高通量測(cè)序與腫瘤課題思路演示文稿當(dāng)前1頁(yè)，總共32頁(yè)。（優(yōu)選）高通量測(cè)序與腫瘤課題思路當(dāng)前2頁(yè)，總共32頁(yè)?；蛲蛔兒瓦^高或過低基因表達(dá)是大多數(shù)慢性疾病發(fā)生的分子基礎(chǔ)

基因突變(DNA):基因表達(dá)的改變(RNA):遺傳生殖細(xì)胞突變:突變的蛋白和正常蛋白表達(dá)的改變.單個(gè)和多個(gè)基因突變體細(xì)胞突變:突變蛋白和正常蛋白表達(dá)的改變遺傳單核苷酸多態(tài)性(SNP)感染生活方式環(huán)境等當(dāng)前3頁(yè)，總共32頁(yè)。分子箱（molecularbins）的概念

每一個(gè)癌癥都有獨(dú)特的分子異常改變。根據(jù)分子異常改變制定相應(yīng)的治療方案，每個(gè)患者對(duì)治療的療效也會(huì)不同。如何確定molecularbins？通過基因測(cè)序可確定分子異常改變、突變、突變譜、表觀遺傳異常、表達(dá)譜、甲基化譜等。

摘自吳一龍點(diǎn)評(píng)ASCO2013肺癌-分子靶向篇

當(dāng)前4頁(yè)，總共32頁(yè)。流程圖細(xì)胞/腫瘤黑盒個(gè)體基因的百科全書DNA測(cè)序需要特定的專業(yè)知識(shí)/技能團(tuán)隊(duì)才能去理解句子,段落,章節(jié),整本基因書?PointmutationsTruncationsInsertionFusionCancerGeneticdiseases當(dāng)前5頁(yè)，總共32頁(yè)。ChenSYConfidential,保密突變X

生物/病理學(xué)的后果？

治療靶標(biāo)？多學(xué)科專家組成的醫(yī)學(xué)基因信息分析團(tuán)隊(duì):遺傳學(xué)家,腫瘤學(xué)家,免疫學(xué)家,醫(yī)生,生物信息學(xué)專家當(dāng)前6頁(yè)，總共32頁(yè)。7提綱腫瘤個(gè)體化診療背景測(cè)序技術(shù)的革命性發(fā)展新一代測(cè)序技術(shù)的臨床應(yīng)用檢測(cè)流程當(dāng)前7頁(yè)，總共32頁(yè)。腫瘤個(gè)體化配藥

腫瘤個(gè)體化配藥：

對(duì)于每一腫瘤藥物只有10—30%的患者能夠響應(yīng)治療。但目前醫(yī)生用藥前無法預(yù)知哪位患者能夠響應(yīng)某一藥物治療。這一情況造成巨大浪費(fèi)并耽誤對(duì)患者治療。2010年腫瘤藥物市場(chǎng)600億美元，由于事先不知患者是否對(duì)藥物響應(yīng)，近450億美元的藥物沒有起到作用。協(xié)同開發(fā)個(gè)體腫瘤基因靶標(biāo)預(yù)測(cè)及FDA藥物個(gè)體化匹配，建立個(gè)體腫瘤基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù)找到藥物敏感的標(biāo)簽基因至關(guān)重要。

目前：FDA批130多種腫瘤藥物對(duì)應(yīng)80多種基因靶標(biāo)，有的基因靶標(biāo)并無對(duì)應(yīng)的藥物，利用基因靶標(biāo)的標(biāo)簽基因表達(dá)譜掃描FDA非腫瘤藥物作用于腫瘤細(xì)胞的基因表達(dá)關(guān)聯(lián)譜數(shù)據(jù)庫(kù)來尋找匹配藥物—“藥物新用”給FDA非腫瘤藥物找到抗癌用途。已有成功報(bào)道。當(dāng)前8頁(yè)，總共32頁(yè)。腫瘤診療的進(jìn)展和未來的趨勢(shì)從單個(gè)基因檢測(cè)到多基因檢測(cè)，確立腫瘤基因型，減少對(duì)病種（組織學(xué)層次）的依賴按照突變基因組合（pattern）對(duì)腫瘤分型，選擇適用靶向藥物/藥物組合。檢測(cè)原癌基因、抑癌基因、DNA錯(cuò)配修復(fù)基因的基因型為目前的基因檢測(cè)組合。未來：更多的基因突變+基因mRNA表達(dá)水平+甲基化+microRNA水平+蛋白水平+…的綜合分型？off-label用藥從單基因突變型/野生型到按突變pattern用藥：突變?cè)跊]有FDA批下來的適用癥中出現(xiàn)，藥物有效，稱為off-label用藥，如貝伐單抗。單一用藥到復(fù)合用藥：腫瘤治療的組合用藥多基因檢測(cè)，綜合性分析當(dāng)前9頁(yè)，總共32頁(yè)。10癌癥的發(fā)生是個(gè)漫長(zhǎng)的過程，潛伏期長(zhǎng)達(dá)5-20年癌細(xì)胞數(shù)量1031061091010-111012當(dāng)前10頁(yè)，總共32頁(yè)。11形態(tài)學(xué)免疫分型

免疫球蛋白電泳免疫組化基因定性、定量基因突變檢測(cè)MSIWHO規(guī)范化腫瘤綜合檢測(cè)-MICM分類標(biāo)準(zhǔn)免疫學(xué)細(xì)胞遺傳學(xué)分子生物學(xué)常規(guī)病理

血細(xì)胞涂片核型分析

熒光原位雜交MICM癌癥診斷的分子化侵襲性生長(zhǎng)與轉(zhuǎn)移宏觀惡性增殖與無控生長(zhǎng)細(xì)胞遺傳學(xué)表型的改變分子當(dāng)前11頁(yè)，總共32頁(yè)。2023/3/1021世紀(jì)腫瘤治療的策略的轉(zhuǎn)變轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)（分子診斷技術(shù)）?2004年ASCO會(huì)議預(yù)測(cè)：5-10年后進(jìn)入“個(gè)體化療”時(shí)代?2009年ASCO會(huì)議倡議：吹響腫瘤個(gè)體化醫(yī)療的號(hào)角?2011年ASCO會(huì)議：腫瘤“個(gè)體化醫(yī)療”進(jìn)入快車道局部治療時(shí)代化療時(shí)代個(gè)體化治療時(shí)代第一代第二代第三代“尋找與破壞”（Seek&Destroy）“靶向與控制”（Target&Control）?2004年ASCO會(huì)議預(yù)測(cè)：5-10年后進(jìn)入“個(gè)體化療”時(shí)代?2009年ASCO會(huì)議倡議：吹響腫瘤個(gè)體化醫(yī)療的號(hào)角?2011年ASCO會(huì)議：腫瘤“個(gè)體化醫(yī)療”進(jìn)入快車道Pro.Eschenbach（NCI）當(dāng)前12頁(yè)，總共32頁(yè)。免疫治療治療不再是僅由腫瘤位置所決定，更多的是由病人和腫瘤的基因?qū)W決定?！狝SCO主席SandraSwain我們?cè)谀[瘤和免疫細(xì)胞的重要靶標(biāo)上越來越有更好的目標(biāo)?！狝SCO癌癥交流委員會(huì)主席BruceRoth當(dāng)前13頁(yè)，總共32頁(yè)。肺腺癌的驅(qū)動(dòng)基因ModifiedfromKrisM,etal.IASLC2012TargetedTherapiesConference.KRASEGFR未知60%KRAS未知75%200419992005-2013未知25%KRASEGFRRETROS1MEKHER2METBRAFPIK3CAALKNRASNTRK1當(dāng)前14頁(yè)，總共32頁(yè)。15Cancers,likeindividuals,aredistinct…evenatthemolecularlevel藥物基因組學(xué)催生分子靶向藥物細(xì)胞信號(hào)傳導(dǎo)通路原癌基因和抑癌基因細(xì)胞因子及受體抗腫瘤血管形成自殺基因當(dāng)前15頁(yè)，總共32頁(yè)。通過驅(qū)動(dòng)基因選擇靶向治療可以延長(zhǎng)患者OS14家LCMC成員單位入組1102例轉(zhuǎn)移性肺腺癌患者檢測(cè)KRAS,EGFR,HER2,BRAF,PIK3CA,AKT1,MEK1，NRAS

突變，ALK

重排和

MET擴(kuò)增1007例至少一個(gè)基因檢測(cè)的患者中，622例（62%）檢測(cè)到至少一個(gè)驅(qū)動(dòng)基因狀態(tài)的改變；733例行全部10個(gè)基因檢測(cè)的患者中，465例（63%）檢測(cè)到至少一個(gè)基因狀態(tài)改變JohnsonBE,etal.2013ASCOAbstract8019.LCMCIncidenceofMutationDetected當(dāng)前16頁(yè)，總共32頁(yè)。通過驅(qū)動(dòng)基因選擇靶向治療可以延長(zhǎng)患者OS279例(28%)伴驅(qū)動(dòng)基因突變患者的數(shù)據(jù)用于選擇靶向治療或入組靶向研究在有后續(xù)臨床隨訪信息的938例患者中，總生存分析如下：中位生存時(shí)間(年)伴驅(qū)動(dòng)突變沒有接受靶向治療的患者(n=313)伴某種驅(qū)動(dòng)突變接受靶向治療的患者(n=264)不伴驅(qū)動(dòng)突變的患者(n=361)P<0.0001結(jié)論：伴有已確定驅(qū)動(dòng)突變的患者中，接受靶向治療者的生存時(shí)間較未接受靶向治療者明顯延長(zhǎng)多重基因組檢測(cè)有助于臨床醫(yī)生選擇適當(dāng)?shù)幕颊哌M(jìn)行靶向治療和入組靶向治療臨床研究JohnsonBE,etal.2013ASCOAbstract8019.當(dāng)前17頁(yè)，總共32頁(yè)。NSCLC驅(qū)動(dòng)基因突變譜：歐美人群迄今晚期NSCLC患者中開展的規(guī)模最大的生物標(biāo)志物研究BarlesiF,etal.2013ASCOAbstract8000;GiacconeG,etal.2013ASCOAbstract7513.首個(gè)評(píng)估生物標(biāo)志物配對(duì)治療療效的前瞻性臨床研究當(dāng)前18頁(yè)，總共32頁(yè)。NSCLC腺癌基因突變譜：亞洲研究EGFR依然是亞裔腺癌最常見的驅(qū)動(dòng)基因KohY,etal.2013ASCOAbstract7572.WuYL,etal.2011.370例中國(guó)肺腺癌201例日本肺腺癌當(dāng)前19頁(yè)，總共32頁(yè)。2023/3/10驅(qū)動(dòng)基因指導(dǎo)下的NSCLC

臨床研究不斷深入當(dāng)前20頁(yè)，總共32頁(yè)。Crizotinib治療ROS1重排的晚期NSCLC33例ROS1陽(yáng)性NSCLC患者入組，31例接受crizotinib治療，在25例療效可評(píng)價(jià)患者中:

ORR為56%，8周和16周DCR為76%和60%。

中位PFS尚未達(dá)到，因?yàn)?0%的患者仍在隨訪中，6個(gè)月PFS率為71%。主要毒副作用是視覺障礙、惡心及腹瀉。結(jié)論：

雖然該研究仍在繼續(xù)，但足以說明crizotinib治療ROS1陽(yáng)性NSCLC有效。Sai-HongIgnatiusOu,etal.2013ASCOAbstract8032當(dāng)前21頁(yè)，總共32頁(yè)。22基因多態(tài)性對(duì)藥物作用的影響藥代動(dòng)力學(xué)藥效動(dòng)力學(xué)藥物療效和毒性的個(gè)體差異基因多態(tài)性藥物靶點(diǎn)藥物轉(zhuǎn)運(yùn)體藥物代謝酶由于個(gè)體差異的存在。。。。僅有20%~40%的患者從已批準(zhǔn)的藥物中獲益；70%~80%的藥物在臨床試驗(yàn)中被淘汰；許多已被批準(zhǔn)藥物由于毒副作用而退出市場(chǎng)。GT突變野生型突變型基因多態(tài)性（SNP）在人群中普遍存在；人類基因組平均每1200bp就有一個(gè)SNP。當(dāng)前22頁(yè)，總共32頁(yè)。不同患者相同癌癥相同臨床分期相同病理分級(jí)影響因素相同的藥物相同的計(jì)量患者對(duì)藥物反應(yīng)正?；颊邔?duì)藥物不敏感用藥后產(chǎn)生毒副作用癌癥藥物治療個(gè)體化當(dāng)前23頁(yè)，總共32頁(yè)。革命性的測(cè)序技術(shù)發(fā)展SangerSequencing1977Next-GenerationSequencing2004IonSemiconductorSequencing2010TheChipistheMachine第一代測(cè)序新一代測(cè)序半導(dǎo)體芯片測(cè)序當(dāng)前24頁(yè)，總共32頁(yè)。第一代測(cè)序的局限性操作繁瑣，測(cè)序時(shí)間長(zhǎng)一次只能對(duì)單個(gè)基因的一個(gè)片段進(jìn)行測(cè)序樣本需求量大（微克級(jí)）背景噪音難克服，難以確認(rèn)低頻突變樣本中腫瘤含量要求高價(jià)格昂貴當(dāng)前25頁(yè)，總共32頁(yè)。新一代測(cè)序技術(shù)

（next—generationsequencing）Roche454，GenomeSequencerFLXABI(Life)SOLiD4SystemIllumina/SolexaHiseq2000第二代測(cè)序技術(shù)—高通量當(dāng)前26頁(yè)，總共32頁(yè)。27高通量測(cè)序加速腫瘤個(gè)體化用藥進(jìn)程一次能對(duì)多個(gè)基因多個(gè)片段進(jìn)行測(cè)序操作自動(dòng)化，測(cè)序時(shí)間短樣本需求量?。{克級(jí)）樣本中腫瘤含量需求少可以確認(rèn)低頻突變(<~5%)價(jià)格低廉當(dāng)前27頁(yè)，總共32頁(yè)。28半導(dǎo)體芯片測(cè)序技術(shù)的優(yōu)點(diǎn)簡(jiǎn)捷光學(xué)－電子信號(hào)快速２個(gè)小時(shí)完成測(cè)序可擴(kuò)展性革命性的突破當(dāng)前28頁(yè)，總共32頁(yè)。樣本采集血/組織/FFPE…提取DNA