宏基因組二代測(cè)序技術(shù)在血液病患者感染病原診斷中的應(yīng)用中國(guó)專家共識(shí)（2023年版）解讀精準(zhǔn)診斷助力血液病感染防控目錄第一章第二章第三章背景與意義技術(shù)原理與流程臨床實(shí)施規(guī)范目錄第四章第五章第六章2023版共識(shí)更新要點(diǎn)臨床案例分析應(yīng)用價(jià)值與展望背景與意義1.血液病患者因原發(fā)病或治療導(dǎo)致免疫功能嚴(yán)重受損，感染風(fēng)險(xiǎn)顯著升高，且臨床表現(xiàn)常不典型，易被原發(fā)病癥狀掩蓋。免疫功能低下細(xì)菌、真菌、病毒及罕見(jiàn)病原體均可能感染，傳統(tǒng)檢測(cè)方法（如培養(yǎng)、PCR）覆蓋范圍有限，難以全面篩查。病原譜廣泛培養(yǎng)需數(shù)日至數(shù)周，且陽(yáng)性率低（如血培養(yǎng)僅30%-40%），延誤精準(zhǔn)治療時(shí)機(jī)。傳統(tǒng)檢測(cè)時(shí)效性差患者常同時(shí)感染多種病原體，傳統(tǒng)方法難以同步檢測(cè)，導(dǎo)致漏診或誤診。混合感染常見(jiàn)血液病患者感染診斷難點(diǎn)mNGS技術(shù)核心優(yōu)勢(shì)無(wú)需預(yù)設(shè)靶標(biāo)，可一次性檢測(cè)DNA/RNA病原體（包括細(xì)菌、病毒、真菌、寄生蟲(chóng)等），覆蓋罕見(jiàn)或新發(fā)病原。廣譜病原檢測(cè)直接檢測(cè)臨床樣本中的核酸，24-48小時(shí)內(nèi)出具報(bào)告，尤其適用于急危重癥感染診斷。高靈敏度與速度同步檢測(cè)病原體耐藥基因（如碳青霉烯酶基因），指導(dǎo)抗生素精準(zhǔn)選擇，優(yōu)化治療方案。耐藥基因分析明確mNGS在血液病發(fā)熱待查、重癥肺炎、中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染等場(chǎng)景的優(yōu)先級(jí)別，避免濫用或漏檢。規(guī)范應(yīng)用場(chǎng)景技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)化多學(xué)科協(xié)作成本效益平衡統(tǒng)一樣本采集（如血漿、肺泡灌洗液）、測(cè)序流程及生信分析閾值，減少假陽(yáng)/陰性結(jié)果。強(qiáng)調(diào)感染科、血液科與微生物實(shí)驗(yàn)室聯(lián)合解讀報(bào)告，結(jié)合臨床判斷，避免過(guò)度依賴技術(shù)結(jié)果。提出分層檢測(cè)策略（如先常規(guī)檢測(cè)后mNGS），在診斷價(jià)值與醫(yī)療經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān)間取得平衡。共識(shí)制定臨床必要性技術(shù)原理與流程2.高通量測(cè)序技術(shù)基于二代測(cè)序平臺(tái)對(duì)臨床樣本中所有核酸（DNA/RNA）進(jìn)行無(wú)偏倚測(cè)序，可同時(shí)檢測(cè)細(xì)菌、病毒、真菌、寄生蟲(chóng)等病原體，突破傳統(tǒng)培養(yǎng)法的局限性。病原體核酸富集通過(guò)宿主核酸去除、靶向捕獲或全基因組擴(kuò)增技術(shù)提高病原體核酸比例，確保低載量病原的檢出靈敏度。數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)分析將測(cè)序數(shù)據(jù)與病原微生物基因組數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)，通過(guò)特異性序列標(biāo)記實(shí)現(xiàn)病原體種屬鑒定和耐藥基因檢測(cè)。010203mNGS檢測(cè)基本原理輸入標(biāo)題運(yùn)輸保存條件樣本類型選擇優(yōu)先選擇感染部位標(biāo)本（如血液、肺泡灌洗液、腦脊液），避免污染；對(duì)于血流感染需采集足量全血（≥3mL）以提高檢出率。針對(duì)血液病患者免疫功能低下特點(diǎn)，需增加測(cè)序深度（≥20Mreads）以提高低豐度病原體檢出率。要求樣本核酸濃度≥0.1ng/μL，宿主DNA占比≤95%，并設(shè)置陰性對(duì)照排除環(huán)境或試劑污染。使用專用核酸穩(wěn)定管，室溫下運(yùn)輸不超過(guò)24小時(shí)，4℃保存不超過(guò)72小時(shí)，避免反復(fù)凍融導(dǎo)致核酸降解。特殊人群適配質(zhì)量控制標(biāo)準(zhǔn)樣本采集處理規(guī)范要點(diǎn)三原始數(shù)據(jù)過(guò)濾去除低質(zhì)量序列（Q值<20）、短讀長(zhǎng)（<50bp）及宿主來(lái)源序列（如人基因組hg38），保留高質(zhì)量微生物數(shù)據(jù)。要點(diǎn)一要點(diǎn)二病原體鑒定通過(guò)Kraken2、Centrifuge等算法與NCBIRefSeq等數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)，設(shè)定閾值（如≥3條特異性讀長(zhǎng)）避免假陽(yáng)性。耐藥與毒力分析結(jié)合ARGs-OAP、VFDB等數(shù)據(jù)庫(kù)預(yù)測(cè)耐藥基因和毒力因子，為臨床用藥提供分子依據(jù)。要點(diǎn)三生物信息分析流程臨床實(shí)施規(guī)范3.免疫功能低下患者血液病患者因原發(fā)病或治療導(dǎo)致免疫功能受損，感染風(fēng)險(xiǎn)顯著增高，mNGS技術(shù)可覆蓋廣譜病原體，尤其適用于傳統(tǒng)檢測(cè)陰性但臨床高度懷疑感染的病例。疑難復(fù)雜感染對(duì)于臨床表現(xiàn)不典型、病原體種類復(fù)雜（如混合感染）或常規(guī)微生物學(xué)檢測(cè)耗時(shí)長(zhǎng)的病例，mNGS可快速提供病原學(xué)依據(jù)，指導(dǎo)精準(zhǔn)治療。重癥感染早期診斷血流感染、中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染等危重情況需快速明確病原體，mNGS的高通量特性可縮短診斷時(shí)間窗，改善預(yù)后。適用人群與適應(yīng)癥全血樣本適用于血流感染或播散性感染的檢測(cè)，需注意樣本采集時(shí)機(jī)（如發(fā)熱期）及抗凝劑選擇（EDTA優(yōu)于肝素），以減少假陰性風(fēng)險(xiǎn)。肺部感染首選樣本類型，可提高呼吸道病原體（如細(xì)菌、真菌、病毒）的檢出率，尤其對(duì)免疫抑制患者的侵襲性真菌感染診斷價(jià)值顯著。中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染的關(guān)鍵樣本，需確保無(wú)菌采集并優(yōu)先送檢，mNGS可突破傳統(tǒng)培養(yǎng)的限制，檢測(cè)苛養(yǎng)菌、病毒及罕見(jiàn)病原體。深部組織感染（如膿腫、骨髓炎）的病原學(xué)診斷金標(biāo)準(zhǔn)，需結(jié)合病理檢查，mNGS可輔助鑒定培養(yǎng)陰性或特殊病原體（如結(jié)核分枝桿菌）。肺泡灌洗液（BALF）腦脊液（CSF）組織活檢標(biāo)本送檢樣本類型選擇報(bào)告解讀標(biāo)準(zhǔn)化需結(jié)合患者病史、癥狀、影像學(xué)及傳統(tǒng)檢測(cè)結(jié)果，區(qū)分病原體定植與感染，避免過(guò)度解讀低序列數(shù)或環(huán)境背景菌。臨床相關(guān)性評(píng)估建立實(shí)驗(yàn)室特異性閾值（如reads數(shù)、基因組覆蓋度），排除污染或測(cè)序噪音，確保結(jié)果可靠性；同時(shí)標(biāo)注檢測(cè)限及技術(shù)局限性。閾值設(shè)定與質(zhì)量控制由感染科、血液科、微生物實(shí)驗(yàn)室共同參與報(bào)告解讀，制定個(gè)體化抗感染方案，尤其對(duì)罕見(jiàn)或耐藥病原體需專家共識(shí)支持。多學(xué)科協(xié)作機(jī)制2023版共識(shí)更新要點(diǎn)4.新增病原體數(shù)據(jù)庫(kù)擴(kuò)展罕見(jiàn)病原體覆蓋：新版共識(shí)將臨床罕見(jiàn)但高致死率的病原體（如毛霉菌、諾卡菌）納入數(shù)據(jù)庫(kù)，顯著提升血液病患者合并特殊感染時(shí)的檢出率，彌補(bǔ)傳統(tǒng)培養(yǎng)法的局限性。整合區(qū)域性流行病學(xué)數(shù)據(jù)：結(jié)合中國(guó)不同地區(qū)血液病中心的病原體分布特征，優(yōu)化數(shù)據(jù)庫(kù)權(quán)重算法，使檢測(cè)結(jié)果更符合本土化臨床需求。動(dòng)態(tài)更新機(jī)制：建立與國(guó)際病原體基因組計(jì)劃（如GISAID）的實(shí)時(shí)對(duì)接通道，確保對(duì)變異病原體（如耐藥結(jié)核分枝桿菌）的識(shí)別靈敏度。明確耐藥基因檢測(cè)閾值針對(duì)碳青霉烯酶基因（blaKPC、blaNDM等）設(shè)定最低檢出限，避免假陰性導(dǎo)致治療方案失效，同時(shí)通過(guò)機(jī)器學(xué)習(xí)模型區(qū)分定植與感染相關(guān)的耐藥基因。新增聯(lián)合用藥指導(dǎo)基因除β-內(nèi)酰胺類耐藥基因外，新增針對(duì)唑類抗真菌藥（CYP51A突變）、糖肽類抗生素（vanA/vanB）的耐藥標(biāo)記檢測(cè)，為血液病合并粒細(xì)胞缺乏患者的精準(zhǔn)用藥提供依據(jù)。耐藥-毒力共進(jìn)化分析要求對(duì)耐甲氧西林金黃色葡萄球菌（MRSA）等病原體同時(shí)檢測(cè)毒力因子（如PVL毒素基因），評(píng)估感染嚴(yán)重程度與治療難度。報(bào)告臨床注釋層級(jí)根據(jù)耐藥基因的臨床證據(jù)等級(jí)（如CLSI標(biāo)準(zhǔn)）劃分"必須報(bào)告"與"研究性報(bào)告"內(nèi)容，避免臨床誤讀。01020304耐藥基因檢測(cè)建議引入內(nèi)參梯度濃度體系：采用人工合成標(biāo)準(zhǔn)品（如SEQC2標(biāo)準(zhǔn)株）監(jiān)控DNA提取效率，要求人源基因組污染率<0.1%，確保低生物量樣本（如腦脊液）的檢測(cè)可靠性。規(guī)范陰性結(jié)果解讀標(biāo)準(zhǔn)：明確不同標(biāo)本類型（外周血/肺泡灌洗液/組織）的背景微生物閾值，區(qū)分真實(shí)感染與樣本污染。建立生信分析雙流程校驗(yàn)：要求原始數(shù)據(jù)必須通過(guò)兩種獨(dú)立算法（如Kraken2與Centrifuge）并行分析，關(guān)鍵病原體需經(jīng)手動(dòng)基因組比對(duì)確認(rèn)，降低假陽(yáng)性風(fēng)險(xiǎn)。質(zhì)量控制新標(biāo)準(zhǔn)臨床案例分析5.0102發(fā)熱待查案例1例急性白血病化療后粒細(xì)胞缺乏患者持續(xù)高熱，傳統(tǒng)血培養(yǎng)陰性，mNGS檢出肺炎克雷伯菌復(fù)合體及EB病毒，針對(duì)性治療5天后體溫正常。中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染1例再生障礙性貧血患者出現(xiàn)意識(shí)障礙，腦脊液mNGS檢出人類皰疹病毒7型，經(jīng)更昔洛韋治療后神經(jīng)癥狀改善。導(dǎo)管相關(guān)血流感染造血干細(xì)胞移植后患者PICC置管部位紅腫，mNGS在血液樣本中檢出表皮葡萄球菌和近平滑假絲酵母菌混合感染。腸道定植菌激活1例AML患者化療后出現(xiàn)膿毒癥，mNGS發(fā)現(xiàn)腸道來(lái)源的大腸埃希菌和艱難梭菌毒素基因，提示黏膜屏障破壞導(dǎo)致的菌群移位。耐藥基因檢測(cè)價(jià)值1例MDS患者檢出碳青霉烯類耐藥肺炎克雷伯菌，mNGS同步發(fā)現(xiàn)blaKPC耐藥基因，為精準(zhǔn)選擇多黏菌素提供依據(jù)。030405粒細(xì)胞缺乏期感染診斷真菌-病毒共感染異基因移植后患者CT示"暈輪征"，BALF-mNGS同時(shí)檢出煙曲霉和CMV，聯(lián)合抗真菌與抗病毒治療成功。非結(jié)核分枝桿菌感染1例移植后6個(gè)月患者慢性咳嗽，mNGS檢出鳥(niǎo)分枝桿菌復(fù)合群，經(jīng)克拉霉素+乙胺丁醇方案治愈。肺孢子菌合并感染移植后淋巴細(xì)胞減少患者發(fā)生呼吸衰竭，mNGS檢出耶氏肺孢子菌與HHV-6共感染，SMZ聯(lián)合更昔洛韋治療有效。罕見(jiàn)細(xì)菌檢出1例移植后BO患者痰液mNGS檢出諾卡菌屬，傳統(tǒng)培養(yǎng)3周后才陽(yáng)性，凸顯快速診斷優(yōu)勢(shì)。移植后肺部混合感染罕見(jiàn)病原體檢出實(shí)例1例淋巴瘤患者持續(xù)發(fā)熱伴肝脾腫大，血清學(xué)陰性，mNGS在骨髓中檢出漢賽巴爾通體特異性序列。巴爾通體感染HSCT后腹瀉患者腸鏡活檢mNGS檢出比氏腸胞微孢子蟲(chóng)，阿苯達(dá)唑治療顯效。微孢子蟲(chóng)感染1例化療后全血細(xì)胞減少患者出現(xiàn)高熱、血小板驟降，mNGS報(bào)告無(wú)形體屬特異基因片段，多西環(huán)素治療迅速起效。嗜吞噬細(xì)胞無(wú)形體應(yīng)用價(jià)值與展望6.縮短診斷時(shí)間窗快速病原檢測(cè)：宏基因組二代測(cè)序（mNGS）技術(shù)可一次性檢測(cè)多種病原體，顯著縮短傳統(tǒng)培養(yǎng)或PCR方法的耗時(shí)，尤其適用于血液病患者的急性感染診斷。減少經(jīng)驗(yàn)性用藥依賴：通過(guò)快速明確病原體，避免因等待傳統(tǒng)檢測(cè)結(jié)果而延誤治療，降低因經(jīng)驗(yàn)性用藥不當(dāng)導(dǎo)致的耐藥風(fēng)險(xiǎn)。提升重癥感染救治效率：對(duì)于免疫功能低下的血液病患者，mNGS能在感染早期提供精準(zhǔn)病原學(xué)依據(jù)，為臨床爭(zhēng)取關(guān)鍵治療時(shí)間。精準(zhǔn)靶向治療mNGS可識(shí)別罕見(jiàn)或混合感染病原體（如真菌、病毒、非典型細(xì)菌），指導(dǎo)臨床選擇針對(duì)性抗菌藥物，減少?gòu)V譜抗生素濫用。耐藥基因分析該技術(shù)可同步檢測(cè)病原體耐藥基因，輔助評(píng)估抗菌藥物敏感性，優(yōu)化治療方案并延緩耐藥性發(fā)展。動(dòng)態(tài)監(jiān)測(cè)療效通過(guò)連續(xù)mNGS檢測(cè)可評(píng)估病原體載量變化，實(shí)時(shí)調(diào)整用藥方案，避免過(guò)度治療或治療不足。降低醫(yī)療成本精準(zhǔn)用藥減少不必要的藥物消耗及耐藥相關(guān)并發(fā)癥，從