生物信息學(xué)Bioinformatics1選擇“UndertakenCourses”點擊“Bioinformatics（spring）”下載“參考ppt”2bioinformation2009@163.com密碼:bioinformation進(jìn)入以上公用郵箱下載幻燈片“ppt10-上機(jī)2”到電腦桌面3第四章DNA與蛋白質(zhì)序列分析4Question1:1.我剛剛分離一個水稻基因片段序列，大概250bp，我想初步分析一下它是什么基因，編碼什么產(chǎn)物以及是否已經(jīng)被別人克隆，應(yīng)該采用什么工具和數(shù)據(jù)庫？Blastn

B.Blastp

C.tblastn,D.tblastx,E.blastx

F.nrG.ESTH.nr/nt6Question2:

什么是HMM？如何進(jìn)行基因結(jié)構(gòu)的預(yù)測？Promoter的位置在哪里?什么是TSS,為什么要預(yù)測TSS?預(yù)測TSS有哪些方法?7第2節(jié)Blast的應(yīng)用8主要的blast程序程序名查詢序列數(shù)據(jù)庫搜索方法Blastn核酸核酸核酸序列搜索逐一核酸數(shù)據(jù)庫中的序列Blastp蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)序列搜索逐一蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中的序列Blastx核酸蛋白質(zhì)核酸序列翻譯成蛋白質(zhì)序列后和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中的序列逐一搜索。Tblastn蛋白質(zhì)核酸蛋白質(zhì)序列和核酸數(shù)據(jù)庫中的核酸序列翻譯后的蛋白質(zhì)序列逐一比對。TBlastx核酸核酸核酸序列翻譯成蛋白質(zhì)序列，再和核酸數(shù)據(jù)庫中的核酸序列翻譯成的蛋白質(zhì)序列逐一進(jìn)行比對。9/Blast.cgi10具體步驟1.登陸blast主頁

/BLAST/2.根據(jù)數(shù)據(jù)類型，選擇合適的程序3.填寫表單信息4.提交任務(wù)5.查看和分析結(jié)果11序列組成/分子量/等電點---初級分析酶切位點分析(載體構(gòu)建)基因結(jié)構(gòu)分析/啟動子序列分析第3節(jié)序列功能分析的內(nèi)容

12Part1.初級序列分析序列的組成/分子量/等電點分析13/點擊“BioXMversion2.6”點擊“運(yùn)行”進(jìn)行安裝1415序列組成分析16序列組成分析17序列組成分析18A/G/C/T的組成，尤其是G+C含量的預(yù)測（進(jìn)化？探針設(shè)計？）19蛋白分子量和等電點20蛋白分子量和等電點21蛋白分子量和等電點22蛋白質(zhì)分子量/等電點預(yù)測onlineComputepI/MW/tools/pi_tool.html23Part2.

酶切位點分析

只要進(jìn)行基因工程利用必須用到各種限制性內(nèi)切酶如GGATCCBamHI242526Part3.基因結(jié)構(gòu)分析/啟動子序列分析271）基因結(jié)構(gòu)分析:GenomicDNAcDNA2829用softberry預(yù)測基因結(jié)構(gòu)30一個例子:用softberry預(yù)測基因結(jié)構(gòu)312)啟動子序列分析:

什么是啟動子?啟動子序列，一般在TSS之前2000bp，了解哪個位點是TSS，哪個是起始ATG?TSSATGTATApromoter322)啟動子序列分析:

所以，我們必須得到TSS的位置.如何通過生物信息學(xué)方法確定TSS?

首先截取包括ATG之前3000bp和基因的序列采用以下兩種方法1)軟件預(yù)測,如Softberry;2)搜索EST數(shù)據(jù)庫;33分析的目的:2)首先找到ATG前面約3000:如何通過生物信息學(xué)方法確定TSS?以AF486280為例.首先要找到包含AF486280的基因組序列.342)首先截取ATG之前3000bp序列以AF486280為例.首先要找到包含AF486280的基因組序列.35363738394041方法一:用softberry預(yù)測.42方法二:用Fruitfly網(wǎng)站的promoter預(yù)測程序預(yù)測.4344練習(xí):(1)查找序列:AY900120(2)請用兩種方法分析該基因可能的TSS?給出從TSS開始10bp的序列.(提示：首先搜索基因組數(shù)據(jù)庫，獲得包括該基因第一個外顯子之前3000bp和該基因的基因組序列；然后進(jìn)行預(yù)測：方法1：搜索dbEST數(shù)據(jù)庫；方法2：用softberry的FGENESH進(jìn)行預(yù)測TSS；)(3)根據(jù)（2）的結(jié)果請列出該基因的啟動子序列;(4)根據(jù)（2）的結(jié)果請畫出該基因的基因結(jié)構(gòu)圖（包括外顯子和內(nèi)含子的排列和長度）;(5)請預(yù)測AF486280基因編碼產(chǎn)物的分子量和等電點(可以采用BioXM軟件);(6)請對AF486280基因序列進(jìn)行限制性酶切位點分析,分析序列中是否存在HindIII和SacI酶切位點?(可以采用BioXM軟件)(7)請分析AF486280基因編碼產(chǎn)物的亞細(xì)胞定位情況;(8)請分析AF486280基因編碼產(chǎn)物的功能域(domain);(9)請分析AF486280基因編碼產(chǎn)物序列中有哪些重要的motif?45練習(xí):(5)請預(yù)測AY900120基因編碼產(chǎn)物的分子量和等電點(可