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文檔簡介
ICS11.220
B41
DB34
安徽省地方標(biāo)準(zhǔn)
DB34/T3660—2020
鴨肝炎病毒1型和3型雙重RT-PCR
檢測方法
DuplexRT-PCRassayfordetectionofduckhepatitisvirustype1andtype3
文稿版次選擇
2020-08-03發(fā)布2020-09-03實(shí)施
安徽省市場監(jiān)督管理局發(fā)布
DB34/T3660—2020
前言
本標(biāo)準(zhǔn)按照GB/T1.1-2009給出的規(guī)則起草。
本標(biāo)準(zhǔn)由安徽省農(nóng)業(yè)科學(xué)院畜牧獸醫(yī)研究所提出。
本標(biāo)準(zhǔn)由安徽省農(nóng)業(yè)標(biāo)準(zhǔn)化技術(shù)委員會歸口。
本標(biāo)準(zhǔn)起草單位:安徽省農(nóng)業(yè)科學(xué)院畜牧獸醫(yī)研究所、安徽省動物疫病預(yù)防與控制中心、太湖縣小
池鎮(zhèn)農(nóng)業(yè)農(nóng)村綜合服務(wù)中心、合肥野生動物園、銅陵市動物疫病預(yù)防與控制中心、銅陵市義安區(qū)畜牧獸
醫(yī)局。
本標(biāo)準(zhǔn)主要起草人:潘孝成、占松鶴、沈?qū)W懷、何學(xué)豐、郭長進(jìn)、范萍萍、尹磊、趙瑞宏、戴銀、
何為俊、吳娟、胡曉苗、侯宏艷、周學(xué)利、張丹俊、周迎春、王軍。
I
DB34/T3660—2020
鴨肝炎病毒1型和3型雙重RT-PCR檢測方法
1范圍
本標(biāo)準(zhǔn)規(guī)定了鴨肝炎病毒1型(DHV-1)和鴨肝炎病毒3型(DHV-3)雙重RT-PCR檢測方法的技術(shù)要求。
本標(biāo)準(zhǔn)適用于鴨病變肝組織、接種疑似病料的鴨胚尿囊液或細(xì)胞培養(yǎng)物中DHV-1型和DHV-3型核酸的
檢測。
2縮略語
下列縮略語適用于本文件。
DHV:鴨肝炎病毒(duckhepatitisvirus)
RT-PCR:反轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(reversetranscription-polymerasechainreaction)
RNA:核糖核酸(ribonucleicacid)
DNA:脫氧核糖核酸(deoxyribonucleicacid)
DEPC:焦炭酸二乙酯(diethylpyrocarbonate)
Taq酶:TaqDNA聚合酶(TaqDNApolymerase)
dNTP:脫氧核糖核苷三磷酸(deoxy-ribonucleosidetriphosphate)
M-MLV:莫洛尼氏鼠白血病病毒(moloneymurineleukemiavirus)
PBS:磷酸緩沖液(phosphatebuffersolution)
TAE:Tris-乙酸電泳緩沖液(trisacetate-EDTAbuffer)
EB:溴化乙錠(ethidiumbromide)
3主要儀器
3.1PCR擴(kuò)增儀。
3.2臺式低溫高速離心機(jī)(最大離心力12000g以上)。
3.3電泳儀。
3.4凝膠成像系統(tǒng)。
3.5冰箱(-20℃;-80℃)。
3.6微波爐。
3.7分析天平(感量0.01g)。
3.8水浴鍋。
3.9微量移液器(2.5μL;10μL;200μL;1000μL)。
4試劑
4.1RNA抽提試劑:Trizol或其他商品化RNA提取試劑。
4.2氯仿、異丙醇、無水乙醇,均為分析純。
1
DB34/T3660—2020
4.3M-MLV反轉(zhuǎn)錄酶。
4.4RNA酶抑制劑。
4.5DEPC處理的滅菌水。
4.6TaqDNA聚合酶。
4.7dNTP。
4.8DNA分子標(biāo)準(zhǔn)(DNAMarker)。
4.9RT-PCR反應(yīng)試劑。
4.10EB(10μg/μL)或核酸染料。
4.11磷酸鹽緩沖液(PBS,0.01mol/L,pH7.2),見附錄A中的A.1。
4.1250×TAE電泳緩沖液,見附錄A中的A.2。
4.131%瓊脂糖凝膠,見附錄A中的A.3。
4.14引物:DHV-1擴(kuò)增上游引物,5’-GGTGATTCTAACCAGTTGGGG-3’,下游引物,
5’-TTCAATTTCCAGATTGAGTTCAAA-3’;DHV-3擴(kuò)增上游引物,5’-GATGTAGTTATGGTGCTTAGACGC-3’,下游
引物,5’-ACGAACCAGCCATTGACG-3’,引物濃度均為10pmol/μL。
4.15陽性對照樣品:DHV-1和DHV-3鴨胚接種尿囊液毒;陰性對照樣品:正常鴨胚尿囊液。
5樣品的采集及處理
5.1采樣工具
15mL離心管、1.5mL離心管、剪刀、鑷子和研缽,經(jīng)121(±2)℃,15min高壓滅菌并烘干。
5.2采樣與處理
5.2.1鴨病變肝組織
采取病死或剖殺鴨的肝組織1g左右,按1:5倍體積加入0.01mol/LpH7.2PBS,研磨凍融3
次,裝入15mL滅菌離心管中,8000g離心10min,取上清液轉(zhuǎn)入1.5mL離心管中,-80℃保存?zhèn)?/p>
用。
5.2.2鴨胚尿囊液和細(xì)胞培養(yǎng)物
鴨胚尿囊液、細(xì)胞培養(yǎng)物凍融3次,轉(zhuǎn)入1.5mL離心管中,-80℃保存?zhèn)溆谩?/p>
6RT-PCR檢測
6.1RNA提取
6.1.1用Trizol或其他商品化RNA提取試劑提取待測樣品、陽性對照和陰性對照樣品的RNA。
6.1.2200μL的樣品和800μLTrizol置于一個1.5mL離心管,反復(fù)顛倒混勻,室溫靜置5min。
6.1.312000g4℃離心5min,吸取上清液移入新的離心管中,加入200μL氯仿,劇烈振蕩15s,
室溫靜置5min。
6.1.412000g4℃離心15min,吸取上清液移入新的離心管中(注意不要吸出中間層),加入等體
積異丙醇,上下顛倒混勻,室溫靜置10min。
6.1.512000g4℃離心10min,小心棄去上清液,加入75%乙醇1mL(DEPC水配制)。
6.1.612000g4℃離心5min,棄去乙醇,室溫干燥2~5min,加入適量DEPC水,-80℃保存?zhèn)溆谩?/p>
2
DB34/T3660—2020
6.2反轉(zhuǎn)錄(cDNA合成)
6.2.1在PCR反應(yīng)管中依次加入:OligodTPrimerorRandomPrimers1μL,dNTPs(10mmol/L)1μL,
檢測樣品RNA3μL,DEPC水6μL。
6.2.2水浴鍋或PCR儀中,65℃作用5min,冰上急冷2min。
6.2.3在上述反應(yīng)管中再依次加入:
——5×RTBuffer4μL,RNaseInhibitor(40U/μL)0.5μL,M-MLV反轉(zhuǎn)錄酶(200U/μL)1μL,
DEPC水3.5μL。
6.2.4PCR儀中,42℃作用60min,再70℃作用15min,-20℃保存?zhèn)溆谩?/p>
6.3PCR反應(yīng)
6.3.1PCR反應(yīng)體系
10×PCRBuffer2.5μL,DHV-1和DHV-3上游引物各1μL,DHV-1和DHV-3下游引物各1μL,
dNTPs(2.5mmol/L)2μL,TaqDNA聚合酶0.25μL,反轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物5μL,滅菌去離子水11.25μL,
總反應(yīng)體系25μL。
6.3.2PCR反應(yīng)條件
94℃5min;94℃1min,52℃50s,72℃1min,35個循環(huán);72℃10min。
6.4電泳檢測
將PCR擴(kuò)增產(chǎn)物5μL與2μL上樣緩沖液混合,點(diǎn)樣于1%瓊脂糖凝膠板加樣孔中,瓊脂糖凝
膠板一側(cè)點(diǎn)樣孔加入DNAMarkerIII,緩沖液為1×TAE,以5V/cm電壓電泳30min左右。電泳后,
置于凝膠成像系統(tǒng)下觀察,根據(jù)DNA分子質(zhì)量大?。―NAmarker)判斷RT-PCR擴(kuò)展產(chǎn)物大小。
7結(jié)果判定
7.1當(dāng)陽性對照在預(yù)期大小的位置720bp和642bp出現(xiàn)特異性條帶,陰性對照均未出現(xiàn)預(yù)期大小
目的條帶時(shí),實(shí)驗(yàn)結(jié)果成立。
7.2被檢樣品在720bp位置出現(xiàn)特異性條帶為DHV-1核酸陽性,被檢樣品在642bp位置出現(xiàn)特異
性條帶為DHV-3核酸陽性。如圖1所示。
3
DB34/T3660—2020
圖中:
M——DL2000Marker;
1——陽性對照樣品;
2——DHV-1陽性樣品;
3——DHV-3陽性樣品;
4——陰性對照樣品。
圖1PCR擴(kuò)增電泳圖
4
DB34/T3660—2020
AA
附錄A
(規(guī)范性附錄)
試劑配制
A.10.01mol/LpH7.2磷酸鹽緩沖液(PBS)的配制
A.1.10.2mol/L磷酸氫二鈉溶液:稱取磷酸氫二鈉(Na2HPO4·12H2O)71.6g,先加適量滅菌去離子
水溶解,最后定容至1000mL,混勻。
A.1.20.2mol/L磷酸二氫鈉溶液:稱取磷酸二氫鈉(NaH2PO4·H2O)27.6g,先加適量滅菌去離子水
溶解,最后定容至1000mL,混勻。
A.1.3量取0.2moL/L磷酸氫二鈉溶液36mL,0.2mol/L磷酸二氫鈉溶液14mL,稱取氯化鈉8.
5g,加滅菌去離子水800mL,調(diào)pH值至7.2,最后定容至1000mL,4℃保存。
A.2電泳緩沖液(50倍)
A.2.10.5mol/L乙二銨四乙酸二鈉(EDTA)溶液(pH8.0)
二水乙二銨四乙酸二鈉(分析純)18.61g
滅菌雙蒸水80mL
氫氧化鈉(分析純)
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