1、PDB數(shù)據(jù)庫簡介,生物數(shù)據(jù)庫的種類,生物數(shù)據(jù)庫的種類,序列數(shù)據(jù)庫 核酸序列數(shù)據(jù)庫 (EMBL、GenBank、DDBJ) 常用蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(Swissprot,PIR) 結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫( PDB ) 蛋白質(zhì)分類數(shù)據(jù)庫(SCOP、CATH ) 其它數(shù)據(jù)庫,Protein Data Bank 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫 /pdb/home/home.do,一、基本概況,美國Brookhaven實驗室1971年建立的大分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫,PDB蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)資料數(shù)據(jù)庫 (Protein Date Bank)。 PDB數(shù)據(jù)庫的維護由結(jié)構(gòu)生物信息學研究合作組織 (

2、Research Collaboration for Structural Bioinformatics,RCSB) 負責。,1、數(shù)據(jù),來源 主要通過實驗（X射線晶體衍射，核磁共振，電子顯微鏡方法等）測定的生物大分子的三維結(jié)構(gòu)。 主要是蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)，還包括核酸、糖類、蛋白質(zhì)與核酸復合物的三維結(jié)構(gòu)。 信息 原子的空間坐標、引用文獻、形成-helix和-sheet的氨基酸序列、雙硫鍵連結(jié)模式、與蛋白質(zhì)結(jié)合的ligand、參與生化功能的residue等。,2、數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu),結(jié)構(gòu)記錄,名稱、參考文獻、 序列、一級結(jié)構(gòu)、 二級結(jié)構(gòu)和原子坐 標等信息。,顯式序列 信息,隱式序列 信息,以關(guān)鍵字SEQRES

3、 作為顯式序列標 記，以該關(guān)鍵字 打頭的每一行都 是關(guān)于序列的信 息。,即為立體化學 數(shù)據(jù)，包括每 個原子的名稱 和原子的三維 坐標。,3、數(shù)據(jù)查詢,PDB中的記錄有唯一的PDB-ID，包括4個字符串，可由大寫字母AZ和數(shù)字09組合而成，如1LDM。 PDB和它的鏡像站點提供每個PDB記錄的查詢，可按一些專門的查詢項目（如提交數(shù)據(jù)、作者姓名、結(jié)構(gòu)表達）進行檢索。,是pdb文件在數(shù)據(jù)庫中的編號, 從PDB數(shù)據(jù)庫下載結(jié)構(gòu)常會得 到一個以這個編號命名的 pdb文件，如1LDM.pdb,二、簡單使用,搜索欄,高級搜索,搜索到408條結(jié)果,精化搜索結(jié)果,檢索CDK2,相關(guān)介紹,下載氨基酸序列及 二級結(jié)構(gòu)的信息,分辨率不同,配體不同,PDB數(shù)據(jù)庫文件,包括分子類別、發(fā)布日期，PDB-ID,關(guān)鍵字列表,測定結(jié)構(gòu)所用的試驗方法,以關(guān)鍵字SEQRES打頭 306個氨基酸的顯式序列信息,X軸坐標,Y軸坐標,Z軸坐標,原子,氨基酸,PDB數(shù)據(jù)庫的詳細字段說明,PDB數(shù)據(jù)庫的詳細字段說明,PDB數(shù)據(jù)庫的詳細字段說明,詳細信息,三維結(jié)構(gòu),-螺旋,-折疊,配體小分子,三、結(jié)構(gòu)模型顯示,生物大分子三維立體結(jié)構(gòu)顯示的軟件：PyMol、RasMol、Chimer