RASMOL簡明使用說明Introduction RasMol是一個分子圖像軟件，利用它可以很方便地、用多種方法、交互式地顯示蛋白質(zhì)、核酸和有機(jī)小分子的結(jié)構(gòu)，對于演示、教學(xué)以及制作高質(zhì)量的圖形都有很大的用途。RasMol具有不同的版本，可以在MicrosoftWindows,AppleMacintosh,UNIX和VMS上運(yùn)行。在Windows中的程序稱為RasWin。 運(yùn)行RasMol之后，屏幕上會出現(xiàn)一個顯示窗口和一個命令窗口。其中，顯示窗口用于顯示分子的三維結(jié)構(gòu)，并有下拉式的菜單可供執(zhí)行多種顯示功能；命令窗口可用于顯示信息，并可供用戶鍵入各種RasMol支持的命令，作為對菜單功能的完善和補(bǔ)充。 用戶可以利用鼠標(biāo)交互式地、即時地操作分子。主要用法為： Mouseleftkey: X,Yaxisrotation Mouserightkey: X,Yaxistranslation Mouseleftkey+shift: Scaling Mouserightkey+shift: ZaxisrotationFrequentlyusedmenuinRASMOL： File: Open: 打開一個存儲著分子結(jié)構(gòu)的文件(PDB格式或MOL2格式) Close: 關(guān)閉已打開的文件，擦去顯示窗口中的分子 Edit: Select: 激活分子中所有的原子作為顯示的對象 Display: Wireframe: 點(diǎn)線圖 Backbones: 顯示大分子的主鏈 Sticks: 棍棒圖 Spacefill: 空間填充圖 Ball&Stick: 球棍圖 Ribbons: 大分子飄帶圖 Strands: 大分子線帶圖 Cartoons: 大分子卡通圖 Colours: Monochrome: 單色圖 CPK: 按原子類型著色 Carbon lightgrey Oxygen red Hydrogen white Nitrogenlightblue Sulphur yellow Phosphorous orangeChlorine green Bromine brown Metals darkgrey Chain: 按大分子中不同的鏈著以不同的顏色 Structure: 按大分子中不同的二級結(jié)構(gòu)單元著以不同的顏色 Alphahelices magenta Betasheets yellow Turns paleblue Others white Options: Exports:可以把顯示窗口中當(dāng)前的顯示輸出為GIF,BMP,Postscript等各種格式的圖形文件，可供記錄或打印輸出。 Help: 如果是Windows版本，此菜單可以打開help說明窗口。FrequentlyusedcommandsinRASMOL： background: 設(shè)置顯示窗口背底的顏色 background <color> dots: 顯示原子的vanderWaals表面 dots <on/off> hbonds: 顯示大分子內(nèi)的氫鍵 hbonds <on/off> reset: 清除所有變量的設(shè)置，恢復(fù)初始狀態(tài) reset restrict: 選定用戶定義的原子集合，之后所有的顯示操作均對選定者有效，未選定者不在顯示窗口中顯示 restrict <expression> (expression的定義詳見后面的說明) select: 選定用戶定義的原子集合，之后所有的顯示操作均對選定者有效，未選定者在顯示窗口中維持原有的顯示 select <expression> show: 在命令窗口中顯示有關(guān)該分子的一些信息 show <information/sequence> ssbonds: 顯示二硫鍵 ssbonds <on/off>ColourSchemesinRASMOL blue black cyan green greenblue magenta orange purple red redorange violet white yellowPredefinedSets acidic basic neutral hydrophobic polar charged small medium large acyaclic cyclic aliphatic aromatic surface buried helix sheet turn backbone sidechain alpha amino protein ligand hetero water solvent hydrogen ions at cg purine pyrimidine nucleicExpressioninRASMOL 在RASMOL中，表達(dá)式是指分子中一組特定的原子，這一組原子滿足用戶給定的條件。前面所提到的predefinedset均可以作為最簡單的表達(dá)式。為了表達(dá)更復(fù)雜、更精確的集合，可以使用邏輯運(yùn)算符and,orandnot(或用簡寫“&”,“|”和“!”來代替)。可以使用括號來規(guī)定邏輯運(yùn)算的次序。 例如： backboneandnothelix 主鏈中非螺旋的部分 within(8.0,se