2T/SHAIAXXXX—XXXX甲基化分析中的DNA樣品制備方法沉淀法本標準規(guī)定了組織和培養(yǎng)的細胞等生物樣本中DNA甲基化分析的樣品制備方法。本標準適用于從組織和培養(yǎng)的細胞中提取DNA用于甲基化分析。2規(guī)范性引用文件下列文件中的內(nèi)容通過文中的規(guī)范性引用而構(gòu)成本文件必不可少的條款。其中，注日期的引用文件，僅該日期對應(yīng)的版本適用于本文件；不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改單）適用于本文件。國家標準或國際標準3術(shù)語和定義下列術(shù)語和定義適用于本文件。3.1DNA甲基化（DNAmethylation）是基因表達調(diào)控的一種重要機制，是在不改變DNA序列的前提下對基因組DNA進行甲基化修飾。4原理DNA甲基化檢測可以采用的方法比較多，PCR法是比較是比較簡單易行的方法之一。原理是利用亞硫酸氫鹽處理DNA，將未甲基化的胞嘧啶轉(zhuǎn)化為尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶在轉(zhuǎn)化過程中保持不變。轉(zhuǎn)化后，DNA的甲基化情況可以通過PCR擴增或DNA測序來判定。在PCR法檢測中DNA的純化最常用的的方法是沉淀法。除上述比較經(jīng)典的沉淀法以還有有物理的方法：如玻璃珠法、超聲波法、研磨法、凍融法。化學方式如異硫氰酸胍法、堿裂解法。生物方式如酶法，根據(jù)核酸分離純化方式的不同有硅質(zhì)材料、陰離子交換樹脂等。沉淀法是在去污劑的作用下將細胞裂解，然后在細胞裂解也中加入SDS加速細胞破碎，再加入酒精將DNA沉淀，采用蛋白酶K和氯仿/異戊醇去除蛋白質(zhì)，得到純化的DNA。5儀器設(shè)備5.1高速臺式離心機，5.2高速冷凍離心機，5.3紫外可見分光光度計，5.4紫外及化學發(fā)光凝膠成像儀。5.5超純水系統(tǒng)6試劑和材料6.2.純凈水ddH2O，電阻率>18Ω（分子生物學級）3T/SHAIAXXXX—XXXX）（），6.4.苯酚（分子生物學級6.5氯仿（分子生物學級）。7樣品7.1樣品來源：甲基化檢測的樣品可以來源于血液、冷凍組織樣本或石蠟組織塊。用于甲基化分析的樣品應(yīng)采用冷凍和其他適當?shù)姆椒ū４媪己靡苑罉悠方到狻?.2樣品處理：采用細胞裂解液或其他適當?shù)脑噭┨崛〖毎徒M織中的DNA，進一步將DNA與蛋白質(zhì)和其他雜質(zhì)等分離并采用苯酚-氯仿或其他適當?shù)姆椒ㄈ绯恋矸ǖ燃兓疍NA，純化后的DNA經(jīng)95%或100%酒精再次沖洗沉淀，獲得的DNA沉淀采用純凈水再次溶解備用。8DNA樣品制備試劑配制9DNA樣品分析DNA純度檢測一半采用分光光度法在波長260nm對其進行檢測，同時可以通過測定DNA樣品在260/280（A260/A280）的紫外吸收值估算DNA的純度，其比值在1.8為純度較好，其比值高于2.0預示著樣品中有RNA沒有除盡。同時也可以采用凝膠電泳的方法檢測DNA的純度，并檢測樣品中是否有RNA存在。4T/SHAIAXXXX—XXXXXXXXXXXXX核酸提取方法主要包括以下幾種：1、沉淀法。通過采用細胞裂解液破壞細胞結(jié)構(gòu)來釋放核酸，采用化學試劑將細胞中的DNA提取出的方法。2、化學試劑法。利用核酸和雜質(zhì)在水和有機溶劑中的溶解度差異進行分離提純。該方法使用異硫氰酸胍和乙醇/異丙醇來沉淀水相中的核酸。3、柱純化法。利用二氧化硅材料吸附原理，在高鹽濃度下，通過帶正電荷的二氧化硅柱膜和帶負電荷的核酸之間的親和力，使核酸被富集于二氧化硅基質(zhì)，其他雜質(zhì)被清除。4、磁珠法。利用磁珠與核酸的特異性結(jié)合，通過磁場作用進行分離。此外，還有吸附材料結(jié)合法，如硅質(zhì)材料、陰離子交換樹脂和磁珠，這些方法利用核酸與吸附材料之間的特異性結(jié)合進行分離。每種方法都有其特定的應(yīng)用和優(yōu)勢，選擇哪種方法取決于實驗的具體需求和條件。沉淀法提取DNA：從組織或培養(yǎng)的細胞中分離DNA1.將組織切成小塊，培養(yǎng)的細胞直接進行下一步。），最終濃度20ug/ml，在37℃下孵育1小時。3.加入蛋白酶K至最終濃度100ug/ml，充分混合，在50℃下孵育3小時或過夜。4.在室溫下冷卻溶液，加入等體積的苯酚（pH8.0），通過緩慢地將管端翻轉(zhuǎn)10分鐘或?qū)⒐芊胖迷跐L筒設(shè)備上混勻1小時，將兩相輕輕混合。5.將試管在10000g下離心15分鐘。6.將水相（上層）轉(zhuǎn)移到新試管中。7.在室溫下加入0.2倍體積的10mol乙酸銨（NH4Ac）和2倍體積的100%乙醇，輕輕混合。如果使用NaAc（pH5.2），則添加0.1