晶體結構的表達第1頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五第六章晶體結構的表達第2頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五第六章晶體結構的表達一、晶胞參數和分子式

晶胞參數是晶體的最基本的信息，這是首先得到的結構信息晶胞中分子或化合物計量式的數量Z、相對分子質量、晶體密度也是晶體的最基本信息之一存在下面的關系式：

dc=(Mr·Z)/(V·NA)

式中：dc為晶體密度Mr為相對分子質量V為晶胞體積NA為阿伏伽德羅常數單晶結構分析為化學工作者提供了大量有意義的信息第3頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五二、分子幾何

有了原子坐標就可計算出鍵長和鍵角，這些都是程序自動完成的。公式如下：1.鍵長與鍵角

結構分析中獲得的最主要參數是晶胞中原子的坐標。晶體學中的原子坐標通常用分數坐標(fractionalcoordinates)來表示。即x、y、z分別以a、b、c為單位

式中：第4頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五以上的公式是對稱性最低的三斜晶系的，對稱性更高的晶系，可進一步簡化

晶體結構中最重要的偏差是鍵長的估計標準偏差（estimatedstandarddeviations)，簡稱標準偏差標準偏差的計算更為復雜，好在這些計算程序都能自動完成。對于非鍵原子間的距離和有關夾角的計算也可通過在ins文件中添加“BINDA1A2”指令，令程序完成第5頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五這樣的判斷常常產生一些問題，這就需要人工判斷，把不該成的鍵斷開（FREEA1A2），把該成的鍵連起來（BINDA3A4），計算分子或原子間的弱作用也是用此法2.鍵長與原子半徑

鍵合(bonding)或是分子間作用(intermolecularinteractions)，均與原子間的距離有關原子間是否鍵合，是程序根據原子半徑和設定的寬容度（50pm）自動判斷的如果作用發(fā)生在獨立單元中原子和非獨立單元中原子之間，則要首先查出對稱操作碼，然后用如下指令進行計算：EQIV$1對稱制作碼BINDB1B2-$1第6頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五一些常見有機基團中的鍵長鍵型類型鍵長鍵型鍵長

C--C1.53C--Br1.87~1.96C—C(=C)1.51C--Cl1.72~1.85C—C(≡C)1.47C--F1.32~1.43C=C1.32C--I2.13共軛/芳環(huán)1.38C--P1.80C≡C1.18~1.20C-S1.82C--N1.47~1.50(C--)NO21.21~1.22C=N共軛1.34~1.38P--O1.56~1.68C—O(H)1.41~1.44S--O1.58C—OC—O(--C)1.42~1.46Cl--O1.40(C=)C--O1.30~1.39C--B1.59C=O1.19~1.23B--O1.48羧酸根1.21~1.23P--F1.58第7頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五3.最佳平面、扭轉角與二面角

在晶體結構中，分子或分子中的某些原子是否共面（coplanar)，是比較重要的結構信息研究n個原子之間的共面性，是用最小二乘的方法，計算出所有n個原子偏離值（deviation)(δi)和最小的一個平面，稱為最佳平面(bestplane)，也叫最小二乘平面（least-squaresplane)。原子離開該平面的平均標準偏差(meanstandarddeviation)為：它的值越小，共平面性越好第8頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五

二面角也稱面間角(interplanarangle，它表示兩個平面法線之間的夾角（圖中φ，都為正值）在描述分子構象（conformation)時，常用到兩種角度參數：二面角（dihedralangle)和扭轉角(torsionangle)

扭轉角是指依次排列的1、2、3、4四個原子，順著2-3鍵投影（Newman），原子1順時針轉動得與原子4重合時，所轉動的角度（圖中ω，逆時針為負值）可見，φ=180-lωl第9頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五扭轉角的計算方法：在ins文件中加CONF

指令，精修后可計算出所有的扭轉角在ins文件中加CONF

A1A2A3A3

指令，精修后可計算出依次排列四個原子中間鍵上的扭轉角計算的結果可寫入LST、CIF、TEX等文件平面和二面角的計算方法：在ins文件中加MPLAn

A1>An+m

指令，精修后可計算出前n個原子的平面、所有（n+m個）輸入原子偏離該平面的距離及與前一平面的二面角計算的結果可寫入LST文件第10頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五三、分子間的作用

包括氫鍵（hydrogenbond）、π-π堆積作用（stackinginteraction)與范德華作用1.氫鍵氫原子與一個電負性較大的原子較近時，就能形成有幾種類型：由N、O作為給體和受體的氫鍵鍵長（R）為300pm或更短些，遠了作用弱；C—H鍵有時也能與N、O、F等形成氫鍵，鍵長較長，為320~400pm；有時還能形成三中心鍵

A=NOF第11頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五晶體學中，考察氫鍵最重要的數據應該是D和A間的距離，這是由于用單晶X-射線衍射法研究氫鍵時具有如下問題：由于H的電子云密度很低，故不能精確確定其位置由于D—H鍵的電子密度明顯偏向于D，所以X射線法確定的D—H的鍵長與真實值有一定偏差，較短

還有，大多情況下，H被強制性地限定在特定位置上，故其位置在很大程度上是主觀的氫鍵的計算方法：先在ins文件中加HTAB2

指令，精修一次再從lst文件中查出計算出的氫鍵及受體原子的對稱操作碼第12頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五2.π-π堆積作用主要是芳環(huán)間的，強度在1~50kJ·mol-1的范圍內，且多數在10

kJ·mol-1左右或以下。分錯位面對面（offsetface-toface)和邊對面edge-toface)堆積兩種，距離均在330~370pm的范圍

對于C-H鍵形成的H鍵需用ENVI.查找EQIV$1對稱制作碼HTABB1B2-$1HTABA1A2計算的結果寫入lst文件中，如果計算了扭轉角（CONF指令），則同時寫入cif和tex文件然后，再在ins文件中用加如下指令，并精修第13頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五錯位面對面邊對面正位面對面對于面對面的，計算兩苯環(huán)中心的連線與環(huán)所在的平面的夾角θ值有助于說明π-π作用的強度第14頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五*π-π堆積作用的計算要在XP程序中完成四、結構圖

除了晶體結構數據外，單晶結構分析還提供了另一強有力的表達方式，即各式各樣的結構圖常用的有：分子結構圖（橢球圖）、晶胞圖、堆積圖及表明特性作用或結構的圖Shelxtl中的XP程序具有強大的圖形功能，可以通過多個指令的靈活配合，畫出各種不同的圖第15頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五XP的常用指令(字母大小寫通用)指令含義ARAD0.301.52A1指定原子半徑CELL顯示晶胞參數CENT/xAtomnames計算并顯示指定原子的中心DRAWfilename打印結構圖或轉換圖形文件ENVIn

A1顯示指定原子的環(huán)境EXAM顯示該通道中所有的文件EXIT退出XPFILEfilenames存儲XP中產生的文件FMOL/n讀入數據FUSE刪除所有對稱操作產生的原子GROW長出完整的分子填充球半徑成鍵半徑原子名(或$A)指定顯示的范圍加/x同時給中心點X1A第16頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五指令含義INFO(A1)顯示一個或所有原子的結構信息ISOTAtomnames將指定原子轉換成各向同性JOINn

Atompairs改變原子間的鍵連方式KILLAtomnames刪除指定的原子（或Q）LABLcodesize定義如何標注原子和標簽的大小LINEAtompair計算兩原子間的連線LINKn

Atompair改變原子間的鍵連方式MATRn指定所顯示圖形的取向MPLNAtomnames

計算指定原子的平面和二面角NAMEX1A1重新命名原子NEXT讀出SAVE指令保存的文件PACK產生晶體堆積圖指定鍵的類型，n=1：立體實線；2：空地實線；3：立體虛線；4：空地虛線；5：實線；6：虛線；缺省值為1指定標簽的類型，0：不標；1：沒括號不標H；2：帶括號不標H；3：沒括號標H；4：帶括號標H指定標簽的大小，缺省值600，常用值300--500將前者改為后者，也可用通用符，如??A??表示觀看或投影圖形的取向，1：沿a

軸；2：沿b

軸；3：沿c

軸如果計算了多個平面，則還給出了此平面與前幾個平面的二面角；如果改用MPLN/n，則可計算出重疊較少，較清楚的圖形取向第17頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五指令含義PBOXwdxcyczc定義格子寬度、深度和中心坐標PROJcell顯示旋轉目標圖形PUSHdxdydz

sign移動原子坐標SAVEfilename保存文件SGENs

Atomnames根據對稱操作碼產生新原子SYMM顯示該結構的所有對稱操作碼TELPspbdkeywords畫、保存圖形文件（plt文件）UNDOAtompair刪除指定原子間的鍵連UNIQAtomnames獨立出指定原子所在的單元VIEWfilename顯示TELP指令保存的文件通常為缺省值0.5、0.5、0.5寬度，通常上下為左右的0.75以cm為單位的點距，缺省值為50觀察晶胞或堆積圖加之坐標變量標識碼，必須為+1或-1

也類似于MOVE，在XP中代替INVI對稱操作碼，由ENVI指令得到用度表示的立體視角，常用0：為一維圖畫熱橢球的probability,

負值為熱橢球鍵線的寬度，缺省值為0.05深度特定關鍵詞cell，可在圖上加上單元晶胞，畫晶胞和堆積圖時前幾項可省略注：Atomnames等可用通用符“？”來表示一個字符；或用CmtoCn來表示連續(xù)排列的Cm到Cn；或用$C、$Q、$H等表示同一類原子第18頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五XP的使用：XP程序的進入：點XP菜單FMOL/n[ent]加/n省略原子表畫分子圖：KILL$Q$HA1A???BA21toA28[ent]

GROW

[ent]JOINA1A3

[ent]LINKA2A3

[ent]UNDOA1A2

[ent]UNIQA1

[ent]INFOA1[ent]ARAD0.252.07

A1[ent]UNIQ

[ent]ENVIA1

2[ent]SGEN1564atomname

[ent]第19頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五DRAWMO

[ent]

MPLN/n[ent]

PROJ[ent]

LABL1400[ent]

TELP0-300.04[ent]

調為原子重疊最少、最清楚的取向按程序要求輸入圖形文件名（如：MO），標記要標記的原子SAVEMO

[ent]

連續(xù)三個[ent]，便打印圖形，也可轉換成其它的文件，例如:a-[ent]-文件名-[ent][ent]—PS文件畫晶胞或堆積圖或其它圖形：NEXTMO

[ent]

FUSE

[ent]

KILL$H（Ai）[ent]

UNIQA1

[ent]

ENVIA1

[ent]

SGEN3465A1A2….

[ent]

第20頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五CELL[ent]

MATR1[ent]

PBOX159[ent]

PACK[ent]

TELPCELL

[ent]

DRAWCE

[ent]

顯示晶胞參數，如:11.2315.7617.3890.095.290.0堆積圖，可不參閱晶胞參數，一般采用數值為20至30按程序要求輸入圖形文件名（如：CE、PA），一般只標記要標記晶胞原點和軸計算直線和直線間的夾角：LINEC1C2[ent]

LINEC5O8[ent]

LINEC1C12[ent]

顯示直線的單位矢量和線間夾角畫晶胞圖時常需刪去一些分子，空格鍵為保留，輸入鍵為刪除PROJCELL

[ent]

JOIN(LINK

UNDO)A1A2

[ent]

第21頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五計算平面和二面角：MPLNC1C2O4N3N4[ent]

MPLNC5TOO8[ent]

MPLNC1TOC12[ent]

顯示平面方程、原子到平面的距離、二面角、直線和平面間的夾角等信息

計算π-π堆積作用：CENT/XC1TOC6[ent]

ENVIX1A

2

[ent]

SGEN2564C1TOC6[ent]

CENT/XC1ATOC6A[ent]

LINEX1AX1B[ent]

MPLNC1TOC6[ent]

MPLNC1ATOC6A[ent]

產生苯環(huán)（C1-C6）的中心X1A顯示X1A周圍δ為2距離內的原子及其操作碼產生新的原子C1A-C6A可獲得苯環(huán)的平面方程、中心到平面的距離、環(huán)上C到另一環(huán)平面的距離、二面角、中心連線與平面的夾角中心間的距離等ENVIX1A

2

[ent]

第22頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五畫π-π堆積作用圖：CENT/XC1TOC6[ent]

ENVIX1A2

[ent]

SGEN2564C1TOC6[ent]

CENT/XC1ATOC6A[ent]

LINKX1AX1B[ent]

TELP[ent]

DRAWPai[ent]

KILL無關的原子[ent](或用uniq、fuse等指令）Pai.pltX1AX1BC1A—C6A第23頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五無心轉換為有心（p1p-1）：FMOL/n[ent]

KILL$Q[ent]

CENTA1A2[ent]

PUSH-xi–yi-zi

[ent]

SYMM-X-Y-Z[ent]

FUSE[ent]

FILEfilename[ent]

EXIT[ent]

xi、yi、zi

為CENT指令產生的原子A1和A2中心的坐標退出XP后，先修改ins文件：首行中p1p-1；LATT-11，再用XL精修，然后按常規(guī)精修即可

第24頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五五、結果數據表----*.tex文件和*.cif文件

包括重要的晶體學參數、原子坐標表、溫度因子表、分子幾何數據表（及這些數據相應的標準偏差）等

有關鍵長和鍵角的數據，必須注意幾個問題：

等效的不重復列出

涉及到獨立單元以外的原子，必須注明對稱操作碼

重要的弱鍵或弱作用也可在此表中列出

所有的數據要注明標準偏差數據

常用的結構數據表主要有*.tex文件和*.cif文件

第25頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五1.TEX文件

基本結構：

Table1.Crystaldataandstructurerefinementfor020908a.

Identificationcode020908aEmpiricalformulaC18H14CoN3O7Formulaweight443.25Temperature298(2)KWavelength0.71073ACrystalsystem,spacegroupMonoclinic,c2/cUnitcelldimensionsa=29.654(18)Aalpha=90deg.b=8.530(5)Abeta=95.829(10)deg.c=13.801(8)Agamma=90deg.Volume3473(4)A^3Z,Calculateddensity8,1.696Mg/m^3Absorptioncoefficient1.039mm^-1F(000)1808晶體數據和結構精修結果第26頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五

Crystalsize0.28x0.25x0.18mmThetarangefordatacollection1.38to26.47deg.Limitingindices-25<=h<=37,-10<=k<=10,-14<=l<=17Reflectionscollected/unique9671/3589[R(int)=0.0587]Completenesstotheta=26.4799.8%AbsorptioncorrectionSemi-empiricalfromequivalentsMax.andmin.transmission0.8350and0.7596RefinementmethodFull-matrixleast-squaresonF^2Data/restraints/parameters3589/3/315Goodness-of-fitonF^20.952FinalRindices[I>2sigma(I)]R1=0.0500,wR2=0.0596Rindices(alldata)R1=0.0966,wR2=0.0655Largestdiff.peakandhole0.758and-0.488e.A^-3Absolutestructureparameter-0.03(7)第27頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五

Table2.Atomiccoordinates(x10^4)andequivalentisotropicdisplacementparameters(A^2x10^3)for020908a.U(eq)isdefinedasonethirdofthetraceoftheorthogonalizedUijtensor.____________________________________________________xyzU(eq)______________________________________________________Co(1)3875(1)2187(1)8733(1)35(1)N(1)3836(1)2424(3)10104(2)31(1)N(2)3346(1)898(3)8503(2)33(1)N(3)4435(1)3284(3)8801(2)34(1)O(1)3497(1)3952(3)8609(2)39(1)O(2)3026(1)5311(3)9447(2)61(1)…………….C(16)5290(2)4446(6)8730(3)49(1)C(17)4930(2)5447(6)8752(3)47(1)C(18)4504(2)4825(5)8784(3)44(1)________________________________________________________原子坐標和等效各向同性位移參數

為了節(jié)省篇幅，不少刊物用“等效各向同性位移參數”（equivalentisotropicdisplacementparameters)Ueq來報道原子的位移參數第28頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五

Table3.Bondlengths[A]andangles[deg]for020908a.

____________________________________________________

Co(1)-O(1)1.873(2)Co(1)-O(5)1.877(2)………………….C(17)-C(18)1.374(5)C(17)-H(11)0.91(3)C(18)-H(12)0.91(3)

O(1)-Co(1)-O(5)178.84(11)O(1)-Co(1)-O(3)88.14(10)…………N(3)-C(18)-H(12)111(2)C(17)-C(18)-H(12)127(2)_____________________________________________________

Symmetrytransformationsusedtogenerateequivalentatoms:鍵長和鍵角第29頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五Table4.Anisotropicdisplacementparameters(A^2x10^3)for020908a.

Theanisotropicdisplacementfactorexponenttakestheform:-2pi^2[h^2a*^2U11+...+2hka*b*U12]_________________________________________________________U11U22U33U23U13U12_________________________________________________________Co(1)30(1)42(1)32(1)0(1)3(1)0(1)N(1)23(2)40(2)30(2)3(1)0(1)-2(2)N(2)28(2)42(2)28(2)4(1)4(2)-1(2)N(3)40(2)36(2)25(2)0(1)1(1)-6(2)O(1)36(2)47(2)33(2)2(1)4(1)5(1)………………..C(14)27(2)48(3)29(2)-4(2)1(2)-1(2)C(15)39(3)51(3)44(2)-1(2)5(2)6(3)C(16)36(3)66(4)47(3)-3(2)7(2)-17(3)C(17)53(3)51(3)37(2)0(2)4(2)-15(3)C(18)48(3)48(3)36(2)0(2)3(2)1(2)__________________________________________________________各向異性位移參數第30頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五

Table5.Hydrogencoordinates(x10^4)andisotropicdisplacementparameters(A^2x10^3)for020908a.

________________________________________________xyzU(eq)________________________________________________H(1)3284(10)4670(30)11320(20)33(11)H(2)3611(10)3300(30)12620(20)36(10)H(3)4144(10)1330(30)12310(20)34(10)H(4)4270(10)870(30)10651(19)33(10)H(5)2744(10)-20(30)6620(20)22(10)H(6)2311(11)-1190(40)7620(20)41(11)H(7)2578(12)-1230(40)9380(20)64(12)H(8)3234(10)220(30)9800(20)34(10)H(11)4935(11)6510(30)8730(20)43(12)H(12)4242(12)5360(40)8810(20)65H(13)3731(10)2380(40)4939(18)65H(14)4061(11)1690(30)4370(20)65____________________________________________________H坐標和等效各向同性位移參數第31頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五

Table6.Torsionangles[deg]for020908a.

_____________________________________________________

C(8)-N(2)-N(3)-C(14)-91.7(3)O(5)-Co(1)-N(1)-C(2)-173.3(2)O(1)-Co(1)-O(3)-C(7)-77.9(3)_____________________________________________________

Symmetrytransformationsusedtogenerateequivalentatoms:扭轉角第32頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五

Table7.Hydrogenbondsfor020908a[Aanddeg.]._________________________________________________________D-H...Ad(D-H)d(H...A)d(D...A)<(DHA)C(4)-H(2)...O(1)#10.95(3)2.75(3)3.453(5)132(2)C(4)-H(2)...O(7)#20.95(3)2.67(3)3.444(6)139(2)C(6)-H(4)...O(6)#30.97(3)2.39(3)3.116(5)131(2)C(9)-H(5)...O(2)#40.84(3)2.60(3)3.233(5)133(2)C(11)-H(7)...O(2)#51.02(3)2.66(3)3.425(5)132(2)C(12)-H(8)...O(4)#60.97(3)2.37(3)3.122(5)133(2)C(15)-H(9)...O(3)#70.89(3)2.68(3)3.296(5)128(2)C(18)-H(12)...O(7)#10.91(3)2.27(3)3.062(5)146(3)O(7)-H(14)...O(5)#80.887(10)2.009(16)2.862(4)161(4)O(7)-H(13)...O(4)0.888(10)1.965(12)2.844(4)171(3)________________________________________________________

Symmetrytransformationsusedtogenerateequivalentatoms:#1x,-y+1,z+1/2#2x,y,z+1#3-x+1,-y,-z+2#4-x+1/2,y-1/2,-z+3/2#5-x+1/2,-y+1/2,-z+2#6x,-y,z+1/2#7-x+1,y,-z+3/2#8x,-y,z-1/2氫鍵第33頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五2.CIF文件

上世紀90年代初，為了方便晶體常數通過計算機和網絡傳輸和存取，國際晶體學會建立了一套晶體學信息文件（crystallographicinformationfile，簡稱cif）標準*CIF格式簡介：cif為ASCII碼文件，只允許使用普通鍵盤上的字符其它字符必須用特定的代碼表示，每行要小于80字符不需使用斜體、粗體、下劃線等，如果需要，它能自動識別轉換，如空間群等指定單位的數據，不需加單位WORD等文字處理軟件的文件須存為純文體文件第34頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五cif文件的術語：textstring數據串，由空格、引號或分號為起止符dataname數據串名稱，以下劃線“_”開頭dataitem數據項，不以“_”開頭、緊接名稱的數據串dataloop數據環(huán)，若干數據名稱，前冠以“l(fā)oop_”,

后跟多行的數據表datablock數據塊，數據名稱、項(也可為環(huán))的集合cif格式的性質：A.在數據環(huán)中，名稱及項的次序并不重要，塊亦然B.每個數據名稱必跟數據項，如沒有應加“？”第35頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五C.在CIF中，可增加一些需要的數據，書寫格式為：由空格限定的數據串中間不能有空格。如：_diffrn_ambient_temperature293

(2)_diffrn_radiation_wavelength0.71073_diffrn_radiation_typeMoK\a由單引號限定的數據串中可有空格，但不能超過一行_computing_structure_solution'SHELXS-97(Sheldrick,1990)'

_computing_structure_refinement'SHELXL-97(Sheldrick,1997)'由分號限定的數據串中可有空格，也可超過一行_refine_ls_weighting_details

'calcw=1/[\s^2^(Fo^2^)+(0.0745P)^2^+0.0000P]'第36頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五_refine_special_details;RefinementofF^2^againstALLreflections.TheweightedR-factorwRandgoodnessoffitSarebasedonF^2^,conven-tionalR-factorsRarebasedonF,withFsettozerofornega-tiveF^2^.ThethresholdexpressionofF^2^>2sigma(F^2^)isusedonlyforcalculatingR-factors(gt)etc.andisnotrelevanttothechoiceofreflectionsforrefinement.R-factorsbasedonF^2^arestatisticallyabouttwiceaslargeasthosebasedonF,andR-factorsbasedonALLdatawillbeevenlarger.;特殊的格式或符號有特定的書寫規(guī)定：~3~和^3^分別表示3是上下標\%A=A,\%=°,\s=σ,\p=π,\m=μ,\q=θ,\w=ω,\f=φ……°第37頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五計算機能把cif文件完全機械化地譯成規(guī)定的格式，但有細微的錯誤也會表現(xiàn)出來。因此寫好的cif文件，一定要用檢查程序做檢查?？芍苯拥卿浵旅婢W站，進行檢查。http:///services/cif/checkcif.html*CIF文件實例：data_020910c

_audit_creation_methodSHELXL-97_chemical_name_systematic;?;產生cif文件程序名稱第38頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五_chemical_name_common?_chemical_melting_point?_chemical_formula_moiety?_chemical_formula_sum'C14H41Cu2FeN14O4.50'_chemical_formula_weight660.54loop__atom_type_symbol_atom_type_description_atom_type_scat_dispersion_real_atom_type_scat_dispersion_imag_atom_type_scat_source'C''C'0.00330.0016'InternationalTablesVolCTablesand''H''H'0.00000.0000………………._symmetry_cell_settingmonoclinic_symmetry_space_group_name_H-Mc2/c晶系名稱空間群名稱散射因子的來源的數據環(huán)第39頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五loop__symmetry_equiv_pos_as_xyz'x,y,z''-x,y,-z+1/2''x+1/2,y+1/2,z''-x+1/2,y+1/2,-z+1/2''-x,-y,-z''x,-y,z-1/2''-x+1/2,-y+1/2,-z''x+1/2,-y+1/2,z-1/2'

用坐標xyz表示的對稱操作碼的數據環(huán)第40頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五

_cell_length_a13.481(7)_cell_length_b13.497(7)_cell_length_c31.069(15)_cell_angle_alpha90.00_cell_angle_beta93.547(8)_cell_angle_gamma90.00_cell_volume5642(5)_cell_formula_units_Z8_cell_measurement_temperature298(2)_cell_measurement_reflns_used1697_cell_measurement_theta_min2.264_cell_measurement_theta_max20.187

晶胞參數用于確定晶胞參數的衍射點的數量用于確定晶胞參數的衍射點的最大和最小θ值第41頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五_exptl_crystal_description?_exptl_crystal_colour?_exptl_crystal_size_max0.25_exptl_crystal_size_mid0.15_exptl_crystal_size_min0.09_exptl_crystal_density_meas?_exptl_crystal_density_diffrn1.555_exptl_crystal_density_method'notmeasured'_exptl_crystal_F_0002744_exptl_absorpt_coefficient_mu2.050_exptl_absorpt_correction_typemulti-scan_exptl_absorpt_correction_T_min0.6282_exptl_absorpt_correction_T_max0.8370_exptl_absorpt_process_details'SADABS(Sheldrick,1996)‘_exptl_special_details;?;衍射用晶體的形狀衍射用晶體的顏色衍射用晶體的尺寸計算密度單胞中電子數線性吸收系數吸收校正方法最小透過率最大透過率吸收校正的程序第42頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五_diffrn_ambient_temperature298(2)_diffrn_radiation_wavelength0.71073_diffrn_radiation_typeMoK\a_diffrn_radiation_source'fine-focussealedtube'_diffrn_radiation_monochromatorgraphite_diffrn_measurement_device_type'CCDareadetector'_diffrn_measurement_method‘/f(ψ)and/w(ω)scans'_diffrn_detector_area_resol_mean?_diffrn_standards_number?_diffrn_standards_interval_count?_diffrn_standards_interval_time?_diffrn_standards_decay_%?_diffrn_reflns_number14631_diffrn_reflns_av_R_equivalents0.0744_diffrn_reflns_av_sigmaI/netI0.1145溫度波長射線類型光源單色器CCD可以不填衍射點總數等效點平均標準偏差平均背景與平均衍射強度比衍射儀名稱掃描方式第43頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五_diffrn_reflns_limit_h_min-16_diffrn_reflns_limit_h_max16_diffrn_reflns_limit_k_min-11_diffrn_reflns_limit_k_max16_diffrn_reflns_limit_l_min-32_diffrn_reflns_limit_l_max36_diffrn_reflns_theta_min1.31_diffrn_reflns_theta_max25.03_reflns_number_total4993_reflns_number_gt2395_reflns_threshold_expression>2sigma(I)

_computing_data_collection'SMART(Siemens,1996)'_computing_cell_refinement'SMART'_computing_data_reduction'SAINT(Siemens,1996)'_computing_structure_solution'SHELXS-97(Sheldrick,1997a)'最小與最大衍射指標最小與最大θ角參加精修的衍射數目強度大于2σ的衍射數目采用的程序第44頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五_computing_structure_refinement'SHELXL-97(Sheldrick,1997a)'_computing_molecular_graphics'SHELXTL(Sheldrick,1997b)'_computing_publication_material'SHELXTL'

_refine_special_details;RefinementofF^2^againstALLreflections.TheweightedR-factorwRandgoodnessoffitSarebasedonF^2^,conventionalR-factorsRarebasedonF,withFsettozerofornegativeF^2^.ThethresholdexpressionofF^2^>2sigma(F^2^)isusedonlyforcalculatingR-factors(gt)etc.andisnotrelevanttothechoiceofreflectionsforrefinement.R-factorsbasedonF^2^arestatisticallyabouttwiceaslargeasthosebasedonF,andR-factorsbasedonALLdatawillbeevenlarger.;

采用的程序精修中需要說明的問題第45頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五_refine_ls_structure_factor_coefFsqd_refine_ls_matrix_typefull_refine_ls_weighting_schemecalc_refine_ls_weighting_details

'calcw=1/[\s^2^(Fo^2^)+(0.0000P)^2^+0.0000P]whereP=(Fo^2^+2Fc^2^)/3'_atom_sites_solution_primarydirect_atom_sites_solution_secondarydifmap_atom_sites_solution_hydrogensgeom_refine_ls_hydrogen_treatmentmixed_refine_ls_extinction_methodSHELXL_refine_ls_extinction_coef0.0020(3)_refine_ls_extinction_expression'Fc^*^=kFc[1+0.001xFc^2^\l^3^/sin(2\q)]^-1/4^‘_refine_ls_number_reflns4993_refine_ls_number_parameters348_refine_ls_number_restraints15_refine_ls_R_factor_all0.1208基于F2的精修精修的矩陣類型權重方案權重的詳細資料解結構的方法進一步解結構的方法加氫方法精修H的方法精修消光的方法消光校正系數消光校正方案參加精修的衍射點的數目參加精修的參數的數目限制參數的數目對于全部衍射點的R1值第46頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五_refine_ls_R_factor_gt0.0465_refine_ls_wR_factor_ref0.0698_refine_ls_wR_factor_gt0.0621_refine_ls_goodness_of_fit_ref1.001_refine_ls_restrained_S_all1.002_refine_ls_shift/su_max0.001_refine_ls_shift/su_mean0.000

loop__atom_site_label_atom_site_type_symbol_atom_site_fract_x_atom_site_fract_y_atom_site_fract_z_atom_site_U_iso_or_equiv_atom_site_adp_type_atom_site_occupancy_atom_site_symmetry_multiplicity對于可觀測衍射點的R1值對于全部衍射點的wR2值對于可觀測衍射點的wR2值對于可觀測衍射點的S值對于全部衍射點的S值最后精修過程中的最大移動值最后精修過程中的平均移動值原子坐標、各向同性位移參數、原子占有率等的數據環(huán)第47頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五_atom_site_calc_flag

_atom_site_refinement_flags_atom_site_disorder_assembly_atom_site_disorder_groupCu1Cu0.14883(5)0.38885(6)0.37321(2)0.0446(2)Uani11d...Cu2Cu0.63210(5)0.39053(6)0.38794(2)0.0494(2)Uani11d...Fe1Fe0.38981(6)0.64597(6)0.37999(3)0.0328(2)Uani11d...N1N0.1742(3)0.2994(4)0.32332(16)0.0728(17)Uani11d...H1AH0.22530.25840.33050.087Uiso11calcR..H1BH0.12000.26240.31640.087Uiso11calcR..………………..H8H0.387(3)0.173(5)0.4315(12)0.080Uiso11dD..H9H0.369(4)0.145(5)0.3890(9)0.080Uiso11dD..

loop__atom_site_aniso_label_atom_site_aniso_U_11_atom_site_aniso_U_22第48頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五_atom_site_aniso_U_33_atom_site_aniso_U_23_atom_site_aniso_U_13_atom_site_aniso_U_12Cu10.0491(5)0.0375(5)0.0478(5)-0.0004(4)0.0080(4)-0.0015(4)………………..C140.027(4)0.043(4)0.058(4)0.004(4)0.014(3)-0.007(3)

_geom_special_details;Allesds(excepttheesdinthedihedralanglebetweentwol.s.planes)areestimatedusingthefullcovariancematrix.Thecellesdsaretakenintoaccountindividuallyintheestimationofesdsindistances,anglesandtorsionangles;correlationsbetweenesdsincellparame-tersareonlyusedwhentheyaredefinedbycrystalsymmetry.Anapproximate(isotropic)treatmentofcellesdsisusedforestimatingesdsinvolvingl.s.planes.;各向異性位移參數及有關詳細資料等的數據環(huán)分子幾何中需要說明的問題第49頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五loop__geom_bond_atom_site_label_1_geom_bond_atom_site_label_2_geom_bond_distance_geom_bond_site_symmetry_2_geom_bond_publ_flagCu1N41.996(4).?Cu1N12.011(5).?……………………..C1C21.474(8).?C1H1C0.9700.?C1H1D0.9700.?loop__geom_angle_atom_site_label_1_geom_angle_atom_site_label_2_geom_angle_atom_site_label_3_geom_angle鍵長等的數據環(huán)，以下數據如將“？”改為：“yes”表示要列入精選表，預以發(fā)表鍵角等的數據環(huán)第50頁，共62頁，2023年，2月20日，星期五

_geom_angle_site_symmetry_1_geom_angle_site_symmetry_3_geom_angle_publ_flagN4Cu1N1172.59(19)..?N4Cu1N384.34(19)..?N1Cu1N396.0(2)..?N4Cu1N295.6(2)..?………………N13C13Fe1178.0(5).