二代測(cè)序技術(shù)在原發(fā)灶不明腫瘤診療中的研究進(jìn)展2023原發(fā)灶不明腫瘤(cancerofunknownprimary,CUP)是一類罕見(jiàn)且預(yù)后不良的惡性腫瘤，分析和尋找原發(fā)灶、組織類 (next-generationsequencing,NGS)可以利用腫瘤組織或外周血標(biāo)本從基因?qū)用鎸?duì)這類患者進(jìn)行檢測(cè)以指導(dǎo)診斷與治療，延長(zhǎng)患者生存期，前言原發(fā)灶不明腫瘤(cancerofunknownprimary,CUP)是一類相對(duì)罕見(jiàn)CUP患者由于原發(fā)灶不明確，通常只能接受含鉑/紫預(yù)后較差，生存期較短，中位總生存期<1年[1-3],所以積極尋找原發(fā)部位、研究組織類型或分子免疫特征對(duì)改善患者的預(yù)代測(cè)序(next-generationsequencing,NGS)也稱高通量測(cè)序，是目的建議，NGS可以幫助50.9%的CUP患者找到原發(fā)灶[4],并可檢測(cè)出具有臨床指導(dǎo)意義的基因改變[5],包括靶向治療靶點(diǎn)和免疫治療生物標(biāo)記本，優(yōu)先使用手術(shù)切除樣本，也可選擇活檢療后的樣本，進(jìn)而尋找治療后新出現(xiàn)的耐藥突變。獲取或組織樣本質(zhì)控不合格時(shí)，體液樣本，尤其是外周血循環(huán)腫瘤DNA (circulatingtumorDNA可反復(fù)取材等優(yōu)勢(shì)[6],但受正常細(xì)胞胚干擾，也會(huì)導(dǎo)致假陽(yáng)性結(jié)果[7-8],假陽(yáng)性率<1%[9]。02、NGS在CUP診療中的意義2.1組織溯源，明確診斷發(fā)灶。日本研究團(tuán)隊(duì)的一項(xiàng)前瞻性、多中心、招募了111例CUP患者，基于NGS的RNA和DNA圖譜分析預(yù)測(cè)出15個(gè)腫瘤原發(fā)部位，其中最常見(jiàn)的是肺癌(21.6%)、肝癌(15.5%)、腎癌(15.5%)、結(jié)直腸癌(12.4%),這與既往尸檢分析的結(jié)果類似[11]。Schipper等[12]基于全基因組測(cè)序設(shè)計(jì)了一種預(yù)測(cè)算法,在CUP隊(duì)列中，Mo等[13]報(bào)道了1例原發(fā)灶不明同時(shí)伴乳腺、肺、胃和卵巢多發(fā)性腫瘤kinase,EML4-ALK)重排，該基因改變?cè)诜切〖?xì)胞肺癌中較常見(jiàn)，綜合免疫組織化學(xué)及NGS結(jié)果考慮原發(fā)灶為肺。Yu等[14]報(bào)道了1例胸骨后人表皮生長(zhǎng)因子受體2(receptortyrosine-proteinkinase2,ERBB2)擴(kuò)增，協(xié)助臨床找到原發(fā)灶為乳腺。本中心也報(bào)道了1例影像學(xué)和常規(guī)組[15]。綜上所述，NGS的組織溯源作用主要表現(xiàn)在以下幾個(gè)方面：1)當(dāng)影像及組織病理學(xué)同時(shí)發(fā)現(xiàn)多處腫瘤病灶，無(wú)法明確原發(fā)病灶時(shí)；2)當(dāng)影像及組織病理學(xué)只發(fā)現(xiàn)一處病灶，無(wú)法明確原發(fā)病灶時(shí)；3)當(dāng)患者在腫瘤病史(包括單原發(fā)或多原發(fā))基礎(chǔ)上出現(xiàn)新的病灶，無(wú)法明確為轉(zhuǎn)移2.2揭示分子特征，指導(dǎo)個(gè)體化治療NGS技術(shù)對(duì)一定數(shù)量的癌癥相關(guān)基因編碼區(qū)進(jìn)行大規(guī)模基因組測(cè)序來(lái)分析存在的基因組改變以指導(dǎo)臨床治療，這些基因組本進(jìn)行NGS檢測(cè)，發(fā)現(xiàn)169例(85%)檢測(cè)到一個(gè)或多個(gè)潛在可靶向治療的基因變異，在原發(fā)灶不明的腺癌中有72%的CUP患者存在臨床上常見(jiàn)的酪氨酸激酶信號(hào)通路上的基因變異，其物(Kirstenrat期依賴性激酶抑制因子2A(cyclin-dependentkinaseinhibitor2A,MYC)富含AT的相互作用域1A基因(AT-richinteractiondomain1A,Varghese等[18]對(duì)150例CUP患者進(jìn)行NGS檢測(cè)，結(jié)果顯示137例(91%)至少檢測(cè)到一種基因改變，45例(30%)具有靶向治療的基因過(guò)性毒菌致癌同源體B1(V-rafmurinesarcomaviraloncogenehomologB1,BRAF)V600E突變和轉(zhuǎn)染重排原癌基因(rearranged為12%,二線接受NTRK抑制劑無(wú)進(jìn)展生存期可達(dá)9個(gè)月[21]。Ricco等[22]報(bào)道了1例原發(fā)灶不明的大細(xì)胞神經(jīng)內(nèi)分泌癌的患者，NGS檢測(cè)出BRAFV600E突變，化療進(jìn)展后使用達(dá)拉非尼聯(lián)合曲美替尼治療達(dá)到部分緩解，并通過(guò)檢測(cè)cfDNA中BRAFV600E的表達(dá)中的發(fā)生率為0.7%[23-24]。LIBRETTO-001研究納入41例RET融合陽(yáng)性CUP患者進(jìn)行療效分析發(fā)現(xiàn)，總體客觀緩解率為44%,緩解持續(xù)時(shí)間為24.5個(gè)月，其中CUP患者對(duì)塞普替尼的治療也有客觀反應(yīng)[25-26]。2.2.2基于腫瘤突變負(fù)荷、程序性細(xì)胞死亡-配體1、微衛(wèi)星不穩(wěn)定狀態(tài)的免疫治療度不穩(wěn)定(microsatelliteinstabilityhigh,MSI-H)及程序性細(xì)胞死亡-配體1(programmedcelldeath-ligand1,PD-L1)高表達(dá)已經(jīng)被批準(zhǔn)的組織來(lái)源。2017年美國(guó)臨床腫瘤學(xué)會(huì)(ASCO)會(huì)議上報(bào)道了一項(xiàng)研究，對(duì)6116例CUP標(biāo)本進(jìn)行測(cè)序，其中10.1%的CUP存在TMB-H(≥20mut/Mb),1.6%的CUP存在MSI-例。Haratani等[28]通過(guò)免疫組化和免疫相關(guān)基因表達(dá)譜檢測(cè)確定92例現(xiàn)CUP患者的免疫特征與免疫檢查點(diǎn)抑制劑反應(yīng)性實(shí)體瘤相似表明CUP開(kāi)放標(biāo)簽Ⅱ期研究結(jié)果顯示[29],既往接受過(guò)化療的CUP患者的中位總生存時(shí)間為15.9個(gè)月，且在PD-L1高表達(dá)、TMB-H及MSI-H的亞組中療也因此于2021年底在日本獲批用于治療CUP。NCCN指南推薦對(duì)于基因的CUP患者，可以選擇帕博利珠單抗治療。患者中，NGS未檢測(cè)出特殊靶點(diǎn)，但PD-L1腫瘤比例評(píng)分為80%,TMB16.7mut/Mb,在以免疫治療為主的綜合治療后獲得了40個(gè)月以上的生瘤的全貌，時(shí)間異質(zhì)性會(huì)導(dǎo)致一次檢測(cè)無(wú)法實(shí)時(shí)監(jiān)以及耐藥。外周血NGS檢測(cè)既能克服腫映患者的腫瘤分子特征[31],也可在治療不同階段多次送檢，克服腫瘤時(shí)間異質(zhì)性。Zhao等[32]報(bào)道了1例對(duì)化療不耐受的CUP病例，胸壁、肝耐藥突變，更換布加替尼療效顯著。提示ctNDA在腫瘤獲得性耐藥機(jī)制也扮演著重要角色。Jia等[19]報(bào)道了1例使少，提示治療有效。在胃腸胰起源或原發(fā)灶不明的神經(jīng)內(nèi)分泌癌中NGSNGS檢測(cè)具有所需DNA樣本量較高、操作流程復(fù)雜、檢測(cè)周期長(zhǎng)(3~10d出報(bào)告)、費(fèi)用相對(duì)較高等缺點(diǎn)，但與免疫組織化學(xué)、聚合酶鏈?zhǔn)椒搓P(guān)分子標(biāo)志物，提供全面的基因變異數(shù)據(jù)，幫助CUP患者明確