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1、會計學(xué)1基因表達調(diào)控基因表達調(diào)控20101128第1頁/共79頁2 真核基因組結(jié)構(gòu)和表達調(diào)控特點 RNA pol I 、RNApol II和pol III的轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)(順式作用元件,反式作用因子) mRNA轉(zhuǎn)錄激活及調(diào)節(jié) 轉(zhuǎn)錄后水平的調(diào)節(jié) 翻譯水平的調(diào)節(jié)三、原核基因表達調(diào)節(jié)原核基因轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)特點乳糖操縱子的結(jié)構(gòu)和調(diào)節(jié)機制原核生物轉(zhuǎn)錄終止調(diào)節(jié)原核生物翻譯水平調(diào)節(jié)四、真核基因表達調(diào)節(jié)第2頁/共79頁3一、概念 基因(gene): 包括:DNA編碼序列、非編碼調(diào)節(jié)序列、內(nèi)含子 基因組(genome):一個細胞或病毒所攜帶的全部遺傳信息或整套基因。 原核生物:單個的環(huán)狀染色體所含的全部基因; 真核生物:一
2、個生物體全部單倍體DNA所包含的基因(染色體基因組)第 一 節(jié)基本概念與原理基因表達(gene expression):基因經(jīng)過轉(zhuǎn)錄、翻譯,產(chǎn)生RNA或蛋白質(zhì)分子的過程。第3頁/共79頁4二、基因表達的特異性(一)時間特異性按功能需要,某一特定基因的表達嚴(yán)格按特定的時間順序發(fā)生,稱之為基因表達的時間特異性(temporal specificity)。 多細胞生物基因表達的時間特異性又稱階段特異性(stage specificity)。目目 錄錄第4頁/共79頁5(二)空間特異性基因表達伴隨時間順序所表現(xiàn)出的這種分布差異,實際上是由細胞在器官的分布決定的,所以空間特異性又稱細胞或組織特異性(ce
3、ll or tissue specificity)。在個體生長、發(fā)育全過程,某種基因產(chǎn)物在個體的不同組織或器官表達,稱之為基因表達的空間特異性(spatial specificity)。第5頁/共79頁6三、基因表達的方式按對刺激的反應(yīng)性,基因表達的方式分為:(一)基本表達某些基因在一個生物個體的幾乎所有細胞中持續(xù)表達, 這類基因被稱為管家基因(housekeeping gene); 這類基因表達稱為基本基因表達或組成性基因表達(constitutive gene expression).第6頁/共79頁7(二)誘導(dǎo)和阻遏表達在特定環(huán)境信號刺激下,相應(yīng)的基因被激活,基因表達產(chǎn)物增加,這種基因稱
4、為可誘導(dǎo)基因??烧T導(dǎo)基因誘導(dǎo)(induction) 可誘導(dǎo)基因在特定環(huán)境中表達增強的過程??勺瓒艋?如果基因?qū)Νh(huán)境信號應(yīng)答是被抑制,這種基因是可阻遏基因。阻遏(repression) 可阻遏基因表達產(chǎn)物水平降低的過程。第7頁/共79頁8在一定機制控制下,功能上相關(guān)的一組基因,無論其為何種表達方式,均需協(xié)調(diào)一致、共同表達,即為協(xié)調(diào)表達(coordinate expression),這種調(diào)節(jié)稱為協(xié)調(diào)調(diào)節(jié)(coordinate regulation)。協(xié)調(diào)表達和協(xié)調(diào)調(diào)節(jié)第8頁/共79頁9四、基因表達調(diào)控的生物學(xué)意義四、基因表達調(diào)控的生物學(xué)意義(一)適應(yīng)環(huán)境、維持生長和增殖(二)維持個體發(fā)育與分化第
5、9頁/共79頁10第二節(jié) 基因表達調(diào)控的基本原理一、基因表達的多級調(diào)控DNA擴增DNA重排DNA修飾轉(zhuǎn)錄起始 轉(zhuǎn)錄后加工mRNA降解蛋白質(zhì)翻譯翻譯后加工修飾蛋白質(zhì)降解等蛋白質(zhì)水平mRNADNA水平第10頁/共79頁11(二)基因轉(zhuǎn)錄激活調(diào)節(jié)基本要素1.特異DNA序列2.調(diào)節(jié)蛋白3.DNA-蛋白質(zhì)、蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用4.RNA聚合酶第11頁/共79頁12原核生物 操縱子(operon) 機制編碼序列 啟動序列 操縱序列(operator) 其他調(diào)節(jié)序列(promoter)1.特異DNA序列操縱子:大多數(shù)基因按功能相關(guān)性成簇地串聯(lián)、密集與染色體上,共同組成一個轉(zhuǎn)錄單位,也就是操縱子(opero
6、n)。包括: 若干個結(jié)構(gòu)基因及其上游的調(diào)控序列.第12頁/共79頁13(1)啟動序列: 是RNA聚合酶結(jié)合并啟動轉(zhuǎn)錄的特異DNA序列。RNA轉(zhuǎn)錄起始轉(zhuǎn)錄起始-35區(qū)區(qū)-10區(qū)區(qū)TTGACATTAACTTTTACATATGATTTTACATATGTTTTGATATATAATCTGACGTACTGTN17N16N17N16N16N7N7N6N7N6AAAAAtrp tRNATyrlacrecAAra BAD TTGACA TATAATPribnow box共有序列共有序列第13頁/共79頁14共有序列(consensus sequence) 決定啟動序列的轉(zhuǎn)錄活性大小。第14頁/共79頁15(2)
7、 操縱序列 是原核阻遏蛋白(repressor)的結(jié)合位點.第15頁/共79頁16(3)其他調(diào)節(jié)序列分解(代謝)物基因激活蛋白(catabolite gene activator protein, CAP)結(jié)合位點; 啟動序列鄰近的特異DNA序列,與CAP結(jié)合后,可促進RNA聚合酶與啟動序列的結(jié)合,增強RNA聚合酶活性,使轉(zhuǎn)錄激活,介導(dǎo)正性調(diào)節(jié)。第16頁/共79頁17真核生物 順式作用元件(cis-acting element)可影響自身基因表達活性的DNA序列.BADNA編碼序列轉(zhuǎn)錄起始點 按功能特性分為:啟動子, 增強子, 沉默子BADNA編碼序列轉(zhuǎn)錄起始點第17頁/共79頁18 TATA
8、盒Hogness box -25 CAAT盒盒 GC盒盒 增強子 順式作用元件 結(jié)構(gòu)基因-GCGC-CAAT-TATA轉(zhuǎn)錄起始真核生物啟動子保守序列啟動子第18頁/共79頁192.調(diào)節(jié)蛋白 原核生物調(diào)節(jié)蛋白調(diào)節(jié)蛋白分三類特異因子:決定RNA聚合酶對啟動序列的特異 性識別和結(jié)合能力.例如7032阻遏蛋白:可以識別結(jié)合操縱序列激活蛋白:結(jié)合啟動序列臨近的DNA序列,提高 RNA聚合酶的結(jié)合能力增強轉(zhuǎn)錄活性. 這些調(diào)節(jié)蛋白大部分是DNA結(jié)合蛋白第19頁/共79頁20 阻礙RNA聚合酶與啟動序列的結(jié)合 RNA聚合酶不能沿DNA向前移動,阻礙轉(zhuǎn)錄, 介導(dǎo)負性調(diào)節(jié)。啟動序列啟動序列編碼序列編碼序列操縱序列
9、操縱序列RNA-pol阻遏蛋白阻遏蛋白當(dāng)阻遏蛋白結(jié)合操縱序列第20頁/共79頁21 分解(代謝)物基因激活蛋白分解(代謝)物基因激活蛋白(CAP),可結(jié)合啟動序列鄰近的特異DNA序列-分解(代謝)物基因激活蛋白結(jié)合位點,促進RNA聚合酶與啟動序列的結(jié)合,增強RNA聚合酶活性,使轉(zhuǎn)錄激活,介導(dǎo)正性調(diào)節(jié)。有些基因在沒有激活蛋白存在時,RNA聚合酶很少或完全不能結(jié)合啟動序列。第21頁/共79頁22 真核基因的調(diào)節(jié)蛋白又稱轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子或轉(zhuǎn)錄因子(transcription factors)還有蛋白質(zhì)因子可特異識別、結(jié)合自身基因的調(diào)節(jié)序列,調(diào)節(jié)自身基因的表達,稱順式作用。這種調(diào)節(jié)蛋白成為順式作用蛋白.由
10、某一基因表達產(chǎn)生的蛋白質(zhì)因子,與另一基因特異的順式作用元件識別和結(jié)合,反式激活另一基因的轉(zhuǎn)錄,這種調(diào)節(jié)作用稱為反式作用。這種調(diào)節(jié)蛋白稱為反式作用因子. 反式作用因子(trans-acting factor) 第22頁/共79頁23 這些調(diào)節(jié)蛋白大部分是DNA結(jié)合蛋白或是通過蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)錄.第23頁/共79頁24指的是反式作用因子與順式作用元件之間的特異識別及結(jié)合。通常是非共價結(jié)合,被識別的DNA結(jié)合位點通常呈對稱、或不完全對稱結(jié)構(gòu)。3. DNA - 蛋白質(zhì) 蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)的相互作用 DNA-蛋白質(zhì)的相互作用第24頁/共79頁25第25頁/共79頁26絕大多數(shù)調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)結(jié)合DNA
11、前,需通過蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用,形成二聚體(dimer)或多聚體(polymer)。 蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)的相互作用同聚體 (homodimer) 例如:Lac 操縱子CAP是同二聚體異聚體 (heterodimer) 例如:Lac 操縱子阻遏蛋白是異四聚體第26頁/共79頁274.RNA聚合酶 原核啟動序列和 真核啟動子對RNA-pol的影響 共有序列的改變影響RNA聚合酶與其的親和力,影響轉(zhuǎn)錄。 調(diào)節(jié)蛋白與RNA聚合酶活性一些特異調(diào)節(jié)蛋白在適當(dāng)環(huán)境信號刺激下表達,然后通過DNA-蛋白質(zhì)、蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用影響RNA聚合酶活性。第27頁/共79頁28總結(jié):基因轉(zhuǎn)錄激活調(diào)節(jié)基本要素1.特異DN
12、A序列2.調(diào)節(jié)蛋白3.DNA-蛋白質(zhì)、蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用4.RNA聚合酶第28頁/共79頁29Regulation of Prokaryotic Gene TranscriptionRegulation of Prokaryotic Gene Transcription第29頁/共79頁30調(diào)節(jié)的主要環(huán)節(jié)在轉(zhuǎn)錄起始一、原核基因轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)特點(一)因子決定RNA聚合酶(a2bb)的識別特異性70:識別普通的啟動子32:識別熱休克蛋白的啟動子38:識別碳源饑餓誘導(dǎo)表達基因啟動子54:氮代謝相關(guān)的啟動子第30頁/共79頁31(二)操縱子模型的普遍性 大多數(shù)基因按功能相關(guān)性成簇地串聯(lián)、密集與染色體上
13、,共同組成一個轉(zhuǎn)錄單位,也就是操縱子(operon)。(三)阻遏蛋白與阻遏機制的普遍性 當(dāng)阻遏蛋白與操縱序列結(jié)合或解聚時,就會發(fā)生特異基因的阻遏和去阻遏。第31頁/共79頁32二、乳糖操縱子調(diào)節(jié)機制(一) 乳糖操縱子(lac operon)的結(jié)構(gòu) 調(diào)控區(qū)CAP結(jié)合位點啟動序列操縱序列 結(jié)構(gòu)基因Z:-半乳糖苷酶Y:透酶A:乙?;D(zhuǎn)移酶ZYAOPDNAI第32頁/共79頁33-半乳糖苷酶:將乳糖水解成葡萄糖和半乳糖。-半乳糖苷透酶:使-半乳糖苷(如乳糖)能透過大腸桿菌細胞壁和原生質(zhì)膜進入細胞內(nèi)。-半乳糖苷乙?;D(zhuǎn)移酶:是把乙酰輔酶A上的乙?;D(zhuǎn)到-半乳糖苷上,形成乙酰半乳糖。第33頁/共79頁34
14、(二)阻遏蛋白的負性調(diào)節(jié)mRNACAP結(jié)合位點啟動序列操縱序列 結(jié)構(gòu)基因ZYAOPDNAI阻遏蛋白pol沒有乳糖時沒有乳糖時P1第34頁/共79頁35P : lac gene啟動子PI: I gene 啟動子O1: lac operon的主要操縱序列; O2 and O3:lac operon的次要操縱序列第35頁/共79頁36第36頁/共79頁37mRNACAP結(jié)合位點啟動序列操縱序列 結(jié)構(gòu)基因ZYAOPDNAI阻遏蛋白RNA-pol 有乳糖時有乳糖時P1Z:-半乳糖苷酶Y:透酶A:乙?;D(zhuǎn)移酶半乳糖-半乳糖苷酶透酶乳糖第37頁/共79頁38異丙基硫代半乳糖苷(IPTG)是實驗室常用的乳糖操
15、縱子強的誘導(dǎo)劑。十分穩(wěn)定,不被細菌分解。第38頁/共79頁39IPTG引起的阻遏蛋白的結(jié)構(gòu)改變未結(jié)合 IPTG (淺色); 結(jié)合 IPTG (清晰); IPTG沒有顯示第39頁/共79頁40+ + + + + + + + 轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)錄有葡萄糖,cAMP濃度降低,是分解代謝阻遏作用。ZYAOPDNACAPCAPCAP無葡萄糖, cAMP濃度增高 (三)CAP的正性調(diào)節(jié)第40頁/共79頁41CAP與DNA的結(jié)合 紅色:cAMP 黃色:和RNA-pol的作用位點第41頁/共79頁42(四)協(xié)調(diào)調(diào)節(jié) 當(dāng)阻遏蛋白結(jié)合操縱序列時,CAP對該系統(tǒng)不能發(fā)揮作用; 如無CAP存在,即使沒有阻遏蛋白與操縱序列 結(jié)合,
16、操縱子仍無轉(zhuǎn)錄活性。 若有葡萄糖或葡萄糖/乳糖共同存在時,細菌首先利用葡萄糖,表現(xiàn)的是分解代謝阻遏(葡萄糖對lac操縱子的阻遏作用稱分解代謝阻遏,catabolic repression) ; 單純?nèi)樘谴嬖跁r,細菌利用乳糖作碳源表現(xiàn)的是 去阻遏作用。因此,在乳糖存在,葡萄糖缺乏的情況下乳糖操縱子才能被誘導(dǎo)。第42頁/共79頁43第43頁/共79頁44三、原核生物轉(zhuǎn)錄終止的調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)錄終止是指RNA聚合酶在DNA模板上停頓下來不再前進,轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物RNA鏈從轉(zhuǎn)錄復(fù)合物上脫落下來。 (一)原核生物的一般的轉(zhuǎn)錄終止機制第44頁/共79頁45A T P1.依賴 Rho因子的轉(zhuǎn)錄終止第45頁/共79頁46mRN
17、A 5 TTGCAGCCTGACAAATCAGGCTGATGGCTGGTGACTTTTTAGTCACCAGCCTTTTT. 3 DNA 編碼鏈編碼鏈UUUU. UUUU.莖環(huán)(stem-loop)/發(fā)夾(hairpin)結(jié)構(gòu)5UUGCAGCCUGACAAAUCAGGCUGAUGGCUGGUGACUUUUUAGUCACCAGCCUUUUU. 32.非依賴Rho因子的轉(zhuǎn)錄終止第46頁/共79頁47莖環(huán)結(jié)構(gòu)使轉(zhuǎn)錄終止的機理 使RNA聚合酶變構(gòu),轉(zhuǎn)錄停頓; 使轉(zhuǎn)錄復(fù)合物趨于解離,RNA產(chǎn)物釋放。5 pppG5 3 3 5 RNA-pol第47頁/共79頁48第48頁/共79頁49Regulation
18、of Eukaryotic Gene Transcription第49頁/共79頁50真核生物基因組的結(jié)構(gòu)特點第50頁/共79頁51第51頁/共79頁52人類染色體基因組人類染色體基因組( (核基因組核基因組) )24條染色條條染色條, DNA 約約 3 10 9 堿基對堿基對編碼基因編碼基因: :約有約有5000050000個,占總長的個,占總長的6%.6%. Chr. Mb第52頁/共79頁531.對核酸酶敏感 當(dāng)基因被激活時,染色體相應(yīng)區(qū)域發(fā)生結(jié)構(gòu)和性質(zhì)變化。 出現(xiàn)對DNaseI的超敏位點,最常出現(xiàn)在調(diào)節(jié)蛋白結(jié)合位點附近。(一)活性染色體結(jié)構(gòu)變化二、真核基因表達調(diào)控特點第53頁/共79頁
19、542. DNA拓撲結(jié)構(gòu)變化天然雙鏈DNA均以超螺旋構(gòu)象存在;基因活化后,轉(zhuǎn)錄前方是正超螺旋,后面是負超螺旋。第54頁/共79頁553. DNA堿基修飾變化真核DNA約有5%的胞嘧啶被甲基化,最常發(fā)生在5側(cè)翼區(qū)的CpG序列( CpG島)甲基化范圍與基因表達程度呈反比。處于轉(zhuǎn)錄活化狀態(tài)的基因是低甲基化。4. 組蛋白變化 富含Lys組蛋白水平降低(H1) H2A, H2B二聚體不穩(wěn)定性增加 組蛋白修飾 H3組蛋白巰基暴露第55頁/共79頁56(二)RNA聚合酶(三)正性調(diào)節(jié)占主導(dǎo)(四)轉(zhuǎn)錄和翻譯分隔進行(五)轉(zhuǎn)錄后修飾、加工第56頁/共79頁57四、RNA-pol轉(zhuǎn)錄起始的調(diào)節(jié)(一)順式作用元件1
20、. 啟動子 是RNA聚合酶結(jié)合位點周圍的一組轉(zhuǎn)錄控制組件。最簡單的啟動子:一個轉(zhuǎn)錄起始點 +TATA盒(TATAAAA) -25-30bp區(qū),TFD 結(jié)合位點 典型的啟動子:+上游的GC盒(GGGCGG) -30-110bp區(qū) 或CAAT盒(GCCAAT) -30 - 110bp區(qū), 具有較高的轉(zhuǎn)錄活性第57頁/共79頁582.增強子(enhancer)3. 沉默子(silencer)某些基因的負性調(diào)節(jié)元件,當(dāng)其結(jié)合特異蛋白因子時,對基因轉(zhuǎn)錄起阻遏作用。指遠離轉(zhuǎn)錄起始點(1-30kb)、決定基因的時間、空間特異性、增強啟動子轉(zhuǎn)錄活性的DNA序列。是結(jié)合特異性轉(zhuǎn)錄因子的DNA核心序列。第58頁/
21、共79頁59(二)反式作用因子 1. 轉(zhuǎn)錄因子分類* 基本轉(zhuǎn)錄因子(general transcription factors)RNA聚合酶結(jié)合啟動子所必需的一組蛋白因子,決定mRNA、tRNA及rRNA轉(zhuǎn)錄的類別。* 特異轉(zhuǎn)錄因子(special transcription factors)為個別基因轉(zhuǎn)錄所必需,決定該基因的時間、空間特異性表達。轉(zhuǎn)錄激活因子:結(jié)合增強子轉(zhuǎn)錄抑制因子:結(jié)合沉默子第59頁/共79頁602.轉(zhuǎn)錄因子結(jié)構(gòu)DNADNA結(jié)合域結(jié)合域轉(zhuǎn)錄激活域轉(zhuǎn)錄激活域TFTF蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)- -蛋白質(zhì)結(jié)合域蛋白質(zhì)結(jié)合域(二聚化結(jié)構(gòu)域)谷氨酰胺富含域酸性激活域脯氨酸富含域第60頁/共79頁
22、61轉(zhuǎn)錄因子中常見的結(jié)構(gòu) 1. 鋅指(zinc finger)結(jié)合GC盒TF中的結(jié)構(gòu)由30個aa殘基組成2個Cys和2個His與鋅離子形成配位鍵中間含有12個aa殘基第61頁/共79頁62 2.堿性-螺旋常見結(jié)合CAAT盒轉(zhuǎn)錄因子中的結(jié)構(gòu)堿性a-螺旋-環(huán)-螺旋堿性亮氨酸拉鏈第62頁/共79頁63亮氨酸拉鏈亮氨酸拉鏈亮氨酸拉鏈也是屬于aa組合.是在一定肽段中每隔7個氨基酸殘基就出現(xiàn)1個亮氨酸殘基,其側(cè)鏈為異丁基,呈Y字形, 由于疏水力互相靠近,象拉鏈一樣,此摸體在DNA結(jié)合蛋白中常見.第63頁/共79頁64第64頁/共79頁65helix-loop-helix/leucine zipper mo
23、tifDNA結(jié)合區(qū)Leu zipperhelix-loop-helixhelix-loop-helix第65頁/共79頁66(三)mRNA轉(zhuǎn)錄激活及其調(diào)節(jié)polTFHTAFTFFTAFTAFTFATFBTBP真核RNA聚合酶在轉(zhuǎn)錄因子幫助下,形成的轉(zhuǎn)錄起始前復(fù)合物TATA DNATBP相關(guān)因子第66頁/共79頁67RNA pol轉(zhuǎn)錄體系的調(diào)節(jié)RNApol催化轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物:rRNA前體rRNA前體基因的啟動子 核心元件(core element): -45+20bp,單獨存在就可啟動轉(zhuǎn)錄. 上游控制元件(upstream congtrol element,UCE): -156-107bp,提高轉(zhuǎn)錄其
24、始效率.rRNA前體基因的TF上游結(jié)合因子1(upstream binding factor1, UBF1): 即能結(jié)合UCE,又能結(jié)合核心元件選擇性因子1(selectivity factor1, SF1): 在UBF1后與兩個元件結(jié)合,可能與蛋白間的相互作用有關(guān)。第67頁/共79頁68RNA pol轉(zhuǎn)錄體系的調(diào)節(jié)RNApol 催化轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物:tRNA、5srRNA等。啟動子:位于轉(zhuǎn)錄起始點下游,即轉(zhuǎn)錄區(qū)內(nèi),稱為內(nèi)部控制區(qū)(internal control regions, ICR)TF:TFC:幫助TFB結(jié)合的輔助因子 TFB:轉(zhuǎn)錄必需的轉(zhuǎn)錄因子 TFC首先結(jié)合A盒和B盒 TFB 通過和TF
25、 C相互作用結(jié)合A盒上游 RNApol結(jié)合到轉(zhuǎn)錄其始點附近,開始轉(zhuǎn)錄 TFC脫落tRNA的ICR有:A盒(TGGCNNAGTGG) B盒(GGTTCGANNCC)第68頁/共79頁695srRNA轉(zhuǎn)錄起始需三種TF TFA:首先和ICR結(jié)合 輔助TFB的結(jié)合作用 TFC:同tRNA的轉(zhuǎn)錄 TFB:同tRNA的轉(zhuǎn)錄,是必需的轉(zhuǎn)錄因子 在RNApol的定位方面起重要的作用。第69頁/共79頁701. hnRNA 的加工2. mRNA 運輸和降解. 在整個運輸?shù)倪^程中都是與蛋白質(zhì)結(jié)合形成核糖體復(fù)合物進行的。lmRNA的壽命lsiRNA介導(dǎo)的轉(zhuǎn)錄后基因沉默第70頁/共79頁71鐵轉(zhuǎn)運蛋白受體mRNA的壽命 IRE鐵轉(zhuǎn)運蛋白受體mRNA的結(jié)構(gòu) 鐵與IRE-BP結(jié)合鐵轉(zhuǎn)運蛋白受體IRE-BPIRE-BP與IRE結(jié)合鐵轉(zhuǎn)運蛋白受體第71頁/共79頁72Gene silencing by RNA interference第72頁/共79頁73翻譯水平的調(diào)節(jié)1. IF-2a的磷酸化抑制蛋白合成的起始 IF-2a的磷酸化由特異
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