計算結(jié)果能夠更準(zhǔn)確地匹配實際觀測到的實驗數(shù)據(jù)或過程表現(xiàn)，提高模型的可信度。

5.**驗證（Validation）：**指確認模型在特定應(yīng)用場景下是否滿足預(yù)定目標(biāo)，通常通過將模型的預(yù)測結(jié)果與獨立的、未用于校準(zhǔn)的實驗數(shù)據(jù)進行比較，評估模型的泛化能力和可靠性。

6.**知識產(chǎn)權(quán)（IntellectualProperty,IP）：**指在智力創(chuàng)造活動中產(chǎn)生的權(quán)利，包括發(fā)明專利權(quán)、實用新型專利權(quán)、外觀設(shè)計專利權(quán)、商標(biāo)權(quán)、著作權(quán)、商業(yè)秘密等。在此合同中主要涉及模型代碼、算法和商業(yè)秘密。

7.**商業(yè)秘密（TradeSecret）：**指不為公眾所知悉、能為權(quán)利人帶來經(jīng)濟利益、具有實用性并經(jīng)權(quán)利人采取保密措施的技術(shù)信息和經(jīng)營信息。在此合同中主要指雙方在合作過程中獲悉的對方的技術(shù)數(shù)據(jù)、工藝參數(shù)、客戶信息等。

8.**違約金（LiquidatedDamages）：**指合同中預(yù)先約定的，在一方違約時需向?qū)Ψ街Ц兜囊欢〝?shù)額的金錢，作為違約的補償。其成立要件通常包括：合同有明確約定、損失賠償額可以事先確定、實際損失與違約金相當(dāng)。

9.**訴訟（Lawsuit）：**指當(dāng)事人一方或雙方將爭議提交人民法院，由人民法院依照法定程序進行審理和裁判的活動。

**四、實際執(zhí)行過程中可能遇到的問題及注意事項及解決辦法**

1.**問題：數(shù)據(jù)質(zhì)量或完整性不足。**

***現(xiàn)象：**甲方提供的數(shù)據(jù)存在缺失、錯誤、標(biāo)注不清或覆蓋范圍不足，影響模型構(gòu)建和校準(zhǔn)的準(zhǔn)確性。

***注意事項：**合同中應(yīng)明確甲方提供數(shù)據(jù)的責(zé)任和標(biāo)準(zhǔn)，約定數(shù)據(jù)驗收環(huán)節(jié)。明確乙方在數(shù)據(jù)不足時的處理方式（如要求補充、調(diào)整項目范圍、增加費用等）。

***解決辦法：**在項目初期投入足夠時間進行數(shù)據(jù)清洗和整理。建立明確的數(shù)據(jù)交付清單和格式規(guī)范。若數(shù)據(jù)問題嚴重，及時與甲方溝通，協(xié)商調(diào)整項目范圍或周期，并在合同中體現(xiàn)。

2.**問題：模型精度難以達到預(yù)期。**

***現(xiàn)象：**經(jīng)校準(zhǔn)和驗證后，模型的預(yù)測誤差仍高于合同約定標(biāo)準(zhǔn)，無法有效指導(dǎo)實際生產(chǎn)。

***注意事項：**合同中驗收標(biāo)準(zhǔn)應(yīng)基于實際情況設(shè)定，考慮生物過程的復(fù)雜性。明確乙方持續(xù)優(yōu)化的責(zé)任，以及甲方配合進行進一步實驗驗證的義務(wù)。

***解決辦法：**深入分析模型誤差來源（如模型假設(shè)與實際不符、關(guān)鍵參數(shù)難以測量等）。與甲方協(xié)商進行更深入的數(shù)據(jù)采集或設(shè)計新的驗證實驗。若精度瓶頸難以突破，應(yīng)調(diào)整驗收標(biāo)準(zhǔn)或項目目標(biāo)，并明確告知甲方。

3.**問題：模型適用性與實際生產(chǎn)環(huán)境脫節(jié)。**

***現(xiàn)象：**模型在實驗室條件下表現(xiàn)良好，但在放大到中試或工業(yè)化生產(chǎn)時效果顯著下降。

***注意事項：**合同中應(yīng)明確模型的適用范圍（如僅限實驗室規(guī)模）。若涉及放大效應(yīng)，應(yīng)在合同中增加相關(guān)研究或驗證的條款，并明確費用承擔(dān)。

***解決辦法：**在模型開發(fā)階段就考慮尺度效應(yīng)。進行中試規(guī)模的實驗數(shù)據(jù)采集，將此作為模型驗證或修正的一部分。必要時，與甲方協(xié)商增加模型尺度放大驗證的子項目。

4.**問題：知識產(chǎn)權(quán)歸屬爭議。**

***現(xiàn)象：**雙方對項目過程中產(chǎn)生的新的知識產(chǎn)權(quán)（如改進的模型算法、新的代謝通路設(shè)計）的歸屬產(chǎn)生分歧。

***注意事項：**合同中必須清晰界定雙方各自擁有的知識產(chǎn)權(quán)（基于合作前已有的、基于甲方提供的資料產(chǎn)生的、基于乙方技術(shù)產(chǎn)生的、基于雙方共同投入產(chǎn)生的）。明確約定許可使用方式（如免費、付費、獨占等）。

***解決辦法：**在合同簽訂前就進行充分溝通，明確各自的技術(shù)底稿和期望。在合同中詳細列出知識產(chǎn)權(quán)歸屬條款，必要時可引入第三方（如律師事務(wù)所）進行審核。

5.**問題：項目范圍蔓延（ScopeCreep）。**

***現(xiàn)象：**在項目執(zhí)行過程中，甲方不斷提出新的需求或修改意見，導(dǎo)致項目范圍擴大，時間和成本超支。

***注意事項：**合同中應(yīng)明確項目范圍的定義和變更控制流程。任何范圍變更都應(yīng)通過書面補充協(xié)議進行，并明確相應(yīng)的費用和時間影響。

***解決辦法：**在項目啟動時與甲方充分溝通，鎖定核心需求。建立變更管理機制，要求所有變更都經(jīng)過評估、協(xié)商和正式確認。

6.**問題：保密義務(wù)履行困難。**

***現(xiàn)象：**一方擔(dān)心對方利用其提供的敏感信息，或難以確保項目組成員遵守保密要求。

***注意事項：**合同中應(yīng)詳細列舉保密信息的范圍和保密措施要求?？煽紤]簽訂單獨的保密協(xié)議。對接觸敏感信息的乙方人員提出保密義務(wù)。

***解決辦法：**加強溝通，建立互信。對乙方項目團隊進行保密培訓(xùn)。在合同中約定違約責(zé)任，明確泄密方的賠償責(zé)任。

**五、適用的所有場景**

該合同適用于以下場景：

1.**生物技術(shù)與制藥行業(yè)：**微生物或細胞株用于生產(chǎn)藥物（如抗生素、疫苗、生物類似藥）、生物活性分子或藥物中間體。

2.**化工與材料行業(yè)：**利用工程菌生產(chǎn)生物基化學(xué)品、聚合物、燃料或其他特殊化學(xué)品。

3.**食品與飲料行業(yè)：**利用發(fā)酵技術(shù)生產(chǎn)食品添加劑、酶制劑、有機酸或特定營養(yǎng)成分。

4.**環(huán)境工程領(lǐng)域：**利用特定微生物處理廢水、降解污染物，并希望通過數(shù)字孿生優(yōu)化處理效果。

5.**農(nóng)業(yè)科技領(lǐng)域：**利用轉(zhuǎn)基因作物或微生物進行精準(zhǔn)種植或生物防治，并通過模型模擬優(yōu)化應(yīng)用策略。

6.**科研機構(gòu)與企業(yè)合作：**科研機構(gòu)擁有合成生物學(xué)模型或技術(shù)，企業(yè)希望將其應(yīng)用于實際生產(chǎn)過程優(yōu)化。

7.**技術(shù)驗證與商業(yè)化：**在投入大規(guī)模生產(chǎn)前，通過數(shù)字孿生模型驗證新工藝或新產(chǎn)品的可行性、效率和經(jīng)濟性。

**一、特殊的應(yīng)用場合及應(yīng)增加的條款**

1.**場合一：涉及專利權(quán)利要求的新藥或關(guān)鍵化合物“細胞工廠”開發(fā)**

***場景描述：**甲方希望利用合成生物學(xué)構(gòu)建生產(chǎn)某種新藥（或關(guān)鍵原料藥）的“細胞工廠”，并期望通過數(shù)字孿生模型快速優(yōu)化工藝，以支持后續(xù)的專利申請和商業(yè)化生產(chǎn)。該“細胞工廠”可能涉及新的基因改造或代謝途徑設(shè)計，存在獲得專利保護的可能性。

***應(yīng)增加的條款：**

***條款：專利申請與歸屬的特別約定**

***內(nèi)容：**明確約定，在項目執(zhí)行過程中，若基于雙方共同投入（特別是乙方提供的技術(shù)和模型優(yōu)化成果）產(chǎn)生新的、可申請專利的發(fā)明創(chuàng)造（具體指明是關(guān)于“細胞工廠”的基因構(gòu)建、代謝通路優(yōu)化、培養(yǎng)工藝改進或數(shù)字孿生模型本身），雙方應(yīng)在獲得專利授權(quán)后**[例如：60日內(nèi)]**共同協(xié)商確定專利申請主體（是共同申請還是甲方單獨申請乙方作為發(fā)明人/共同發(fā)明人）。若選擇共同申請，需明確各自在專利申請和維護費用上的分攤比例（通常與專利權(quán)歸屬相對應(yīng)）。若選擇甲方單獨申請，甲方應(yīng)保證乙方作為項目參與方的發(fā)明人權(quán)利得到落實，并給予乙方約定的專利許可（如免費實施許可或按商業(yè)許可模式支付許可費）。合同中應(yīng)明確約定，對于甲方基于其提供的初始技術(shù)、數(shù)據(jù)或背景知識獨立完成的發(fā)明創(chuàng)造，其專利權(quán)利歸屬甲方，乙方僅享有合同約定的使用權(quán)（如有）。

***條款：發(fā)明披露與保密義務(wù)（針對新發(fā)明的）**

***內(nèi)容：**約定雙方有義務(wù)及時向?qū)Ψ脚对诤献鬟^程中產(chǎn)生的、可能具有專利潛力的技術(shù)信息。同時，對該類新發(fā)明披露信息仍應(yīng)承擔(dān)更嚴格的保密義務(wù)，直至該信息成為公開知識或獲得專利授權(quán)（以較晚者為準(zhǔn)）。

2.**場合二：涉及高度監(jiān)管的生物制品（如治療性蛋白質(zhì)）生產(chǎn)**

***場景描述：**甲方計劃生產(chǎn)某種需要嚴格遵守GMP（藥品生產(chǎn)質(zhì)量管理規(guī)范）或其他嚴格法規(guī)的生物制品（如單克隆抗體、重組蛋白），并希望利用數(shù)字孿生模型來模擬和優(yōu)化符合法規(guī)要求的生產(chǎn)過程，確保產(chǎn)品質(zhì)量和批次穩(wěn)定性。

***應(yīng)增加的條款：**

***條款：法規(guī)符合性責(zé)任與審查**

***內(nèi)容：**明確約定，確保最終交付的數(shù)字孿生模型及其應(yīng)用符合甲方所在地的相關(guān)法規(guī)要求（特別是GMP）的責(zé)任主體。通常，甲方作為生產(chǎn)方負有最終合規(guī)責(zé)任，但乙方有義務(wù)確保其提供的模型構(gòu)建方法、算法和驗證流程符合普遍的工程實踐和科學(xué)規(guī)范，并應(yīng)甲方要求提供關(guān)于模型如何支持法規(guī)符合性（如模擬支持批次放行、工藝驗證等）的說明。可約定乙方需提供相關(guān)文獻支持或配合甲方進行內(nèi)部/外部的法規(guī)符合性審計。

***條款：模擬數(shù)據(jù)用于法規(guī)提交的約定**

***內(nèi)容：**明確如果甲方計劃使用數(shù)字孿生模型的模擬數(shù)據(jù)作為工藝理解、驗證或放行的一部分提交給監(jiān)管機構(gòu)，需提前與乙方溝通，乙方需確認模擬數(shù)據(jù)的可靠性，并可能需要提供額外的確認文件。同時，明確由此產(chǎn)生的額外工作（如數(shù)據(jù)確認、報告撰寫支持）的責(zé)任和費用由甲方承擔(dān)，除非這是合同изначально包含的服務(wù)。

3.**場合三：長期合作與模型持續(xù)迭代優(yōu)化**

***場景描述：**甲方與乙方并非一次性項目，而是希望建立長期合作關(guān)系，利用數(shù)字孿生模型持續(xù)監(jiān)控“細胞工廠”的生產(chǎn)過程，并根據(jù)實際運行情況不斷對模型進行迭代優(yōu)化，以適應(yīng)工藝微調(diào)、原料變更或新目標(biāo)產(chǎn)物探索。

***應(yīng)增加的條款：**

***條款：后續(xù)服務(wù)與模型更新協(xié)議**

***內(nèi)容：**約定在主合同完成后，雙方可簽訂后續(xù)服務(wù)或維護協(xié)議。該協(xié)議應(yīng)明確后續(xù)服務(wù)的范圍（如定期模型校準(zhǔn)、新數(shù)據(jù)接入、基于模型的生產(chǎn)問題診斷與建議、模型重大版本更新等）、服務(wù)周期、服務(wù)費用（可按年、按次或按效果付費）、以及更新后模型的知識產(chǎn)權(quán)歸屬（通常仍歸乙方，但甲方可能獲得更廣泛的實施許可）。

***條款：模型版本管理與許可**

***內(nèi)容：**明確主合同交付的模型為初始版本（V1.0），后續(xù)迭代版本（V1.1,V2.0...）的管理方式。約定甲方在使用后續(xù)版本時，是否需要支付額外費用，以及不同版本的服務(wù)支持級別。

4.**場合四：利用數(shù)字孿生進行風(fēng)險預(yù)測與故障診斷**

***場景描述：**甲方不僅希望優(yōu)化生產(chǎn)效率，更希望利用數(shù)字孿生模型預(yù)測潛在的生產(chǎn)風(fēng)險（如代謝瓶頸、污染風(fēng)險、設(shè)備故障對生產(chǎn)的影響），或當(dāng)生產(chǎn)異常時，能快速利用模型進行故障診斷，減少停機時間。

***應(yīng)增加的條款：**

***條款：預(yù)測性維護與異常診斷功能要求**

***內(nèi)容：**在合同范圍中明確增加乙方需在模型中集成預(yù)測性維護算法或異常診斷模塊（或提供相應(yīng)的分析工具接口），并明確預(yù)測的指標(biāo)（如關(guān)鍵代謝通量偏離閾值、能耗異常等）和診斷流程。明確模型在預(yù)測到風(fēng)險或診斷出異常時的報警機制和輸出建議。

***條款：異常處理流程與責(zé)任**

***內(nèi)容：**約定當(dāng)模型發(fā)出風(fēng)險預(yù)警或故障診斷時，雙方應(yīng)啟動的應(yīng)急響應(yīng)流程。明確乙方需提供診斷建議，甲方需根據(jù)建議采取措施，并反饋實際處理結(jié)果和效果，以便乙方后續(xù)優(yōu)化模型。

5.**場合五：涉及高度機密商業(yè)策略的工藝優(yōu)化**

***場景描述：**甲方希望利用數(shù)字孿生模型優(yōu)化某個核心產(chǎn)品的生產(chǎn)工藝，該產(chǎn)品的市場信息、定價策略或成本結(jié)構(gòu)高度敏感，甲方希望確保這些商業(yè)信息在合作過程中得到最高級別的保護。

***應(yīng)增加的條款：**

***條款：商業(yè)敏感信息特別保密級別與措施**

***內(nèi)容：**在原保密條款基礎(chǔ)上，進一步明確區(qū)分“技術(shù)秘密”和“商業(yè)秘密”。對于甲方提供的涉及核心商業(yè)策略（如成本目標(biāo)、市場定價、銷售預(yù)測模型輸入等）的信息，設(shè)定更高的保密級別，約定乙方僅限核心項目成員接觸，并采取額外的物理和信息安全措施（如加密傳輸、專用網(wǎng)絡(luò)、離職審計等）。明確違約時針對此類特殊商業(yè)秘密泄露的懲罰性賠償計算方式。

***條款：數(shù)據(jù)脫敏與訪問控制**

***內(nèi)容：**如果甲方擔(dān)心原始生產(chǎn)數(shù)據(jù)包含商業(yè)敏感信息，可以約定在提供數(shù)據(jù)前，由甲方或雙方約定的方式對數(shù)據(jù)進行脫敏處理，并明確脫敏的程度和標(biāo)準(zhǔn)。同時，在模型訪問層面，設(shè)置嚴格的權(quán)限控制，確保只有授權(quán)人員才能訪問原始或敏感處理過的數(shù)據(jù)。

**二、第三方介入時的款項（責(zé)權(quán)利）及具體內(nèi)容**

當(dāng)合同執(zhí)行涉及第三方（如設(shè)備供應(yīng)商、上游原料供應(yīng)商、提供特定數(shù)據(jù)的合作實驗室、提供計算資源的云服務(wù)商等）時，需要在合同中明確與第三方相關(guān)的款項（責(zé)權(quán)利）分配。

***具體內(nèi)容示例：**

***1.設(shè)備采購與服務(wù)費用：**

***責(zé)（甲方）：**負責(zé)為運行“細胞工廠”或驗證模型所需的關(guān)鍵設(shè)備（如特定生物反應(yīng)器、分析儀器）的采購或租賃決策，并承擔(dān)相應(yīng)費用。負責(zé)與設(shè)備供應(yīng)商簽訂子合同并支付款項。

***責(zé)（乙方）：**有權(quán)根據(jù)模型驗證和運行需求，向甲方提出設(shè)備規(guī)格建議。若乙方負責(zé)具體的設(shè)備選型工作，其產(chǎn)生的差旅、咨詢費用由甲方承擔(dān)（需在附件中列明范圍）。

***權(quán)（甲方）：**有權(quán)審核乙方提出的設(shè)備需求是否合理，并決定最終采購方案和供應(yīng)商。

***權(quán)（乙方）：**在甲方同意的設(shè)備方案下，有權(quán)要求甲方履行支付設(shè)備款項的義務(wù)。

***責(zé)/權(quán)（第三方-設(shè)備供應(yīng)商）：**按照與甲方簽訂的子合同約定，提供合格的設(shè)備、安裝、調(diào)試、保修服務(wù)。

***2.上游原料/試劑采購費用：**

***責(zé)（甲方）：**負責(zé)采購“細胞工廠”生產(chǎn)或模型驗證所需的培養(yǎng)基、酶、引物等上游原料，并承擔(dān)采購成本和運輸費用。

***責(zé)/權(quán)（乙方）：**有權(quán)根據(jù)模型構(gòu)建和驗證的實驗方案，向甲方提出具體原料清單和規(guī)格要求。若乙方負責(zé)代為采購，產(chǎn)生的采購差價和乙方應(yīng)得的代理服務(wù)費由甲方承擔(dān)，具體金額/比例在附件中明確。乙方有權(quán)要求甲方支付其代墊的合理費用。

***責(zé)/權(quán)（第三方-原料供應(yīng)商）：**按照甲方（或乙方代甲方）的訂單提供符合規(guī)格的原料。

***3.數(shù)據(jù)提供費用：**

***責(zé)（甲方）：**若需從第三方合作實驗室獲取特定實驗數(shù)據(jù)（如第三方測序服務(wù)、第三方毒理學(xué)測試數(shù)據(jù)），負責(zé)與第三方簽訂數(shù)據(jù)采購合同并支付相關(guān)費用。

***責(zé)/權(quán)（乙方）：**有權(quán)要求甲方提供獲取第三方數(shù)據(jù)的必要授權(quán)或支付能力證明。若乙方通過其合作網(wǎng)絡(luò)能以更優(yōu)條件獲取第三方數(shù)據(jù)，并經(jīng)甲方同意，乙方可以代為獲取，甲方需支付乙方相應(yīng)的服務(wù)費（費用標(biāo)準(zhǔn)見附件）。

***責(zé)/權(quán)（第三方-數(shù)據(jù)提供方）：**按照約定提供服務(wù)并收取費用。

***4.計算資源/云服務(wù)費用：**

***責(zé)（甲方）：**負責(zé)選擇計算平臺（如公有云AWS/Azure/阿里云，或?qū)Ｓ肏PC集群），并承擔(dān)使用費。

***責(zé)/權(quán)（乙方）：**有權(quán)根據(jù)模型運行和計算需求，向甲方提出計算資源規(guī)格建議。若乙方負責(zé)配置和管理計算環(huán)境，其產(chǎn)生的平臺使用費（超出基礎(chǔ)免費額度的部分）或乙方提供的技術(shù)服務(wù)費由甲方承擔(dān)（具體在附件中明確）。

***責(zé)/權(quán)（第三方-云服務(wù)提供商）：**按照甲方（或乙方）的使用量收費。

**三、甲方為主導(dǎo)時需要額外增加的甲方主動性（責(zé)權(quán)利）合同條款及具體內(nèi)容**

如果合同是以甲方為主導(dǎo)，意味著甲方在項目方向、決策權(quán)、資源投入和最終結(jié)果應(yīng)用上擁有更大的控制力。

***具體內(nèi)容示例：**

***條款：最終模型應(yīng)用決策權(quán)**

***內(nèi)容：**明確約定，對于最終交付的數(shù)字孿生模型的應(yīng)用方式（如是否用于指導(dǎo)大規(guī)模生產(chǎn)、如何集成到甲方現(xiàn)有生產(chǎn)管理體系中、是否用于生成專利等），甲方擁有最終決定權(quán)。乙方需提供必要的技術(shù)支持和方案建議，但最終采納與否由甲方?jīng)Q定。

***條款：項目優(yōu)先級調(diào)整權(quán)**

***內(nèi)容：**約定在項目執(zhí)行期間，若甲方內(nèi)部經(jīng)營策略或項目優(yōu)先級發(fā)生重大變化，需要調(diào)整項目范圍或重點，甲方有權(quán)在不顯著增加合同總費用（或經(jīng)雙方協(xié)商一致）的前提下，要求乙方調(diào)整工作重點。乙方應(yīng)積極配合，但保留對調(diào)整可行性的評估權(quán)。

***條款：內(nèi)部審批流程主導(dǎo)權(quán)**

***內(nèi)容：**明確甲方內(nèi)部對于項目關(guān)鍵節(jié)點（如階段性成果評審、最終驗收、涉及甲方核心機密信息的決策）的審批流程和權(quán)限，乙方需配合甲方完成必要的內(nèi)部報批工作。

***條款：模型知識產(chǎn)權(quán)的優(yōu)先使用權(quán)（特定場景下）**

***內(nèi)容：**（此條款需謹慎使用，可能涉及對乙方知識產(chǎn)權(quán)的支付或許可）約定，對于基于甲方提供的核心數(shù)據(jù)和甲方明確要求乙方解決的關(guān)鍵技術(shù)挑戰(zhàn)產(chǎn)生的模型知識產(chǎn)權(quán)，在甲方付清全部款項后，甲方獲得對該模型在約定范圍（如甲方自身生產(chǎn)）內(nèi)優(yōu)先實施使用的權(quán)利，乙方保留剩余的知識產(chǎn)權(quán)，但需按商業(yè)許可方式向甲方支付許可費（具體費率在附件約定）。

***條款：對乙方工作時間的限制（可選）**

***內(nèi)容：**如果甲方希望嚴格控制項目成本，可以約定乙方項目團隊成員每周/每月為該項目投入的有效工作小時數(shù)上限，超出部分費用由甲方另行支付（除非已包含在合同總價中）。

**四、乙方為主導(dǎo)時需要額外增加的乙方主動性（責(zé)權(quán)利）合同條款及具體內(nèi)容**

如果合同是以乙方為主導(dǎo)，意味著乙方在技術(shù)實現(xiàn)、方法選擇、進度把控和模型專業(yè)性上擁有更大的主導(dǎo)權(quán)。

***具體內(nèi)容示例：**

***條款：技術(shù)路線選擇與主導(dǎo)權(quán)**

***內(nèi)容：**明確約定，在符合合同總體目標(biāo)和甲方基本要求的前提下，乙方有權(quán)選擇當(dāng)前最優(yōu)的技術(shù)方案、模型框架和開發(fā)工具。甲方有權(quán)對重大技術(shù)決策進行評審和提出異議，但乙方在獲得甲方書面同意前，有權(quán)按其專業(yè)判斷執(zhí)行。

***條款：項目進度調(diào)整建議權(quán)與執(zhí)行權(quán)**

***內(nèi)容：**約定當(dāng)項目執(zhí)行中遇到技術(shù)瓶頸、數(shù)據(jù)問題或其他不可預(yù)見因素導(dǎo)致延期時，乙方有權(quán)根據(jù)實際情況提出調(diào)整進度的建議方案，并經(jīng)甲方確認后自主調(diào)整后續(xù)工作安排。

***條款：對甲方提供數(shù)據(jù)的必要性與合規(guī)性要求權(quán)**

***內(nèi)容：**明確約定，乙方在項目執(zhí)行過程中，有權(quán)要求甲方提供其認為完成項目目標(biāo)所必需的數(shù)據(jù)，并有權(quán)對甲方提供的數(shù)據(jù)的合規(guī)性（如來源合法性、真實性）提出疑問和要求解釋。若甲方無法提供必要或合規(guī)的數(shù)據(jù)，乙方有權(quán)暫停項目或調(diào)整范圍，并部分免除責(zé)任。

***條款：技術(shù)保密信息的界定與甲方違約風(fēng)險**

***內(nèi)容：**明確約定，乙方在項目執(zhí)行中接觸到的甲方未公開的生產(chǎn)工藝細節(jié)、成本結(jié)構(gòu)、市場策略等屬于乙方的商業(yè)秘密，甲方有義務(wù)采取措施保護這些信息。同時，明確若因甲方原因（如要求乙方獲取與其自身核心業(yè)務(wù)無關(guān)的敏感信息）導(dǎo)致乙方違反對第三方（如設(shè)備商）的保密義務(wù)，由此產(chǎn)生的責(zé)任由甲方承擔(dān)。

***條款：階段性成果的知識產(chǎn)權(quán)確認權(quán)（作為進度款支付條件）**

***內(nèi)容：**（此條款平衡雙方風(fēng)險）約定在支付某階段的進度款前，需甲方書面確認乙方交付的階段性成果（如模型初版、校準(zhǔn)報告）達到合同約定的基本標(biāo)準(zhǔn)。該確認不代表甲方承認該階段性成果的最終知識產(chǎn)權(quán)歸屬（除非合同另有約定），但代表乙方已完成該階段承諾，是甲方支付款項的前提。

**五、再特殊應(yīng)用場景下需要額外增加的特殊條款及注意事項**

***場景：涉及生物安全（如生產(chǎn)高致病性病毒載體）**

***特殊條款：**

***生物安全級別與設(shè)施要求：**明確項目涉及的生物安全等級（如BSL-3），約定雙方各自