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文檔簡介
ICS11.220
ICSB41
53
云南省地方標準
DB53/T1059.3—2021
滇金絲猴檢疫技術(shù)
第3部分:隱孢子蟲實驗室檢測技術(shù)規(guī)范
QuarantinetechniqueforRhinopithecusbieti
—Part3:TechnicalspecificationsforlaboratoryexaminationofCryptosporidium
2021-09-30發(fā)布2021-10-14實施
云南省市場監(jiān)督管理局發(fā)布
DB53/T1059.3—2021
目??次
前言...................................................................................................................................................................III
引言.....................................................................................................................................................................Ⅴ
1范圍.................................................................................................................................................................1
2規(guī)范性引用文件.............................................................................................................................................1
3術(shù)語和定義.....................................................................................................................................................1
4縮略語.............................................................................................................................................................2
5試驗原理.........................................................................................................................................................2
6試驗條件.........................................................................................................................................................2
6.1實驗室通用要求.....................................................................................................................................2
6.2采樣人員要求.........................................................................................................................................2
7儀器設備和試劑.............................................................................................................................................2
7.1儀器設備.................................................................................................................................................2
7.2試劑.........................................................................................................................................................2
8樣品.................................................................................................................................................................3
8.1采樣要求.................................................................................................................................................3
8.2糞樣的選取原則.....................................................................................................................................3
8.3采樣程序.................................................................................................................................................3
8.4樣品的保存與運輸.................................................................................................................................3
9試驗步驟.........................................................................................................................................................3
9.1形態(tài)學檢測.............................................................................................................................................4
9.2巢式PCR檢測.........................................................................................................................................4
10試驗數(shù)據(jù)處理...............................................................................................................................................5
附錄A(規(guī)范性)糞樣的采集信息表............................................................................................................6
附錄B(規(guī)范性)巢式PCR反應....................................................................................................................7
I
DB53/T1059.3—2021
前??言
本文件按照GB/T1.1-2020《標準化工作導則第1部分:標準化文件的結(jié)構(gòu)和起草規(guī)則》的規(guī)定起
草。
本文件是DB53/T1059《滇金絲猴檢疫技術(shù)》的第3部分。DB53/T1059已經(jīng)發(fā)布了以下部分:
——第1部分:產(chǎn)氣莢膜梭菌實驗室檢測技術(shù)規(guī)范;
——第2部分:毛首線蟲實驗室檢測技術(shù)規(guī)范;
——第3部分:隱孢子蟲實驗室檢測技術(shù)規(guī)范;
——第4部分:志賀桿菌實驗室檢測技術(shù)規(guī)范。
請注意本文件的某些內(nèi)容可能涉及專利。本文件的發(fā)布機構(gòu)不承擔識別專利的責任。
本文件由云南省林業(yè)與草原局、云南省市場監(jiān)督管理局共同提出。
本文件由云南省林業(yè)標準化技術(shù)委員會(YNTC02)歸口。
本文件主要起草單位:云南農(nóng)業(yè)大學、云南省標準化研究院、昆明動物園、云南省動物衛(wèi)生監(jiān)督所。
本文件主要起草人:楊建發(fā)、黃艷梅、衡昭君、楊俊、鄒豐才、李迅、陳培富、宋海洋、張譽方、
蒙英雯、李云喬、朱尤帥。
III
DB53/T1059.3—2021
引言
滇金絲猴(Rhinopithecusbieti)是中國特有珍稀瀕危靈長類動物,屬于國家Ⅰ級重點保護野生
動物,列入《世界自然保護聯(lián)盟》(IUCN)瀕危物種紅色名錄。編制并發(fā)布DB53/T1059《滇金絲猴檢
疫技術(shù)》地方標準,推進滇金絲猴疫病診斷的標準化和規(guī)范化,指導從事野生動物保護相關(guān)的專業(yè)人員
按規(guī)范程序?qū)嵤Φ峤鸾z猴相關(guān)病原的實驗室檢測,為滇金絲猴的科學研究和保護工作提供病原或疫病
調(diào)查的基礎數(shù)據(jù),為滇金絲猴檢疫、疫病監(jiān)測和防治提供重要的參考依據(jù),促進滇金絲猴繁育和擴群,
維護地區(qū)物種與生態(tài)平衡,提升生物多樣性保護成效。
本文件已發(fā)布4個部分:
——第1部分:產(chǎn)氣莢膜梭菌實驗室檢測技術(shù)規(guī)范。本部分從產(chǎn)氣莢膜梭菌實驗室檢測技術(shù)的總則、
產(chǎn)氣莢膜梭菌分型、儀器設備和試劑、樣品、試驗步驟、試驗數(shù)據(jù)處理等方面制定了規(guī)范;
——第2部分:毛首線蟲實驗室檢測技術(shù)規(guī)范。本部分從毛首線蟲實驗室檢測技術(shù)規(guī)范的試驗原理、
試驗條件、儀器設備和試劑、樣品采集與保存、試驗步驟、試驗數(shù)據(jù)處理等方面制定了規(guī)范;
——第3部分:隱孢子蟲實驗室檢測技術(shù)規(guī)范。本部分從隱孢子蟲實驗室檢測技術(shù)的試驗原理、試
驗條件、儀器設備和試劑、樣品、試驗步驟、試驗數(shù)據(jù)處理等方面制定了規(guī)范;
——第4部分:志賀桿菌實驗室檢測技術(shù)規(guī)范。本部分從志賀桿菌實驗室檢測技術(shù)涉及的總則、志
賀桿菌分類、儀器設備和試劑、樣品、試驗步驟、試驗數(shù)據(jù)處理等方面制定了規(guī)范。
Ⅴ
DB53/T1059.3—2021
滇金絲猴檢疫技術(shù)
第3部分:隱孢子蟲實驗室檢測技術(shù)規(guī)范
重要提示:本文件涉及人獸共患病原體的操作,應在符合國家相關(guān)生物安全規(guī)定(GB19489和
NY/T541)的條件下進行。
1范圍
本文件規(guī)定了滇金絲猴(Rhinopithecusbieti)檢疫技術(shù)中隱孢子蟲實驗室檢測技術(shù)的試驗原理、試
驗條件、儀器設備和試劑、樣品、試驗步驟、試驗數(shù)據(jù)處理。
本文件適用于滇金絲猴檢疫技術(shù)中隱孢子蟲實驗室檢測。
2規(guī)范性引用文件
下列文件中的內(nèi)容通過文中的規(guī)范性引用而構(gòu)成本文件必不可少的條款。其中,注日期的引用文件,
僅該日期對應的版本適用于本文件;不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改單)適用于本
文件。
GB19489實驗室生物安全通用要求
GB/T27401實驗室質(zhì)量控制規(guī)范動物檢疫
NY/T541獸醫(yī)診斷樣品采集、保存與運輸技術(shù)規(guī)范
3術(shù)語和定義
下列術(shù)語和定義適用于本文件。
3.1
隱孢子蟲Cryptosporidium
頂復門孢子蟲綱真球蟲目隱孢子蟲科隱孢子蟲屬。主要寄生于動物的腸上皮細胞,可引起隱孢子蟲
病。隱孢子蟲卵囊是其感染階段,卵囊圓形或橢圓形,直徑4μm~6μm,囊壁光滑、無色,一個卵囊中
含有4個子孢子。目前共鑒定出9個隱孢子蟲種可以感染非人靈長類動物。其中,微小隱孢子蟲(C.parvum)
和安氏隱孢子蟲(C.andersoni)感染較普遍。
3.2
巢式PCRnestedpolymerasechainreaction
利用2套引物,對靶細胞基因2次識別并進行2輪擴增的方法。它可從極少量的模板中獲得較高濃度
和純度的靶片段,第1次擴增反應的產(chǎn)物被用作第2次PCR的模板,而第2次反應的寡核苷酸引物對位于第
1對引物內(nèi)側(cè)。
1
DB53/T1059.3—2021
4縮略語
下列縮略語適用于本文件。
bp:堿基對BasePair
dNTPs:脫氧核苷三磷酸混合液DeoxyribonucleosideTriphosphatesMixture
DNA:脫氧核糖核酸DeoxyribonucleicAcid
PCR:聚合酶鏈式反應PolymeraseChainReaction
TAE:Tris-乙酸電泳緩沖液TrisAcetate-EDTABuffer
BLAST:基于局部序列比對算法的搜索工具BasicLocalAlignmentSearchTool
5試驗原理
隱孢子蟲卵囊沒有孢子囊,有4個子孢子,該形態(tài)特征與其他孢子蟲的卵囊明顯不同。依據(jù)該特征
可進行隱孢子蟲的形態(tài)分類學鑒定。對于形態(tài)學鑒定存疑的物種,采用分子生物學方法進一步確定。
6試驗條件
6.1實驗室通用要求
實驗室應滿足GB19489中生物安全實驗室的要求。
6.2采樣人員要求
采樣和試驗人員應具有相應的專業(yè)知識。采樣過程中的生物安全要求應符合GB/T27401的要求。
7儀器設備和試劑
7.1儀器設備
7.1.1微量移液器:10μL、50μL、200μL、1000μL,微量移液器槍頭若干。
7.1.2振蕩器。
7.1.3正置光學顯微鏡。
7.1.4載玻片及蓋玻片若干。
7.1.5落地式低速離心機:3000r/min。
7.1.6玻璃棒、接種環(huán)、燒杯(或塑料杯)、金屬篩(40目)、離心管。
7.1.7電子天平:感量為0.001g。
7.1.8高速臺式離心機:12000r/min。
7.1.9恒溫水浴鍋:36℃±1℃,65℃±1℃。
7.1.10PCR擴增儀。
7.1.11電泳系統(tǒng)。
7.1.12微波爐。
7.1.13凝膠成像系統(tǒng)。
7.2試劑
7.2.1商品化DNA提取試劑盒。
2
DB53/T1059.3—2021
7.2.2商品化PCR分子擴增使用試劑,包含有dNTPs、10×buffer(Mg2+free)、Mg2+、rTaq酶。
7.2.3DL2000DNAMarker。
7.2.4瓊脂糖粉。
7.2.5電泳緩沖液。
7.2.6商品化核酸染料。
7.2.76倍上樣緩沖液(6×LoadingBuffer)。
7.2.8引物:基于隱孢子蟲核糖體小亞基RNA基因(SSUrRNA)設計引物。
7.2.9飽和蔗糖水溶液:蔗糖1280g,蒸餾水1000mL,5%石碳酸21mL。
7.2.10抗酸染色液:石炭酸復紅染色液(第一液):堿性復紅4g,95%酒精20mL,5%石炭酸8mL,
蒸餾水100mL;10%硫酸溶液(第二液):純硫酸10mL,蒸餾水90mL(邊攪拌邊將硫酸徐徐傾入水中);
20g/L孔雀綠液(第三液):20g/L孔雀綠原液1mL,蒸餾水10mL。
7.2.112.5%重鉻酸鉀溶液:重鉻酸鉀2.5g,加蒸餾水定容至100mL。
8樣品
8.1采樣要求
8.1.1采樣前,準備好采樣用具,如記錄表格、一次性PE手套、自封袋、樣品管、鑷子、酒精噴壺、
記號筆、鉛筆、標簽紙等。
8.1.2采樣人員應規(guī)范穿戴全套個人衛(wèi)生安全防護裝備做好自我防護,與樣品直接接觸的器具均提前
做滅菌處理以防樣品被污染,應準備垃圾袋帶回采樣過程中產(chǎn)生的所有廢棄物品。
8.1.3采樣完成后,所使用的器械、容器、個人防護用品以及廢棄物等做無害化處理,防止環(huán)境污染
和造成疫病傳播。
8.2糞樣的選取原則
8.2.1應采集滇金絲猴新鮮糞樣,采集同一堆糞作為同一份樣品,分裝兩管。以滇金絲猴糞樣表面的
完整程度、濕度顏色以及氣味等條件判斷滇金絲猴糞樣的新鮮程度。
8.2.2如遇到滇金絲猴母幼糞樣,應分開采集;依據(jù)母猴和幼猴的糞便大小有明顯差異作出判斷,并
在備注欄記錄。
8.3采樣程序
8.3.1采集糞樣時,應佩戴一次性PE手套。每次采樣后更換新的PE手套,以避免樣品間的交叉污染。
8.3.2采集時,直接分離新鮮糞樣的表層部分和內(nèi)部部分,分別裝入樣品管,貼上樣品標簽紙,寫上
樣品編號,并做好樣品標記和采樣記錄。將樣品管放入自封袋,密封保存。
8.3.3同一堆糞便應盡量多取樣品。
8.3.4填寫《滇金絲猴糞樣采集記錄表》,見附錄A中表A.1,記錄好采樣信息。
8.4樣品的保存與運輸
樣品分兩份保存,一份冷藏或冷凍保存,一份置于裝有2.5%重鉻酸鉀的樣品管中保存,48h內(nèi)低溫
運輸送到相關(guān)實驗室4℃保存,進行試驗。
9試驗步驟
3
DB53/T1059.3—2021
9.1形態(tài)學檢測
9.1.1飽和蔗糖溶液漂浮法
取備檢糞樣5g~10g,放在燒杯(或塑料杯)內(nèi),加入自來水30mL,使用玻璃棒攪拌均勻,將糞
水混合物緩慢倒入40目金屬篩中過濾入另一個燒杯(或塑料杯)內(nèi),取濾液10mL置于15mL的干燥離心
管內(nèi),3000r/min離心3min,緩慢傾去上清液,保留沉淀物,向沉渣中加入10mL飽和蔗糖溶液,攪
拌混勻,3000r/min離心5min,使用接種環(huán)蘸取表面液膜,點樣于載玻片上,加蓋玻片,鏡檢。
9.1.2改良抗酸染色法
取經(jīng)上述方法獲得的上清液,3000r/min離心3min后取沉淀10μL滴于載玻片上,涂片面積適當
且均勻,將糞膜置于空氣中干燥;滴加3~4滴甲醇于糞膜上,自然干燥后準備進行染色。滴加3~4滴抗
酸染色液第1液在糞膜上,靜止5min,用蒸餾水緩慢沖洗;逐滴滴加抗酸染色液第2液,脫色5min~10min,
載玻片上樣品呈粉色,用蒸餾水緩慢沖洗;滴加抗酸染色液第3液,復染1min后再沖洗,待自然干燥后
滴加適量石蠟油;置油鏡下觀察。
9.2巢式PCR檢測
9.2.1樣品的制備及DNA提取
將之前收集好的糞樣取出,用商品化的糞樣DNA提取試劑盒進行DNA提取。樣品的DNA提取具體步驟
按照檢測時所用的商品化DNA提取試劑盒說明書進行。
9.2.2DNA的保存
1周內(nèi)使用的DNA,可將裝有DNA的離心管保存于4℃冰箱中。長期保存的DNA應保存于-20℃冰箱中。
9.2.3巢式PCR擴增
9.2.3.1巢式PCR擴增引物
基于隱孢子蟲核糖體小亞基RNA基因設計2對引物,引物序列見附錄B中表B.1。
9.2.3.2巢式PCR擴增體系
巢式PCR擴增體系見附錄B中表B.2。
9.2.3.3巢式PCR反應程序
樣品DNA在PCR儀上進行巢式PCR擴增的反應程序分為兩步進行,同時設置陽性對照和陰性對照:
——第1步反應程序如下:94℃預變性5min,94℃變性45s,55℃退火45s,72℃延伸1min,
循環(huán)35次,然后72℃作用10min,4℃存放;
——第2步反應程序如下:94℃預變性5min,94℃變性45s,58℃退火45s,72℃延伸1min,
循環(huán)35次,然后72℃作用10min,4℃存放。
9.2.3.4巢式PCR產(chǎn)物檢測
巢式PCR擴增完成后,取5μL第2輪PCR產(chǎn)物與1μL6×LoadingBuffer混合均勻,加入1%瓊脂糖凝
膠孔中,以DL2000DNAMarker作為參照,110V電壓電泳30min。將凝膠取出放入紫外凝膠成像分析
系統(tǒng)中觀察并拍照。
4
DB53/T1059.3—2021
9.2.3.5PCR產(chǎn)物測序及分析
經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳后陽性對照、陰性對照結(jié)果成立,第2輪PCR產(chǎn)物出現(xiàn)大小為830bp左右的目的條
帶,見附錄B中圖B.1,將PCR產(chǎn)物送測序,測序結(jié)果經(jīng)BLAST在線比對分析。
10試驗數(shù)據(jù)處理
10.1形態(tài)學檢測結(jié)果
隱孢子蟲無孢子囊,一個卵囊有4個子孢子,其卵囊透明無色,呈圓形或橢圓形,直徑4μm~
6μm,囊壁光滑無色,可見內(nèi)有一小暗點或呈淡黃色的子孢子。經(jīng)染色后,油鏡下觀察隱孢子蟲卵囊為
玫瑰紅色,子孢子呈月牙形,有4個。
10.2巢式PCR檢測結(jié)果
將待測序列與GenBank中已有的不同種屬隱孢子蟲蟲種進行比較,根據(jù)比對結(jié)果可直接得出是微小
隱孢子蟲、安氏隱孢子蟲或其他種屬感染,最終鑒定蟲種。
5
DB53/T1059.3—2021
AA
附錄A
(規(guī)范性)
糞樣的采集信息表
滇金絲猴糞樣采集記錄表見表A.1。
表A.1滇金絲猴糞樣采集記錄表
樣品編號采集管數(shù)內(nèi)部管數(shù)外部管數(shù)種群采集地名經(jīng)緯度、海拔新鮮程度采集日期采集人
B
6
DB53/T1059.3—2021
DCB
附錄B
(規(guī)范性)
巢式PCR反應
B.1總則
可使用多種酶進行巢式PCR擴增,本文件使用的是rTaq酶,根據(jù)此酶制定反應體系、反應時間以及
最適退火溫度。
B.2巢式PCR反應引物
兩步法巢式PCR,引物序列見表B.1。
表B.1引物序列
輪序引物序列(5'─3')目的片段大?。╞p)
上游引物:TTCTAGAGCTAATACATGCG
第一輪
下游引物:CCCATTTCCTTCGAAACAGGA
830
上游引物:GGAAGGGTTGTATTTATTAGATAAAG
第二輪
下游引物:AAGGAGTAAGGAACAACCTCCA
B.3巢式PCR反應體系
巢式PCR反應體系見表B.2。第一輪反應體系與第二輪反應體系相同,第二輪反應模板為第一輪的PCR
產(chǎn)物。
表B.2巢式PCR反應體系
組分用量(μL)
模板DNA(>20ng/μL)
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