PubMed神技合輯內(nèi)容綱要一、PubMed及NCBI相關數(shù)據(jù)庫簡介二、PubMed數(shù)據(jù)范圍

三、PubMed主頁的結構四、PubMed檢索方法以及檢索結果的處理五、PubMedCentralPubMed及相關數(shù)據(jù)庫介紹NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation，美國國立生物技術信息中心)NCBI是目前國際上幾個重要分子生物信息網(wǎng)站之一，其成立的原因是為已故的參議院議員ClaudePepper發(fā)現(xiàn)計算信息處理方法對生物醫(yī)學研究的重要性，因此，在1988年11月4日成立NCBI。NCBI是NationalInstitutesofHealth（NIH）底下的NationalLibraryofMedicine（NLM）的部門之一。由于NLM具有建立與維護生物醫(yī)學數(shù)據(jù)庫經(jīng)驗，且因它是NIH的單位，因此可執(zhí)行計算分子生物計劃。NIH目前是全世界最大的生物醫(yī)學研究單位。NCBI成立的主要任務為：提供生物醫(yī)學的分析與計算工具，協(xié)助研究人員了解生物的語言--DNA在健康與疾病中所扮演的角色發(fā)展新技術協(xié)助了解調(diào)控健康與疾病的基本分子與遺傳過程，包括建立儲存與分析分子生物、生化與遺傳學知識的自動系統(tǒng)；促進研究與醫(yī)學社群使用數(shù)據(jù)庫與軟件；協(xié)調(diào)生物技術信息的傳遞與管理；執(zhí)行以計算機為基礎的進階信息分析過程，用以分析生物重要分子的結構與功能。NCBI的組織架構NCBI主要分為三個部門，分別為：ComputationalBiologyBranch（CBB）、InformationEngineeringBranch（IEB）與InformationResourcesBranch（IRB），各部門分別具有不同的任務。NCBI的組織架構ComputationalBiologyBranch（CBB）處理運算、數(shù)學及分子生物、生物與遺傳學理論問題的基礎與應用研究，包括基因體分析、序列比對、序列搜尋方法、巨分子結構、動力學與交互作用、結構/功能預測等。建立NIH實驗室、政府機構、學術單位與產(chǎn)業(yè)界之生物學家、化學家、數(shù)學家與計算機科學家間的計算分子生物合作研究計劃。提供研究分子生物分析工具的咨詢與建議。與分子生物社群互動，利用計算與理論方法提高實驗研究質(zhì)量。NCBI的組織架構InformationEngineeringBranch（IEB）進行數(shù)據(jù)表現(xiàn)與分析的應用研究，包括在分子生物、遺傳學與生物化學的計算機儲存、管理與檢索系統(tǒng)。設計各種呈現(xiàn)分子生物信息的數(shù)據(jù)庫架構與規(guī)格書，包括核酸、蛋白質(zhì)與結構信息。設計與發(fā)展分布式軟件系統(tǒng)，提供研究人員本機與遠程的計算服務。協(xié)調(diào)公開序列、遺傳、結構、目錄信息，建立管理與整合數(shù)據(jù)庫或連結至外部數(shù)據(jù)庫。建立NIH內(nèi)部與外部學術單位的信息學合作研究計劃。提供軟件與數(shù)據(jù)庫設計咨詢與建議。發(fā)展與提倡數(shù)據(jù)庫、數(shù)據(jù)交換與生物命名的標準。NCBI的組織架構InformationResourcesBranch（IRB）計劃、監(jiān)督與管理NCBI的計算機技術操作，包含用來研究、發(fā)展與存取公開數(shù)據(jù)庫的計算機系統(tǒng)。提供NCBI人員與外來使用者技術支持。提供NCBI服務之網(wǎng)絡操作指導。規(guī)劃使用NCBI資源的教育訓練與研討會。計劃、發(fā)展與管理政府合約與合作協(xié)議書，已獲得支持NCBI信息功能的設備與服務。作為基因體計劃使用者與服務辦事處之聯(lián)絡人。執(zhí)行應用研究與發(fā)展，提供技術支持與指導，鑒定使用者需求；管理生物使用社群之問卷調(diào)查，以評估NCBI發(fā)展的軟件使用情形。協(xié)調(diào)政府其它辦事處與生物信息資源，促進NCBI數(shù)據(jù)儲存的發(fā)展。NCBI的組織架構NCBI還有一個跨多學科的基礎研究群，組成人員包括計算機科學家、分子生物學家、數(shù)學家、生化學家與物理學家，共同致力于計算分子生物的基礎與應用研究。他們一起研究利用數(shù)學與計算機方法解決分子層面的基本生物醫(yī)學問題，這些問題包含了基因結構偵測與分析、序列分析、立體結構預測、重復序列類型（Pattern）、建立基因體圖譜、HIV感染動力學的數(shù)學模型、分析序列錯誤對數(shù)據(jù)庫搜尋的影響、發(fā)展數(shù)據(jù)庫搜尋與多重序列比對的新算法、建立無重復的序列數(shù)據(jù)庫、使用數(shù)學模型評估序列相似性在統(tǒng)計學上的重要性、建立文章檢索的載體（Vector）模型等。除此之外，這些研究人員尚與NIH的研究單位、學術單位的研究實驗室與政府機構的研究實驗室間維持合作關系，目前仍有多項研究計劃正在進行當中。NCBI資源NCBI目前提供的生物信息資源主要分為生物數(shù)據(jù)庫生物信息工具NCBI資源生物數(shù)據(jù)庫生物數(shù)據(jù)庫是一個永久數(shù)據(jù)的大的組織體，通常結合計算機軟件執(zhí)行更新、查詢與存取數(shù)據(jù)的功能。對于研究人員而言，數(shù)據(jù)庫必須符合：容易取得信息以及只取得回答特殊生物問題的信息兩項功能。NCBI的數(shù)據(jù)庫搜尋與存取系統(tǒng)-Entrez，可用來獲取單一數(shù)據(jù)庫或許多數(shù)據(jù)庫的整合數(shù)據(jù)。例如Entrez蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫除了可查詢蛋白質(zhì)信息，同時亦可連結到生物分類數(shù)據(jù)庫查詢生物分類信息。目前，NCBI提供的公開（OpenAccess）數(shù)據(jù)庫包括如下：En足tr細ez炊以及就BL燙AS痕TEn膽tr宅ez砍是N窩CB伸I的能為用萬戶提嚇供整懂合的悼訪問壩序列張，定皂位，工分類哪，和跟結構罪數(shù)據(jù)除的搜籌索和逝檢索犁系統(tǒng)臟。E坡nt布re拒z同騙時也集提供慕序列烏和染虧色體勞圖譜申的圖侄形視案圖。旋En助tr漫ez霜是一刻個用孔以整暢合N涌CB館I數(shù)的據(jù)庫謙中信眨息的敞搜尋漆和檢脅索工魂具。文這些嚷數(shù)據(jù)抬庫包敏括核幸酸序跳列，獻蛋白忽序列腦，大泊分子塘結構代，全用基因潛組，聞和通奪過P僚ub曉Me身d檢吳索的漆ME痰DL舌IN蠻E。投En丑tr慈ez蕉的一蒼個強率大和巴獨特置的特總點是如檢索增相關材的序慘列，流結構喪，和蒸參考舍文獻退的能昆力。翼雜志戲文獻妥通過艷Pu維bM搏ed崖獲得客，P迅ub通Me因d是境一個伍網(wǎng)絡謝搜索俘界面俗，可含以提雕供對嘉在M血ED腹LI肯NE邀上的給九百廉萬雜王志引牢用的受訪問島，包住含了卷鏈接蒙到參兔與的舉出版伙商網(wǎng)爹絡站橫點的科全文灰文章冊。BL換AS泊T是是一個嚼NC幟BI剝開發(fā)蛾的序賊列相該似搜悟索程慨序，紅還可誘作為遙鑒別供基因糟和遺環(huán)傳特騎點的斬手段狀。B怒LA學ST衫能夠?qū)m在小臣于1奇5秒廉的時訂間內(nèi)翼對整爐個D漁NA夜數(shù)據(jù)假庫執(zhí)血行序廣列搜篇索。鏈NC露BI旱提供竭的附耗加的峰軟件爪工具跑有：鉆開放擋閱讀局框?qū)し室捚髌希∣位RF榜F貝in眾de純r）脆，電華子P燥CR膜，和碌序列馬提交期工具脾，S秘eq已ui嘉n和拼Ba罵nk貪It遣。所沿有的關NC武BI聞數(shù)據(jù)澤庫和銅軟件蕉工具供可以值從W膏WW控或F反TP勝來獲系得。猜NC骨BI嶄還有芬E-寶ma濟il騙服務融器，跨提供厭用文護本搜傷索或望序列臂相似歷搜索鼠訪問仿數(shù)據(jù)稿庫一模種可勉選方例法。En吊tr渡ez賴可以暈檢索蚊的數(shù)廟據(jù)庫Bo族ok里s糕出版壤社提易供之席數(shù)字充生醫(yī)糕圖書寸與醫(yī)賴生參活考書肚籍數(shù)道據(jù)庫Ca殊nc矮er峰C呀hr隱om擠os智om惜es篩美國懲國立磁癌癥羊研究遵所的掠Mi惡te畫lm叛an脈D輸at訂ab碗as命e砍of構C掠hr蘇om恭os隨om慨e旁Ab踩er集ra板ti泥on趨s脅in泡C尼an追ce屈r數(shù)晴據(jù)庫扣里已倉經(jīng)整桶合好望的c拜yt垮og慕en剖et禽ic桶、臨去床與荷文獻挺相關舉數(shù)據(jù)Co顛ns槐er醋ve掘d幟Do芬ma雄in榆D貝at腥ab亮as恢e（柳CD疑D）黎，蛋嬌白質(zhì)靜功能諸區(qū)塊祥保留掃序列諸數(shù)據(jù)善庫3D博D繪om當ai隨ns縣，蛋缺白質(zhì)培功能蔽區(qū)塊拆立體能結構喂數(shù)據(jù)Ge炎ne筐，包恒含許誘多物他種的償基因己數(shù)據(jù)揮庫Ge武no或me腿，包收含超棋過8終00抬種物絡種的識基因育組數(shù)欲據(jù)庫GE陳NS銀AT遇，小惹鼠中金樞神圾經(jīng)系吧統(tǒng)基蛙因表跡現(xiàn)圖辨譜GE輝O享Da抱ta搞se議ts屈，基樹因表跳現(xiàn)實熄驗與慰生物鳳芯片爺數(shù)值枝結果絕數(shù)據(jù)GE翅O敏Pr娃of垃il嘩es篇，基莖因表靈現(xiàn)圖味譜Ho非mo悟lo不Ge施ne溉，同捉源基圾因批臨注數(shù)手據(jù)庫Jo面ur烘na蠅ls下，期腥刊文腹獻（攀包含繳Pu離bM其ed鞏）Me低SH企，醫(yī)慚學文悔獻索街引字召符串NC襪BI狐W昂eb健S含it蜓e，柱所有蹤蝶NC市BI曠網(wǎng)頁NL幟M筐Ca只ta蒙lo伍g，較美國惹國立變醫(yī)學手圖書娃館館紋藏書多目、匠期刊僻、視津聽數(shù)刊據(jù)目動錄Nu嫌cl語eo立ti原de蠶s稿eq仙ue搜nc絨e簡da威ta認ba競se杰，核憂酸序許列數(shù)暢據(jù)庫樹（包簽含G興en努Ba駐nk兄、R沈ef匪Se芹q和禮PD腿B等吊三大市序列肅數(shù)據(jù)不庫）En暴tr左ez妻可以輸檢索獸的數(shù)蒸據(jù)庫On北li酸ne枝M匯en盟de翼li贊an信I拌nh竄er華it藏an榜ce里i怒n天Ma峰n做(O槽MI毅M)壇，人窩類遺燈傳疾住病相選關文摸獻數(shù)鉆據(jù)庫Po烘pS套et君，族扎群演兵化分幟析相沫關研久究資游料Pr寶ot漫ei乓n屬se鐘qu粒en分ce片d耽at福ab墨as垮e，志蛋白旗質(zhì)序煩列數(shù)浙據(jù)庫護（包船含S若wi城ss甲-P盤ro尸t、漢PI槐R、岸PR仍F、擇PD咸B等學數(shù)據(jù)連庫與應從G秘en笨Ba糟nk丙、R堵ef與Se較q核吃酸序活列轉孕譯之奏蛋白先質(zhì)序既列資悠料）Pu社bC怪he牙m(xù)匪Bi蓋oA弄ss李ay診，化哨學成炊分之末生物侮活性游篩選素資料Pu昆bC第he副m臟Co矛mp祝ou韻nd史，小協(xié)分子江化學灘物質(zhì)參結構Pu紙bC陳he糟m撲Su興bs詞ta剩nc寄e，些具生扯物活個性之謎化學驅(qū)物質(zhì)凍篩選姻數(shù)據(jù)Pu江bM芝ed么，科男學文門獻報津?qū)?shù)裂據(jù)庫Pu呈bM霉ed廉C泳en舌tr膠al喜，科糖學文鑼獻數(shù)露字全煮文數(shù)檔據(jù)庫Si黃te插S災ea刑rc機h，座可搜絨尋N件CB準I的兇網(wǎng)頁互與F淺TPSN森P，狡單點償核酸姥多樣蠢性數(shù)盆據(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