1、STR分型原理基礎(chǔ)1STR分型原理基礎(chǔ)1目 錄01020304基本概念片段分析等位基因分型Basic ConceptsFragment AnalysisAllele CallingQ&A2目 錄01020304基本概念片段分析等位基因分型Basi01基本概念Basic Concepts301基本概念Basic Concepts301 基本概念遺傳多態(tài)性（genetic polymorphism）遺傳親代傳遞到子代，穩(wěn)定多態(tài)性不同個(gè)體，群體間存在差異，變化RFLPAFLPVNTRCNVSTRSNP長(zhǎng)度多態(tài)性序列多態(tài)性401 基本概念遺傳多態(tài)性（genetic polymorph01 基本概念微衛(wèi)

2、星（短串聯(lián)重復(fù)序列，Short Tandom Repeat）（簡(jiǎn)單序列重復(fù)，Simple Sequence Repeat）重復(fù)單元（2-7bp）Tri-Tetra-Penta-Hexa-重復(fù)次數(shù)基因組中廣泛排布，中立DNA片段mono-di-完美型 復(fù)合型 復(fù)雜型分類(GATA)n (GATA)m（GATG）n(GATA)3GTCAG（GATA）n501 基本概念微衛(wèi)星重復(fù)單元（2-7bp）Tri-Tetra01 基本概念位點(diǎn)/基因座（locus/loci）SNPrs*STRD*S*601 基本概念位點(diǎn)/基因座（locus/loci）SNPST等位基因（allele）01 基本概念基因型（ge

3、notype）位于一對(duì)同源染色體的相同位置上控制著相對(duì)性狀的一對(duì)基因廣義：同源染色體的相同位置上的編碼或者非編碼的一段DNA序列STR具有3個(gè)以上的等位基因，這些等位基因的頻率在群體中服從正態(tài)分布STR的等位基因往往用核心重復(fù)單元的重復(fù)次數(shù)表示。廣義：同源染色體上一對(duì)等位基因的總稱7等位基因（allele）01 基本概念基因型（genotypPolymerase Chain Reaction01 基本概念引物/熒光修飾引物 Primer熒光染料復(fù)合擴(kuò)增/多重PCR multiplex熒光標(biāo)記復(fù)合擴(kuò)增分子量?jī)?nèi)標(biāo) size standard等位基因階梯物 （Allelic Ladder）掃描時(shí)間/

4、掃描次數(shù) （Scan Number）吸收某一波長(zhǎng)的光波后能夠發(fā)出大于吸收波長(zhǎng)的光波的物質(zhì)一小段的DNA或者RNA，用來(lái)提供DNA復(fù)制的起點(diǎn)同一PCR反應(yīng)體系里加上二對(duì)以上引物，同時(shí)擴(kuò)增出多個(gè)核酸片段的PCR反應(yīng)一組熒光素標(biāo)記的雙鏈DNA片段，用作片段分子中的分子量標(biāo)準(zhǔn)物包含絕大部分常見等位基因片段的混合物，是STR檢測(cè)試劑盒的重要組成部分，用于STR分型時(shí)的標(biāo)準(zhǔn)參照物。毛細(xì)管電泳片段分析的專業(yè)術(shù)語(yǔ)，用來(lái)記錄目標(biāo)DNA片段到達(dá)檢測(cè)窗口所需要的時(shí)間8Polymerase Chain Reaction01 基本02片段分析Fragment Analysis902片段分析Fragment Analys

5、is902 片段分析DNA分析儀/毛細(xì)管電泳儀3730/XL3130/XL3500/XL工作原理LaserCapillary arrayDiffractionsystemCCDcamera1002 片段分析DNA分析儀/毛細(xì)管電泳儀3730/XL31302 片段分析DNA分析儀/毛細(xì)管電泳儀可用來(lái)做Sanger測(cè)序和片段分析Sanger測(cè)序（一代測(cè)序）鏈終止法1102 片段分析DNA分析儀/毛細(xì)管電泳儀可用來(lái)做Sanger02 片段分析片段分析是什么，片段分析能做什么？1202 片段分析片段分析是什么，片段分析能做什么？1202 片段分析片段分析（Fragment analysis, FA）是

6、一種分子生物學(xué)技術(shù)，這里的片段特指以DNA或者cDNA為模板，由PCR過(guò)程所產(chǎn)生的，數(shù)目不等的核苷酸構(gòu)成的大小不等的DNA片段，對(duì)這些片段，利用其大小或者標(biāo)記熒光的差異，進(jìn)行分析的方法。被廣泛的應(yīng)用于醫(yī)學(xué)、環(huán)境、農(nóng)業(yè)研究等領(lǐng)域的基因型分型、DNA指紋分析、突變檢測(cè)等。百度百科SNP片段分析SNaPShot檢測(cè)熒光顏色1302 片段分析片段分析（Fragment analysis,02 片段分析SNP片段分析熒光標(biāo)記多重ARMS系統(tǒng)ARMS突變阻滯擴(kuò)增系統(tǒng)（ARMS, amplification refractory mutation system）檢測(cè)熒光標(biāo)記片段大小1402 片段分析SNP片

7、段分析熒光標(biāo)記多重ARMS系統(tǒng)AR02 片段分析STR片段分析1 singleplexreaction1 multiplexreaction1 singleplexreactions熒光標(biāo)記檢測(cè)片段分子量?jī)?nèi)標(biāo)1502 片段分析STR片段分析1 singleplex1 mu02 片段分析Scan Number分子量?jī)?nèi)標(biāo)標(biāo)準(zhǔn)曲線1602 片段分析Scan Number分子量?jī)?nèi)標(biāo)標(biāo)準(zhǔn)曲線1602 片段分析熒光標(biāo)記多重PCR產(chǎn)物片段大小分析1702 片段分析熒光標(biāo)記多重PCR產(chǎn)物片段大小分析1703等位基因分型Allele Calling/Typing1803等位基因分型Allele Calling/

8、Typing103 等位基因分型DataCollection軟件記錄了每個(gè)檢測(cè)片段的熒光顏色，掃描時(shí)間和熒光強(qiáng)度1903 等位基因分型DataCollection軟件記錄了每個(gè)03 等位基因分型STR片段大小分析根據(jù)分子量標(biāo)準(zhǔn)曲線計(jì)算片段大小2003 等位基因分型STR片段大小分析根據(jù)分子量標(biāo)準(zhǔn)曲線計(jì)03 等位基因分型對(duì)應(yīng)的panel，bins預(yù)置了每個(gè)位點(diǎn)以及等位基因的熒光顏色，理論片段大小panelbins2103 等位基因分型對(duì)應(yīng)的panel，bins預(yù)置了每個(gè)位點(diǎn)以根據(jù)等位基因ladder計(jì)算、校正當(dāng)次對(duì)應(yīng)的panel，bins，消除不同批次電泳誤差03 等位基因分型22根據(jù)等位基因ladder計(jì)算、校正當(dāng)次對(duì)應(yīng)的panel，bi根據(jù)校正后的panel，bins，對(duì)樣本進(jìn)行等位基因分型03 等位基因分型23根據(jù)校正后的panel，bins，對(duì)樣本進(jìn)行等位基因分型0303 等位基因分型對(duì)于新發(fā)現(xiàn)等位基因，按照相對(duì)片段長(zhǎng)度命名等位基因SizeAllele121.1716125.4417123.59？Allele 16.2：比Allele 16 大 2bp比Allele 17 小 2bp16.22403 等位基因分型對(duì)于新發(fā)現(xiàn)等位基因，按照相對(duì)片段長(zhǎng)度命名等03 等位基因