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表觀遺傳修飾在腫瘤免疫治療中的應(yīng)用演講人表觀遺傳修飾的分子機(jī)制及其在腫瘤中的異常01基于表觀遺傳修飾的腫瘤免疫治療策略02表觀遺傳修飾在腫瘤免疫逃逸中的核心作用03挑戰(zhàn)與未來(lái)展望04目錄表觀遺傳修飾在腫瘤免疫治療中的應(yīng)用1.引言:表觀遺傳修飾與腫瘤免疫治療的交叉時(shí)代作為腫瘤免疫治療領(lǐng)域的研究者,我始終認(rèn)為,腫瘤的發(fā)生與發(fā)展本質(zhì)上是遺傳學(xué)與表觀遺傳學(xué)雙重作用的結(jié)果。近年來(lái),以免疫檢查點(diǎn)抑制劑(ICIs)為代表的腫瘤免疫治療在臨床實(shí)踐中取得了突破性進(jìn)展,但其響應(yīng)率仍受限于腫瘤免疫逃逸機(jī)制的復(fù)雜性。在此背景下,表觀遺傳修飾——這一不改變DNA序列但可穩(wěn)定遺傳的基因表達(dá)調(diào)控方式,逐漸成為連接腫瘤細(xì)胞異常狀態(tài)與免疫微環(huán)境失衡的關(guān)鍵橋梁。從實(shí)驗(yàn)室機(jī)制探索到臨床轉(zhuǎn)化應(yīng)用,表觀遺傳修飾不僅為理解腫瘤免疫逃逸提供了新視角,更為開發(fā)新型免疫治療策略開辟了廣闊路徑。本文將系統(tǒng)闡述表觀遺傳修飾的分子機(jī)制、其在腫瘤免疫逃逸中的核心作用,以及基于表觀遺傳調(diào)控的免疫治療策略設(shè)計(jì)與臨床應(yīng)用前景,旨在為同行提供從基礎(chǔ)到臨床的全面參考。01表觀遺傳修飾的分子機(jī)制及其在腫瘤中的異常1表觀遺傳修飾的定義與特征表觀遺傳修飾是指通過(guò)DNA甲基化、組蛋白修飾、非編碼RNA調(diào)控等方式,在不改變DNA堿基序列的前提下,實(shí)現(xiàn)對(duì)基因表達(dá)的精準(zhǔn)調(diào)控。與遺傳突變不同,表觀遺傳修飾具有可逆性、動(dòng)態(tài)性和環(huán)境響應(yīng)性三大特征:可逆性使其成為潛在的藥物靶點(diǎn);動(dòng)態(tài)性允許細(xì)胞快速適應(yīng)內(nèi)外環(huán)境變化;環(huán)境響應(yīng)性則解釋了為何吸煙、炎癥等外界因素可通過(guò)表觀遺傳途徑驅(qū)動(dòng)腫瘤發(fā)生。在腫瘤生物學(xué)中,表觀遺傳異常與遺傳突變協(xié)同作用,共同推動(dòng)腫瘤細(xì)胞的惡性轉(zhuǎn)化、轉(zhuǎn)移和免疫逃逸。2DNA甲基化:從基因沉默到免疫逃逸的調(diào)控樞紐DNA甲基化是由DNA甲基轉(zhuǎn)移酶(DNMTs)催化,在胞嘧啶第5位碳原子上添加甲基基團(tuán)的過(guò)程,主要發(fā)生在CpG島區(qū)域。在正常細(xì)胞中,DNA甲基化維持基因組穩(wěn)定性并調(diào)控組織特異性基因表達(dá);而在腫瘤細(xì)胞中,表現(xiàn)為全局性低甲基化與局部高甲基化共存的異常模式。2DNA甲基化:從基因沉默到免疫逃逸的調(diào)控樞紐2.1全局性低甲基化與基因組不穩(wěn)定性腫瘤細(xì)胞中,DNMT1(維持甲基化酶)功能異?;駾NMT3A/B(從頭甲基化酶)表達(dá)下調(diào),導(dǎo)致重復(fù)序列、內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒等區(qū)域低甲基化,激活轉(zhuǎn)座子,引發(fā)染色體易位、點(diǎn)突變等基因組不穩(wěn)定性,進(jìn)而產(chǎn)生新抗原,理論上可能增強(qiáng)免疫原性。然而,研究表明,低甲基化可通過(guò)上調(diào)免疫抑制分子(如PD-L1)或誘導(dǎo)免疫抑制性細(xì)胞因子(如TGF-β),反而促進(jìn)腫瘤免疫逃逸。2DNA甲基化:從基因沉默到免疫逃逸的調(diào)控樞紐2.2局部高甲基化與抑癌基因沉默啟動(dòng)子區(qū)域CpG島高甲基化是腫瘤中抑癌基因失活的主要機(jī)制之一。例如,在黑色素瘤中,抑癌基因CDKN2A(編碼p16INK4a)啟動(dòng)子高甲基化導(dǎo)致其表達(dá)缺失,細(xì)胞周期失控;在肺癌中,MGMT(O6-甲基鳥嘌呤-DNA甲基轉(zhuǎn)移酶)啟動(dòng)子高甲基化不僅增加基因突變風(fēng)險(xiǎn),還通過(guò)影響DNA損傷修復(fù)通路,間接調(diào)節(jié)腫瘤免疫微環(huán)境。更為關(guān)鍵的是,高甲基化可沉默抗原呈遞相關(guān)基因,如MHCI類分子、β2-微球蛋白(B2M),使腫瘤細(xì)胞無(wú)法被CD8+T細(xì)胞識(shí)別,形成“免疫冷腫瘤”。3組蛋白修飾:染色質(zhì)結(jié)構(gòu)重塑與免疫基因表達(dá)的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)組蛋白修飾包括乙酰化、甲基化、磷酸化、泛素化等,通過(guò)改變核小體結(jié)構(gòu)及與轉(zhuǎn)錄因子的相互作用,調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄。其中,乙酰化和甲基化研究最為深入,不同位點(diǎn)的修飾組合形成“組蛋白密碼”,決定基因的激活或抑制狀態(tài)。3組蛋白修飾:染色質(zhì)結(jié)構(gòu)重塑與免疫基因表達(dá)的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)3.1組蛋白乙酰化與染色質(zhì)開放組蛋白乙酰轉(zhuǎn)移酶(HATs,如p300、CBP)將乙?;D(zhuǎn)移到組蛋白N端賴氨酸殘基,中和其正電荷,使染色質(zhì)結(jié)構(gòu)松散,促進(jìn)轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合,激活基因表達(dá);而組蛋白去乙?;福℉DACs)則通過(guò)去除乙酰基,壓縮染色質(zhì),抑制轉(zhuǎn)錄。在腫瘤中,HDACs(尤其是ClassIHDACs)常高表達(dá),導(dǎo)致抑癌基因(如p53)、趨化因子(如CXCL9/10)和共刺激分子(如CD80/86)沉默,抑制T細(xì)胞浸潤(rùn)和活化。3組蛋白修飾:染色質(zhì)結(jié)構(gòu)重塑與免疫基因表達(dá)的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)3.2組蛋白甲基化的“雙刃劍”作用組蛋白甲基化由組蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶(HMTs,如EZH2、DOT1L)催化,可發(fā)生在賴氨酸(K)或精氨酸(R)殘基上,不同位點(diǎn)的甲基化(如H3K4me3激活轉(zhuǎn)錄、H3K27me3抑制轉(zhuǎn)錄)對(duì)基因表達(dá)產(chǎn)生截然相反的影響。例如,EZH2(催化H3K27me3)在多種腫瘤中高表達(dá),通過(guò)沉默腫瘤抗原(如NY-ESO-1)和免疫調(diào)節(jié)分子(如IFN-γ通路基因),抑制抗腫瘤免疫反應(yīng);而H3K4me3修飾則可促進(jìn)MHCII類分子表達(dá),增強(qiáng)抗原呈遞,激活CD4+T細(xì)胞。4非編碼RNA:表觀遺傳調(diào)控的“分子開關(guān)”非編碼RNA(ncRNA)通過(guò)表觀遺傳修飾調(diào)控基因表達(dá),包括微小RNA(miRNA)、長(zhǎng)鏈非編碼RNA(lncRNA)和環(huán)狀RNA(circRNA)。2.4.1miRNA:靶向免疫相關(guān)基因的“微調(diào)控器”miRNA通過(guò)結(jié)合靶基因mRNA3'UTR,促進(jìn)降解或抑制翻譯。在腫瘤免疫中,miR-21、miR-29a等常高表達(dá),靶向PTEN(抑癌基因)、DNMT1等,通過(guò)表觀遺傳途徑放大免疫抑制信號(hào)。例如,miR-21可通過(guò)抑制PD-L1的負(fù)調(diào)控因子(如PTEN),間接上調(diào)PD-L1表達(dá),促進(jìn)T細(xì)胞耗竭。4非編碼RNA:表觀遺傳調(diào)控的“分子開關(guān)”2.4.2lncRNA/circRNA:表觀復(fù)合物的“腳手架”lncRNA(如HOTAIR、XIST)和circRNA可通過(guò)與染色質(zhì)修飾復(fù)合物(如PRC2)結(jié)合,引導(dǎo)組蛋白修飾至特定基因位點(diǎn),實(shí)現(xiàn)沉默。例如,HOTAIR在肝癌中高表達(dá),通過(guò)招募EZH2至p21和p53啟動(dòng)子,誘導(dǎo)H3K27me3修飾,抑制抑癌基因表達(dá),同時(shí)上調(diào)PD-L1,形成免疫抑制微環(huán)境。02表觀遺傳修飾在腫瘤免疫逃逸中的核心作用表觀遺傳修飾在腫瘤免疫逃逸中的核心作用腫瘤免疫逃逸是腫瘤細(xì)胞逃避免疫系統(tǒng)監(jiān)視的關(guān)鍵步驟,表觀遺傳修飾通過(guò)多維度調(diào)控腫瘤細(xì)胞自身及免疫微環(huán)境,形成復(fù)雜的免疫抑制網(wǎng)絡(luò)。1抑制腫瘤抗原呈遞與T細(xì)胞識(shí)別抗原呈遞是適應(yīng)性免疫應(yīng)答的始動(dòng)環(huán)節(jié),而表觀遺傳異??芍苯悠茐倪@一過(guò)程。一方面,DNMT介導(dǎo)的高甲基化沉默MHCI類分子和抗原加工相關(guān)基因(如TAP1、LMP2),使腫瘤細(xì)胞無(wú)法呈遞腫瘤抗原,CD8+T細(xì)胞無(wú)法識(shí)別;另一方面,HDACs和EZH2下調(diào)共刺激分子(如CD80/86、ICAM-1),減弱T細(xì)胞與腫瘤細(xì)胞的免疫突觸形成。例如,在結(jié)直腸癌中,B2M基因啟動(dòng)子高甲基化發(fā)生率約30%,導(dǎo)致MHCI類分子表達(dá)缺失,患者對(duì)PD-1抑制劑響應(yīng)率顯著降低。2誘導(dǎo)免疫抑制性細(xì)胞浸潤(rùn)與功能耗竭腫瘤微環(huán)境(TME)中浸潤(rùn)的免疫抑制細(xì)胞(如Treg細(xì)胞、M2型巨噬細(xì)胞、髓源性抑制細(xì)胞,MDSCs)是免疫逃逸的關(guān)鍵執(zhí)行者,其分化與功能受表觀遺傳修飾精細(xì)調(diào)控。2誘導(dǎo)免疫抑制性細(xì)胞浸潤(rùn)與功能耗竭2.1Treg細(xì)胞的分化與穩(wěn)定Treg細(xì)胞通過(guò)分泌IL-10、TGF-β抑制效應(yīng)T細(xì)胞功能,其分化依賴于Foxp3的表達(dá)。研究表明,Treg細(xì)胞中Foxp3啟動(dòng)子區(qū)域組蛋白乙?;℉3K27ac)和DNA低甲基化是其穩(wěn)定性的關(guān)鍵;而腫瘤細(xì)胞來(lái)源的TGF-β可通過(guò)HDACs抑制效應(yīng)T細(xì)胞中Foxp3的抑制性甲基化,促進(jìn)Treg細(xì)胞擴(kuò)增。2誘導(dǎo)免疫抑制性細(xì)胞浸潤(rùn)與功能耗竭2.2M2型巨噬細(xì)胞的極化巨噬細(xì)胞向M2型極化可促進(jìn)腫瘤血管生成和免疫抑制,這一過(guò)程受組蛋白甲基化調(diào)控。例如,EZH2通過(guò)催化H3K27me3沉默IRF5(M1型巨噬細(xì)胞關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子),促進(jìn)巨噬細(xì)胞向M2型極化;而miR-146a則通過(guò)靶向IRF4和STAT1,抑制M1型巨噬細(xì)胞活化。3重塑腫瘤相關(guān)成纖維細(xì)胞(CAFs)的免疫抑制功能CAFs是TME中主要的基質(zhì)細(xì)胞,通過(guò)分泌細(xì)胞因子(如IL-6、CXCL12)和細(xì)胞外基質(zhì)(ECM)重塑,形成物理和免疫屏障。表觀遺傳修飾可調(diào)控CAFs的活化狀態(tài):例如,DNMT1介導(dǎo)的甲基化沉默CAFs中miR-31表達(dá),導(dǎo)致其分泌大量CXCL12,招募Treg細(xì)胞和MDSCs;而HDACs抑制劑可通過(guò)上調(diào)CAFs中TGF-β受體II的表達(dá),抑制其免疫抑制活性。03基于表觀遺傳修飾的腫瘤免疫治療策略基于表觀遺傳修飾的腫瘤免疫治療策略針對(duì)表觀遺傳修飾在腫瘤免疫逃逸中的作用,開發(fā)表觀遺傳藥物(EDs)與免疫治療聯(lián)合策略,已成為當(dāng)前研究的熱點(diǎn)。EDs通過(guò)逆轉(zhuǎn)異常表觀遺傳修飾,恢復(fù)免疫識(shí)別,重塑免疫微環(huán)境,從而提高免疫治療響應(yīng)率。4.1DNA甲基化抑制劑(DNMTis):打破“免疫沉默”的表觀遺傳開關(guān)DNMTis(如阿扎胞苷、地西他濱)通過(guò)競(jìng)爭(zhēng)性抑制DNMTs,使DNA去甲基化,重新激活沉默的抑癌基因和免疫相關(guān)基因。1.1單藥或聯(lián)合ICIs的臨床應(yīng)用臨床前研究表明,DNMTis可上調(diào)腫瘤細(xì)胞中MHCI類分子、腫瘤抗原(如MAGE、NY-ESO-1)和趨化因子(如CXCL9/10),促進(jìn)CD8+T細(xì)胞浸潤(rùn)。在晚期實(shí)體瘤(如肺癌、黑色素瘤)的臨床試驗(yàn)中,阿扎胞苷聯(lián)合PD-1抑制劑(帕博利珠單抗)可顯著提高客觀緩解率(ORR),尤其在DNA錯(cuò)配修復(fù)缺陷(dMMR)或高腫瘤突變負(fù)荷(TMB)患者中效果更佳。例如,一項(xiàng)II期臨床試驗(yàn)顯示,dMMR結(jié)直腸癌患者接受阿扎胞苷+帕博利珠單抗治療,ORR達(dá)50%,顯著高于單藥PD-1抑制劑的20%。1.2克服ICIs耐藥的機(jī)制ICIs耐藥部分源于腫瘤免疫微環(huán)境的“冷表型”,而DNMTis可通過(guò)以下途徑逆轉(zhuǎn)耐藥:①恢復(fù)抗原呈遞相關(guān)基因表達(dá),使“冷腫瘤”轉(zhuǎn)為“熱腫瘤”;②抑制Treg細(xì)胞功能,通過(guò)去甲基化激活Foxp3負(fù)調(diào)控基因(如NFAT);③促進(jìn)樹突狀細(xì)胞(DCs)成熟,增強(qiáng)免疫啟動(dòng)。4.2組蛋白去乙酰化酶抑制劑(HDACis):開放染色質(zhì),激活免疫通路HDACis(如伏立諾他、帕比司他)通過(guò)抑制HDACs,增加組蛋白乙酰化水平,松散染色質(zhì)結(jié)構(gòu),激活免疫相關(guān)基因。2.1調(diào)控腫瘤細(xì)胞免疫原性HDACis可上調(diào)腫瘤細(xì)胞中PD-L1、MHCI類分子和死亡受體(如DR5),增強(qiáng)T細(xì)胞識(shí)別和腫瘤細(xì)胞對(duì)凋亡信號(hào)的敏感性。例如,在多發(fā)性骨髓瘤中,伏立諾他可通過(guò)上調(diào)PD-L1表達(dá),增強(qiáng)CAR-T細(xì)胞的殺傷效果;而在黑色素瘤中,帕比司他可促進(jìn)腫瘤細(xì)胞分泌CXCL10,招募CD8+T細(xì)胞。2.2重塑免疫微環(huán)境HDACis不僅作用于腫瘤細(xì)胞,還可調(diào)節(jié)免疫細(xì)胞功能:①抑制MDSCs的免疫抑制活性,降低其分泌IL-10和ARG1的能力;②促進(jìn)M2型巨噬細(xì)胞向M1型極化,通過(guò)上調(diào)iNOS和TNF-α增強(qiáng)抗腫瘤免疫;③增強(qiáng)DCs的抗原呈遞功能,通過(guò)上調(diào)CD80/86和MHCII類分子,促進(jìn)T細(xì)胞活化。2.3聯(lián)合策略的臨床探索HDACis與ICIs的聯(lián)合已在血液腫瘤和實(shí)體瘤中顯示出潛力。例如,一項(xiàng)I期臨床試驗(yàn)顯示,帕博利珠單抗聯(lián)合伏立諾他治療晚期非小細(xì)胞肺癌(NSCLC),ORR達(dá)33%,且安全性可控;在霍奇金淋巴瘤中,HDACis(羅米地辛)聯(lián)合PD-1抑制劑(納武利尤單抗)對(duì)難治性患者有效,ORR約40%。4.3溴域和額外末端結(jié)構(gòu)域(BET)抑制劑:阻斷“超級(jí)增強(qiáng)子”驅(qū)動(dòng)的免疫抑制BET蛋白(如BRD4)通過(guò)識(shí)別乙?;慕M蛋白,結(jié)合基因啟動(dòng)子和超級(jí)增強(qiáng)子,調(diào)控轉(zhuǎn)錄。BET抑制劑(如JQ1、OTX015)可阻斷BRD4與染色質(zhì)的結(jié)合,抑制癌基因和免疫抑制分子的表達(dá)。3.1抑制免疫檢查點(diǎn)分子和細(xì)胞因子BET抑制劑可下調(diào)PD-L1、CTLA-4、IL-6和IL-10等分子的表達(dá),削弱免疫抑制信號(hào)。例如,在膠質(zhì)母細(xì)胞瘤中,JQ1通過(guò)抑制BRD4與PD-L1啟動(dòng)子結(jié)合,降低PD-L1表達(dá),增強(qiáng)T細(xì)胞殺傷;而在胰腺癌中,OTX015可阻斷IL-6轉(zhuǎn)錄,抑制M2型巨噬細(xì)胞極化。3.2聯(lián)合免疫治療的協(xié)同效應(yīng)臨床前研究表明,BET抑制劑與ICIs聯(lián)合可產(chǎn)生協(xié)同抗腫瘤作用。例如,在黑色素瘤小鼠模型中,JQ1聯(lián)合抗PD-1抗體可顯著抑制腫瘤生長(zhǎng),并產(chǎn)生記憶性T細(xì)胞;在臨床I期試驗(yàn)中,BET抑制劑(ABBV-075)聯(lián)合帕博利珠單抗治療晚期實(shí)體瘤,部分患者達(dá)到疾病緩解,且耐受性良好。4.4表觀遺傳調(diào)控的個(gè)體化免疫治療:基于生物標(biāo)志物的精準(zhǔn)醫(yī)療表觀遺傳修飾具有高度異質(zhì)性,因此,基于患者特異性表觀遺傳譜的個(gè)體化治療策略至關(guān)重要。4.1DNA甲基化標(biāo)志物指導(dǎo)治療選擇DNA甲基化標(biāo)志物可預(yù)測(cè)免疫治療響應(yīng)。例如,MGMT啟動(dòng)子甲基化是膠質(zhì)母細(xì)胞瘤患者對(duì)替莫唑胺(烷化劑)敏感的標(biāo)志物,同時(shí)其與PD-1抑制劑響應(yīng)率正相關(guān);而LINE-1重復(fù)序列低甲基化(提示全局低甲基化)可作為晚期NSCLC患者接受DNMTis+ICIs治療的療效預(yù)測(cè)指標(biāo)。4.2組蛋白修飾標(biāo)志物優(yōu)化聯(lián)合策略H3K27me3水平可預(yù)測(cè)EZH2抑制劑聯(lián)合ICIs的療效:在H3K27me3高表達(dá)的腫瘤(如淋巴瘤、黑色素瘤)中,EZH2抑制劑(他澤司他)可顯著增強(qiáng)抗PD-1抗體的效果;而H3K4me3水平則與DCs活化程度相關(guān),可作為HDACis聯(lián)合疫苗治療的生物標(biāo)志物。4.3非編碼RNA作為治療靶物和標(biāo)志物miRNA和lncRNA在腫瘤免疫中發(fā)揮關(guān)鍵作用,可作為治療靶物或液體活檢標(biāo)志物。例如,miR-155在腫瘤中常高表達(dá),靶向DNMT1和SHIP1,促進(jìn)免疫抑制,其抑制劑(如antagomiR-155)聯(lián)合ICIs正在臨床試驗(yàn)中評(píng)估;而血清lncRNAH19水平可作為肝癌患者接受DNMTis治療后的療效監(jiān)測(cè)標(biāo)志物。04挑戰(zhàn)與未來(lái)展望挑戰(zhàn)與未來(lái)展望盡管表觀遺傳修飾在腫瘤免疫治療中展現(xiàn)出巨大潛力,但仍面臨諸多挑戰(zhàn),需要基礎(chǔ)研究、臨床轉(zhuǎn)化和產(chǎn)業(yè)界的協(xié)同突破。1表觀遺傳藥物的脫靶效應(yīng)與毒性目前臨床應(yīng)用的EDs(如DNMTis、HDACis)缺乏高度特異性,可導(dǎo)致全局表觀遺傳紊亂,引發(fā)血液毒性(如骨髓抑制)、胃腸道反應(yīng)等。開發(fā)高選擇性表觀遺傳調(diào)控藥物(如靶向特定DNMT亞型或HDAC亞型的抑制劑)是未來(lái)方向。例如,靶向DNMT3B的抑制劑可減少對(duì)正常細(xì)胞的脫靶效應(yīng),而HDAC6選擇性抑制劑(如ACY-1215)可通過(guò)抑制微管去乙酰化,減少神經(jīng)毒性。2腫瘤微環(huán)境的異質(zhì)性與動(dòng)態(tài)性腫瘤內(nèi)部及不同患者間的表觀遺傳異質(zhì)性,以及表觀修飾的動(dòng)態(tài)可逆性,給治療帶來(lái)挑戰(zhàn)。單細(xì)胞表觀遺傳學(xué)技術(shù)(如scATAC-seq、scChIP-seq)可揭示腫瘤內(nèi)表觀遺傳異質(zhì)性,指導(dǎo)個(gè)體化治療;而基于液體活檢(如ctDNA甲基化檢測(cè))的動(dòng)態(tài)監(jiān)測(cè),可實(shí)
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