基因表達(dá)譜分析報(bào)告項(xiàng)目說明具體內(nèi)容備注樣本信息提供樣本的基本信息樣本名稱、樣本類型、采集時(shí)間、采集地點(diǎn)、儲(chǔ)存條件等數(shù)據(jù)分析方法分析所采用的方法和技術(shù)數(shù)據(jù)預(yù)處理、標(biāo)準(zhǔn)化、差異基因篩選、功能富集分析、生存分析等數(shù)據(jù)分析結(jié)果展示分析后的主要結(jié)果1.差異表達(dá)基因列表2.功能富集分析結(jié)果3.生存分析結(jié)果差異表達(dá)基因分析得到的差異表達(dá)基因列表基因名稱、基因ID、表達(dá)量變化倍數(shù)、P值、調(diào)整后P值等功能富集分析差異表達(dá)基因的功能富集分析結(jié)果1.GO富集分析2.KEGG通路分析生存分析對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行生存分析的結(jié)果1.生存曲線2.生存分析統(tǒng)計(jì)量結(jié)論根據(jù)分析結(jié)果得出的結(jié)論參考文獻(xiàn)分析過程中引用的參考文獻(xiàn)列出相關(guān)參考文獻(xiàn)，以支持分析結(jié)果數(shù)據(jù)來源分析所使用的數(shù)據(jù)來源數(shù)據(jù)庫、生物信息平臺(tái)等分析方法詳細(xì)說明詳細(xì)說明所采用的分析方法針對(duì)每個(gè)分析方法進(jìn)行詳細(xì)描述結(jié)果可視化分析結(jié)果的圖表展示展示差異表達(dá)基因熱圖、功能富集分析圖、生存分析圖等討論對(duì)分析結(jié)果的討論結(jié)合相關(guān)研究，討論分析結(jié)果的生物學(xué)意義和潛在應(yīng)用附錄提供額外的信息或數(shù)據(jù)例如原始數(shù)據(jù)、分析代碼等序號(hào)項(xiàng)目詳細(xì)說明數(shù)據(jù)來源分析方法結(jié)果展示結(jié)論1樣本信息樣本來源、類型、數(shù)量、采集時(shí)間、儲(chǔ)存條件等樣本庫/實(shí)驗(yàn)室記錄2數(shù)據(jù)預(yù)處理樣本質(zhì)量檢查、數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化、質(zhì)量控制等生物信息平臺(tái)R/Bioconductor質(zhì)量控制圖3差異表達(dá)基因篩選基于統(tǒng)計(jì)顯著性篩選差異表達(dá)基因DESeq2/RBioconductorDESeq2、edgeR差異表達(dá)基因列表4基因功能富集分析基于GO/KEGG等數(shù)據(jù)庫分析基因功能DAVID、GOrillaGO富集、KEGG通路功能富集結(jié)果圖5基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析分析基因之間的相互作用網(wǎng)絡(luò)CytoscapeCytoscape插件共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)圖6生存分析分析基因表達(dá)與臨床數(shù)據(jù)之間的關(guān)系KaplanMeier、SurvivalKaplanMeier分析、COX回歸生存曲線圖7數(shù)據(jù)可視化可視化基因表達(dá)譜、功能富集結(jié)果、生存分析結(jié)果等R、Pythonggplot2、seaborn可視化圖表8生物標(biāo)志物發(fā)覺鑒定與疾病相關(guān)的潛在生物標(biāo)志物ROC曲線分析ROC曲線、AUC值生物標(biāo)志物列表9討論與分析結(jié)合相關(guān)文獻(xiàn)和實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，討論分析結(jié)果的意義文獻(xiàn)檢索文獻(xiàn)綜述10結(jié)論序號(hào)分析步驟操作細(xì)節(jié)工具/軟件預(yù)期輸出實(shí)施說明1樣本準(zhǔn)備樣本來源、提取RNA、質(zhì)量檢測(cè)純化后的RNA根據(jù)實(shí)驗(yàn)手冊(cè)進(jìn)行RNA提取，使用NanoDrop或Qubit檢測(cè)RNA濃度和純度2cDNA合成使用隨機(jī)引物進(jìn)行cDNA合成PrimeScriptRTMasterMix第一鏈cDNA將RNA模板轉(zhuǎn)換為cDNA，便于后續(xù)分析3qPCR驗(yàn)證cDNA質(zhì)量和完整性qPCR儀、SYBRGreenMasterMixcDNA溶解曲線保證cDNA模板無降解，qPCR反應(yīng)無引物二聚體4基因表達(dá)定量使用多重引物進(jìn)行qPCRqPCR儀、多重引物基因表達(dá)水平對(duì)目標(biāo)基因進(jìn)行定量，比較不同樣本之間的表達(dá)差異5數(shù)據(jù)歸一化使用標(biāo)準(zhǔn)化方法對(duì)表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行歸一化歸一化后的表達(dá)矩陣通過歸一化消除實(shí)驗(yàn)批次和樣本量對(duì)結(jié)果的影響6差異表達(dá)分析使用統(tǒng)計(jì)軟件進(jìn)行差異表達(dá)基因篩選DESeq2、edgeR差異表達(dá)基因列表篩選出在實(shí)驗(yàn)條件下差異表達(dá)的基因7功能注釋對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行GO和KEGG注釋DAVID、GOA功能注釋結(jié)果確定差異表達(dá)基因的功能和通路8網(wǎng)絡(luò)分析構(gòu)建基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)Cytoscape共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)圖摸索基因之間的相互作用和調(diào)控關(guān)系9預(yù)測(cè)模型構(gòu)建使用機(jī)器學(xué)習(xí)算法預(yù)測(cè)基因功能RandomForest、S