本文格式為Word版，下載可任意編輯——分子試驗(yàn)學(xué)習(xí)總結(jié)DNAstar：序列拼接MEGA：分析堿基組成CLUSTAL：序列比對(duì)PAUP：跑樹DABE：飽和性分析

總思路：序列拼接-比對(duì)-

四、下載序列的方法

開啟.Fasta格式的序列-Fileexport-sequancealignment-保存在NCBI上找到相應(yīng)的序列方法：

SearchNucleotidefor文章的genibank序列號(hào)-reports-復(fù)制序列到txt文件中，刪除沒用的東西，只留下序列和學(xué)名。保存成txt文件后，開啟Editseq-將,txt序列復(fù)制到其中-save保存為seq格式

五、將拼接序列翻譯成蛋白質(zhì)方法

開啟拼接的序列-全選中-Goodies-translateDNA2、如何計(jì)算堿基含量比值、答：MEGA-NucleotideComposition

六、DAMBE序列飽和性分析

序列的飽和性分析在DAMBE程序中，以轉(zhuǎn)換、顛換數(shù)為縱軸，以TN93模型（TamuraandNei,1993）校正的距離為橫軸做散點(diǎn)圖。假使這些點(diǎn)隨序列間分歧增大呈線性分布就說明序列間替換沒有達(dá)到飽和，序列可以用于后續(xù)的系統(tǒng)發(fā)育分析。DAMBE還長(zhǎng)用在單倍型的歸納、基因頻率和堿基組成分析、遺傳距離計(jì)算、序列排序、

5.2.2堿基替換飽和效應(yīng)的檢驗(yàn)

當(dāng)核苷酸序列分歧較小時(shí)，序列之間被觀測(cè)到的核苷酸差異數(shù)接近實(shí)際替換數(shù)。假使序列分歧較大，DNA序列的變異可能會(huì)受到飽和效應(yīng)的影響，這時(shí)觀測(cè)到的堿基差異可能包含了部分進(jìn)化雜音。一般說來，堿基轉(zhuǎn)換發(fā)生的頻率高于顛換，但是隨物種分歧程度的增加，轉(zhuǎn)換/顛換的比率接近或小于1，說明轉(zhuǎn)換可能已經(jīng)趨于飽和并可能成為進(jìn)化雜音，所以轉(zhuǎn)換和顛換發(fā)生的頻率與序列間分歧度的關(guān)系就可以反映出堿基替換是否受飽和效應(yīng)的影響。在著手構(gòu)建分子系統(tǒng)樹前，為了排除這種進(jìn)化雜音獲取正確的進(jìn)化信息，必需對(duì)目的片段的堿基替換是否受到飽和效應(yīng)的影響進(jìn)行檢驗(yàn)。

用DAMBE（Xia，2000）分別對(duì)四個(gè)mtDNA片段的堿基替換模式進(jìn)行檢測(cè)，以此估計(jì)所研究mtDNA片段的堿基替換是否受到飽和效應(yīng)的影響。

開啟DAMBE-FILE-Openstandardsequencefile-類型unknown-開啟

proteincoding

and

nuc.seq-invMtdna-trains-table

versis

advance

–go-graphics-trainsitiontranversion

–tn93-g0-graphstyle-curveonly-保存.bmp

問題

1、如何計(jì)算密碼子的不同位上堿基變化，轉(zhuǎn)換顛換比值2、如何進(jìn)行序列的飽和性分析

序列的飽和性分析在DAMBE程序中，以轉(zhuǎn)換、顛換數(shù)為縱軸，以TN93模型（Tamuraend;beginpaup;logfile=coimp;setmaxtrees=1000;setcriterion=parsimony;

hsearchaddseq=randomnreps=1000;showtrees;

describetrees1/plot=phylogrambrlens=yes;savetreesfile=coi(mp).treroot=yesbrlens=yes;contreeall/file=coi.tre;

pscoreall/CI=yesRI=yesRC=yes;bootstrap

nreps=1000

search=heuristic/addseq=randomnreps=100;

savetreesfile=coi(mpb).treroot=y