組學(xué)數(shù)據(jù)標準第3部分：RNA腦科學(xué)T/SZGIA6.1—2019基因檢測產(chǎn)品數(shù)據(jù)標準第1部分：通用標準4縮略語PCR：PolymeraseChainReaction，聚合酶鏈式反cDNA：complementaryDNA，互補脫rRNA：RibosomalRNA，核糖體RNA。5.1數(shù)據(jù)元公用屬性5.2數(shù)據(jù)元專用屬性選時間、板數(shù)、PCR循環(huán)數(shù)、cDNA抽檢、Tn具體每個數(shù)據(jù)元的標識符、名稱、定義、信息保護、單位、數(shù)據(jù)類型、數(shù)據(jù)元允許值見附TranscriptomicsTranscriptomicsTranscriptomicsTranscriptomicsTranscriptomicsTranscriptomicsTranscriptomicsTranscriptomics目錄標識符定義父目錄DI01.01.01project_id大項目或產(chǎn)品標識符。適用于標識以項目或產(chǎn)品方式產(chǎn)出的數(shù)據(jù)。項目ID格式為大項目ID，產(chǎn)品ID為產(chǎn)品名稱目錄標識符定義父目錄DI01.02.01subprojects_id子項目或產(chǎn)品標識符。適用于標識以項目或產(chǎn)品方式產(chǎn)出的數(shù)據(jù)。項目ID格式為大項目ID，產(chǎn)品ID為產(chǎn)品名稱DI01.01.01目錄標識符DI01.03.01Fastq定義存放原始下機的測序文件父目錄DI01.02.01目錄標識符定義DI01.03.02Fastq_qcfastq_qc存放原始下機的測序數(shù)據(jù)的質(zhì)控文件父目錄DI01.02.01目錄標識符定義父目錄DI04.01.01project_id項目或產(chǎn)品標識符。適用于標識以項目或產(chǎn)品方式產(chǎn)出的數(shù)據(jù)。項目ID格式為大項目ID_子項目ID（如果有大項目產(chǎn)品ID為產(chǎn)品名稱目錄標識符定義父目錄DI04.02.01subprojects_id項目或產(chǎn)品標識符。適用于標識以項目或產(chǎn)品方式產(chǎn)出的數(shù)據(jù)。項目ID格式為大項目ID_子項目ID（如果有大項目產(chǎn)品ID為產(chǎn)品名稱DI04.01.01目錄標識符定義父目錄DI04.03.01Transcriptomics存放轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)DI04.02.01目錄標識符定義父目錄DI04.04.01clean_data存放過濾后的cleandata信息DI04.03.01目錄標識符定義父目錄DI04.04.02alignment存放序列組裝結(jié)果。結(jié)果文件命名規(guī)則為樣本ID+上機次數(shù)，例如sampleid_times。DI04.03.01目錄標識符定義父目錄DI04.04.03expression存放樣本的表達量結(jié)果。DI04.03.01目錄標識符DI04.04.04qc定義存放各個數(shù)據(jù)水平的質(zhì)控信息父目錄DI04.03.01目錄標識符定義父目錄DI04.05.01transcript存放樣本的轉(zhuǎn)錄本水平表達量結(jié)果。DI04.04.03目錄標識符DI04.05.02gene定義存放樣本的基因水平表達量結(jié)果。父目錄DI04.04.03目錄標識符DI04.05.03exon定義存放樣本的外顯子水平表達量結(jié)果。父目錄DI04.04.03目錄標識符DI04.05.04intron定義存放樣本的內(nèi)含子水平表達量結(jié)果。父目錄DI04.04.03目錄標識符DI04.05.05fq_qc定義存放對樣本合并后的fq文件質(zhì)控的結(jié)果父目錄DI04.04.04目錄標識符定義父目錄DI04.05.06bam_qc存放對樣本比對后bam文件質(zhì)控的結(jié)果DI04.04.04數(shù)據(jù)格式標識符DF03.01.001數(shù)據(jù)格式名稱FASTQ適用范圍第二代測序儀產(chǎn)生的原始數(shù)據(jù)信息數(shù)據(jù)格式允許值SF03.01.001FASTQ數(shù)據(jù)格式標識符DF03.01.002數(shù)據(jù)格式名稱BAM適用范圍IonTorrent測序儀產(chǎn)生的原始數(shù)據(jù)信息數(shù)據(jù)格式允許值SF03.01.002BAM數(shù)據(jù)格式標識符數(shù)據(jù)格式名稱適用范圍數(shù)據(jù)格式允許值DF03.02.001目標區(qū)域信息SF03.02.001BED數(shù)據(jù)格式標識符DF03.02.002數(shù)據(jù)格式名稱splicejunctionfile適用范圍STAR比對輸出的splicejunction信息數(shù)據(jù)格式允許值SF03.02.002splicejunctionfile數(shù)據(jù)格式標識符DF03.02.003數(shù)據(jù)格式名稱geneexpressionfile適用范圍基因水平的表達量結(jié)果數(shù)據(jù)格式允許值SF03.02.003geneexpressionfile數(shù)據(jù)格式標識符數(shù)據(jù)格式名稱適用范圍數(shù)據(jù)格式允許值DF03.02.004transcriptexpressionfile轉(zhuǎn)錄本水平的表達量結(jié)果SF03.02.004transcriptexpressionfile數(shù)據(jù)格式標識符DF03.02.005數(shù)據(jù)格式名稱exonexpressionfile適用范圍外顯子水平的表達量結(jié)果數(shù)據(jù)格式允許值SF03.02.005exonexpressionfile數(shù)據(jù)格式標識符DF03.02.006數(shù)據(jù)格式名稱intronexpressionfile適用范圍內(nèi)含子水平的表達量結(jié)果數(shù)據(jù)格式允許值SF03.02.006intronexpressionfile數(shù)據(jù)格式標識符DF03.02.007數(shù)據(jù)格式名稱countstreadsmatrix適用范圍根據(jù)refpeak統(tǒng)計的各peak的表達情況數(shù)據(jù)格式允許值SF03.02.007peakexpressionfile數(shù)據(jù)格式標識符DF03.02.008數(shù)據(jù)格式名稱callpeakfile適用范圍callpeaks信息數(shù)據(jù)格式允許值SF03.02.008callpeakfile數(shù)據(jù)格式標識符DF03.02.009數(shù)據(jù)格式名稱UMIcountsreport適用范圍cellranger網(wǎng)頁版報告（10X轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)）數(shù)據(jù)格式允許值SF03.02.009UMIcountsreport數(shù)據(jù)格式標識符DF03.02.010數(shù)據(jù)格式名稱UMIcountsmatrix適用范圍cellranger統(tǒng)計UMI分子數(shù)量結(jié)果（10X轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)）數(shù)據(jù)格式允許值SF03.02.010UMIcountsmatrix數(shù)據(jù)格式說明標識符數(shù)據(jù)格式名稱規(guī)格說明SF03.01.001FASTQGB/T35890—2018高通量測序數(shù)據(jù)序列格式規(guī)范SF03.01.002BAMGB/T35890—2018高通量測序數(shù)據(jù)序列格式規(guī)范數(shù)據(jù)格式說明標識符數(shù)據(jù)格式名稱規(guī)格說明SF03.02.001見附錄8.1SF03.02.002splicejunctionfile見附錄8.2SF03.02.003geneexpressionfile見附錄8.3SF03.02.004transcriptexpressionfile見附錄8.4SF03.02.005exonexpressionfile見附錄8.5SF03.02.006intronexpressionfile見附錄8.6SF03.02.007peakexpressionfile見附錄8.7SF03.02.008callpeakfile見附錄8.8SF03.02.009UMIcountsreportSF03.02.010UMIcountsmatrixA.1表型信息元目錄護單位數(shù)據(jù)類型DE03.01.001.00物種名物種總相對豐度譜分析中物種的名稱不保護SDE03.01.002.00性別代碼個體生理性別在特定編碼性別;類型;時間點;^患者;名義型;NAACCRv.11不保護SGB/T2261.1人的性別代碼表DE03.01.003.00腦亞區(qū)樣本取自大腦具體亞區(qū)的名稱不保護SDE03.01.004.00腦區(qū)樣本取自大腦具體區(qū)域的名稱不保護SDE03.01.005.00左右腦樣本來自大腦的具體半?yún)^(qū)的名稱不保護SCV03.01.001左右腦半?yún)^(qū)定性代碼表DE03.01.006.00年齡（天）個體的年齡，計量單位為不保護dNA.2實驗信息元目錄單位DE06.01.001.00分選細胞類型不保護SDE06.01.002.00目標群體比例流式分析細胞群體，目標群體占totalevents的比例不保護NDE06.01.003.00384板每板分選時間流式分選整板單細胞的時間不保護DTDE06.01.004.00板數(shù)同一樣品試劑分選的板數(shù)不保護SDE06.01.005.00PCR循環(huán)數(shù)mRNA反轉(zhuǎn)錄成cDNA并擴增不保護SDE06.01.006.00cDNA抽檢2100抽檢cDNA產(chǎn)物，合格率不保護NDE06.01.007.00Tn5打斷后PCR抽檢2100抽檢PCR產(chǎn)物，合格率不保護NDE06.01.008.00Pooling方案單細胞樣品pooling建庫，不保護SDE06.01.009.00片篩磁珠濃度pooling后片篩添加的磁珠濃度，影響產(chǎn)物片段范圍不保護SDE06.01.010.00片篩后濃度Qubit檢測片篩后的雙鏈dsDNA濃度，計量單位為不保護ng/S片篩后體積位為μL。不保護SDE06.01.012.00環(huán)化投入量進行環(huán)化投入的產(chǎn)物量，計量單位ng不保護NDE06.01.013.00ssDNAQubit環(huán)化后單鏈ssDNA濃度，計量單位為ng/μL。不保護ng/SDE06.01.014.00文庫體積位為μL。不保護SDE06.01.015.00任務(wù)單號建庫及測序下單獲得的任務(wù)單號不保護SDE06.01.016.00DNB濃度測序makeDNB后DNB濃度，計量單位為ng/μL。不保護ng/SDE06.01.017.00ReadNum每條lane下機數(shù)據(jù)量，計量單位為M。不保護MSDE06.01.018.00HTML報告?zhèn)浞轀y序下機報告不保護SDE06.01.019.00實驗日期不同步驟實驗時期。不保護DTDE06.01.020.00細胞核提取時間計數(shù)完畢的時間不保護DTDE06.01.021.00細胞核提取體積提取完的細胞核懸液總體積，計量單位ul不保護SDE06.01.022.00細胞核提取濃度提取完的細胞核懸液計數(shù)濃度，計量單位cell/ul不保護SDE06.01.023.00流式上樣速率流式上樣的速率參數(shù)，計量單位events/s不保護SDE06.01.024.00得率流式分選單細胞效果指標，實際分選獲得的細胞數(shù)占目標數(shù)的比例不保護SA.3測序信息元目錄單位DE07.01.001.00測序任務(wù)單標識符用于提供測序要求的任務(wù)單的標識符不保護SDE07.01.002.00測序任務(wù)單名稱用于提供測序要求的任務(wù)單的名稱不保護SDE07.01.003.00測序類型測序類型不保護SDE07.01.004.00測序平臺名稱測序平臺名稱不保護SDE07.01.005.00測序儀標識符測序儀標識符不保護SDE07.01.006.00測序儀名稱測序儀名稱不保護SCV07.01.001測序儀名稱代碼表DE07.01.007.00芯片號芯片號編碼不保護SDE07.01.008.00lane號lane號不保護SDE07.01.009.00機器號機器號不保護SDE07.01.010.00原始下機數(shù)據(jù)存儲路徑原始下機數(shù)據(jù)的存儲路徑不保護SFASTQ文件唯一編號FASTQ文件唯一編號不保護SDE07.01.012.00測序開始時間測序開始時間不保護DE07.01.013.00測序完成日期測序完成當日的公元紀年日期不保護DE07.01.014.00下機地下機地不保護SA.4生物信息分析元目錄單位DE08.01.001.00結(jié)果數(shù)據(jù)存儲路徑通過信息分析的結(jié)果數(shù)據(jù)存儲的存儲路徑不保護SDE08.01.002.00軟件名稱信息分析過程中所使用軟件版本詳細不保護SDE08.01.003.00軟件版本信息分析過程中所使用軟件參數(shù)詳細不保護SDE08.01.004.00軟件參數(shù)信息分析過程中所使用參考序列詳細不保護SA.5質(zhì)控信息元目錄單位DE01.01.001.00ERCC的reads比對到ERCCmRNA的reads百分比不保護%NDE01.01.002.00線粒體外顯子reads比例比對到線粒體外顯子的reads百分比不保護%NDE01.01.003.00rRNAreads比對到rRNA區(qū)域的reads百分比不保護%NDE01.01.004.00細胞平均reads數(shù)平均每個細胞鑒定出的reads數(shù)不保護個NDE01.01.005.00基因間區(qū)reads比例比對到基因間區(qū)的reads比例不保護%NDE01.01.006.00內(nèi)含子reads比對到內(nèi)含子的reads百分比不保護%NDE01.01.007.00外顯子reads比對到外顯子區(qū)域的reads百分比不保護%NDE01.01.008.00唯一比對率唯一比對的reads百分比不保護%NDE01.01.009.00比對到參考基因組的reads百分比不保護%NDE01.01.010.00過濾后reads數(shù)目過濾后的總reads數(shù)目不保護S文庫類型文庫類型說明不保護SDE09.01.012.00文庫標識符測序文庫標識符不保護SDE09.01.013.00項目名稱項目名稱不保護SDE09.01.014.00樣本名稱分析結(jié)果中樣本名稱不保護SDE09.01.015.00個體編號樣本來源的個體編號不保護SDE09.01.016.00樣本類型樣本類型不保護SDE09.01.017.00樣本名稱分析結(jié)果中樣本名稱不保護SDE09.01.018.00項目名稱項目名稱不保護SA.6分析結(jié)果元目錄單位DE09.01.001.00檢測到的基因數(shù)（包括內(nèi)含子和外顯子）包括外顯子和內(nèi)含子，表達量大于0的基因數(shù)不保護個SDE09.01.002.00復(fù)雜度OR值雙堿基的OR值不保護%NDE09.01.003.00檢測到的基因數(shù)（外顯子）只包括外顯子，表達量大于0的基因數(shù)不保護個SDE09.01.004.00細胞大類Broadcelltypeclass(e.g.GABAergic,GlutamatergicorNon-neuronal),or\"NoClass\"ifidentifiedaslow-qualityoradoublet,oriforiginallyassignedtoanoutlierordonor-specificcluster不保護SCV09.01.001細胞大類代碼表DE09.01.005.00細胞分類結(jié)果細胞類型名稱不保護SDE09.01.006.00表達量TMP值大于0的基因數(shù)目表達量TMP值大于0的基因數(shù)目不保護個NDE09.01.007.00表達量TMP值數(shù)目表達量TMP值大于1的基因數(shù)目不保護個NDE09.01.008.00鑒定細胞數(shù)量cellranger計算統(tǒng)計出的細胞數(shù)量不保護個NDE09.01.009.00單個細胞鑒定gene中位數(shù)單個細胞鑒定的一個以上reads的基因數(shù)量的中值不保護NDE09.01.010.00測序飽和度測序飽和度不保護%N值1左腦2右腦值01ABI3730XL02CGBlackbird03IlluminaHiSeq2000/250004IlluminaMiSeq05LifeTechnologiesIonTorrentPGM06LifeTechnologiesIonTorrentProton07Roche454GSFLX+08SolexaGAIIx09SOLiD4IlluminaHiSeq4000PacbioBGIseq50BGIseq100BGIseq50099Other值01Cholinergic02GABAergic03Glutamatergic04Dopaminergic05Serotonergic06Non-neuronal99No-classBEDformatprovidesaflexiblewaytodefinethedalineshavethreerequiredfieldsandnineadditionaloptionalfields.Thenumberoffieldsperlinemustconsistentthroughoutanysinglesetofdatainanannotationtrack.Theorderoftheoplower-numberedfieldsmustalwaysbepopulatedifhigher-numberedfieldsareused.Thefirstthreerequired1.chrom-Thenameofthechromosome(2.chromStart-Thestartingpositionofthefeatureinthechrchromosomeisnumbered.chromEnd-Theendingpositionofthefeatureitincludedinthedisplayofthefeature.Forexample,thefirst100basesofaaschromStart=0,chromEnd=100,andspanthebasesnumbered0-每行記錄有9個固定字段，各字段使用制表符連接，各TPM每行記錄有9個固定字段，各