基因檢測

在神經(jīng)遺傳病診斷方面的應(yīng)用CONTENTS常用基因檢測技術(shù)平臺簡介01目錄檢測項(xiàng)目介紹及病例02樣本送檢流程03

第一代測序（Sanger）下一代測序（NGS）微小突變片段分析（FA）拷貝數(shù)變異MLPAFISHCMA大片段缺失/重復(fù)復(fù)雜變異常用基因檢測技術(shù)平臺多重連接酶依賴性探針擴(kuò)增技術(shù)multiplexligation-dependentprobeamplification,MLPA探針與靶序列DNA進(jìn)行雜交，通過探針的特異連接、PCR擴(kuò)增，收集數(shù)據(jù)并進(jìn)行分析；可應(yīng)用于外顯子缺失、重復(fù)突變檢測;常用基因檢測技術(shù)平臺片段分析（Fragmentanalysis,FA）指以DNA或者cDNA為模板，由PCR過程所產(chǎn)生的，數(shù)目不等的核苷酸構(gòu)成的大小不等的DNA片段，對這些片段，利用其大小或者標(biāo)記熒光的差異，進(jìn)行分析的方法可用于甲基化狀態(tài)、動態(tài)突變的檢測動態(tài)突變多為三堿基重復(fù)，少數(shù)四、甚至五、六堿基重復(fù)(CGG)n;(ATTCT)n;(GGCCTG)n正常人n值較低，超過一定范圍就致病(fullmutation)。Normal、fullmutation之間存在“Greyzone”。遺傳穩(wěn)定性：n值越高，越不穩(wěn)定：Normal>Greyzone>fullmutation間隔序列可以增加遺傳穩(wěn)定性常用基因檢測技術(shù)平臺一代測序：Sanger測序經(jīng)典的直接測序方法，基因突變檢測的“金標(biāo)準(zhǔn)”主要檢測微小的基因突變（包括點(diǎn)突變、微小缺失或重復(fù)）局限性：僅適用于明確的單基因遺傳病檢測高通量測序技術(shù)（High-throughputsequencing）又稱“下一代”測序技術(shù)（“Next-generation”sequencingtechnology），以能一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進(jìn)行序列測定和一般讀長較短等為標(biāo)志。高通量測序平臺由Illumina開發(fā)，TruSightOneSequencingPanel全面覆蓋4,811個與臨床表型相關(guān)的基因。實(shí)驗(yàn)室可分析panel上的全部基因，或有選擇地關(guān)注特定亞群。通過這種方式，單個panel可有效代表整個新一代測序組合。IlluminaMiSeqNGS+加做MLPA31個：NF,TSC1/2,DMD,Marfan,HSP,尼曼匹克病，EDMD等加做Sanger測序10個：肌張力障礙，癲癇，耳聾，Dandy-Walker,等加做片段分析7個：MDM，ALS，SMA，ASD，HPN，DM1，HD聯(lián)用PGM+Illumina：線粒體病檢測技術(shù)生物信息臨床服務(wù)及咨詢工作流程美國遺傳學(xué)與基因組學(xué)學(xué)會并非所有能檢測到的基因變異都是致病性的對于基因變異致病性需要進(jìn)行綜合性判斷：基因突變的類型，例如：大片段缺失、無義突變、移碼突變、剪接突變、影響翻譯起始位點(diǎn)的突變是致病性的極強(qiáng)證據(jù)；相關(guān)文獻(xiàn)、突變數(shù)據(jù)庫中的描述是對基因突變進(jìn)行定性的重要依據(jù)；家族史、患者家屬的基因檢測結(jié)果：例如，一個突變?nèi)绻_認(rèn)為新發(fā)突變，是致病性的強(qiáng)證據(jù)；大樣本量調(diào)查結(jié)果：例如，某變異在大量（>1000）隨機(jī)正常人中均未檢出，是致病性的弱證據(jù)；生物信息學(xué)軟件分析結(jié)論，可作為判別是否具有致病性的弱依據(jù)；金域測序報告解讀原則CONTENTS常用基因檢測技術(shù)平臺簡介01目錄檢測項(xiàng)目介紹及病例02樣本送檢流程03常見遺傳病基因檢測方案適用情況：根據(jù)患者情況，可判斷出是某一系列遺傳病或某一種遺傳病免疫系統(tǒng)：遺傳性免疫缺陷相關(guān)基因測序骨骼系統(tǒng)：骨骼發(fā)育不良相關(guān)基因檢測等眼科：先天性白內(nèi)障相關(guān)基因測序等疑難遺傳病基因檢測（4811個基因測序）遺傳性神經(jīng)系統(tǒng)疾病肌營養(yǎng)不良相關(guān)疾?。?4個基因）、先天性肌?。?2個基因）先天性肌強(qiáng)直（3個基因）、先天性肌無力（12個基因）、遺傳性痙攣截癱（20個基因）、肌張力障礙（14個基因）、骨骼發(fā)育不良（189個基因）、遺傳性周圍神經(jīng)?。?5個基因）、遺傳性共濟(jì)失調(diào)（74個基因）、帕金森癥（41個基因）、遺傳性腦白質(zhì)營養(yǎng)不良（41個基因）、舞蹈癥相關(guān)疾病（35個基因）、阿爾茨海默癥（4個基因）、遺傳性腦血管病相關(guān)基因檢測（27個基因）癲癇（142個基因測序）自閉癥（101個基因）線粒體疾病線粒體DNA全長測序及缺失重復(fù)檢測線粒體核基因（42個基因）神經(jīng)內(nèi)科相關(guān)基因檢測項(xiàng)目肌營養(yǎng)不良肌營養(yǎng)不良相關(guān)疾病有

抗肌萎縮蛋白?。―MD/BMD），LGMD（含肌-眼-腦病），Emery-Dreifuss肌營養(yǎng)不良，Emery-Dreifuss樣疾病，先天性肌營養(yǎng)不良，眼咽型肌營養(yǎng)不良，遠(yuǎn)端型肌營養(yǎng)不良，先天性肌病，肌原纖維肌病，POMPE病，代謝性肌病，脊肌萎縮癥（SMA），嬰兒型脊肌萎縮癥，X連鎖；臨床上不同程度和分布的進(jìn)行性加重的骨骼肌萎縮和無力，也可累及心肌，部分肌營養(yǎng)不良癥會導(dǎo)致運(yùn)動受損甚至癱瘓。疾病/項(xiàng)目方法基因備注肌營養(yǎng)不良相關(guān)基因檢測☆測序+MLPA+FA64個檢測肌營養(yǎng)不良及需要鑒別疾病Emery-Dreifuss肌營養(yǎng)不良(EDMD)相關(guān)基因檢測☆測序+MLPAEMD,LMNA,FHL1"同時檢測Emery-Dreifuss肌營養(yǎng)不良，Emery-Dreifuss樣疾病肢帶型肌營養(yǎng)不良（LGMD）相關(guān)基因（21個）測序測序21個肢帶型肌營養(yǎng)不良LGMD2A型CAPN3基因MLPA檢測MLPACAPN3肢帶型肌營養(yǎng)不良LGMD2C型SGCG基因測序測序SGCG肢帶型肌營養(yǎng)不良LGMD2E型SGCB基因測序測序SGCB肢帶型肌營養(yǎng)不良LGMD2F型SGCD基因測序測序SGCD肢帶型肌營養(yǎng)不良LGMD2B/MMD/DACM型測序DYSF基因熱點(diǎn)突變(927delG、1624delG)國外資料報道這兩個熱點(diǎn)突變占該基因突變95%。但國內(nèi)缺乏相關(guān)數(shù)據(jù)。建議選擇MGH16項(xiàng)目。假肥大型肌營養(yǎng)不良癥（DMD/BMD）測序+MLPADMD可檢測點(diǎn)突變、缺失、重復(fù)突變，檢出率98%MLPADMD以缺失、重復(fù)突變?yōu)橹鳎瑱z出率60-70%肌眼腦病(MEB癥)POMGNT1基因測序測序POMGNT1眼咽型肌營養(yǎng)不良PABPN1基因測序測序PABPN1強(qiáng)直性肌營養(yǎng)不良DM1型基因片段分析FADM1肌營養(yǎng)不良沈陽：男，18Y臨床提示：四肢無力8年，加重4個月，近端為主；走路呈鴨步，頸強(qiáng)直，雙上肢平舉不能；無法蹲起，腱反射消失。否認(rèn)家族史。臨表（首發(fā)癥狀）緩慢進(jìn)展下肢共濟(jì)失調(diào)，走路搖晃、突然跌倒構(gòu)音障礙繼而出現(xiàn)雙手笨拙及意向性震顫；其他：眼震、癡呆和遠(yuǎn)端肌萎縮。CT或MRI顯示小腦萎縮很明顯，有時可見腦干萎縮檢查可見肌張力障礙、腱反射亢進(jìn)、病理性發(fā)射陽性、痙攣步態(tài)、震顫覺、本體覺喪失。致病基因SCA1,SCA2,SCA3,…(~30種)遺傳方式常染色體顯性遺傳早現(xiàn)主要引起小腦、腦干、脊髓變性和萎縮脊髓小腦共濟(jì)失調(diào)（SCA）基因突變突變類型多（~30種），SCA具有極強(qiáng)遺傳異質(zhì)性和基因多效性，各亞型的癥狀相似，交替重疊，臨床區(qū)分困難多數(shù)為動態(tài)突變檢測（CAG）n~片段分析疾病/項(xiàng)目方法基因備注遺傳性共濟(jì)失調(diào)相關(guān)基因整體檢測（測序+片段分析）☆測序+片段分析74個覆蓋了已知的多數(shù)遺傳性共濟(jì)失調(diào)和需要與共濟(jì)失調(diào)鑒別診斷疾病脊髓小腦共濟(jì)失調(diào)基因檢測(包含SCA1\2\3\6\7\12\DRPLA)FASCA1,2,3,6,7,12,DRPLA覆蓋最常見7種的脊髓小腦共濟(jì)失調(diào)脊髓小腦共濟(jì)失調(diào)DRPLA型FADRPLA

脊髓小腦共濟(jì)失調(diào)SCA10型FASCA10中國人中罕見脊髓小腦共濟(jì)失調(diào)SCA12型FASCA12

脊髓小腦共濟(jì)失調(diào)SCA17型FASCA17中國人中罕見脊髓小腦共濟(jì)失調(diào)SCA1型FASCA1中國人最常見SCA3，其次是SCA1、SCA2。脊髓小腦共濟(jì)失調(diào)SCA2型FASCA2中國人最常見SCA3，其次是SCA1、SCA2。脊髓小腦共濟(jì)失調(diào)SCA3型FASCA3中國人最常見SCA3，其次是SCA1、SCA2。脊髓小腦共濟(jì)失調(diào)SCA6型FASCA6

脊髓小腦共濟(jì)失調(diào)SCA7型FASCA7

脊髓小腦共濟(jì)失調(diào)SCA8型FASCA8中國人中罕見非動態(tài)突變引起的共濟(jì)失調(diào)相關(guān)基因測序測序12個排除了最常見的7種亞型之后，可考慮進(jìn)行本組檢測。遺傳性共濟(jì)失調(diào)上海瑞金醫(yī)院：男，15Y臨床提示：共濟(jì)失調(diào)，構(gòu)音障礙，病理征（-）；踝陣攣（+）；眼下視困難。亨廷頓舞蹈病、慢性進(jìn)行性舞蹈病、遺傳性舞蹈病。神經(jīng)退行性疾病臨表:（成人30-50歲）慢性進(jìn)行性加重舞蹈樣動作精神異常、癡呆眼球運(yùn)動障礙(青少年20歲以前）臨表與成人典型癥狀差異大主動運(yùn)動減少、肌強(qiáng)直、共濟(jì)失調(diào)、癲癇發(fā)作、精神智力衰退舞蹈樣動作相對少見遺傳方式：常染色體顯性遺傳，動態(tài)突變，遺傳下一代時常常有遺傳早現(xiàn)。致病基因：HTT基因（4p16.3)外顯子1中（CAG）n擴(kuò)增99%~片段分析亨廷頓?。℉D）肯尼迪?。↘ennedydisease)/脊髓延髓肌萎縮癥（SBMA)。臨表:（男性成年期發(fā)?。┧闹饾u進(jìn)展的肌肉無力、萎縮（近端遠(yuǎn)端）真性延髓麻痹累及咀嚼肌、面肌、延髓肌、引起發(fā)音、吞咽、進(jìn)食困難內(nèi)分泌紊亂，男性乳房女性化睪丸發(fā)育不良甚至不育發(fā)病率1/40000肯尼迪病肯尼迪病的確診需要依賴于基因診斷，臨床表現(xiàn)等極易引起誤診，如判斷為肌萎縮側(cè)索硬化、重癥肌無力及肌營養(yǎng)不良等遺傳方式：X連鎖隱性遺傳致病基因：雄激素受體（AR）基因（Xq11-q12）的第1個外顯子（CAG）n擴(kuò)增99%~片段分析疾病/項(xiàng)目方法基因舞蹈癥相關(guān)疾病整體檢測☆測序+FA35個舞蹈癥相關(guān)疾病:良性家族性舞蹈病、肯尼迪病、亨廷頓病、亨廷頓樣病1/2（HDL1/2）舞蹈病棘紅細(xì)胞增多癥，神經(jīng)性棘紅細(xì)胞增多綜合征，SCA17、DRPLA，遺傳性共濟(jì)失調(diào)（非動態(tài)突變性），早發(fā)Alzheimer病亨廷頓病HTT(IT15)基因片段分析FAHTT

肯尼迪病(KennedyDisease)AR基因片段分析FAAR

伴有皮質(zhì)下梗死和白質(zhì)腦病的常染色體顯性遺傳性腦動脈?。–ADASIL）遺傳性腦血管病臨表:（成人發(fā)?。┡R床特征：反復(fù)發(fā)作的卒中和后期進(jìn)行性癡呆缺血發(fā)作，如短暫性腦缺血發(fā)作和缺血性卒中最常見認(rèn)知功能障礙有先兆型偏頭痛或情感障礙致病基因：NOTCH3基因的3、4、5、6、11、18號等外顯子突變類型點(diǎn)突變?yōu)橹鱺90%Sequencing(Sanger)缺血發(fā)作表現(xiàn)為：典型的腔隙性梗死純運(yùn)動卒中、共濟(jì)失調(diào)性輕偏癱、構(gòu)音障礙、手笨拙、純感覺性卒中或感覺運(yùn)動性卒中CADASIL疾病/項(xiàng)目方法基因備注遺傳性腦血管病相關(guān)基因檢測☆測序27個檢測多種遺傳性腦血管遺傳病相關(guān)的基因且對多種可能混淆的白質(zhì)腦病進(jìn)行檢測伴有皮質(zhì)下梗死和白質(zhì)病變的常染色體顯性遺傳性腦動脈病，CADASIL病測序NOTCH3突變熱點(diǎn)檢測突變熱點(diǎn)，檢出率85-90%。伴有皮質(zhì)下梗死和白質(zhì)病變的常染色體隱性遺傳性腦動脈病，CARASIL病測序HTRA1

臨表：肝硬化、錐體外系癥狀、精神癥狀、

腎損害、溶血等；角膜色素環(huán)尿銅增高血清總銅量或銅藍(lán)蛋白降低遺傳方式：常染色體隱性遺傳致病基因：ATP7BATP7B基因：編碼銅轉(zhuǎn)運(yùn)P型ATP酶機(jī)制：ATP7B突變，功能減弱/喪失→血清銅藍(lán)蛋白合成減少、膽道排銅障礙→蓄積的銅離子在肝、腦、腎、角膜等處沉積突變檢測99%~Sequencing角膜K-F環(huán)

錐體外系癥狀肝豆?fàn)詈俗冃?Wilson)疾病/項(xiàng)目方法基因備注銅代謝異常相關(guān)基因檢測☆測序+MLPAATP7B,ATP7A,CP,KRT8,KRT18包括：肝豆?fàn)詈俗冃裕╓ilson），Menkes病，無銅藍(lán)蛋白血癥、銅超負(fù)荷肝硬化,隱源性肝硬化

肝豆?fàn)詈俗冃訟TP7B基因測序測序ATP7B首選檢測肝豆?fàn)詈俗冃訟TP8B基因MLPA檢測MLPA補(bǔ)充檢測肌張力障礙肌張力障礙是一種運(yùn)動障礙性病變，特征是持續(xù)性或間歇性肌肉收縮，可引起異常的、經(jīng)常重復(fù)的運(yùn)動或姿勢，肌張力障礙性運(yùn)動一般有其模式，有扭曲動作，并且可能呈震顫性。肌張力障礙目前的分型為1-25型，其中明確致病基因的有13個亞型，均可以檢測；其他亞型由于致病基因不明而無法檢測。疾病/項(xiàng)目方法基因備注肌張力障礙相關(guān)基因整體檢測☆測序14個檢測已明確病因的13種亞型，包括1，3，5，6，8-12，14，16，18，25多巴反應(yīng)性肌張力障礙GCH1基因測序測序GCH1多巴反應(yīng)性肌張力障礙SPR基因測序測序SPR多巴反應(yīng)性肌張力障礙TH基因測序測序TH多巴反應(yīng)性肌張力障礙GCH1/TH/SGCE基因MLPA檢測MLPAGCH1、TH、SGCE運(yùn)動誘發(fā)性肌張力障礙測序PRRT2扭轉(zhuǎn)性肌張力障礙(DYT1)TOR1A基因測序測序TOR1A扭轉(zhuǎn)性肌張力障礙(DYT6)THAP1基因測序測序THAP1家族性發(fā)作性運(yùn)動障礙(DYT8)PNKD基因測序測序PNKD肌張力障礙11型(DYT11)SGCE基因測序測序SGCE肌張力障礙四川：女，21Y臨床提示：走路不穩(wěn)17年，緊張時加重。四肢可見肌張力低下。智力、生長發(fā)育均正常。腓骨肌萎縮腓骨肌萎縮癥（Charcot-Marie-Tooth，CMT）亦稱為遺傳性運(yùn)動感覺神經(jīng)?。℉MSN），具有明顯的遺傳異質(zhì)性，臨床主要特征是四肢遠(yuǎn)端進(jìn)行性的肌無力和萎縮伴感覺障礙。疾病/項(xiàng)目方法基因備注腓骨肌萎縮癥（CMT1/2/4/CMTX）相關(guān)基因檢測☆測序+MLPA33個檢測目前已經(jīng)發(fā)現(xiàn)的CMT相關(guān)基因，包含：CMT1、2、4、X型腓骨肌萎縮病CMT1A型MLPA檢測MLPAPMP22最常見的CMT亞型，占總體的30%左右腓骨肌萎縮病CMT1B/CMT2I/CMT2J型MPZ基因測序測序MPZ腓骨肌萎縮病CMT2A2型MFN2基因測序測序MFN2腓骨肌萎縮病CMT4A型GDAP1基因測序測序GDAP1腓骨肌萎縮病CMTX1型GJB1基因測序測序GJB1腓骨肌萎縮四川：女，16Y臨床提示：3年前無明顯誘因出現(xiàn)左下肢肌肉萎縮，后逐漸累及右下肢。走路時腳尖抬離地面較困難。雙上肢持物困難，冬天為重。父親有20年類似病史。阿爾茲海默癥阿爾茨海默病，又叫老年性癡呆，是一種中樞神經(jīng)系統(tǒng)變性病，起病隱襲，病程呈慢性進(jìn)行性，是老年期癡呆最常見的一種類型。主要表現(xiàn)為漸進(jìn)性記憶障礙、認(rèn)知功能障礙、人格改變及語言障礙等神經(jīng)精神癥狀，嚴(yán)重影響社交、職業(yè)與生活功能。阿爾茨海默病病因十分復(fù)雜，主要相關(guān)基因包括：1早發(fā)性家族性阿爾茨海默病相關(guān)基因:√PSEN1基因(早老素1基因)編碼presenilin1蛋白，能將蛋白質(zhì)水解為多肽；√PSEN2基因(早老素2基因)編碼presenilin2蛋白，幫助轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白從細(xì)胞膜進(jìn)入細(xì)胞核傳遞化學(xué)信號；√APP基因(淀粉樣蛋白前體基因)編碼淀粉樣前體蛋白的蛋白質(zhì)，存在于多種組織器官，包括大腦和脊髓；2遲發(fā)性阿爾茨海默病相關(guān)基因:√APOE基因(載脂蛋白基因)編碼載脂蛋白E，在體內(nèi)結(jié)合脂肪，被稱為脂蛋白。阿爾茨海默病四川：女，41Y臨床提示：癡呆。遺傳性朊蛋白病PRNP基因測序結(jié)果陰性。帕金森帕金森病(Parkinson-disease,PD)是一種常見的神經(jīng)系統(tǒng)變性疾病，老年人多見，平均發(fā)病年齡為60歲左右，40歲以下起病的青年帕金森病較少見。帕金森病的遺傳方式為常染色體顯性遺傳、常染色體隱性遺傳、X-連鎖遺傳。帕金森病的臨床分型：帕金森病的平均發(fā)病年齡為60歲左右，但臨床上有更早發(fā)病的情況出現(xiàn)。一般將20歲以前發(fā)病的歸為青少年型帕金森病；50歲前發(fā)病的歸為早發(fā)型帕金森??；50歲以后發(fā)病的歸為晚發(fā)型帕金森病。帕金森病相關(guān)基因檢測帕金森病基因檢測涵蓋類別早發(fā)性帕金森病家族性帕金森病青少年帕金森散發(fā)性帕金森病等對41個基因進(jìn)行分析疾病基因帕金森癥PSEN1,PSEN2,SLC30A10,SLC41A1,SLC6A3,SNCAIP,TBP,TH,TRPM2,UCHL1,USP24,VPS35,ZFYVE26，GCH1，LRRK2,FBXO7,PINK1,SNCA,ANG,ATP13A2,ATP1A3,ATXN2,CYP27A1,DCTN1,DNAJC6,EIF4G1,FOXG1,FTH1,GBA,GRN,HTRA2,MAPT,NDUFV2,PARK2,PARK7,PARL,PITX3,PLA2G6,POLG,PRKAG2,PRKRA,案例分享A案例分享BCONTENTS常用基因檢測技術(shù)平臺簡介01目錄檢測項(xiàng)目介紹及病例02樣本送檢流程03臨床僅能判斷為遺傳病無法明確為哪種遺傳病可送檢疑難遺傳病基因檢測項(xiàng)目，一次檢測與臨床表現(xiàn)相關(guān)的基因臨床能明確為哪種遺傳代謝病，如能判斷為糖原累積癥，但是無法明確為糖原累積癥的哪種亞型臨床可送檢糖原累積癥整體檢測項(xiàng)目，一次檢測與糖原累積癥相關(guān)基因臨床能具體診斷為哪種肌營養(yǎng)不良，如能明確為DMD臨床可送檢DMD基因檢測項(xiàng)目（MLPA檢測、測序）臨床送檢思路步驟采樣對象說明申請申請人、醫(yī)生簽署《知情同意書》為便于實(shí)驗(yàn)室與臨床醫(yī)生交流，希望醫(yī)生留電話號碼和e-mail。先證者檢測先證者先證者父母通常先證者的樣本都是必須的。當(dāng)先證者的樣本無法獲得時，也可以檢測肯定攜帶者。例如，X連鎖隱性遺傳患者的女兒。父母的樣本僅作備用。當(dāng)先證者結(jié)果為“未發(fā)現(xiàn)異?！睍r，不對父母的樣本進(jìn)行檢測。家系研究先證者父母其他家屬有針對性地檢測父親和/或母親、其他家屬的樣本。根據(jù)實(shí)際情況收費(fèi)，例如：測序項(xiàng)目僅需檢測特定的位點(diǎn)，按位點(diǎn)數(shù)目收費(fèi)；MLPA項(xiàng)目，同先證者的收費(fèi)遺傳咨詢-建議憑檢測結(jié)果到具有資質(zhì)的機(jī)構(gòu)進(jìn)行遺傳咨詢基因檢測流程基因檢測注意事項(xiàng)若患者有造血干細(xì)胞移植史，或在基因檢測采樣前3個月內(nèi)曾輸血，則可能造成基因檢測結(jié)果不可靠！注意事項(xiàng)自身免疫性神經(jīng)系統(tǒng)疾病抗體檢測項(xiàng)目名稱檢測方法樣本類型/數(shù)量樣本保存參考價格（元）發(fā)報告時間自身免疫性腦炎檢測(NMDA