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文檔簡(jiǎn)介
ICS65.020.20
B31
DB32
江蘇省地方標(biāo)準(zhǔn)
DB32/T3775—2020
豬繁殖與呼吸綜合征病毒RT-LAMP檢測(cè)
方法
RT-LAMPmethodforDetectiongPorcineReproductiveandRespiratory
SyndromeVirus
2020-04-08發(fā)布2020-05-15實(shí)施
江蘇省市場(chǎng)監(jiān)督管理局發(fā)布
DB32/T3775—2020
前言
本標(biāo)準(zhǔn)按照GB/T1.1—2009給出的規(guī)則起草。
本標(biāo)準(zhǔn)由南京農(nóng)業(yè)大學(xué)提出并歸口。
本標(biāo)準(zhǔn)起草單位:南京農(nóng)業(yè)大學(xué)。
本標(biāo)準(zhǔn)主要起草人:姜平、張日騰、白娟、熊富強(qiáng)、王先煒、李玉峰、陳聞。
II
DB32/T3775—2020
豬繁殖與呼吸綜合征病毒RT-LAMP檢測(cè)方法
1范圍
本標(biāo)準(zhǔn)規(guī)定了豬繁殖與呼吸綜合征病毒RT-LAMP檢測(cè)原理、試劑和儀器設(shè)備、檢測(cè)程序和結(jié)果判
定。
本標(biāo)準(zhǔn)適用于豬臨床樣品(肺臟、脾臟和血清)和細(xì)胞培養(yǎng)物中豬繁殖與呼吸綜合征病毒的檢測(cè);
同時(shí)適用于豬繁殖與呼吸綜合征病毒經(jīng)典型、高致病性、類NADC30型三種基因亞型的分型檢測(cè)。
2規(guī)范性引用文件
下列文件對(duì)于本文件的應(yīng)用是必不可少的。凡是注日期的引用文件,僅所注日期的版本適用于本文
件。凡是不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改版)適用于本文件。
GB19489實(shí)驗(yàn)室生物安全通用要求
GB/T27401實(shí)驗(yàn)室質(zhì)量控制規(guī)范動(dòng)物檢疫。
NY/T541獸醫(yī)診斷樣品采集、保存與運(yùn)輸技術(shù)規(guī)范
SN/T1193基因檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室技術(shù)要求
3縮略語(yǔ)
PRRSV:porcinereproductiveandrespiratorysyndromevirus,豬繁殖與呼吸綜合征病毒
LAMP:loop-mediatedisothermalamplification,環(huán)介導(dǎo)的恒溫?cái)U(kuò)增
RT-LAMP:Reversetranscription,loop-mediatedisothermalamplification,反轉(zhuǎn)錄環(huán)介導(dǎo)的恒溫?cái)U(kuò)增。
4原理
豬繁殖與呼吸綜合征病毒(PRRSV)主要引起豬繁殖與呼吸綜合征(俗稱藍(lán)耳病)。該病毒有美洲
型和歐洲型兩個(gè)血清型。美洲型又有多個(gè)基因亞型。我國(guó)流行的美洲型PRRSV主要有傳統(tǒng)型、高致病
性和類NADC30型毒株,其主要區(qū)別存在于病毒的Nsp2基因。環(huán)介導(dǎo)的恒溫?cái)U(kuò)增(LAMP)是一種體
外恒溫核酸擴(kuò)增技術(shù),用于快速檢測(cè)DNA。RT-LAMP是一種逆轉(zhuǎn)錄LAMP,用于檢測(cè)RNA。本標(biāo)準(zhǔn)
RT-LAMP,根據(jù)PRRSV開(kāi)放閱讀框架7(ORF7)基因序列、ORF1a(非結(jié)構(gòu)蛋白Nsp2)基因序列設(shè)
計(jì)4組引物,建立4種RT-LAMP檢測(cè)方法(即LAMP1、LAMP2、LAMP3和LAMP4),其中LAMP1
的特異性引物識(shí)別ORF7基因,LAMP2、LAMP3和LAMP4的特異性引物識(shí)別Nsp2基因。每種LAMP
引物均包括兩對(duì)內(nèi)、外引物(內(nèi)引物FIP與BIP,外引物F3與B3)和一對(duì)環(huán)引物(LF與LB)。利用
Bst酶啟動(dòng)循環(huán)鏈置換反應(yīng),啟動(dòng)互補(bǔ)鏈合成,通過(guò)在同一鏈上互補(bǔ)序列周而復(fù)始形成有很多環(huán)狀結(jié)構(gòu)
的莖環(huán)DNA混合物,在恒溫條件下完成核酸擴(kuò)增反應(yīng)。從dNTP析出的焦磷酸根離子與反應(yīng)溶液中的
Mg2+結(jié)合,產(chǎn)生副產(chǎn)物(焦磷酸鎂)形成白色沉淀,加入顯色液,即可通過(guò)顏色變化觀察判定結(jié)果。
該檢測(cè)方法簡(jiǎn)便快速、敏感特異,不需要昂貴的儀器設(shè)備。
1
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5試劑和儀器設(shè)備
5.1試劑要求
除有特殊說(shuō)明外,所有生化試劑均為分析純。RNA提取相關(guān)試劑或用品均需經(jīng)無(wú)RNA酶處理。
5.2引物
PRRSVLAMP檢測(cè)引物和PRRSV毒株基因亞型鑒別LAMP引物,人工合成(基因序列見(jiàn)附錄B.1)。
5.3通用試劑
裂解液(TRIZOL);氯仿;0.01mol/L磷酸鹽緩沖液(PBS,pH7.2)(見(jiàn)附錄A.1);DEPC處理水(見(jiàn)
附錄A.2);異丙醇;75%乙醇;耐熱M-MLV(RNaseH-)反轉(zhuǎn)錄酶;pMD18-T載體;膠回收試劑盒(Qiagen);
質(zhì)粒DNA提取試劑盒(TaKaRa);PCR試劑(Promega)。
5.4LAMP試劑
——10×BstDNA聚合酶緩沖液(見(jiàn)附錄A.3);
——100mmol/LMgSO4;
——10mmol/LdNTPs(dATP,dCTP,dTTP,dGTP);
——8U/μLBstDNA聚合酶;
——5mol/L甜菜堿(Betaine);
——滅菌雙蒸水。
——SYBRGreenI染料,1000×。
5.5陰性及陽(yáng)性對(duì)照
5.5.1陰性對(duì)照
pMD18-T空載體質(zhì)粒。
5.5.2陽(yáng)性對(duì)照
LAMP1陽(yáng)性對(duì)照為pMD-BB-N質(zhì)粒(含高致病性PRRSVBB0907毒株ORF7基因);LAMP2陽(yáng)性對(duì)
照為pMD-S1-Nsp2質(zhì)粒(含傳統(tǒng)型PRRSVS1毒株Nsp2基因);LAMP3陽(yáng)性對(duì)照為pMD-BB-Nsp2質(zhì)粒(含
高致病性PRRSVBB0907毒株Nsp2基因);LAMP4陽(yáng)性對(duì)照為pMD-FJ-Nsp2質(zhì)粒(含類NADC30PRRSV
FJ1402毒株Nsp2基因)。
5.6儀器
高速冷凍離心機(jī),恒溫水浴鍋,微量移液器(0.5μL~10μL、20μL~200μL、100μL~1000μL),
PCR儀,EP反應(yīng)管(0.5mL、1.5mL),組織勻漿器或研缽。
6檢測(cè)程序
6.1樣品處理
按照NY/T541動(dòng)物疫病實(shí)驗(yàn)室檢驗(yàn)采樣方法,采集待檢豬的肺臟、脾臟和血清等樣品。肺臟、脾
臟取約1g,剪碎后按1:3(V/V)加入PBS(0.01mol/L,pH7.2),充分勻漿呈懸液。血清制備方法為:血
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液(不加抗凝劑)室溫靜置2h~3h后,4000r/min離心5min,取上清液置于EP管內(nèi)。處理好的勻漿懸
液和血清于-20℃保存?zhèn)溆谩?/p>
樣品RNA制備按照經(jīng)驗(yàn)證的RNA提取方法或等效的商品化RNA提取試劑盒,按照其使用說(shuō)明操
作。提取的RNA應(yīng)在2h內(nèi)進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄或放置于-20℃保存?zhèn)溆谩?/p>
6.2反轉(zhuǎn)錄(cDNA的合成)
配制反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)體系19μL,含M-MLV5×Reactionbuffer(含Mg2+)4μL;2.5mol/LdNTPs1μL;
Olige(dT)1μL,RNA酶抑制劑0.5μL;DEPCddH2O5.5μL,RNA7μL,70℃水浴5min后置冰上冷
卻至37℃,再加入1.0μL反轉(zhuǎn)錄酶M-MLV,42℃水浴1h得cDNA,用于下面LAMP擴(kuò)增,或-20℃
凍存?zhèn)溆谩?/p>
6.3LAMP檢測(cè)方法
6.3.1反應(yīng)體系
采用四管兩步RT-LAMP檢測(cè)方法進(jìn)行。
第一步(1管):采用LAMP1通用引物(見(jiàn)附錄B.1),檢測(cè)所有PRRSV毒株。
第二步(3管):對(duì)第一步檢測(cè)結(jié)果為陽(yáng)性的樣本,采用LAMP2、LAMP3和LAMP4引物(見(jiàn)附錄B.1),
用3個(gè)EP管,同時(shí)進(jìn)行LAMP,鑒別不同基因亞型PRRSV。
四個(gè)反應(yīng)管反應(yīng)體系相同,總體積25μL,具體反應(yīng)體系如下:
10×BstDNA聚合酶緩沖液(見(jiàn)附錄A.3)2.5μL
MgSO4(4μmol/L)1.5μL
2.5mMdNTPs3.5μL
甜菜堿(Betaine)2.0μL
外引物F3/B3(4μmol/L)各1.0μL
內(nèi)引物FIP/BIP(40μmol/L)各1.0μL
環(huán)引物L(fēng)F/LB(10μmol/L)各1.0μL
BstDNA聚合酶(8U)1.0μL
耐熱M-MLV反轉(zhuǎn)錄酶1.0μL
cDNA模板1.5μL
雙蒸水6.0μL
總計(jì)
25μL
但其中的引物不同,分別是LAMP1、LAMP2、LAMP3和LAMP4引物(見(jiàn)附錄B.1)。每次檢測(cè)應(yīng)分
別設(shè)立陰性和陽(yáng)性對(duì)照樣品管。LAMP1陽(yáng)性對(duì)照為pMD-BB-N,LAMP2陽(yáng)性對(duì)照為pMD-S1-Nsp2,
LAMP3陽(yáng)性對(duì)照為pMD-BB-Nsp2,LAMP4陽(yáng)性對(duì)照為pMD-FJ-Nsp2質(zhì)粒DNA,陰性對(duì)照為pMD18-T空
載體質(zhì)粒DNA。
在EP管的管蓋上滴加1000×SYBRGreenⅠ染料1.0μL,再輕輕地把蓋子蓋緊。
6.3.2反應(yīng)條件
將反應(yīng)管混勻,置64±1℃擴(kuò)增40min且保證管蓋上的SYBRGreenI不進(jìn)入反應(yīng)物。
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7結(jié)果判定
7.1PRRSV陰陽(yáng)性判定
反應(yīng)結(jié)束后,將LAMP1反應(yīng)管12000r/min,離心1min,輕輕混勻,觀察顏色變化,綠色為陽(yáng)性,
淡黃色為陰性。
7.2PRRSV基因亞型的類型判定
在陰性對(duì)照、陽(yáng)性對(duì)照符合時(shí),判定樣品檢測(cè)結(jié)果(參見(jiàn)附錄B.2)。
若LAMP1結(jié)果為陽(yáng)性,則判定是PRRSV陽(yáng)性,否則判定為PRRSV陰性。
若LAMP2檢測(cè)為陽(yáng)性,LAMP3、LAMP4檢測(cè)為陰性,則判定是PRRSV經(jīng)典型毒株。
若LAMP3檢測(cè)為陽(yáng)性,LAMP2、LAMP4檢測(cè)為陰性,則判定是PRRSV高致病性毒株。
若LAMP4檢測(cè)為陽(yáng)性,LAMP2、LAMP3檢測(cè)為陰性,則判定是PRRSV類NADC30型毒株。
8安全和防污染措施
8.1檢測(cè)廢棄物等實(shí)驗(yàn)室安全防護(hù)按GB19489和SN/T1193的規(guī)定執(zhí)行。
8.2檢測(cè)過(guò)程中防止污染措施按GB/T27401的規(guī)定執(zhí)行。
8.3實(shí)驗(yàn)前后,實(shí)驗(yàn)室用紫外線消毒。
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AA
附錄A
(規(guī)范性附錄)
試劑配制
A.10.01mol/L(pH7.2)的磷酸鹽緩沖液(PBS)
A液(0.2mol/L磷酸二氫鈉水溶液):NaH2PO4·2H2O27.6g,先用適量蒸餾水溶解,最后用蒸餾水
稀釋至1000mL。
B液(0.2mol/L磷酸氫二鈉水溶液):Na2HPO4·12H2O71.6g(或Na2HPO4·2H2O35.6g)先用適量蒸
餾水溶解,最后用蒸餾水稀釋至1000mL。
A液14mL,B液36mL,加氯化鈉(NaCl)8.5g,最后用蒸餾水定容至1000mL;121℃,15min
高壓滅菌,4℃保存?zhèn)溆谩?/p>
A.2DEPC處理水
用0.1%DEPC處理后的蒸餾水(DEPC與蒸餾水1:1000混合),經(jīng)121℃15min高壓處理,用于溶
解RNA。
A.310×BstDNA聚合酶緩沖液
含200mmol/LTris-HCl,100mmol/LKCl,100mmol/L(NH4)2SO4,20mmol/LMgSO4,1%Triton-100,
pH8.8,25℃保存。
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BB
附錄B
(資料性附錄)
引物序列
B1PRRSVLAMP檢測(cè)引物和PRRSV毒株基因亞型鑒別LAMP引物序列,見(jiàn)表B.1。
表B.1LAMP引物序列
引物種類引物名稱序列bp
通用引物G-F3AGAAAAACCCGGAGAAGCC140-156
LAMP1G-B3TGCTGAGGGTGATGCTGT352-369
G-FIPACAATTGCCGCTCACTAGGGGTTTTCCATTTCCCTCTTGCGACT157-177
203-223
G-BIPCGCTGGAACTTGTGCCCTGTTTTTGCACAGTATGTTGCGTAGGC258-277
318-337
G-LFGTGATGCCTGACGTCATCTTC178-198
G-LBGGGAGGATAAGTTACACTGTGGA286-308
BB-NFATGCCAATAATAACGGCAAGCA0-22
RTCATGCTGAGGGTGATGCTGT351-371
經(jīng)典毒株C-F3ACCGCAATGCATCTTCAGG1523-1546
LAMP2C-B3GTCTGTGAGGAAGCAGACAA1723-1743
C-FIPTCGGCTCACTCAAGGGTGTCATTTTAGTGAGCCGGCTCCAATT1561-1578
1611-1619
C-BIPGCACCGCGGCGTAAGTTTCATTTTGTTCTGGTACGGTGGGATTG1642-1662
1692-1711
C-LBGCAGGTGAAAAGATTGAGTTCGGC1664-1686
S1-Nsp2FAGCTGGTGATTGTGTCCTCA1500-1520
RCTCTACTCCCAGAACGCCCCC1780-1800
高致病性毒H-F3TTGAGGCGGCGAATCAGA887-905
株LAMP3H-B3CCAGGACAACCTCTTCCAAC1077-1096
H-FIPCCTTGCCCAAAGGCTCTTGAGTTTTTAACCGGACAACCTCACGT906-923
955-976
H-BIPTGACCGCCTTCTCACTGTCCATTTTCCTCTCACGGTGATGAACCT988-1008
1037-1054
H-LFCAGGGTGCAGCATGAGTTG925-943
H-LBTGCTATTACCCTGCACAAGGTG1012-1033
BB-Nsp2FTTGAGGAATGCTTGGCCAA800-818
RTCGACCTGCTCAGCCGCCCGGGCCA1126-1250
類NADC30N-F3TTGTGCTTCCTGGGGTTG871-891
毒株LAMP4N-B3AACTACCACACCTGGACCT1384-1399
N-FIPGCCATGACAGAAACTGGAGCGTTTTTGAGGCTGCTCAAGCAACG893-910
934-957
N-BIPAAGCGGAGTCTGTCAGGAGCCTTTTGATCTTTCTGCGTGGGGC1321-1343
1365-1384
N-LFTGGTTGATAGGGGGCAGTTC912-927
N-LBTCCAGAGAGCAGGCCTCT1343-1363
FJ-Nsp2FTGAAGAATGCTTGGCTAGGCT800-820
RCTACGCTTGACAGGGAGCT1481-1500
6
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B.2RT-LAMP結(jié)果示圖
RT-LAMP檢測(cè)結(jié)果示圖B.1
圖B.1RT-LAMP檢測(cè)方法染料染色圖
1.陽(yáng)性樣品(+)
2.陽(yáng)性對(duì)照(+)
3.陰性對(duì)照(-)
______________
7
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目次
前言.........................................................................................................................................................Ⅰ
1范圍...........................................................................................................................................................1
2規(guī)范性引用文件.......................................................................................................................................1
3縮略語(yǔ).......................................................................................................................................................1
4原理...........................................................................................................................................................1
5試劑和儀器設(shè)備.......................................................................................................................................2
6操作程序...................................................................................................................................................2
7結(jié)果判定...................................................................................................................................................4
8安全和防污染措施...................................................................................................................................4
附錄A(規(guī)范性附錄)試劑的配制.................................................................................................5
附錄B(資料性附錄).......................................................................................................................6
I
DB32/T3775—2020
豬繁殖與呼吸綜合征病毒RT-LAMP檢測(cè)方法
1范圍
本標(biāo)準(zhǔn)規(guī)定了豬繁殖與呼吸綜合征病毒RT-LAMP檢測(cè)原理、試劑和儀器設(shè)備、檢測(cè)程序和結(jié)果判
定。
本標(biāo)準(zhǔn)適用于豬臨床樣品(肺臟、脾臟和血清)和細(xì)胞培養(yǎng)物中豬繁殖與呼吸綜合征病毒的檢測(cè);
同時(shí)適用于豬繁殖與呼吸綜合征病毒經(jīng)典型、高致病性、類NADC30型三種基因亞型的分型檢測(cè)。
2規(guī)范性引用文件
下列文件對(duì)于本文件的應(yīng)用是必不可少的。凡是注日期的引用文件,僅所注日期的版本適用于本文
件。凡是不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改版)適用于本文件。
GB19489實(shí)驗(yàn)室生物安全通用要求
GB/T27401實(shí)驗(yàn)室質(zhì)量控制規(guī)范動(dòng)物檢疫。
NY/T541獸醫(yī)診斷樣品采集、保存與運(yùn)輸技術(shù)規(guī)范
SN/T1193基因檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室技術(shù)要求
3縮略語(yǔ)
PRRSV:porcinereproductiveandrespiratorysyndromevirus,豬繁殖與呼吸綜合征病毒
LAMP:loop-mediatedisothermalamplification,環(huán)介導(dǎo)的恒溫?cái)U(kuò)增
RT-LAMP:Reversetranscription,loop-mediatedisothermalamplification,反轉(zhuǎn)錄環(huán)介導(dǎo)的恒溫?cái)U(kuò)增。
4原理
豬繁殖與呼吸綜合征病毒(PRRSV)主要引起豬繁殖與呼吸綜合征(俗稱藍(lán)耳病)。該病毒有美洲
型和歐洲型兩個(gè)血清型。美洲型又有多個(gè)基因亞型。我國(guó)流行的美洲型PRRSV主要有傳統(tǒng)型、高致病
性和類NADC30型毒株,其主要區(qū)別存在于病毒的Nsp2基因。環(huán)介導(dǎo)的恒溫?cái)U(kuò)增(LAMP)是一種體
外恒溫核酸擴(kuò)增技術(shù),用于快速檢測(cè)DNA。RT-LAMP是一種逆轉(zhuǎn)錄LAMP,用于檢測(cè)RNA。本標(biāo)準(zhǔn)
RT-LAMP,根據(jù)PRRSV開(kāi)放閱讀框架7(ORF7)基因序列、ORF1a(非結(jié)構(gòu)蛋白Nsp2)基因序列設(shè)
計(jì)4組引物,建立4種RT-LAMP檢測(cè)方法(即LAMP1、LAMP2、LAMP3和LAMP4),其中LAMP1
的特異性引物識(shí)別ORF7基因,LAMP2、LAMP3和LAMP4的特異性引物識(shí)別Nsp2基因。每種LAMP
引物均包括兩對(duì)內(nèi)、外引物(內(nèi)引物FIP與BIP,外引物F3與B3)和一對(duì)環(huán)引物(LF與LB)。利用
Bst酶啟動(dòng)循環(huán)鏈置換反應(yīng),啟動(dòng)互補(bǔ)鏈合成,通過(guò)在同一鏈上互補(bǔ)序列周而復(fù)始形成有很多環(huán)狀結(jié)構(gòu)
的莖環(huán)DNA混合物,在恒溫條件下完成核酸擴(kuò)增反應(yīng)。從dNTP析出的焦磷酸根離子與反應(yīng)溶液中的
Mg2+結(jié)合,產(chǎn)生副產(chǎn)物(焦磷酸鎂)形成白色沉淀,加入顯色液,即可通過(guò)顏色變化觀察判定結(jié)果。
該檢測(cè)方法簡(jiǎn)便快速、敏感特異,不需要昂貴的儀器設(shè)備。
1
DB32/T3775—2020
5試劑和儀器設(shè)備
5.1試劑要求
除有特殊說(shuō)明外,所有生化試劑均為分析純。RNA提取相關(guān)試劑或用品均需經(jīng)無(wú)RNA酶處理。
5.2引物
PRRSVLAMP檢測(cè)引物和PRRSV毒株基因亞型鑒別LAMP引物,人工合成(基因序列見(jiàn)附錄B.1)。
5.3通用試劑
裂解液(TRIZOL);氯仿;0.01mol/L磷酸鹽緩沖液(PBS,pH7.2)(見(jiàn)附錄A.1);DEPC處理水(見(jiàn)
附錄A.2);異丙醇;75%乙醇;耐熱M-MLV(RNaseH-)反轉(zhuǎn)錄酶;pMD18-T載體;膠回收試劑盒(Qiagen);
質(zhì)粒DNA提取試劑盒(TaKaRa);PCR試劑(Promega)。
5.4LAMP試劑
——10×BstDNA聚合酶緩沖液(見(jiàn)附錄A.3);
——100mmol/LMgSO4;
——10mmol/LdNTPs(dATP,dCTP,dTTP,dGTP);
——8U/μLBstDNA聚合酶;
——5mol/L甜菜堿(Betaine);
——滅菌雙蒸水。
——SYBRGreenI染料,1000×。
5.5陰性及陽(yáng)性對(duì)照
5.5.1陰性對(duì)照
pMD18-T空載體質(zhì)粒。
5.5.2陽(yáng)性對(duì)照
LAMP1陽(yáng)性對(duì)照為pMD-BB-N質(zhì)粒(含高致病性PRRSVBB0907毒株ORF7基因);LAMP2陽(yáng)性對(duì)
照為pMD-S1-Nsp2質(zhì)粒(含傳統(tǒng)型PRRSVS1毒株Nsp2基因);LAMP3陽(yáng)性對(duì)照為pMD-BB-Nsp2質(zhì)粒(含
高致病性PRRSVBB0907毒株Nsp2基因);LAMP4陽(yáng)性對(duì)照為pMD-FJ-Nsp2質(zhì)粒(含類NADC30PRRSV
FJ1402毒株Nsp2基因)。
5.6儀器
高速冷凍離心機(jī),恒溫水浴鍋,微量移液器(0.5μL~10μL、20μL~200μL、100μL~1000μL),
PCR儀,EP反應(yīng)管(0.5mL、1.5mL),組織勻漿器或研缽。
6檢測(cè)程序
6.1樣品處理
按照NY/T541動(dòng)物疫病實(shí)驗(yàn)室檢驗(yàn)采樣方法,采集待檢豬的肺臟、脾臟和血清等樣品。肺臟、脾
臟取約1g,剪碎后按1:3(V/V)加入PBS(0.01mol/L,pH7.2),充分勻漿呈懸液。血清制備方法為:血
2
DB32/T3775—2020
液(不加抗凝劑)室溫靜置2h~3h后,4000r/min離心5min,取上清液置于EP管內(nèi)。處理好的勻漿懸
液和血清于-20℃保存?zhèn)溆谩?/p>
樣品RNA制備按照經(jīng)驗(yàn)證的RNA提取方法或等效的商品化RNA提取試劑盒,按照其使用說(shuō)明操
作。提取的RNA應(yīng)在2h內(nèi)進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄或放置于-20℃保存?zhèn)溆谩?/p>
6.2反轉(zhuǎn)錄(cDNA的合成)
配制反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)體系19μL,含M-MLV5×Reactionbuffer(含Mg2+)4μL;2.5mol/LdNTPs1μL;
Olige(dT)1μL,RNA酶抑制劑0.5μL;DEPCddH2O5.5μL,RNA7μL,70℃水浴5min后置冰上冷
卻至37℃,再加入1.0μL反轉(zhuǎn)錄酶M-MLV,42℃水浴1h得cDNA,用于下面LAMP擴(kuò)增,或-20℃
凍存?zhèn)溆谩?/p>
6.3LAMP檢測(cè)方法
6.3.1反應(yīng)體系
采用四管兩步RT-LAMP檢測(cè)方法進(jìn)行。
第一步(1管):采用LAMP1通用引物(見(jiàn)附錄B.1),檢測(cè)所有PRRSV毒株。
第二步(3管):對(duì)第一步檢測(cè)結(jié)果為陽(yáng)性的樣本,采用LAMP2、LAMP3和LAMP4引物(見(jiàn)附錄B.1),
用3個(gè)EP管,同時(shí)進(jìn)行LAMP,鑒別不同基因亞型PRRSV。
四個(gè)反應(yīng)管反應(yīng)體系相同,總體積25μL,具體反應(yīng)體系如下:
10×BstDNA聚合酶緩沖液(見(jiàn)附錄A.3)2.5μL
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