腫瘤二代測序分子檢測：規(guī)范與展望目錄Part1：NGS為腫瘤個體化治療提供更多選擇Part2：NGS腫瘤臨床檢測流程與產(chǎn)品介紹Part3：NGS腫瘤檢測臨床應(yīng)用展望Part4：企業(yè)介紹

NGS為腫瘤個體化治療提供更多選擇.NGS為腫瘤個體化治療提供更多選擇——精準(zhǔn)醫(yī)療時代下的NSCLC治療：多靶點(diǎn)多藥物基因列表亞洲肺腺癌患者突變頻率靶向藥物（FDA/CFDA批準(zhǔn)）臨床意義EGFR40%吉非替尼/厄洛替尼/?？颂婺?阿法替尼/AZD9291/CO1868同時檢測敏感位點(diǎn)與耐藥位點(diǎn)，綜合提示臨床用藥

HER22%阿法替尼MET3%克唑替尼KRAS6%曲美替尼/司美替尼基因突變信息提示EGFRTKIs藥物不敏感;基因突變信息提示患者具有更差的預(yù)后

PIK3CA3%替西莫司BRAF2%維羅非尼基因突變導(dǎo)致EGFRTKIs藥物不敏感

ALK8%克唑替尼/色瑞替尼/艾樂替尼同時檢測融合突變與耐藥位點(diǎn)，綜合提示臨床用藥ROS13%克唑替尼基因融合突變提示臨床用藥RET2%卡博替尼/凡德他尼/舒尼替尼nFDA/CFDA批準(zhǔn)用于肺癌；nFDA/CFDA批準(zhǔn)用于其它癌種；n肺癌臨床試驗(yàn)中;

nPMDA批準(zhǔn)用于肺癌.NGS為腫瘤個體化治療提供更多選擇——現(xiàn)有腫瘤分子病理檢測方法的挑戰(zhàn)一個患者，多種biomarker的結(jié)果需要同時給出多種檢測技術(shù)AMRS-PCR/IHC/FISH/RT-PCR….需要配備多種檢測流程、設(shè)備、空間、人員培訓(xùn)需要多種驗(yàn)證(validation)、試劑盒和QC樣本有限報告周期越來越多的標(biāo)志物的發(fā)現(xiàn)，實(shí)驗(yàn)平臺的可擴(kuò)展性.NGS為腫瘤個體化治療提供更多選擇——下一代測序（NGS）的機(jī)遇同時檢測多種biomarker一套檢測流程，檢測多種變異類型（SNP,

indel,CNV,

fusion)科研和臨床多次證明技術(shù)準(zhǔn)確臨床應(yīng)用從外顯子到多基因多位點(diǎn)檢測NCCN指南推薦的技術(shù)二代測序檢測EGFR，ALK基因突變.NGS為腫瘤個體化治療提供更多選擇——NGS已成為NCCN指南推薦技術(shù)公司富集技術(shù)富集方法DNA起始量Life

TechnologiesAmpliseqPCR-based

amplification10ng

DNA

per

primer

poolWell-suited

for

low

quantity

and

quality

DNA

samples

like

FFPE

samples多用于已知位點(diǎn)檢測Agilent

TechnologiesSureSelectHybridization

and

capture

using

cRNA-baits200ng-3ug

DNA

input多用于幾百個基因的全外顯子檢測.NGS為腫瘤個體化治療提供更多選擇——不同NGS實(shí)驗(yàn)方法的比較公司測序儀測序技術(shù)備注Illumina

IncMiSeqNextSeqHiSeq邊合成邊測序(reversible

terminator-based)光學(xué)測序Clonal

amplification

of

template

by

bridge

amplification

on

the

surface

of

glass

flow

cellPaired-end

sequencing

ensures

high

confidence

of

mutation

detectionCapability：targeted

sequencing,

whole

exome,

transcriptome

and

whole

genomeLife

TechnologiesPGMIon

ProtonS5邊合成邊測序(semiconductor-based)半導(dǎo)體測序Clonal

amplification

on

microscopic

beadsHigh

false

positive

rates

at

homopolymer

areasCapability：targeted

sequencing,

whole

exome

and

transcriptome——不同的NGS測序平臺的比較.NGS為腫瘤個體化治療提供更多選擇Hybrid

Capture+Illumina(Nextseq500)Ampliseq+Life

technology(DA8600)通量(19G)（單次幾十-成百樣本）(10G)（幾個-幾十個樣本）樣本起始量中(200ng)5-10張F(tuán)FPE白片（手術(shù)）20張F(tuán)FPE白片（穿刺）低(10ng)2-3張F(tuán)FPE白片（手術(shù)）10張F(tuán)FPE白片(穿刺）報告時間10天5天檢測基因變異類型點(diǎn)突變(SNV)、插入缺失(Indel)、融合(Fusion)、擴(kuò)增(CNV)點(diǎn)突變(SNV)、插入缺失(Indel)、融合(Fusion)、擴(kuò)增(CNV)解決方案實(shí)驗(yàn)與信息分析自動化程度低，需花費(fèi)較多人力實(shí)現(xiàn)完整臨床報告解讀，獲取信息多集成了樣本處理、數(shù)據(jù)分析到報告解讀的整體自動化方案，可移植性高應(yīng)用范圍適合于大型獨(dú)立醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)所適合于醫(yī)院實(shí)驗(yàn)室.NGS為腫瘤個體化治療提供更多選擇——不同的NGS測序組合的比較Medical1XNextSeq5005XIonProtonScience10XHiSeqX10XHiSeq2000/25004XMiseq1XHiSeq4000.NGS為腫瘤個體化治療提供更多選擇——諾禾致源平臺展示

NGS腫瘤臨床檢測流程與產(chǎn)品介紹.

NGS臨床檢測流程與產(chǎn)品介紹NGS類產(chǎn)品需要具體要求產(chǎn)品設(shè)計(jì)(Product

design)應(yīng)根據(jù)癌種、分期、臨床治療需求設(shè)計(jì)檢測基因產(chǎn)品研發(fā)（Product

development）在產(chǎn)品研發(fā)階段，應(yīng)對實(shí)驗(yàn)和信息分析流程的可靠性進(jìn)行系統(tǒng)評估質(zhì)量控制(Quality

control)在臨床應(yīng)用時，應(yīng)對每一份樣本進(jìn)行HE染色，評估腫瘤細(xì)胞比例；測序過程質(zhì)控，包括測序數(shù)據(jù)質(zhì)控，成對樣本（癌組織和對照）檢測和臨床有意義位點(diǎn)多平臺驗(yàn)證基因解讀(Variant

interpretation)應(yīng)具備良好質(zhì)控的數(shù)據(jù)庫，并配合人工解讀完成基因及變異解讀報告時間（Turn-around

time）應(yīng)在臨床可接受的范圍內(nèi)完成.

NGS臨床檢測流程與產(chǎn)品介紹—產(chǎn)品設(shè)計(jì)（Product

design）——以483產(chǎn)品為例483個基因全部歸類到11類信號通路選擇483個基因全部7146個外顯子和19個基因常發(fā)生重排的部分內(nèi)含子——實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證(validation)流程Validation

目標(biāo)數(shù)據(jù)質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)細(xì)胞系模擬突變豐度驗(yàn)證及優(yōu)化流程標(biāo)準(zhǔn)品or

真實(shí)樣本驗(yàn)證臨床樣本驗(yàn)證閾值臨床樣本驗(yàn)證.

NGS臨床檢測流程與產(chǎn)品介紹—產(chǎn)品開發(fā)（Product

development）.

NGS臨床檢測流程與產(chǎn)品介紹—檢測流程（Workflow）樣本收取樣本處理H&E染色文庫制備文庫庫檢上機(jī)測序數(shù)據(jù)質(zhì)控信息分析目的發(fā)現(xiàn)與腫瘤相關(guān)的更多的hotspot突變提高h(yuǎn)otspot突變檢出率fromthermofisherpublisheddata.

NGS臨床檢測流程與產(chǎn)品介紹—檢測流程（Workflow）——病理染色與診斷.

NGS臨床檢測流程與產(chǎn)品介紹—基因解讀（Variant

interpretation）MutationDriver

mutationPassenger

mutationMini

driver

LossoffunctionGainoffunctionUnknownEtc.N-of-one.incOncomineTMNovoDatabaseLiterature

researchDrug

related

information:Sensitive/ResistanceClinical

informationPathway

analysisBiomarker

summaryBiology

relevanceClinical

relevanceClinical

evidenceRelevant

therapiesClinical

trailsReport一份充分完整的NGS檢測報告應(yīng)包括1.突變基因名稱及變異2.突變對蛋白功能，信號通路的影響3.臨床意義：靶向藥物，臨床實(shí)驗(yàn)，信號通路用藥4.基因功能分析5.

基因與腫瘤關(guān)系.

NGS臨床檢測流程與產(chǎn)品介紹—基因解讀（Variant

interpretation）.

NGS臨床檢測流程與產(chǎn)品介紹—基因解讀（Variant

interpretation）.

NGS臨床檢測流程與產(chǎn)品介紹—基因解讀（Variant

interpretation）——Thesolutions:

Key

differentiators變異上下游通路分析變異信號通路聚類分析多變異結(jié)果整合分析中國臨床實(shí)驗(yàn).

NGS臨床檢測流程與產(chǎn)品介紹—基因解讀（Variant

interpretation）Mutation：SNVDriver

mutationGainoffunctionDrug

related

information:Clinical

informationPathway

analysis——單一通路：KRAS

p.Q61L（肺癌）.

NGS臨床檢測流程與產(chǎn)品介紹—基因解讀（Variant

interpretation）——Thesolutions:

Key

differentiators變異上下游通路分析變異信號通路聚類分析多變異結(jié)果整合分析中國臨床實(shí)驗(yàn).

NGS臨床檢測流程與產(chǎn)品介紹—基因解讀（Variant

interpretation）——通路聚類：TP53，WEE1細(xì)胞周期相關(guān)通路TP53,KEAP1,MERTK,NCAM1,PDGFRB,WEE1

mutation2015

ASCO.

NGS臨床檢測流程與產(chǎn)品介紹—基因解讀（Variant

interpretation）——通路聚類：TP53，WEE1.

NGS臨床檢測流程與產(chǎn)品介紹—基因解讀（Variant

interpretation）——Thesolutions:

Key

differentiators變異上下游通路分析變異信號通路聚類分析多變異結(jié)果整合分析中國臨床實(shí)驗(yàn).

NGS臨床檢測流程與產(chǎn)品介紹—基因解讀（Variant

interpretation）雙陽突變:EGFRL858R,T790M(肺癌)患者從確診(2013.6)到檢測(2015.8)，易瑞沙治療，沒有其他輔助治療下一步：Osimertinib樣本類型:cfDNA.

NGS臨床檢測流程與產(chǎn)品介紹—基因解讀（Variant

interpretation）——Thesolutions:

Key

differentiators變異上下游通路分析變異信號通路聚類分析多變異結(jié)果整合分析中國臨床實(shí)驗(yàn).

NGS臨床檢測流程與產(chǎn)品介紹—基因解讀（Variant

interpretation）——中國臨床實(shí)驗(yàn)明確突變類型建立標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行相關(guān)驗(yàn)證結(jié)合數(shù)據(jù)庫進(jìn)行分析腫瘤專家解讀解讀率提升，68%的患者可能從基因變異提示的臨床信息中獲益.

NGS臨床檢測流程與產(chǎn)品介紹—基因解讀（Variant

interpretation）臨床醫(yī)生癌癥患者獲得臨床樣本實(shí)驗(yàn)室樣本質(zhì)控評估標(biāo)準(zhǔn)實(shí)驗(yàn)室提取樣本進(jìn)行測序明確突變類型閾值下位點(diǎn)驗(yàn)證結(jié)合數(shù)據(jù)庫進(jìn)行分析專家解讀生物信息專家、臨床專家、藥廠互動設(shè)立臨床實(shí)驗(yàn)快速啟動機(jī)制臨床研究開啟患者入組完整的流程不應(yīng)超過10天，理想時間為5天.

NGS臨床檢測流程與產(chǎn)品介紹—報告時間（Turn-around

time）常規(guī)檢測陰性，NGS檢測陽性患者信息：女性，68歲，非小細(xì)胞肺癌檢測結(jié)果：RET與KIF5B基因融合推薦藥物：凡德他尼、卡博替尼用藥說明：凡德他尼、卡博替尼已被FDA批準(zhǔn)用于甲狀腺髓樣癌，是多靶點(diǎn)激酶抑制劑（靶點(diǎn)包括RET）。已有臨床試驗(yàn)證明凡德他尼和卡博替尼可以治療存在RET基因融合的肺癌患者。.

NGS臨床檢測流程與產(chǎn)品介紹—案例分析（Case

Study）.

NGS臨床檢測流程與產(chǎn)品介紹—結(jié)論現(xiàn)有各種各樣的NGS

cancer

panel適合多種中晚期/轉(zhuǎn)移癌癥患者尋找個體化治療方法，但NGS技術(shù)下的臨床檢測產(chǎn)品暫無明確統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn)規(guī)范我們一直推動二代測序產(chǎn)品的規(guī)范化檢測和變異結(jié)果的解讀更符合臨床需求自我完善（validation與QC）共同解讀（信息分析工具，數(shù)據(jù)庫，專家解讀團(tuán)隊(duì)及臨床專家）共同參與（檢測公司、臨床實(shí)驗(yàn)室和藥廠）政策規(guī)范

NGS腫瘤檢測臨床應(yīng)用展望臨床需求高通量測序基因檢測CFDA三類醫(yī)療器械監(jiān)管衛(wèi)計(jì)委第三方醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)所監(jiān)管建立新的行業(yè)監(jiān)管模式美國的CAP實(shí)驗(yàn)室監(jiān)管模式基因檢測產(chǎn)品注冊高通量技術(shù)的高速發(fā)展CFDA相關(guān)政策法規(guī)的滯后.

NGS腫瘤檢測臨床應(yīng)用展望DA8600NIPT預(yù)計(jì)在2016年2月獲批用于腫瘤FFPE樣本的分子檢測Nextseq500

NIPT.

NGS腫瘤檢測臨床應(yīng)用展望-儀器認(rèn)證.

產(chǎn)品及合作方式介紹-試劑盒特點(diǎn)1）目標(biāo)區(qū)域擴(kuò)增，能精準(zhǔn)檢測實(shí)體瘤藥物治療需求的基因變異；2）一次檢測完成多種變異類型:突變(SNP)、插入缺失(INDEL)，融合(FUSION)，拷貝數(shù)變異(CNV)3）國際團(tuán)隊(duì)合作設(shè)計(jì)和優(yōu)化試劑盒4）嚴(yán)格的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證(validation)過程5）一種檢測流程，靈活組合6）樣本需求量：10ng

DNA和RNA7）試劑盒的CFDA注冊認(rèn)證8）配套數(shù)據(jù)分析軟件的CFDA注冊認(rèn)證企業(yè)介紹北京諾禾致源生物信息科技有限公司成立：2011年3月15日總部：北京市海淀區(qū)金碼大廈B座17層企業(yè)概況.

企業(yè)概況天津諾禾醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)所成立：2014年4月3日總部：天津市武清區(qū)創(chuàng)業(yè)總部基地B07公司創(chuàng)始人李瑞強(qiáng)哥本哈根大學(xué)生物學(xué)博士，10余年來專注于基因組學(xué)與信息技術(shù)研究，曾任華大基因副總裁、主管生物信息部門，北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院研究員；現(xiàn)為香港大學(xué)計(jì)算機(jī)系榮譽(yù)助理教授?；蚪M學(xué)專家北京市海外高層次人才、中關(guān)村高端領(lǐng)軍人才已發(fā)表科研論文68篇，Science、Nature系列論文26篇.

創(chuàng)始人諾禾致源員工人數(shù)達(dá)到861人，來自國內(nèi)外各大院校，專業(yè)主要為生物學(xué)、醫(yī)學(xué)、計(jì)算機(jī)、數(shù)學(xué)、物理學(xué)等。碩士博士本科其他985高校中科院海外北大清華其他.

團(tuán)隊(duì)組成Medical1XNextSeq5005XIonProtonScience10XHiSeqX10XHiSeq2000/25004XMiseq.

國內(nèi)最全的科研/臨檢測序平臺1XHiSeq4000.內(nèi)存容量：17TB

運(yùn)算能力：73Tflops存儲容量：3.2PB每天可完成200個人類全基因組數(shù)據(jù)分析.

國際領(lǐng)先的大數(shù)據(jù)處理能力NatureGeneticsNatureBiotechnologyNatureCommunicationsScienceGenomeBiologyGenomeResearchCurrentBiologyNatureStructural&MolecularBiologyCancerResearchPlantCellScientificReportsBMCGenomicsPlantMolecularBiologyBMCPlantBiologyBioresource

TechnologyPloSONEPlantBiotechnologyJourna