(2025版)實(shí)體瘤常見驅(qū)動基因DNA和RNA高通量測序共檢專家共識精準(zhǔn)檢測，規(guī)范診療新標(biāo)準(zhǔn)目錄第一章第二章第三章背景與必要性共識核心內(nèi)容技術(shù)方法目錄第四章第五章第六章臨床應(yīng)用實(shí)施挑戰(zhàn)與對策總結(jié)與展望背景與必要性1.實(shí)體瘤驅(qū)動基因概述驅(qū)動基因定義：驅(qū)動基因是指能夠直接促進(jìn)腫瘤發(fā)生、發(fā)展的關(guān)鍵基因變異，包括點(diǎn)突變（如EGFRL858R）、插入缺失（如EGFRexon19del）、基因融合（如ALK-EML4）和拷貝數(shù)變異（如HER2擴(kuò)增），這些變異可作為治療靶點(diǎn)或預(yù)后標(biāo)志物。實(shí)體瘤常見驅(qū)動基因：非小細(xì)胞肺癌中的EGFR/KRAS/BRAF突變、ALK/ROS1/NTRK融合；結(jié)直腸癌中的KRAS/NRAS/BRAF突變；膽管癌中的FGFR2融合和IDH1突變等，不同瘤種驅(qū)動基因譜存在顯著異質(zhì)性。檢測必要性：約70%的實(shí)體瘤患者攜帶可干預(yù)的驅(qū)動基因變異，全面檢測可指導(dǎo)靶向治療（如奧希替尼用于EGFRT790M）、免疫治療（如PD-1抑制劑用于高TMB患者）及臨床試驗(yàn)篩選，顯著提升臨床獲益率。技術(shù)互補(bǔ)性：DNA-NGS擅長檢測單核苷酸變異（SNV）和小片段插入缺失（Indel），但對跨內(nèi)含子的基因融合檢出率低（如ROS1融合漏檢率可達(dá)15%）；RNA-NGS通過直接捕獲融合轉(zhuǎn)錄本，將融合檢出靈敏度提升至95%以上。臨床漏檢風(fēng)險(xiǎn)：基于ARMS-PCR或DNA-NGS的單一檢測可能導(dǎo)致10%-15%的可靶向融合漏檢（研究顯示NSCLC中RNA-NGS可額外檢出10%的ALK/ROS1/NTRK融合患者），共檢可降低假陰性率。樣本節(jié)約優(yōu)勢：同步共檢方案（如銀豐基因產(chǎn)品）通過單次建庫同時(shí)分析DNA/RNA，相比序貫檢測節(jié)省50%樣本量（尤其適用于穿刺小樣本），且縮短報(bào)告周期至7-10個(gè)工作日。經(jīng)濟(jì)性評估：平行檢測雖成本較高（約增加30%費(fèi)用），但可避免因漏檢導(dǎo)致的無效治療（如ALK融合患者誤用EGFR-TKI），從整體醫(yī)療支出角度更具成本效益。DNA與RNA共檢技術(shù)價(jià)值2025版共識制定背景隨著泛癌種靶向藥物獲批（如拉羅替尼用于NTRK融合實(shí)體瘤），2024年我國NGS檢測量同比增長120%，但實(shí)驗(yàn)室間操作規(guī)范差異導(dǎo)致結(jié)果可比性不足（如RNA質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)不統(tǒng)一）。臨床需求激增國內(nèi)75%的實(shí)驗(yàn)室仍采用DNA單檢，且RNA檢測中FFPE樣本降解閾值（DV200）、探針覆蓋度（如NTRK1/2/3外顯子覆蓋要求）等關(guān)鍵參數(shù)缺乏行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)。技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)缺失中華醫(yī)學(xué)會病理學(xué)分會聯(lián)合國家病理質(zhì)控中心，基于3,787例實(shí)體瘤多中心研究數(shù)據(jù)（包括非小細(xì)胞肺癌、膽管癌等高融合瘤種），經(jīng)德爾菲法兩輪專家論證形成23條核心推薦意見。多學(xué)科協(xié)作成果共識核心內(nèi)容2.技術(shù)互補(bǔ)性：DNA-NGS擅長檢測單核苷酸變異（SNV）和插入缺失（Indel），而RNA-NGS可顯著提升融合基因（如ALK、ROS1、NTRK）的檢出率，尤其適用于非小細(xì)胞肺癌、膽管癌等融合高發(fā)的實(shí)體瘤類型。檢測策略靈活性：根據(jù)臨床需求可選擇序貫檢測（經(jīng)濟(jì)但耗時(shí)）、平行檢測（全面但成本高）或同步共檢（快速且節(jié)省樣本），以適應(yīng)不同樣本量和時(shí)效性要求。質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)化：明確FFPE樣本的保存時(shí)效（≤2年），強(qiáng)調(diào)RNA完整性評估（如DV200指標(biāo)），并采用生信分析的雙維度質(zhì)控（DNA與RNA數(shù)據(jù)獨(dú)立分析）以確保結(jié)果可靠性。報(bào)告規(guī)范化：要求檢測報(bào)告涵蓋變異類型、臨床意義分級（如TierI/II）、藥物敏感性及耐藥性注釋，并附實(shí)驗(yàn)室質(zhì)控參數(shù)，便于臨床解讀。專家共識關(guān)鍵要點(diǎn)適用瘤種優(yōu)先推薦用于非小細(xì)胞肺癌、甲狀腺癌、膽管癌等已知驅(qū)動基因變異（突變/融合）高發(fā)的實(shí)體瘤，尤其是初治或耐藥后需全面評估的患者。樣本要求明確FFPE樣本腫瘤細(xì)胞占比≥20%，核酸總量需滿足DNA≥50ng、RNA≥100ng，且RNA完整性DV200≥30%以保障檢測成功率。臨床場景適用于靶向治療前篩查、耐藥機(jī)制探索、罕見變異檢測及臨床試驗(yàn)入組篩選，但不推薦用于早期篩查或低腫瘤負(fù)荷患者。共檢適用范圍與標(biāo)準(zhǔn)新增基因列表擴(kuò)展了融合基因檢測范圍，新增METexon14跳躍突變、NRG1融合等新興靶點(diǎn)，覆蓋更多潛在治療靶標(biāo)。引入AI驅(qū)動的融合基因預(yù)測模型（如Arriba+STAR-Fusion聯(lián)合分析），降低假陽性率并提升低頻變異檢出靈敏度。調(diào)整RNA降解閾值（DV200從≥50%放寬至≥30%），適配臨床實(shí)際樣本條件，同時(shí)新增DNA文庫復(fù)雜度（≥80%）的質(zhì)控指標(biāo)。首次提出多中心數(shù)據(jù)互認(rèn)標(biāo)準(zhǔn)，要求實(shí)驗(yàn)室采用參考樣本（如Horizon標(biāo)準(zhǔn)品）驗(yàn)證不同測序平臺（Illumina/MGI）的一致性。生信算法升級質(zhì)控閾值優(yōu)化跨平臺驗(yàn)證2025版更新亮點(diǎn)技術(shù)方法3.01采用FFPE組織或新鮮冷凍樣本，通過DNA提取試劑盒獲取高質(zhì)量DNA，并進(jìn)行濃度、純度（A260/A280比值＞1.8）及完整性（DV200＞50%）檢測，確保后續(xù)建庫可靠性。樣本制備與質(zhì)量控制02使用雜交捕獲或擴(kuò)增子法構(gòu)建文庫，針對實(shí)體瘤常見驅(qū)動基因（如EGFR、KRAS、TP53等）設(shè)計(jì)探針panel，覆蓋外顯子、內(nèi)含子剪切區(qū)及調(diào)控區(qū)域，捕獲效率需＞80%。文庫構(gòu)建與靶向捕獲03采用IlluminaNovaSeq或華大智造MGISEQ平臺進(jìn)行雙端測序（PE150），平均測序深度≥500×，確保低頻突變（VAF≥1%）的檢出靈敏度。高通量測序與數(shù)據(jù)生成04通過BWA/GATK流程進(jìn)行序列比對和變異檢測，結(jié)合COSMIC、ClinVar數(shù)據(jù)庫注釋，并依據(jù)ACMG/AMP指南進(jìn)行臨床意義分級（如TierI-IV）。生信分析與變異解讀DNA高通量測序流程要點(diǎn)三RNA提取與質(zhì)控采用RIN值＞7的RNA樣本，避免降解，通過PolyA篩選或rRNA去除法富集mRNA，確保轉(zhuǎn)錄本完整性適用于融合基因檢測。要點(diǎn)一要點(diǎn)二鏈特異性文庫構(gòu)建利用dUTP標(biāo)記法構(gòu)建鏈特異性文庫，覆蓋編碼區(qū)及非編碼RNA，檢測基因表達(dá)差異（FPKM值）和可變剪切事件，靈敏度需達(dá)0.1TPM。數(shù)據(jù)整合與功能解析通過STAR/HISAT2比對，RSEM定量表達(dá)水平，結(jié)合FusionCatcher或Arriba算法識別ALK、ROS1等融合轉(zhuǎn)錄本，支持臨床用藥決策。要點(diǎn)三RNA高通量測序流程多組學(xué)數(shù)據(jù)聯(lián)合分析建立DNA突變（SNV/Indel）與RNA表達(dá)/融合的關(guān)聯(lián)模型，例如EGFR擴(kuò)增與mRNA過表達(dá)的相關(guān)性驗(yàn)證，提升變異功能注釋準(zhǔn)確性。標(biāo)準(zhǔn)化質(zhì)控體系制定DNA/RNA共檢質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)（如DNA/RNA交叉污染率＜5%），采用Spike-in對照（如ERCCRNA標(biāo)準(zhǔn)品）監(jiān)控技術(shù)偏差。臨床報(bào)告整合框架生成結(jié)構(gòu)化報(bào)告，整合DNA變異頻率、RNA融合支持reads數(shù)及治療相關(guān)性（如NTRK融合對應(yīng)拉羅替尼敏感性），通過AI輔助決策系統(tǒng)輸出。成本優(yōu)化策略開發(fā)單管多重建庫技術(shù)（如DNA-RNA共提取試劑盒），降低樣本消耗量（≤10ng輸入），實(shí)現(xiàn)院內(nèi)本地化檢測的可行性。共檢技術(shù)整合方案臨床應(yīng)用4.早期分子分型DNA+RNA共檢可同步檢測SNV/Indel、融合、剪切變異等多維度變異，在初診階段即實(shí)現(xiàn)全面分子圖譜構(gòu)建，避免傳統(tǒng)分型檢測的多次取樣和漏檢風(fēng)險(xiǎn)。例如NSCLC中EML4-ALK融合的檢出率可從DNA單檢的70%提升至95%以上。疑難病例鑒別診斷對于組織學(xué)不明確或罕見亞型的腫瘤（如肉瘤樣癌），通過檢測NTRK、ROS1等融合基因可輔助病理診斷，其中RNA檢測能顯著降低融合假陰性率（約降低40%）。微小殘留病灶監(jiān)測聯(lián)合檢測體系可同時(shí)追蹤DNA突變（如EGFRT790M）和融合轉(zhuǎn)錄本（如BCR-ABL），靈敏度達(dá)0.1%，比單一維度檢測提高2-3個(gè)數(shù)量級。腫瘤診斷應(yīng)用場景腫瘤診斷應(yīng)用場景當(dāng)靶向治療失效時(shí)，共檢能同步發(fā)現(xiàn)DNA層面獲得性突變（如KRASG12C）和RNA層面旁路激活（如METex14跳躍突變），全面揭示耐藥通路。耐藥機(jī)制解析基于NCCN推薦的高頻驅(qū)動基因（如RET、BRAF），共檢方案可一次性覆蓋25種實(shí)體瘤的148個(gè)靶點(diǎn)，尤其適用于原發(fā)灶不明的轉(zhuǎn)移癌。泛癌種篩查靶向用藥決策優(yōu)化RNA檢測可糾正DNA層面融合/剪切變異的假陰性結(jié)果，使NSCLC患者ALK/ROS1靶向治療適用人群擴(kuò)大15%-20%，臨床響應(yīng)率提升至82%。免疫治療療效預(yù)測通過共檢TMB（DNA）和免疫相關(guān)轉(zhuǎn)錄本（如PD-L1RNA表達(dá)），比單維度預(yù)測模型更準(zhǔn)確（AUC0.91vs0.76），避免無效治療帶來的經(jīng)濟(jì)毒性。臨床試驗(yàn)入組篩選滿足baskettrial對多癌種罕見靶點(diǎn)的檢測要求，如NTRK融合在唾液腺癌（檢出率90%）與結(jié)直腸癌（檢出率<1%）中的差異化篩查。動態(tài)治療調(diào)整治療過程中同步監(jiān)測DNA突變負(fù)荷和RNA信號通路變化（如WNT/β-catenin），可提前4-8周預(yù)測疾病進(jìn)展，指導(dǎo)方案切換。01020304治療策略指導(dǎo)作用臨床案例分析METex14跳躍突變漏檢案例：某肺肉瘤樣癌患者經(jīng)DNA-NGS未檢出變異，RNA測序發(fā)現(xiàn)METex14跳躍突變，克唑替尼治療后病灶縮小60%，印證共識推薦"DNA陰性時(shí)必補(bǔ)RNA檢測"條款。NTRK融合泛癌種治療：一例甲狀腺未分化癌患者通過RNA測序發(fā)現(xiàn)ETV6-NTRK3融合，拉羅替尼治療12周后達(dá)到PR，展示共檢在罕見癌種中的突破性價(jià)值。EGFR-TKI耐藥復(fù)合機(jī)制：某晚期肺癌患者奧希替尼耐藥后，共檢發(fā)現(xiàn)DNA層面EGFRC797S突變合并RNA層面HER2擴(kuò)增，采用阿法替尼+曲妥珠單抗聯(lián)合方案實(shí)現(xiàn)PFS7.2個(gè)月。實(shí)施挑戰(zhàn)與對策5.不同廠商采用的DNA/RNA共檢文庫構(gòu)建技術(shù)存在顯著差異（如雜交捕獲與擴(kuò)增子法），導(dǎo)致數(shù)據(jù)可比性降低，需建立統(tǒng)一的建庫流程和參數(shù)標(biāo)準(zhǔn)。文庫構(gòu)建方法差異融合基因檢測中RNA-seq的剪接位點(diǎn)識別算法、嵌合讀段過濾閾值等關(guān)鍵步驟缺乏行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)，易造成假陽性/陰性結(jié)果。生信分析流程不統(tǒng)一部分實(shí)驗(yàn)室同時(shí)使用Illumina、MGI等多平臺測序儀，跨平臺數(shù)據(jù)整合時(shí)存在堿基質(zhì)量體系、讀長偏好性等技術(shù)壁壘。平臺兼容性問題FFPE樣本因降解嚴(yán)重導(dǎo)致RNA完整性差（DV200<30%），需開發(fā)針對降解樣本的特異性建庫方案和質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)。樣本類型適應(yīng)性技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)化挑戰(zhàn)質(zhì)量控制要點(diǎn)要求DNA/RNA同步提取時(shí)OD260/280比值分別達(dá)到1.8-2.0和1.9-2.1，RNA完整性數(shù)（RIN）≥7.0，DNA片段主峰>1500bp。核酸共提純質(zhì)量控制必須包含ALK/ROS1/RET等常見融合型變異的標(biāo)準(zhǔn)品，且檢測靈敏度需達(dá)到1%突變等位基因頻率（MAF）。融合基因陽性對照每批次檢測需加入NIST標(biāo)準(zhǔn)參考物質(zhì)（如RM8398），要求變異檢出率波動范圍≤5%，測序深度CV值<15%。批次間穩(wěn)定性監(jiān)控試劑國產(chǎn)化替代關(guān)鍵酶制劑（如MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶）采用國產(chǎn)等效產(chǎn)品驗(yàn)證，使單樣本檢測成本從8000元降至4500元?；旌喜东@技術(shù)優(yōu)化采用DNA/RNA聯(lián)合探針設(shè)計(jì)（如AgilentSureSelectXTHS2），將單樣本探針成本降低40%同時(shí)維持≥500×有效深度。自動化建庫系統(tǒng)應(yīng)用引入HamiltonSTARlet等自動化工作站，使建庫人工成本下降60%，操作時(shí)間縮短至4小時(shí)/批次。數(shù)據(jù)壓縮存儲方案應(yīng)用CRAM格式替代FASTQ，結(jié)合變異位點(diǎn)優(yōu)先存儲策略，使原始數(shù)據(jù)存儲成本降低70%。成本控制策略總結(jié)與展望6.推動標(biāo)準(zhǔn)化檢測流程共識首次系統(tǒng)整合DNA與RNA共檢的技術(shù)規(guī)范，明確樣本處理、測序深度、數(shù)據(jù)分析等關(guān)鍵環(huán)節(jié)的質(zhì)量控制標(biāo)準(zhǔn)，為實(shí)驗(yàn)室開展共檢提供權(quán)威技術(shù)指導(dǎo)，減少檢測結(jié)果異質(zhì)性。提升臨床診療精準(zhǔn)度通過強(qiáng)調(diào)RNA檢測對融合/剪接變異（如NTRK/RET融合、METex14跳躍）的補(bǔ)充價(jià)值，顯著降低傳統(tǒng)DNA單檢的漏診率（文獻(xiàn)顯示融合漏檢率可降低60%以上），為靶向治療篩選更廣泛獲益人群。促進(jìn)多學(xué)科協(xié)作模式共識聯(lián)合病理、腫瘤、分子診斷等多領(lǐng)域?qū)＜?，建立從樣本評估到報(bào)告解讀的全流程協(xié)作框架，推動分子病理與臨床治療的深度融合。共識核心貢獻(xiàn)共識為實(shí)體瘤分子檢測樹立了新標(biāo)桿，但技術(shù)迭代與臨床驗(yàn)證仍需持續(xù)探索，未來應(yīng)聚焦以下方向以進(jìn)一步釋放共檢潛力：臨床驗(yàn)證擴(kuò)展：開展前瞻性多中心研究（如針對NSCLC、肉瘤等高融合率癌種），評估共檢策略對患者生存獲益的實(shí)際影響；建立基于共檢結(jié)果的耐藥機(jī)制預(yù)測模型，指導(dǎo)后續(xù)治療線選擇。經(jīng)濟(jì)學(xué)價(jià)值評估：通過衛(wèi)生技術(shù)評估（HTA）量化共檢的性價(jià)比，明確其在醫(yī)保支付和分級診療中的定位，推動技術(shù)普惠化。技術(shù)優(yōu)化方向：開發(fā)低起始量RNA建庫技術(shù)，解決小樣本（如穿刺標(biāo)本）的RNA降解難題；探索單細(xì)胞測序在腫瘤異質(zhì)性分析中的應(yīng)用，揭示DNA-RNA共檢的更深層生物學(xué)意義。未來研究方向醫(yī)療機(jī)構(gòu)落地策略實(shí)驗(yàn)室能力建設(shè)：建議三級醫(yī)院病理科優(yōu)先配置自動化核酸共提設(shè)備及雙維度分析軟件，開展室內(nèi)質(zhì)控與室間質(zhì)評；基層機(jī)構(gòu)可通過與區(qū)域檢測中心合作實(shí)現(xiàn)樣本流轉(zhuǎn)。報(bào)告標(biāo)準(zhǔn)化改革：