現(xiàn)代生物學(xué)實(shí)驗(yàn)技術(shù)

生物信息與數(shù)據(jù)處理本課件在安裝微軟雅黑字體后有最好效果【詳細(xì)說(shuō)明見(jiàn)jiaoan.htm】機(jī)房注意事項(xiàng)不得做課堂以外的事情，一經(jīng)發(fā)現(xiàn)，立刻驅(qū)逐并記錄通報(bào)。嚴(yán)禁隨意設(shè)置、升級(jí)系統(tǒng)。將自己產(chǎn)生的垃圾帶走；愛(ài)護(hù)機(jī)房設(shè)備。有問(wèn)題通報(bào)老師。部分鼠標(biāo)不好使，下面墊張白紙就可以了。注意腳不要踢到下面的線。仔細(xì)閱讀教案，提問(wèn)前先在本教案上找答案。2電腦操作相關(guān)事項(xiàng)登錄開(kāi)機(jī)自動(dòng)進(jìn)入U(xiǎn)buntu系統(tǒng)（Linux的一個(gè)版本）后，輸入用戶名"owner"和密碼"buxudong!"登錄。復(fù)制教案(可選)點(diǎn)擊菜單欄上的“Places/HomeFolder”打開(kāi)文件查看器（;相當(dāng)于Windows的資源管理器），如果沒(méi)有看到j(luò)iaoan.ppt（或jiaoan.htm)文件，按照下列步驟復(fù)制。3本課目錄生物數(shù)據(jù)查詢分子進(jìn)化與系統(tǒng)分析5一、生物數(shù)據(jù)查詢6網(wǎng)上查資料Google(“谷歌”)

7查中文生物文獻(xiàn)9查英文生物文獻(xiàn)PubMed()可編程10關(guān)鍵詞的選擇不是特殊情況，盡量使用名詞原形，不使用復(fù)數(shù)、所有格等盡量使用專業(yè)用語(yǔ)，不使用the,of,and,research等常用詞作為關(guān)鍵詞為了減少遺漏，使用盡可能少而精的關(guān)鍵詞11PubMed查詢結(jié)果(2)–綜述文章保存搜索結(jié)果查看該文摘要13增加搜索選項(xiàng)14精確使用PubMed查找（高級(jí)搜索）標(biāo)簽(tag)字段(field)關(guān)鍵詞(keyword)操作符(operator)檢索條件(searchterms)15查找?guī)椭?2)17NCBI美國(guó)國(guó)家生物技術(shù)信息中心(NationalCenterforBiotechnologyInformation)前身是NIH所屬的一個(gè)研究所的計(jì)算生物學(xué)研究室,1988年獨(dú)立為NCBI,形式上屬于國(guó)家醫(yī)學(xué)圖書館(NationalLibraryofMedicine/NLM)管理著許多著名數(shù)據(jù)庫(kù),如GenBank、Medline、dbSNP、COG、OMIM等提供Entrez、BLAST等服務(wù)

18國(guó)際核苷酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)聯(lián)盟InternationalNucleotideSequenceDatabaseCollaboration(INSDC)包括GenBank [美]EMBL [歐]DDBJ [日]每天這三個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)作數(shù)據(jù)同步操作在任何一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)操作(查找、投遞數(shù)據(jù)等)是等效的19GenBank結(jié)構(gòu)GenBank包括三個(gè)子數(shù)據(jù)庫(kù)CoreNucleotidedbESTdbGSS其中CoreNucleotide還分為更小的BLAST數(shù)據(jù)庫(kù)nrhtgswgsenv_nt21GenBank查詢(1)已知收錄號(hào)(accessionnumber)的情況選數(shù)據(jù)庫(kù)輸入收錄號(hào)查詢結(jié)果摘要點(diǎn)擊查看詳細(xì)結(jié)果不知收錄號(hào)時(shí)，如要搜索人體中的解旋酶，可以在下拉框中選擇“Nucleotide”后，輸入“helicaseANDhuman[orgn]”（不要輸入引號(hào)）22作業(yè)【作業(yè)一般性的要求參見(jiàn)附錄一，本作業(yè)具體的要求見(jiàn)下?！款}目用PubMed搜索你感興趣的課題相關(guān)的序列或

綜述文獻(xiàn)(review)。要求將搜到的文獻(xiàn)/序列的基本信息（文獻(xiàn)包括標(biāo)題、雜志名、卷、期、頁(yè)碼、時(shí)間、作者，注意不要摘要；序列只要簡(jiǎn)單注釋）上交。文獻(xiàn)總篇數(shù)/序列總條數(shù)限制在20以內(nèi)。如果超過(guò)20不列出超出的部分，只列出實(shí)際的總數(shù)。在步驟中說(shuō)明你選擇關(guān)鍵詞和限制條件的理由。23FASTA序列格式也叫Pearson格式簡(jiǎn)單使用最多例子(單序列)>NameofthesequencectgcgagNcgcgcgatgatagMMM-NNNnnnnatgancgcggcgagcatgtagcatgctagctgtcgcgagcactUUUURRRrrrrrrrcggccgagatcaggcgatgcatgcgcagggagcagcgagcgacgagcacagcatgctagctagatgcatgctaVvvvcgtaggcagccgcc“-”表示間隔25多序列FASTA>sequence1,E.colictgcgagNcgcgcgatgatagMMM-NNNngnnatgancgcggcgagcatgtagcatgctagctgtcgcgagcactUgaURRRrrrtrrrcggccgagatcaggcgatgcatgcgcagggagcagcgagcgacgagcacagcatgctagctagatgcatgctaVagvcgtaggcagccgcc>sequence2,B.subtilisctgcgagNcgcgcgatgatagctgactNntnatganncgcggcgagcatgtagcatgctagctgtcgcgagcactUctURRRrrrcrrrcggccgagatcaggcgatgcatgcgcagggagcagcgagcgacgagcacagcatgctagctagatgcatgctaVcgvcgtaggcagccgcc>sequence3,B.nattoctgcgagNcgcgcgatgatagMcgatcccnatgannncgcggcgagcatgtagcatgctagctgtcgcgagcactUggURRRrrrggrrcggccgagatcaggcgatgcatgcgcagggagcagcgagcgacgagcacagcatgctagctagatgcatgctaVaavcgtaggcagccgcc26如何用PubMed找蛋白(BLAST第一步)選Protein輸入關(guān)鍵詞選一個(gè)蛋白29blastp(1)–BLAST主頁(yè)點(diǎn)此進(jìn)入blastp起始頁(yè)30blastp(2)–blastp起始頁(yè)在這里輸入要搜索的蛋白質(zhì)的收錄號(hào)(accessionnumber)或序列點(diǎn)此開(kāi)始搜索如果要限制搜索的物種（如水稻），可在"Organism"處輸入"Oryzasativa"（水稻的拉丁名）31點(diǎn)此看結(jié)果blastp(3)–提交后頁(yè)面32blastp(4)–結(jié)果頁(yè)(1.基本信息)33blastp(5)–結(jié)果頁(yè)(2.比對(duì)圖)34blastp(6)–結(jié)果頁(yè)(3.高分序列)35blastp

(7)–結(jié)果頁(yè)(4.高分序列詳細(xì)結(jié)果)consensus36比對(duì)(MEGA)37比對(duì)38比對(duì)39建樹(shù)(MEGA)關(guān)閉比對(duì)窗口后自動(dòng)彈出對(duì)話框40建樹(shù)41作業(yè)【作業(yè)一般性的要求參見(jiàn)附錄一，本作業(yè)具體的要求見(jiàn)下?！克阉髂闼信d趣的蛋白及其同源物的序列（序列不超過(guò)20條），分析這些序列之間的進(jìn)化關(guān)系，建立系統(tǒng)樹(shù)。將樹(shù)輸出為（；相當(dāng)于另存為）Newick格式，將輸出的nwk文件的內(nèi)容（例子見(jiàn)下）復(fù)制在作業(yè)正文內(nèi)（不要貼圖）。并對(duì)結(jié)果進(jìn)行解釋。

【Newick樹(shù)例子】((gi|42673|emb|CAA23618.1|_recA_gene_pr...,gi|86449963|gb|ABC96175.1|_RecA_prote...)0.18,(gi|37362719|gb|AAQ91336.1|_RecA_Esche...,gi|86449965|gb|ABC96176.1|_RecA_prote...)0.21,gi|86449967|gb|ABC96177.1|_RecA_prote...);42附錄一作業(yè)一般性的要求請(qǐng)嚴(yán)格按照要求（包括一般性和具體要求）做作業(yè)，這些要求將作為打分的重要依據(jù)。任選以上作業(yè)之一上交。作業(yè)要包括詳細(xì)完成步驟，其中的所有引用或用到的網(wǎng)頁(yè)/文獻(xiàn)請(qǐng)注明網(wǎng)址或出處。作業(yè)請(qǐng)?jiān)诘?周（4月19日）之前在上交。43附錄二常見(jiàn)問(wèn)題集什么是文件的擴(kuò)展名？怎樣才能看到擴(kuò)展名？擴(kuò)展名是文件名末尾點(diǎn)號(hào)(.)后面的部分，如文件"實(shí)驗(yàn)報(bào)告.doc"的擴(kuò)展名是doc。缺省情況下，WindowsXP會(huì)（Linux一般不會(huì)）隱藏已知的文件擴(kuò)展名。要想看到擴(kuò)展名，打開(kāi)資源管理器，點(diǎn)擊菜單項(xiàng)"工具/文件夾選項(xiàng)"，選擇"查看"標(biāo)簽，去掉"隱藏已知文件類型的擴(kuò)展名"復(fù)選框即可。什么是純文本文件？什么是二進(jìn)制文件？純文本文件一般也叫文本文件。一個(gè)簡(jiǎn)單的判斷文本文件的方法：用記事本（Windows下）或gedit（Linux下）打開(kāi)這個(gè)文件，能夠閱讀的為純文本文件，不能閱讀的為二進(jìn)制文件。另一個(gè)方法，由擴(kuò)展名判斷。常見(jiàn)的純文本文件有：文本文件(txt)、網(wǎng)頁(yè)文件(htm,html)等；常見(jiàn)的二