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ICS
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團(tuán)體標(biāo)準(zhǔn)
T/CVMAXXXXX—XXXX
非洲豬瘟病毒一體化分子檢測(cè)方法
Automaticintelligentmoleculardetectionmethod
forAfricanswinefevervirus
征求意見稿
XXXX-XX-XX發(fā)布XXXX-XX-XX實(shí)施
中國(guó)獸醫(yī)協(xié)會(huì)發(fā)布
T/CVMAXXXXX—XXXX
非洲豬瘟病毒一體化分子檢測(cè)方法
1范圍
本文件規(guī)定了非洲豬瘟病毒一體化分子檢測(cè)方法的技術(shù)原理、試劑與耗材、儀器設(shè)備、操作方法和
結(jié)果判定。
本文件適用于豬唾液、血清或血漿、拭子(包括口鼻拭子、血拭子、肛拭子)、組織研磨液、種豬
精液中非洲豬瘟病毒核酸的檢測(cè)。
2規(guī)范性引用文件
下列文件中的內(nèi)容通過(guò)文中的規(guī)范性引用而構(gòu)成本文件必不可少的條款。其中,注日期的引用文件,
僅該日期對(duì)應(yīng)的版本適用于本文件;不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改單)適用于本
文件。
GB19489實(shí)驗(yàn)室生物安全通用要求
GB/T6682分析實(shí)驗(yàn)室用水規(guī)格和試驗(yàn)方法
NY/T541獸醫(yī)診斷樣品采集、保存與運(yùn)輸技術(shù)規(guī)范
SN/T1193基因檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室技術(shù)要求
3術(shù)語(yǔ)和定義
下列術(shù)語(yǔ)和定義適用于本文件。
3.1MAOPA技術(shù)
MAOPA(MagneticbeadsmediatedAll-in-OnePolymeraseAmplification)技術(shù),即磁珠介導(dǎo)的一體
化聚合酶擴(kuò)增技術(shù),實(shí)現(xiàn)磁珠貫穿核酸檢測(cè)的全流程,減少了樣品核酸隨著吸附、洗滌、洗脫直至擴(kuò)增
逐級(jí)發(fā)生的損耗,具備較強(qiáng)的兼容性,可為各類核酸檢測(cè)方法的一體化提供技術(shù)平臺(tái)。
3.2Unigen系統(tǒng)
Unigen系統(tǒng)是基于MAOPA技術(shù)開發(fā)的智能軟件、搭配精密硬件的全封閉智能分析系統(tǒng),采用微流
控卡槽式芯片技術(shù)將核酸提取與分子擴(kuò)增整合在一體化全封閉反應(yīng)裝置中。
4符號(hào)和縮略語(yǔ)
下列縮略語(yǔ)適用于本文件。
ASFV:非洲豬瘟病毒(AfricanSwineFeverVirus)
DNA:脫氧核糖核酸(DeoxyriboNucleicAcid)
PCR:聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PolymeraseChainReaction)
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5原理
本方法針對(duì)非洲豬瘟病毒P72基因序列設(shè)計(jì)特異性引物和探針,并根據(jù)隨機(jī)DNA序列設(shè)計(jì)了內(nèi)標(biāo)引
物和探針,同時(shí)將核酸提取與熒光PCR擴(kuò)增通過(guò)微流控卡槽式芯片技術(shù)整合為一體,病原核酸可隨著磁
珠全部進(jìn)入反應(yīng)體系,實(shí)現(xiàn)基于MAOPA技術(shù)的一體化分子檢測(cè)。其中檢測(cè)卡盒為本試劑盒重要組分之
一,在一體化卡盒的不同腔體位置依次裝填各檢測(cè)試劑密封后制備而成。其特征在于:通過(guò)在一個(gè)密閉
卡盒內(nèi)設(shè)置多個(gè)分離腔體,相鄰分離腔體之間使用柱塞阻斷,分離腔體內(nèi)分別放置有裂解液、洗滌液和
反應(yīng)液;檢測(cè)樣品時(shí),推動(dòng)各個(gè)柱塞,使柱塞的柱塞孔對(duì)準(zhǔn)分離腔體,進(jìn)而導(dǎo)通各個(gè)分離腔體,利用電
磁控制方式,控制隨待測(cè)樣品一同加入的磁珠,依次經(jīng)過(guò)各個(gè)分離腔體,完成樣品核酸的吸附、洗滌、
洗脫和反應(yīng),最后從外部對(duì)反應(yīng)液中基因擴(kuò)增引起的熒光信號(hào)變化進(jìn)行光學(xué)檢測(cè)。與傳統(tǒng)的熒光PCR
方法比較,非洲豬瘟病毒一體化分子檢測(cè)方法操作更加便捷,特異性、敏感性、重復(fù)性好,降低污染風(fēng)
險(xiǎn),為非洲豬瘟病毒的感染早期的精準(zhǔn)檢測(cè)及環(huán)境監(jiān)測(cè)提供了技術(shù)支撐。
6試劑和耗材
6.1試劑
6.1.1除特別說(shuō)明以外,本文件所用試劑均為分析純,試驗(yàn)用水符合GB/T6682中二級(jí)水的要求。
6.1.2洗滌液Ⅰ,按照附錄A中A.1配制。
6.1.3洗滌液Ⅱ,按照附錄A中A.2配制。
6.1.4裂解液,按照附錄A中A.3配制。
6.1.5磁珠,按照附錄A中A.4配制。
6.1.6針對(duì)非洲豬瘟病毒P72基因序列設(shè)計(jì)的特異性引物和探針,并根據(jù)隨機(jī)DNA序列設(shè)計(jì)的內(nèi)標(biāo)
引物和探針。P72基因序列和內(nèi)標(biāo)基因序列見附錄B,引物和探針序列見表1。
表1引物和探針序列
名稱序列
ASFV檢測(cè)上游引物5’-GCCTTATGTTCCAGTAGGGT-3’
ASFV檢測(cè)下游引物5’-AGTCTCCGTACTGGGGAATAC-3’
ASFV檢測(cè)探針5’-(FAM)AGGTGGGGGTACCCGTATGC(BHQ1)-3’
內(nèi)標(biāo)上游引物5’-GGGATATACTACCTAAGGTTA-3’
內(nèi)標(biāo)下游引物5’-TGGTCGATTTACTAGAATTG-3’
內(nèi)標(biāo)探針5’-(ROX)CCTATTCAACGTATCGACATGGCTTAC(BHQ1)-3’
6.1.7非洲豬瘟病毒陽(yáng)性對(duì)照樣品:培養(yǎng)的滅活病毒,由指定單位提供;或?yàn)楹蠵72基因的重組大
腸桿菌菌液。
6.1.8非洲豬瘟病毒陰性對(duì)照樣品:可采用健康豬的組織材料。
6.1.9內(nèi)標(biāo)樣品:含有人工內(nèi)標(biāo)基因的重組大腸桿菌菌液。
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6.1.10其它商品化試劑:石蠟、硅油、熒光PCR預(yù)混液(2×)等。
6.1.11無(wú)菌去離子水,符合GB/T6682要求。
6.2耗材
6.2.1一體化檢測(cè)卡盒。
6.2.2離心管(1.5mL,無(wú)核酸酶)。
6.2.3微量移液器吸頭(10μL、200μL、1000μL,無(wú)核酸酶)。
7儀器設(shè)備
7.1二級(jí)生物安全柜。
7.2Unigen?全封閉智能分析系統(tǒng)
7.3微量可調(diào)移液器(2.5μL、10μL、100μL、200μL、1000μL等不同規(guī)格)。
7.4組織勻漿器。
7.5臺(tái)式高速離心機(jī)。
8樣品采集、處理和儲(chǔ)存
8.1生物安全措施
樣品采集及運(yùn)輸?shù)纳锇踩胧┌础禢Y/T541獸醫(yī)診斷樣品采集、保存與運(yùn)輸技術(shù)規(guī)范》的規(guī)
定執(zhí)行;樣品處理的生物安全措施按《GB19489實(shí)驗(yàn)室生物安全通用要求》的規(guī)定執(zhí)行;基因檢測(cè)實(shí)
驗(yàn)室按《SN/T1193基因檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室技術(shù)要求》的規(guī)定執(zhí)行。
8.2樣品采集及運(yùn)輸
樣品采集及運(yùn)輸按照NY/T541的規(guī)定執(zhí)行。采集豬全血、血清、口鼻拭子等液體樣品,脾臟、扁桃
體、淋巴結(jié)、腎臟、骨髓、肌肉等組織樣品,飼料、污水等周邊環(huán)境樣品用于檢測(cè),樣品應(yīng)在冷藏條件下
盡快運(yùn)輸至實(shí)驗(yàn)室,避免反復(fù)凍融。采樣時(shí)應(yīng)穿戴個(gè)人生物安全防護(hù)裝備,結(jié)束后嚴(yán)格按NY/T541的規(guī)定
實(shí)施現(xiàn)場(chǎng)消毒和廢棄物處理。
8.3樣品處理
應(yīng)在Ⅱ級(jí)生物安全柜中處理檢測(cè)前樣品。樣品處理方法如下:
8.3.1唾液樣品:5000r/min離心2min,吸取200μL上清上樣。
8.3.2拭子(包括口鼻拭子、血拭子、肛拭子)樣品:5000r/min離心2min,吸取上清待檢。
8.3.3組織研磨液樣品:5000r/min離心5min,吸取上清待檢。
8.3.4種豬精液樣品:反復(fù)凍融3次,5000r/min離心2min,吸取上清待檢。
8.3.5血清或血漿樣品:無(wú)需處理,可直接吸取待檢。
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8.4樣品存放
采集或處理好的樣品在2℃~8℃保存應(yīng)不超過(guò)24小時(shí);若需長(zhǎng)期保存,須放置?70℃以下保存,并
應(yīng)避免反復(fù)凍融。
9操作步驟
9.1擴(kuò)增反應(yīng)液的配制
將40μmol/LASFV檢測(cè)上游和下游引物各0.5μL,20μmol/L探針0.4μL,與40μmol/L內(nèi)標(biāo)上游、下游
引物各0.4μL、20μmol/L探針0.3μL,熒光PCR預(yù)混液(2×)20μL,無(wú)菌去離子水17.5μL混合均勻。
9.2檢測(cè)卡盒的裝填
將40μL擴(kuò)增反應(yīng)液、0.058g石蠟(加熱溶解后裝填)、0.51g硅油、各140μL洗滌液Ⅱ、洗滌液Ⅰ和1.2mL
裂解液依次灌裝至一體化空卡盒對(duì)應(yīng)位置,完成檢測(cè)卡盒的裝填,如附錄A.5中圖1所示。
9.3一體化分子檢測(cè)
9.3.1加樣
打開檢測(cè)卡盒頂蓋,分別向各卡盒中加入20μL內(nèi)標(biāo)樣品、10μL磁珠(需提前混勻)及200μL-600μL
待測(cè)樣品,蓋緊卡盒頂蓋,水平搖晃,使檢測(cè)卡盒內(nèi)液體充分混勻,轉(zhuǎn)移至擴(kuò)增區(qū),每次檢測(cè)設(shè)陰、陽(yáng)
性對(duì)照。
9.3.2測(cè)定
打開Unigen?全封閉智能分析系統(tǒng)翻蓋,按提示將檢測(cè)卡盒插入儀器相應(yīng)的檢測(cè)通道,按緊。提取
部分運(yùn)行參數(shù)為:裂解35℃8分鐘;擴(kuò)增部分運(yùn)行參數(shù)為:預(yù)變性95°C5分鐘;變性95°C15秒、退火延
伸58°C30秒,共45個(gè)擴(kuò)增循環(huán),于每一循環(huán)退火結(jié)束時(shí)收集FAM和ROX熒光信號(hào)。
10結(jié)果判定
10.1試驗(yàn)成立條件
陽(yáng)性對(duì)照顯示檢測(cè)結(jié)果為陽(yáng)性,同時(shí)FAM通道Ct值≤30并出現(xiàn)典型的擴(kuò)增曲線,且內(nèi)標(biāo)ROX通道
Ct值≤30并呈現(xiàn)典型的擴(kuò)增曲線;陰性對(duì)照顯示檢測(cè)結(jié)果為陰性,同時(shí)FAM通道無(wú)Ct值且無(wú)典型的擴(kuò)
增曲線,且內(nèi)標(biāo)ROX通道Ct值≤30并呈現(xiàn)典型的擴(kuò)增曲線,則判為試驗(yàn)成立。
10.2結(jié)果判定
10.2.1陽(yáng)性
待檢樣品FAM通道Ct值<36并呈現(xiàn)典型的擴(kuò)增曲線,ROX通道Ct值≤30并呈現(xiàn)典型的擴(kuò)增曲線。
10.2.2陰性
待檢樣品FAM通道無(wú)Ct值且無(wú)典型的擴(kuò)增曲線,ROX通道Ct值≤30并呈現(xiàn)典型的擴(kuò)增曲線。
10.2.3復(fù)檢
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待檢樣品FAM通道36≤Ct值≤45并呈現(xiàn)典型的擴(kuò)增曲線,ROX通道Ct值≤30并呈現(xiàn)典型的擴(kuò)增曲
線,判為疑似;對(duì)疑似樣品按原條件進(jìn)行復(fù)檢,結(jié)果FAM通道Ct值≤45并呈現(xiàn)典型的擴(kuò)增曲線,ROX
通道Ct值≤30并呈現(xiàn)典型的擴(kuò)增曲線,則判為陽(yáng)性;否則判為陰性。
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附錄A(規(guī)范性附錄)
溶液配制及檢測(cè)卡盒裝填
A.1洗滌液Ⅰ
稱取15.138g三羥甲基氨基甲烷、100g聚乙二醇,加滅菌純化水定容至1L,混合均勻,0.22μm濾膜
過(guò)濾除菌。
A.2洗滌液Ⅱ
稱取6.055g三羥甲基氨基甲烷、15g氯化鉀、300mL無(wú)水乙醇,加滅菌純化水定容至1L,混合均勻,
0.22μm濾膜過(guò)濾除菌。
A.3裂解液
稱取486.59g異硫氰酸胍、26.8g無(wú)水乙酸鈉、60mLTritonX-100、2mL乙酸,加滅菌純化水定容至
1L,混合均勻,0.22μm濾膜過(guò)濾除菌。
A.4磁珠
用商品化HEPES緩沖液(1mol/L)將商品化磁珠進(jìn)行10倍稀釋,混合均勻。
A.5檢測(cè)卡盒裝填
圖1檢測(cè)卡盒裝填示意圖
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附錄B(資料性附錄)
P72基因序列和內(nèi)標(biāo)序列
B.1P72基因序列
5'-ATGGCATCAGGAGGAGCTTTTTGTCTTATTGCTAACGATGGGAAGGCCGACAAGATTATATT
GGCCCAAGACTTGCTGAATAGCAGGATCTCTAACATTAAAAATGTGAACAAAAGTTATGGGAAAC
CCGATCCCGAACCCACTTTGAGTCAAATCGAAGAAACACATTTGGTGCATTTTAATGCGCATTTTA
AGCCTTATGTTCCAGTAGGGTTTGAATACAATAAAGTACGCCCGCATACGGGTACCCCCACCTTGG
GAAACAAGCTTACCTTTGGTATTCCCCAGTACGGAGACTTTTTCCATGATATGGTGGGCCATCATAT
ATTGGGTGCATGTCATTCATCCTGGCAGGATGCTCCGATTCAGGGCACGTCCCAGATGGGGGCCCA
TGGGCAGCTTCAAACGTTTCCTCGCAACGGATATGACTGGGACAACCAAACACCCTTAGAGGGCG
CCGTTTACACGCTTGTAGATCCTTTTGGAAGACCCATTGTACCCGGCACAAAGAATGCGTACCGAA
ACTTGGTTTACTACTGCGAATACCCCGGAGAACGACTTTATGAAAACGTAAGATTCGATGTAAATG
GAAATTCCCTAGACGAATATAGTTCGGATGTCACAACGCTTGTGCGCAAATTTTGCATCCCAGGGG
ATAAAATGACTGGATATAAGCACTTGGTTGGCCAGGAGGTATCGGTGGAGGGAACCAGTGGCCCT
CTCCTATGCAACATTCATGATTTGCACAAGCCGCACCAAAGCAAACCTATTCTTACCGATGAAAATG
ATACGCAGCGAACGTGTAGCCATACCAACCCGAAATTTCTTTCACAGCATTTTCCCGAGAACTCTC
ACAATATCCAAACAGCAGGTAAACAAGATATTACTCCTATCACGGACGCAACGTATCTGGACATAA
GACGTAATGTTCATTACAGCTGTAATGGACCTCAAACCCCTAAATACTATCAGCCCCCTCTTGCGCT
CTGGATTAAGTTGCGCTTTTGGTTTAATGAGAACGTGAACCTTGCTATTCCCTCAGTATCCATTCCC
TTCGGCGAGCGCTTTATCACCATAAAGCTTGCATCGCAAAAGGATTTGGTGAATGAATTTCCTGGA
CTTTTTGTACGCCAGTCACGTTTTATAGCTGGACGCCCCAGTAGACGCAATATACGCTTTAAACCAT
GGTTTATCCCAGGAGTCATTAATGAAATCTCGCTCACGAATAATGAACTTTACATCAATAACCTGTT
TGTAACCCCTGAAATACACAACCTTTTTGTAAAACGCGTTCGCTTTTCGCTGATACGTGTCCATAAA
ACGCAGGTGACCCACACCAACAATAACCACCACGATGAAAAACTAATGTCTGCTCTTAAATGGCC
CATTGAATATATGTTTATAGGATTAAAACCTACCTGGAACATCTCCGATCAAAATCCTCATCAACACC
GAGATTGGCACAAGTTCGGACATGTTGTTAACGCCATTATGCAGCCCACTCACCACGCAGAGATAA
GCTTTCAGGATAGAGATACAGCTCTTCCAGACGCATGTTCATCTATATCTGATATTAGCCCCGTTACG
TATCCGATCACATACCTATTATTAAAAACATTTCCGTAACTGCTCATGGTATCAATCTTATCGATAAAT
TTCCATCAAAGTTCTGCAGCTCTTACATACCCTTCCACTACGGAGGCAATGCGATTAAAACCCCCGA
TGATCCGGGTGCGATGATGATTACCTTTGCTTTGAAGCCACGGGAGGAATACCAACCCAGTGGTCA
TATTAACGTATCCAGAGCAAGAGAATTTTATATTAGTTGGGACACGGATTACGTGGGGTCTATCACT
ACGGCTGATCTTGTGGTATCGGCATCTGCTATTAACTTTCTTCTTCTTCAGAACGGTTCAGCTGTGC
TGCGTTACAGTACCTAA-3'
注1:序列來(lái)自GenBank中公布的非洲豬瘟病毒HLJ株(登錄號(hào)MK333180.1)。
注2:ASFV檢測(cè)上游引物序列(5’-GCCTTATGTTCCAGTAGGGT-3’)位于195至214bp,ASFV檢測(cè)
下游引物序列(5’-AGTCTCCGTACTGGGGAATAC-3’)位于278至298bp,ASFV檢測(cè)探針(5’(-FAM)
AGGTGGGGGTAC
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