人類SMN1和SMN2基因檢測試劑盒(PCR-毛細(xì)管電泳法)(CSZ2400022)_第1頁
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文檔簡介

申請人名稱:廈門百歐迅生物科技有限公司 3 3 3 3 4 4 6 12 14 17一、申請人名稱廈門百歐迅生物科技有限公司二、申請人住所廈門市海滄區(qū)翁角西路2032號廈門生物醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)園A17三、生產(chǎn)地址廈門市海滄區(qū)翁角西路2032號廈門生物醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)園A17號樓一、產(chǎn)品概述(一)產(chǎn)品主要組成成分本試劑盒含有SMA反應(yīng)液、SMA引物混合液、酶C、SMA正常對照、SMA質(zhì)控品1、SMA質(zhì)控品2、和SMA空白對照,詳見表1產(chǎn)品主要組成成分11111SMA質(zhì)控品211(二)產(chǎn)品預(yù)期用途本試劑盒用于體外檢測EDTA抗凝全血樣本中人運動神經(jīng)元存活基因1(SMN1)和運動神經(jīng)元存活基因2(SMN2)第7號的輔助診斷,SMN2基因拷貝數(shù)用于SMA患者分型的輔助判斷,檢測結(jié)果供臨床參考,臨床醫(yī)生應(yīng)結(jié)合患者臨床表現(xiàn)進行綜合脊髓性肌萎縮癥(SMA)為一種常染色體隱性遺傳疾病,臨床特征為脊髓前角運動神經(jīng)元退化凋亡導(dǎo)致對稱性肌無力和肌萎縮。其病因是由于位于5號染色體上的運動神經(jīng)元存活基因1(SurvivalofMotorNeuron1,SMN1)突變所致。正常人至少有2拷貝正常的SMN1基因,攜帶者僅1條5號染色體上有正常SMN1基因,而SMA患者沒有正常SMN1基因,即0拷貝正常SMN1突變包括第7號和/或第8號外顯子缺失以及點突變等1/10,000-1/6,000,人群攜帶率為1/50-1/40。與SMN1高度同源的運動神經(jīng)元存活基因2(SurvivalofMotorNeuron2,SMN2兩基因序列上僅有5個堿基的差異,其中2個堿基位于splicingenhancer導(dǎo)致只有少量的全長SMNmRNA生成,使得功能性SMN蛋白的表現(xiàn)量減少。SMN2為臨床表型的調(diào)節(jié)基因,影響病情的嚴(yán)重程度,其拷貝數(shù)增加可減輕SMA患者表型癥狀。因此,檢測SMN2基因的拷貝數(shù)有助于為疾病分型提供參(三)產(chǎn)品包裝規(guī)格48測試/盒,96測試/盒。(四)產(chǎn)品檢驗原理和SMN2。以HBB與ACTB基因為內(nèi)標(biāo)基因,監(jiān)控PCR反應(yīng)效率,拷貝數(shù)進行相對定量的檢測,區(qū)分0、1、2、3、≥4拷貝的SMN1與SMN2基因。二、臨床前研究概述(一)主要原材料本產(chǎn)品的主要原材料包括引物、dATP、dCTP、dGTP、dTTP、熱啟動核酸聚合酶,均為外購。通過功能性試驗,申請人篩選出最佳原材料和供應(yīng)商,同時制定了各主要原材料質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)并ACTB基因、HBB基因,SMA空白對照主要原料為10mMTris8.5溶液,并按照相應(yīng)的質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)進行檢測合格后使用。本產(chǎn)品的企業(yè)參考品包括陽性參考品、陰性參考品、精密度參考品及檢測限參考品。企業(yè)參考品采用臨床血液樣本或細(xì)胞系進行提取的基因組DNA制備,并以SMA檢測金標(biāo)準(zhǔn)荷蘭MRC-Holland公司研制的SALSA?MLPA?ProbemixP021-B1SMA確認(rèn)其基因拷貝數(shù)。(二)生產(chǎn)工藝及反應(yīng)體系研究本試劑盒的反應(yīng)體系的研究包括PCR反應(yīng)液中各組份配方與用量的調(diào)整、DNA酶用量的確定;對PCR反應(yīng)條件的研究包括退火溫度、擴增循環(huán)數(shù)、擴增循環(huán)數(shù)中各階段時間、最后延伸時間的測試;毛細(xì)管電泳的上機程序進行測試調(diào)整;確認(rèn)PCR過程的質(zhì)量控制,包含內(nèi)控基因設(shè)計、拷貝數(shù)計算公式的確認(rèn);完成樣本提取DNA純度、濃度以及重復(fù)性和反應(yīng)投入量研究,并對產(chǎn)品適配的PCR儀和毛細(xì)管電泳儀AppliedBiosystems?3500Dx/3500xLDxGeneticAnalyzers的檢測結(jié)果進行研究。根據(jù)試劑盒中試劑及組件的主要生產(chǎn)工藝的研究結(jié)果,確定了最佳的生產(chǎn)工藝。(三)分析性能評估本產(chǎn)品分析性能評估內(nèi)容包括準(zhǔn)確度、精密度、最低檢測限、分析特異性和提取試劑性能的研究。準(zhǔn)確度研究使用共檢測43例覆蓋SMN1和SMN2基因各不同拷貝數(shù)(0、1、2、3、≥4)的臨床EDTA抗凝全血樣本,使用三批次的試劑盒進行檢測,均能準(zhǔn)確檢測SMN1和SMN2不同拷貝數(shù)(0、1、2、3、≥4)組合的樣本,包含純合缺失型、雜合缺失型和無缺失型相應(yīng)的拷貝數(shù),檢測符合率100%。2.精密度精密度研究使用不同拷貝數(shù)組合的臨床樣本,提取后在低與中高濃度水平進行檢測。分別考察室內(nèi)精密度、試劑盒批內(nèi)與批間精密度、操作人員間精密度、實驗室間精密度,結(jié)果表明各項不精密度變異系數(shù)均不大于10%。3.最低檢測限在最低檢測限建立的研究中,首先使用SMN1和SMN2基因提取基因組DNA,梯度稀釋DNA樣本各進行3次重復(fù)平行檢測,對檢測限進行初步考察;根據(jù)預(yù)估檢測限的最高與最低濃度附在最低檢測限驗證的研究中,另取SMN1和SMN2基因各不同拷貝數(shù)(0、1、2、3、≥4)的臨床EDTA抗凝全血樣本,提各進行20重復(fù)平行檢測,檢出率為100%。4.分析特異性在干擾試驗中,申請人對內(nèi)源性干擾物質(zhì)與常見治療藥物如三酸甘油酯(500mg/dL)、膽紅素(15mg/dL)、血紅蛋白丁胺醇(3μmole/L)、阿莫西林(400μmole/L)、頭孢氨芐(600μmole/L)、乙酰胺基酚(3000μmole/L)、甲氧氯普胺(3μmole/L)與奧美拉唑(40μmole/L對本試劑盒檢測結(jié)果均不造成影響。交叉反應(yīng)評價中,申請人針對全血樣本中常見的病原體進行研究,包括乙肝病毒、丙肝病毒、巨細(xì)胞病毒、腸道病毒71型,對本試劑盒檢測結(jié)果不造成影響。使用高拷貝的SMN2對SMN1不同拷貝數(shù)樣本進行交叉反應(yīng);高拷貝的SMN1對不同拷貝數(shù)SMN2的進行交叉反應(yīng)研究,結(jié)果顯示SMN1和SMN2基因不會對各自的檢測結(jié)果造成影響。針對與SMA癥狀類似的疾病,如Duchenne型肌營養(yǎng)不良(DMD)、Becker型肌營養(yǎng)不良(BMD)進行交叉反應(yīng)評價,對本試劑盒檢測結(jié)果均不造成影響。針對SMN基因微小突變或者基因多型性位點進行研究,包括SMN1基因的微小突變c.22dupA、c.81+2_3delTG、c.683T>A,SMN1基因第7號外顯子基因多型性rs555928635、SMN2基因第8號外顯子基因多型性rs576032516,對本試劑盒檢測結(jié)果均不造成影5.提取試劑性能研究采用臨床樣本進行了核酸提取試劑盒性能的研究,根據(jù)與該產(chǎn)品的組合性能研究結(jié)果,確定推薦的核酸提取試劑符合檢(四)陽性判斷值研究陽性判斷值研究首先采用714例已知基因型的臨床樣本進行檢測,同時使用SMA檢測標(biāo)準(zhǔn)方法MLPA確認(rèn)其基因拷貝數(shù),采用ROC曲線法對本試劑盒的陽性判斷值進行研究。最終確定陽性判斷值按下表進行判讀:0123≥4拷貝數(shù)正常區(qū)間采用另外一批168例經(jīng)SMA檢測標(biāo)準(zhǔn)方法MLPA檢測的臨床樣本進行驗證,檢測結(jié)果與MLPA確認(rèn)結(jié)果一致。(五)穩(wěn)定性研究申請人對本產(chǎn)品在實際儲存條件下保存至成品有效期后的實時穩(wěn)定性、使用穩(wěn)定性等進行了研究,確定了在各種條件下試劑的有效保存時間。實時穩(wěn)定性:三批試劑放置于-20±5℃保存,按時間考察每批試劑盒在第0、3、6、9、12、14、18、19個月的性能,檢測其外觀、陽性參考品符合率、陰性參考品符合率、檢測限與精密度,結(jié)果均符合要求;確定本試劑有效期為18個月。使用穩(wěn)定性:考察試劑開瓶后在2~8℃5天內(nèi)、-20±5℃在試劑盒效期內(nèi)及反復(fù)凍融7次的性能,結(jié)果顯示:產(chǎn)品外觀符合要求,陽性參考品、陰性參考品、檢測限參考品與精密度參考品均符合要求。為確保產(chǎn)品性能穩(wěn)定,要求本試劑盒在首次使用后,應(yīng)盡快用完,如需長期保存,再次放置于-20±5℃可此外,申請人對產(chǎn)品的樣本穩(wěn)定性進行了研究。結(jié)果顯示,產(chǎn)品性能均能滿足產(chǎn)品說明書聲稱要求。三、臨床評價概述本產(chǎn)品在浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬兒童醫(yī)院、深圳市兒童醫(yī)院、湖南省兒童醫(yī)院、南京市婦幼保健院、廣州醫(yī)科大學(xué)附屬第三醫(yī)院共五家臨床試驗機構(gòu)進行臨床試驗,臨床試驗入組病例為疑似或確診脊髓性肌萎縮癥(SMA)的病例等,共入組病例975(一)采用試驗體外診斷試劑與臨床參考方法MLPA方法進行比較研究,確認(rèn)本產(chǎn)品的臨床檢測性能。1.針對SMN1檢測性能:臨床參考方法檢測結(jié)果為SMN1基因外顯子7缺失陽性(拷貝數(shù)為0或1)471例,臨床參考方法例,4拷貝1例。試驗結(jié)果顯示:本產(chǎn)品陽性符合率為100%100%)。臨床參考方法檢測結(jié)果為SMN1基因外顯子8缺例,4拷貝3例。試驗結(jié)果顯示:本產(chǎn)品陽性符合率為100%2.針對SMN2檢測性能:臨床參考方法檢測結(jié)果為SMN2外病例數(shù)分別為38例、191例、440例、280例、26例。試驗結(jié)果顯示:試驗體外診斷試劑與參考方法符合率100%。上述結(jié)果顯示試驗體外診斷試劑與臨床參考方法檢測結(jié)果具有較好的一致性。采用試驗體外診斷試劑與SMA的臨床診斷結(jié)果進行了比較研究,確認(rèn)本產(chǎn)品的臨床性能。臨床診斷結(jié)果為SMA病例26990.56%,96.31%特異度為100%(95%CI:99.46%,100%針對不一致的樣本進行了充分分析和確認(rèn),其中假陰性的14例患1例患者在臨床試驗前有異基因非親緣臍帶血回輸,1例為SMN1雙等位基因均為微小致病性變異[1d+1d]型SMA患者;假陽性樣本2例,該2例患者經(jīng)隨訪確診為SMA患者。上述結(jié)果顯示兩者之間具有良好的一致性,本產(chǎn)品針對SMA輔助診斷的臨床性(三)針對SMN2基因拷貝數(shù)用于SMA患3拷貝、≥4拷貝)的檢測結(jié)果與SMA患者分型的關(guān)系進行了分析,兩者有較好的相關(guān)性。結(jié)果顯示,本產(chǎn)品針對SMA分型輔助判斷的臨床性能滿足要求。綜上所述,臨床試驗結(jié)果顯示本產(chǎn)品的臨床性能滿足技術(shù)審評要求。四、產(chǎn)品受益風(fēng)險判定依據(jù)“YY/T0316-2016《醫(yī)療器械風(fēng)險管理對醫(yī)療器械的本產(chǎn)品適用本產(chǎn)品適用于EDTA抗凝全血樣本中人運動神經(jīng)元存活基因1(SMN1)和運動神經(jīng)元存活基因2(SMN2)第7SMN1基因拷貝數(shù)用于脊髓性肌萎縮癥(spinalmuscularatrophy,SMA)的輔助診斷,SMN2基因拷貝數(shù)用于SMA患者分型的輔助判斷,檢測結(jié)果僅供臨床參考,具體臨床應(yīng)用時,臨床醫(yī)生必須結(jié)合病例實際情況判讀。本產(chǎn)品臨床應(yīng)用的主要受益在于:可作為脊髓性肌萎縮癥的輔助診斷以及SMA患者分型的輔助判斷的方法。(二)風(fēng)險評估申請人對已知危險(源)進行風(fēng)險評價,按照風(fēng)險可接受準(zhǔn)則判斷每個危險(源)的風(fēng)險是否達(dá)到可接受水平,對合理可行降低的風(fēng)險、不經(jīng)過風(fēng)險/收益分析既判定為不可接受的風(fēng)險采取控制措施,并對具體措施進行實施驗證,同時重新對采取措施后的風(fēng)險進行估計,確認(rèn)其風(fēng)險水平是否可接受。但為保證用械安全,基于對主要剩余風(fēng)險的規(guī)避,需要在說明書中1.預(yù)期用途:用于體外檢測EDTA抗凝全血樣本中人運動神號外顯子和第8號外顯子拷貝數(shù)(0、1、2、3、≥4)的檢測,SMN1基因拷貝數(shù)用于脊髓性肌萎縮癥(spinalmuscularatrophy,SMA)的輔助診斷,SMN2基因拷貝數(shù)用于SMA患者分型的輔助判斷,檢測結(jié)果供臨床參考,臨床醫(yī)生應(yīng)結(jié)合患者臨床表現(xiàn)進行綜合判斷。2.警示及注意事項:產(chǎn)品說明中明確了該產(chǎn)品檢驗方法的局限性及使用中的注意事項。注冊與備案管理辦法》(國家市場監(jiān)督管理總局令第48號)等相關(guān)醫(yī)療器械法規(guī)與配套規(guī)章,經(jīng)對申請人提交的注冊申報資料進行系統(tǒng)評價,申報產(chǎn)品符合安全性、有效性的要求,符合現(xiàn)有認(rèn)知水平,建議準(zhǔn)予注冊。附件:產(chǎn)品說明書1SMN1基因拷貝數(shù)用于脊髓性肌萎縮癥(spinalmuscular檢測結(jié)果供臨床參考,臨床醫(yī)生應(yīng)結(jié)合患者臨床表現(xiàn)進為脊髓前角運動神經(jīng)元退化凋亡導(dǎo)致對稱性肌無力和肌萎縮。其病因是由于位于5號染色體上的運動神經(jīng)元存活基因1(SurvivalofMotor的拷貝數(shù)有助于為疾病分型提供參考依據(jù)。因。下表為本試劑盒6個檢測位點的位置、理論片檢測位點理論片段長度熒光修飾基因HBB227bpFAMACTB368bpSMA基因SMN1第7號外顯子(SMN1-EX7)257bpSMN2第7號外顯子(SMN2-EX7)262bpSMN1第8號外顯子(SMN1-EX8)306bpSMN2第8號外顯子(SMN2-EX8)315bp組分名稱主要成分規(guī)格(48測試/盒)規(guī)格(96測試/盒)數(shù)量(管)SMA反應(yīng)液含dNTPs的PCR緩沖液750μL1500μL1SMA引物混合液含試劑盒檢測位點及內(nèi)標(biāo)基因的特異性引物溶液150μL300μL1酶C熱啟動核酸聚合酶8μL16μL1SMA正常對照含SMA檢測位點及內(nèi)標(biāo)基因的質(zhì)粒18μL18μL1SMA質(zhì)控品1含SMA檢測位點及內(nèi)標(biāo)基因的質(zhì)粒18μL18μL1SMA質(zhì)控品2含SMA檢測位點及內(nèi)標(biāo)基因的質(zhì)粒18μL18μL1SMA空白對照Tris8.5溶液1500μL1500μL1開瓶后未使用完的組分于-20±5℃保存不影響產(chǎn)品有效期。應(yīng)本試劑盒采用普通PCR儀擴增后再經(jīng)毛細(xì)管電泳儀進行AppliedBiosystems?3500Dx/3500xLDxGe),注:建議當(dāng)次檢測樣本與對照的樣本處理方式、DNA提取2.2按下表配制擴增試劑:組分每反應(yīng)體積SMA反應(yīng)液15μLSMA引物混合液3μL酶C0.16μL總體積*18.16μL*為了減少分液誤差,建議在配制擴增試劑時根據(jù)樣本數(shù)量(n)分別?。╪+1)人份的反應(yīng)液和混合酶。n=待測樣本數(shù)+SMA空白對照1份+SMA正常對照1份+SMA質(zhì)控品1+SMA質(zhì)控品2。2擴增。反應(yīng)體積設(shè)定:20μL,建議立即進行則應(yīng)將PCR擴增產(chǎn)物保存于-20±5℃,不超過1周。步驟循環(huán)數(shù)溫度時間1195oC5min22595oC30sec57oC30sec72oC30sec3172oC30min414oC∞3500Dx/3500xLDxPOP-750cm8133019.5進行片段大小分析,分析參數(shù)設(shè)置和結(jié)果分析具體信息請參考制造擴增產(chǎn)物范例圖檢測峰選擇HBB檢測峰面積Test/IC檢測峰面積之和TestHBB檢測峰面積RS/IC檢測峰面積之和RSSMN1-EX7檢測峰面積Test/IC檢測峰面積之和TestRSMN1-EX7=SMN1-EX7檢測峰面積RS/IC檢測峰面積之和RSSMN2-EX7檢測峰面積Test/IC檢測峰面積之和TestRSMN2-EX7=SMN2-EX7檢測峰面積RS/IC檢測峰面積之和RSSMN1-EX8檢測峰面積Test/IC檢測峰面積之和TestRSMN1-EX8=SMN1-EX8檢測峰面積RS/IC檢測峰面積之和RSSMN2-EX8檢測峰面積Test/IC檢測峰面積之和TestRSMN2-EX8=SMN2-EX8檢測峰面積RS/IC檢測峰面積之和RSACTB檢測峰面積Test/IC檢測峰面積之和TestRACTB=×2ACTB檢測峰面積RS/IC檢測峰面積之和RS【陽性判斷值】檢測峰比值結(jié)果判讀基因拷貝數(shù)<0.370拷貝數(shù)正常區(qū)間00.37≤R<0.651拷貝數(shù)檢測灰區(qū)10.65≤R<1.301拷貝數(shù)正常區(qū)間1.30≤R<1.411拷貝數(shù)檢測灰區(qū)1.41≤R<1.552拷貝數(shù)檢測灰區(qū)21.55≤R<2.402拷貝數(shù)正常區(qū)間2.40≤R<2.452拷貝數(shù)檢測灰區(qū)2.45≤R<2.503拷貝數(shù)檢測灰區(qū)32.50≤R<3.463拷貝數(shù)正常區(qū)間3.46≤R<3.503拷貝數(shù)檢測灰區(qū)≥3.50≥4拷貝數(shù)正常區(qū)間≥43檢測位點片段大小范圍(bp)HBBSMN1-EX7SMN2-EX7SMN1-EX8SMN2-EX8ACTB2.1檢測峰比值(R)落于正常區(qū)間,根據(jù)顯子拷貝數(shù)一致;當(dāng)發(fā)生基因轉(zhuǎn)換時,基因型表示為于檢測灰區(qū),需重新進行PCR,檢測結(jié)果按【讀,若檢測峰比值(R)還是落于檢測灰區(qū),按相應(yīng)拷貝數(shù)貝數(shù)之和不一致,如當(dāng)檢測結(jié)果為2:2/2:3時,第7外顯子這種即為總拷貝數(shù)不一致,應(yīng)該重新進行檢測。重測后以總拷貝數(shù)一致的結(jié)果進行判讀,若重測后拷貝數(shù)之和仍不一致,建議結(jié)合其2.5若引物擴增區(qū)域內(nèi)出現(xiàn)缺失或插入的罕見基因突變或基因多型性一致性,進行拷貝數(shù)判讀,進一步的突變或基因多態(tài)性信息應(yīng)結(jié)合2.本試劑盒以染色體上特定的DNA序列為檢測目標(biāo),5.不合理的樣本采集、轉(zhuǎn)運及處理、以及不當(dāng)?shù)脑囼灢僮?/p>

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