1、Circos數(shù)據(jù)可視化平臺(tái)介紹技術(shù)創(chuàng)新 變革未來CONTENTS1234可視化的再思考Circos案例與適用場(chǎng)景Circos特性與關(guān)鍵原理數(shù)據(jù)可視化淺析 數(shù)據(jù)可視化淺析概念簡(jiǎn)介 廣義瀏覽器 圖形學(xué)基礎(chǔ)SVG數(shù)據(jù)可視化？信息可視化D3.jsECharts科學(xué)可視化思維導(dǎo)圖Infographics圖表繪制數(shù)據(jù)視覺R ggplot2plotlyvisual.ly GephiProcessingTableau WekaTimelineHighchartsDIKW Q: 數(shù)據(jù)可視化是一個(gè)問題 。數(shù)據(jù)編程/算法設(shè)計(jì)/美學(xué)統(tǒng)計(jì)學(xué)以上全是 數(shù)據(jù)案例類型時(shí)空數(shù)據(jù)地理空間數(shù)據(jù)高維非空間數(shù)據(jù)層次和網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)（樹&圖）

2、領(lǐng)域地理信息生物信息數(shù)字博物館天文藝術(shù)社會(huì)時(shí)政 如何看得見數(shù)據(jù)？ 數(shù)據(jù)可視化 By Circos 廣義瀏覽器瀏覽信息的工具 Chrome ?Google地圖 、Google地球基因組瀏覽器 (IGV, JBrowser )虛擬天文館軟件 (Stellarium)MySQL/Redis/MongoDB 的GUI客戶端各種運(yùn)營管理系統(tǒng)的Dashboard和查詢?yōu)g覽工具會(huì)務(wù)組的參會(huì)人員與物料管理系統(tǒng)智慧工地管理系統(tǒng)，智慧城市的數(shù)據(jù)大屏 瀏覽器的重要性二進(jìn)制 堿基照片相冊(cè)基因基因組/2018/Talks/Kim_Goodwin.pdf“關(guān)系”可視化的重要性 Venn DiagramAABB ABAB

3、ABCACBCC二階三階四階五階/bbs/topic/37549400?keywords=OTUJohn Venn 是十九世紀(jì)英國的哲學(xué)家和數(shù)學(xué)家，他在 1881年發(fā)明了文氏圖 （Venn diagram）。VisualDL 圖形學(xué)基礎(chǔ)計(jì)算機(jī)圖形學(xué)平面與空間解析幾何編程語言 SVG成為可視化專家的必備技能之一/svg/index.asp/TR/SVG2/OpenGL WebGLCanvasVMLThree.js圖表基礎(chǔ)坐標(biāo)系坐標(biāo)軸刻度圖例標(biāo)題數(shù)據(jù)/數(shù)據(jù)源布局視覺制作（含動(dòng)畫）Florence Nightingale(1820-1910)護(hù)士 + 統(tǒng)計(jì)學(xué)家Ros

4、e Diagram戰(zhàn)爭(zhēng)死亡統(tǒng)計(jì) ECharts/examples/ /product-center/private-detail.html#4編程實(shí)現(xiàn)一個(gè)典型的plot函數(shù)輸入：數(shù)據(jù)布局著色圖例其他輸出：圖形句柄有哪些值得推薦的數(shù)據(jù)可視化工具？/question/19929609二十大數(shù)據(jù)可視化工具 /hotnews/8874.html 變換業(yè)務(wù)領(lǐng)域 方法論與算法 程序?qū)崿F(xiàn)設(shè)計(jì)美學(xué)數(shù)據(jù)所以數(shù)據(jù)可視化是？是技術(shù)，也是藝術(shù)！ 谷德設(shè)計(jì)網(wǎng)http:/www.gooood.hk/overseas-38-qiu-waishan.htm尾礦坑的自我再生機(jī)制 Re-tailing AgencyBy 邱外山

5、Circos特性與關(guān)鍵原理圓之奧妙Circos動(dòng)手實(shí)踐 二次貝塞爾曲線(x-a)+(y-b)=rx=rcos + ay=rsin + b哲學(xué) 天文數(shù)學(xué)降臨中的外星文字/a/125059174_115197 Circos 簡(jiǎn)介官網(wǎng)：http:/circos.caPerl語言開發(fā)，GPL，配置文件驅(qū)動(dòng)，輸出PNG/SVG，豐富細(xì)致的教程文檔Genome ResearchCircos: An information aesthetic for comparative genomics/content/early/2009/06/15/gr.092759.109.abstract Martin Krz

6、ywinski 其人波蘭出生，目前在加拿大生物信息科學(xué)家系統(tǒng)管理員職業(yè)攝影師http:/mkweb.bcgsc.ca/ https:/photos/fullaperture/ /profiles/martin-krzywinski.html下載教程（可選）wget http:/circos.ca/distribution/circos-tutorials-0.67.tgzwget http:/circos.ca/distribution/circos-course-2017.tgz工具（可選）wget http:/circos.ca/distribution/circos-tools-0.22

7、.tgz官網(wǎng)下載：http:/circos.ca/software/download代碼鏡像：/node/circos下載wget http:/circos.ca/distribution/circos-0.69-6.tgz 安裝以Linux系統(tǒng)為例解壓并檢查所依賴的Perl模塊安裝情況： tar zxvf circos-0.69-6.tgz cd circos-0.69-6/bin ./circos -modules安裝缺少的模塊：手動(dòng)下載后：Perl Makefile.PL ; make & make install或者自動(dòng)安裝：cpan install GD或者cpan -i GD He

8、llo WorldCircos命令行選項(xiàng) -version-modules-conf 查看Circos版本檢查依賴的Perl模塊 指定主配置文件-outputdir 設(shè)置輸出文件目錄-outputfile 設(shè)置輸出文件名稱，以.png或.svg結(jié)尾-svg-nosvg生成svg文件不生成svg文件 cd bin circos conf circos.conf執(zhí)行示例： cd example ./run核心流程bin CHANGES CITATIONdata error etc example fontsgddiag.png INSTALLlibREADMEREADME.tools README

9、.tutorials README.windows SUPPORTtilesTODOcircosSVGPNGticks.conflinks.confetc/image.confetc/colors_fonts_patterns.confetc/housekeeping.conf圖片參數(shù)樣式參數(shù)調(diào)試參數(shù)plots_*.confDATA數(shù)據(jù)對(duì)象刻度數(shù)據(jù)連接數(shù)據(jù)畫圈圈！全局配置includecircos.confinclude ideogram.conf可對(duì)數(shù)據(jù)做 過濾、篩選rules.conf 基本概念I(lǐng)deogram連線 Link條帶 Ribbon刻度 ticks標(biāo)簽 labels高亮 High

10、lightsScatter PlotsLine PlotsHistogramsTilesHeatmapsTextConnectors 核心算法：數(shù)據(jù)對(duì)象的布局極坐標(biāo)系 + 坐標(biāo)轉(zhuǎn)換xy (0,0)貝塞爾曲線一次 二次三次法國數(shù)學(xué)家Pierre Bzier核心算法：關(guān)系的布局二次貝塞爾曲線的極致運(yùn)用bezier_radius = 0.75rbezier_radius = eval( (0.5 + 0.4*( 1 - abs(_START1_-_START2_) / 100Mb ) . r ) 排序 orderchr Tableviewer： circos onlinehttp:/mkweb.bc

11、gsc.ca/tableviewer/ Circos衍生版Circos很強(qiáng)大，但也有一些問題：要求一定的編程知識(shí)，最好了解一點(diǎn)兒Perl安裝簡(jiǎn)單，但依賴的部分Perl模塊兼容性復(fù)雜不提供其他編程語言的APICLI 命令行交互因此，各種番外篇來了！CirclizeCircular visualization in Rhttp:/jokergoo.github.io/circlize/ /jokergoo/circlize shinyCircosan R/shiny application for creation of Circos plot interactivelyCode/venyao/s

12、hinyCircosOnline https:/yimingyu.shinyapps.io/shinycircos/ /bioinformatics/article-abstract/34/7/1229/4657077?redirectedFrom=fulltextMoreRCircos: Circos 2D Track Plot/web/packages/RCircos/index.htmlOmicCircos (Bioconductor)an R application and package for generating high-quality circular plots for o

13、mics data./packages/release/bioc/html/OmicCircos.htmlEINVis /pubmed/23934759a visualization tool for analyzing and exploring genetic interactions in large-scale association studies.Circoletto /circoletto/visualizing sequence similarity with Circos修飾Circos圖使用矢量圖編輯工具手寫SVG加入新的元素 Circos案例與典型適用場(chǎng)景案例幾乎是基因組學(xué)領(lǐng)域的必備技能http:/circos.ca/images/published/我參與過的：炎黃1號(hào) 第一個(gè)中國人全基因組熊貓基因組黃瓜基因組 榨菜基因組浙江大學(xué) Nat.Genet.(2016). 48(10):1225-32.馬鈴薯基因組/en/newsroom/research_update/57080.shtml 小麥基因組 DHL VIZBIVISUALIZING BIOLOGICAL DATA/2018/ Circos適用以下特征的場(chǎng)景有限個(gè)數(shù)據(jù)實(shí)體或?qū)嶓w組實(shí)體間的關(guān)系復(fù)雜但可量化，需要區(qū)分有方向需要不同分辨率或