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中國(guó)水稻品種及其系譜、指紋數(shù)據(jù)庫(kù)鄂志國(guó)中國(guó)水稻研究所科技信息中心
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2)基本收集齊國(guó)內(nèi)審定品種、大面積推廣品種、農(nóng)家品種,等等,除品種外,還收錄有不育系等材料3)是國(guó)內(nèi)唯一帶有系譜追溯功能的水稻種質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù),也是國(guó)內(nèi)關(guān)于水稻品種最齊全的數(shù)據(jù)庫(kù)4)指紋鑒定(開(kāi)發(fā)中,后文詳細(xì)介紹…)本數(shù)據(jù)庫(kù)平臺(tái)的特色中國(guó)水稻品種及其系譜、指紋數(shù)據(jù)庫(kù)水稻科學(xué)數(shù)據(jù)的共享和利用各種相關(guān)數(shù)據(jù)的無(wú)縫整合是本數(shù)據(jù)庫(kù)平臺(tái)最大特色通過(guò)系譜追溯功能,結(jié)合品種推廣數(shù)據(jù),再編寫(xiě)特定的程序包,我們還能夠:篩選骨干親本,推演主推品種更迭規(guī)律一次性檢索出某個(gè)核心種質(zhì)、不育系或恢復(fù)系所衍生的全部品種或配組組合,以及它們的應(yīng)用面積一次性檢索出某類型不育系(如印水型)所配組的全部組合及其應(yīng)用面積本數(shù)據(jù)庫(kù)平臺(tái)的特色中國(guó)水稻品種及其系譜數(shù)據(jù)庫(kù)(特色功能)水稻科學(xué)數(shù)據(jù)的共享和利用根據(jù)親本的兒子、孫子和曾孫三代的表現(xiàn),統(tǒng)計(jì)親本的應(yīng)用情況:
分別按照后代數(shù)目和后代面積進(jìn)行排序,從而推算骨干親本以50萬(wàn)畝以上為為主推品種種,計(jì)算主主推品種的的淘汰率,,如以某一一年為觀察察起點(diǎn),看看看這年的的主推品種種大概需要要幾年,全全部退出歷歷史舞臺(tái),,等等…蜀恢527衍生品種共共計(jì)326個(gè)本數(shù)據(jù)庫(kù)平平臺(tái)的特色色水稻功能基基因數(shù)據(jù)庫(kù)庫(kù)水稻科學(xué)數(shù)數(shù)據(jù)的共享享和利用將不同文獻(xiàn)獻(xiàn)中的同一一基因匯總總到一起將不同文獻(xiàn)獻(xiàn)中的同一一基因匯總總到一起DTH2電子注釋基因結(jié)構(gòu)圖圖,我們自自主編寫(xiě)的的SVG腳本程序生生成,指紋實(shí)物圖圖,是否也也能通過(guò)程程序自動(dòng)生生成?可以以嘗試,當(dāng)當(dāng)然,也可可以直接截截取原始圖圖片.嘗試對(duì)日本本晴基因組組的全部5萬(wàn)多個(gè)基因因進(jìn)行電子子注釋geneontology(GO)→基因功能,,影響的生生物學(xué)進(jìn)程程traitontology(TO)→基因所影響響的表型plantontology(PO)→基因表達(dá)的的時(shí)空性本數(shù)據(jù)庫(kù)平平臺(tái)的特色色管理基因數(shù)數(shù)據(jù)庫(kù)的ontology系統(tǒng)水稻科學(xué)數(shù)數(shù)據(jù)的共享享和利用自主開(kāi)發(fā)了了ontology系統(tǒng);ontology,實(shí)質(zhì)是對(duì)基基因進(jìn)行分類類和注釋與傳統(tǒng)的關(guān)鍵鍵字或圖書(shū)館館分類不同,,ontology的術(shù)語(yǔ)之間有有關(guān)聯(lián)性,如如“水稻”和和“禾本科植植物”本數(shù)據(jù)庫(kù)平臺(tái)臺(tái)的特色管理基因數(shù)據(jù)據(jù)庫(kù)的ontology系統(tǒng)水稻科學(xué)數(shù)據(jù)據(jù)的共享和利利用本數(shù)據(jù)庫(kù)平臺(tái)臺(tái)的特色Ontology系統(tǒng)管理水稻稻基因數(shù)據(jù)水稻科學(xué)數(shù)據(jù)據(jù)的共享和利利用1)服務(wù)于品種種數(shù)據(jù)庫(kù)和基基因數(shù)據(jù)庫(kù)::文獻(xiàn)中的品種種信息析出并并錄入到品種種數(shù)據(jù)庫(kù);文獻(xiàn)中的基因因相關(guān)信息錄錄入到基因數(shù)數(shù)據(jù)庫(kù);2)累計(jì)收錄中中英文水稻文文獻(xiàn)超過(guò)2.86萬(wàn)份:下一步:做成成內(nèi)網(wǎng)可以直直接下載原文文…下一步:使用用ontology進(jìn)行管理(中國(guó)農(nóng)科院信信息所計(jì)劃有有項(xiàng)目資助)本數(shù)據(jù)庫(kù)平臺(tái)臺(tái)的特色水稻文獻(xiàn)數(shù)據(jù)據(jù)庫(kù)水稻科學(xué)數(shù)據(jù)據(jù)的共享和利利用文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)的的作用:由于于重要數(shù)據(jù)都都列出了數(shù)據(jù)據(jù)來(lái)源,當(dāng)不不同來(lái)源的數(shù)數(shù)據(jù)不一致時(shí)時(shí),用戶可以以自行判斷將NCBI、GRAMENE等數(shù)據(jù)庫(kù)收錄錄的有關(guān)水稻稻的所有生物物學(xué)數(shù)據(jù),全全部融入進(jìn)來(lái)來(lái),并對(duì)其中中的基因和蛋蛋白進(jìn)行GO和TO注釋;目前正在做的的工作水稻科學(xué)數(shù)據(jù)據(jù)的共享和利利用中國(guó)水稻品種及其系譜數(shù)據(jù)庫(kù)中國(guó)水稻品種及其系譜、指紋數(shù)據(jù)庫(kù)特點(diǎn)和工作基基礎(chǔ):(1)指紋跟系譜相相結(jié)合,可以以相互印證;(2)使用WindowsServer2008和SQLServer2005架構(gòu),數(shù)據(jù)庫(kù)庫(kù)的高效、安安全和穩(wěn)定有有保障;(3)我們有自己的的高效服務(wù)器器和足夠的帶帶寬,當(dāng)然,,是否對(duì)外開(kāi)開(kāi)放、如何開(kāi)開(kāi)放,可以自自主控制;本數(shù)據(jù)庫(kù)平臺(tái)臺(tái)的特色中國(guó)水稻品種種及其系譜、、指紋數(shù)據(jù)庫(kù)庫(kù)實(shí)現(xiàn)過(guò)程:(1)服務(wù)器系統(tǒng)::WindowsServer2008+IIS6.0;(2)底層數(shù)據(jù)庫(kù)::SQLServer2005;(3)開(kāi)發(fā)技術(shù):DHTML(HTML+CSS+javascript);ASP.net(運(yùn)行環(huán)境);VB.net(編程語(yǔ)言);SVG+VML(可縮放矢量圖圖形,程序直直接繪圖)本數(shù)據(jù)庫(kù)平臺(tái)臺(tái)的特色中國(guó)水稻品種種及其系譜、、指紋數(shù)據(jù)庫(kù)庫(kù)目前正在做的的工作(1):品種指紋數(shù)數(shù)據(jù)的查詢目前正在做的的工作(2):品種指紋的的比對(duì)(相似度)算法:1個(gè)位點(diǎn)上的兩兩個(gè)等位基因因分別比對(duì)(1)在查詢和比對(duì)對(duì)的結(jié)果顯示示界面,增加加指紋圖譜的的圖形顯示,,以在需要時(shí)時(shí)能方便了解解實(shí)驗(yàn)的真實(shí)實(shí)情況;(2)批量比對(duì),用用戶通過(guò)提交交保存有待比比對(duì)品種指紋紋的excel表格,跟數(shù)據(jù)據(jù)庫(kù)已有指紋紋進(jìn)行批量比比對(duì);(3)全數(shù)據(jù)庫(kù)指紋紋相似度比對(duì)對(duì),按照相似似度由高到低低排序,從而而推測(cè)所有已已測(cè)定品種間間親緣關(guān)系…本數(shù)據(jù)庫(kù)平臺(tái)臺(tái)的特色中國(guó)水稻品種種及其系譜、、指紋數(shù)據(jù)庫(kù)庫(kù)(待優(yōu)化功能)其它需要優(yōu)化化的功能?本數(shù)據(jù)庫(kù)平臺(tái)臺(tái)的特色中國(guó)水稻品種種及其系譜、、指紋數(shù)據(jù)庫(kù)庫(kù)(待優(yōu)化功能)謝謝!謝謝觀看/歡迎
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