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錄壹NCBI簡介貳NCBI主要數(shù)據(jù)庫叁檢索技巧與方法肆數(shù)據(jù)解讀與分析伍NCBI工具與應(yīng)用陸案例分析與實踐NCBI簡介章節(jié)副標(biāo)題壹基本概念NCBI成立于1988年，旨在收集生物醫(yī)學(xué)信息，促進(jìn)科學(xué)發(fā)現(xiàn)和健康進(jìn)步。NCBI的成立背景NCBI提供強(qiáng)大的搜索工具，如BLAST，用于比對序列，幫助研究人員發(fā)現(xiàn)相似的基因或蛋白質(zhì)。NCBI的搜索工具NCBI提供多個數(shù)據(jù)庫，如GenBank、PubMed等，存儲基因序列、文獻(xiàn)等重要生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)。NCBI的主要數(shù)據(jù)庫010203發(fā)展歷程PubMed上線成立初期01031997年，NCBI推出了PubMed數(shù)據(jù)庫，成為全球科研人員檢索生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)的重要工具。NCBI成立于1988年，旨在收集、存儲和提供生物醫(yī)學(xué)信息，是美國國立衛(wèi)生研究院的一部分。021990年，NCBI參與啟動人類基因組計劃，推動了基因測序技術(shù)的發(fā)展和生物信息學(xué)的進(jìn)步?；蚪M計劃發(fā)展歷程2003年，NCBI實施了數(shù)據(jù)共享政策，促進(jìn)了全球生物醫(yī)學(xué)研究數(shù)據(jù)的開放獲取和交流。數(shù)據(jù)共享政策01近年來，NCBI推出了基于云計算的服務(wù)，如NCBICloudPilots，以支持大規(guī)模生物信息學(xué)分析。云計算服務(wù)02服務(wù)宗旨NCBI致力于提供免費(fèi)、全面的生物醫(yī)學(xué)信息資源，支持全球科研人員的研究工作。提供科學(xué)信息資源NCBI提供教育資源和培訓(xùn)，幫助科研人員和學(xué)生更好地利用其資源進(jìn)行學(xué)習(xí)和研究。教育與培訓(xùn)通過開發(fā)和維護(hù)數(shù)據(jù)庫，NCBI旨在促進(jìn)科學(xué)發(fā)現(xiàn)，加速生物醫(yī)學(xué)研究的進(jìn)展。促進(jìn)科學(xué)發(fā)現(xiàn)NCBI主要數(shù)據(jù)庫章節(jié)副標(biāo)題貳PubMed數(shù)據(jù)庫01PubMed提供海量醫(yī)學(xué)研究文獻(xiàn)，用戶可通過關(guān)鍵詞、作者等檢索所需資料。02PubMed使用醫(yī)學(xué)主題詞表(MeSH)進(jìn)行索引，幫助用戶精確找到相關(guān)醫(yī)學(xué)主題的研究。03PubMed與多個出版商合作，提供文獻(xiàn)的全文鏈接，方便用戶獲取完整研究內(nèi)容。04用戶可以在PubMed中創(chuàng)建個人書簽，保存和管理自己感興趣的文獻(xiàn)，便于后續(xù)研究和引用。檢索醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)使用MeSH詞匯鏈接到全文創(chuàng)建個人書簽GenBank數(shù)據(jù)庫GenBank收錄了來自全球研究者的核酸序列數(shù)據(jù)，是公開的基因序列信息庫?；蛐蛄写鎯?102研究者可以通過BankIt或Sequin工具向GenBank提交新的序列數(shù)據(jù)，實現(xiàn)數(shù)據(jù)共享。數(shù)據(jù)提交與共享03GenBank提供多種檢索工具，如BLAST，用于序列相似性搜索和功能注釋分析。檢索與分析工具GEO數(shù)據(jù)庫GEO是NCBI的一個公共數(shù)據(jù)庫，專門用于存儲高通量基因表達(dá)數(shù)據(jù)，支持全球研究者共享和分析數(shù)據(jù)。GEO數(shù)據(jù)庫概述GEO支持多種數(shù)據(jù)類型，包括基因表達(dá)譜、芯片數(shù)據(jù)等，提供標(biāo)準(zhǔn)化的數(shù)據(jù)格式，便于用戶下載和分析。數(shù)據(jù)類型與格式GEO數(shù)據(jù)庫01數(shù)據(jù)檢索與下載用戶可以通過GEO的在線界面進(jìn)行數(shù)據(jù)檢索，利用關(guān)鍵詞、樣本類型等篩選條件，快速找到所需數(shù)據(jù)集并下載。02數(shù)據(jù)提交與共享研究者可以將自己實驗產(chǎn)生的基因表達(dá)數(shù)據(jù)提交至GEO，通過共享數(shù)據(jù)促進(jìn)科學(xué)發(fā)現(xiàn)和知識傳播。檢索技巧與方法章節(jié)副標(biāo)題叁基本檢索操作使用關(guān)鍵詞進(jìn)行檢索是NCBI中最基礎(chǔ)的操作，用戶輸入特定詞匯即可快速找到相關(guān)文獻(xiàn)。關(guān)鍵詞檢索01通過使用布爾運(yùn)算符（AND,OR,NOT），可以組合或排除關(guān)鍵詞，精確控制檢索結(jié)果。布爾運(yùn)算符應(yīng)用02利用字段限定功能，如作者、出版年份、物種等，可以縮小檢索范圍，提高檢索效率。字段限定檢索03使用通配符和截詞檢索可以擴(kuò)大檢索范圍，找到包含不同變體或拼寫形式的文獻(xiàn)。通配符和截詞檢索04高級檢索技巧布爾運(yùn)算符的運(yùn)用使用AND、OR、NOT等布爾運(yùn)算符可以精確控制檢索結(jié)果，提高檢索效率。引文追蹤檢索通過已知文獻(xiàn)的引文信息，可以追溯相關(guān)研究的歷史和進(jìn)展，發(fā)現(xiàn)更多相關(guān)資料。字段限定檢索通配符和截詞檢索通過指定特定字段（如作者、出版年份）進(jìn)行檢索，可以快速找到相關(guān)文獻(xiàn)。利用通配符和截詞檢索可以擴(kuò)大檢索范圍，找到不同詞形或拼寫相近的文獻(xiàn)。結(jié)果分析與應(yīng)用通過NCBI檢索后，學(xué)習(xí)如何解讀文獻(xiàn)摘要、出版年份和引用次數(shù)等關(guān)鍵信息。01解讀檢索結(jié)果介紹如何使用PubMed的高級功能，如MeSH瀏覽器和引文管理器，來篩選和整理檢索結(jié)果。02利用PubMed工具展示如何利用NCBI提供的數(shù)據(jù)挖掘工具，如GeneExpressionOmnibus(GEO)，進(jìn)行生物信息學(xué)分析和結(jié)果可視化。03數(shù)據(jù)挖掘與可視化數(shù)據(jù)解讀與分析章節(jié)副標(biāo)題肆序列分析工具BLAST用于比對序列，尋找相似的基因或蛋白質(zhì)，是序列分析中不可或缺的工具。BLAST搜索工具Primer-BLAST用于設(shè)計引物，確保PCR實驗的特異性和效率，是分子生物學(xué)研究中的重要工具。Primer-BLASTClustalOmega用于多序列比對，幫助研究者分析序列間的進(jìn)化關(guān)系和功能相似性。ClustalOmega基因組學(xué)數(shù)據(jù)分析使用NCBI的BLAST工具進(jìn)行基因序列比對，以識別基因功能和進(jìn)化關(guān)系。基因組注釋工具利用NCBI的dbSNP數(shù)據(jù)庫，分析基因組中的單核苷酸多態(tài)性(SNP)及其對疾病的影響。變異檢測方法通過NCBI的GEO數(shù)據(jù)庫，研究特定條件下的基因表達(dá)模式，了解基因在疾病中的作用?；虮磉_(dá)分析運(yùn)用NCBI的KEGG數(shù)據(jù)庫，探索基因在生物途徑中的作用，揭示復(fù)雜的生物網(wǎng)絡(luò)。系統(tǒng)生物學(xué)途徑分析蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析利用生物信息學(xué)工具如Phyre2或I-TASSER，預(yù)測蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)，為功能研究提供基礎(chǔ)。蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測使用DALI或CE等工具比較不同蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的相似性，揭示進(jìn)化關(guān)系和功能保守性。蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)比較通過數(shù)據(jù)庫如Pfam或CATH分析蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)域，識別關(guān)鍵的功能位點(diǎn)，理解其生物學(xué)作用。結(jié)構(gòu)域和功能位點(diǎn)識別NCBI工具與應(yīng)用章節(jié)副標(biāo)題伍BLAST使用方法01用戶通過輸入序列，選擇合適的BLAST程序，設(shè)定參數(shù)，進(jìn)行序列相似性搜索。02分析BLAST輸出的比對結(jié)果，包括E值、相似度百分比，以確定序列間的親緣關(guān)系。03利用BLAST工具比對基因組序列，發(fā)現(xiàn)新基因，或研究基因功能和進(jìn)化關(guān)系。BLAST的基本操作BLAST結(jié)果解讀BLAST在基因組學(xué)中的應(yīng)用Entrez檢索系統(tǒng)01Entrez的基本功能Entrez系統(tǒng)提供多種生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫的檢索，如GenBank、PubChem等，方便用戶快速找到所需信息。02Entrez的高級檢索技巧用戶可以通過布爾運(yùn)算符、字段限定等高級檢索技巧，精確地定位到特定的文獻(xiàn)或序列數(shù)據(jù)。03Entrez的個性化設(shè)置Entrez允許用戶保存檢索歷史、創(chuàng)建個人收藏夾，以及設(shè)置郵件提醒，以提高檢索效率和個性化體驗。MyNCBI個性化服務(wù)用戶可以創(chuàng)建個人收藏集，將感興趣的文獻(xiàn)或數(shù)據(jù)集保存起來，便于后續(xù)研究和分析。創(chuàng)建個人收藏集03MyNCBI允許用戶保存搜索歷史，方便回顧和重復(fù)使用之前的檢索策略。保存搜索歷史02用戶可設(shè)置電子郵件提醒，每當(dāng)有新的相關(guān)文獻(xiàn)發(fā)表時，MyNCBI會自動發(fā)送通知。定制文獻(xiàn)更新提醒01案例分析與實踐章節(jié)副標(biāo)題陸疾病研究案例利用NCBI數(shù)據(jù)庫，研究人員分析特定基因變異與遺傳疾病之間的關(guān)聯(lián)，如BRCA1基因與乳腺癌?；蚪M學(xué)在疾病研究中的應(yīng)用01通過檢索NCBI的臨床試驗數(shù)據(jù)庫，研究者可以獲取最新的藥物治療效果數(shù)據(jù)，例如PD-1抑制劑在癌癥治療中的應(yīng)用。臨床試驗數(shù)據(jù)的檢索與分析02使用NCBI的PubMed等資源，學(xué)者們可以追蹤特定疾病的流行趨勢和傳播模式，如COVID-19大流行期間的病例報告分析。流行病學(xué)研究的數(shù)據(jù)挖掘03生物信息學(xué)研究案例人類基因組計劃是生物信息學(xué)的經(jīng)典案例，通過大規(guī)模測序揭示了人類基因組的結(jié)構(gòu)。基因組測序項目利用生物信息學(xué)工具，如分子對接軟件，科學(xué)家們可以設(shè)計新藥，加速藥物研發(fā)過程。藥物設(shè)計與開發(fā)通過分析遺傳數(shù)據(jù)，生物信息學(xué)家能夠識別與特定疾病相關(guān)的基因變異，如癌癥或糖尿病。疾病關(guān)聯(lián)研究教學(xué)應(yīng)用實例利用NC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