1、會(huì)計(jì)學(xué)1同源建模詳細(xì)講解整理版同源建模詳細(xì)講解整理版三維結(jié)構(gòu)折疊進(jìn)化關(guān)系晶體或高濃度溶液中蛋白質(zhì)的四級(jí)結(jié)構(gòu)突變、單核苷酸及保守殘基的分布蛋白質(zhì)配體復(fù)合物不同基團(tuán)的相關(guān)性形態(tài)和靜電屬性表面殘基暴露與分子構(gòu)成推測(cè)相互作用界面晶胞堆積抗原位點(diǎn)及表面修飾縫隙（酶活性位點(diǎn)）催化簇/結(jié)構(gòu)功能motif催化機(jī)制配體和功能位點(diǎn)生物多聚態(tài)三維結(jié)構(gòu)功能作用機(jī)制分子間互作功能注釋指導(dǎo)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證功能確認(rèn)功能位點(diǎn)設(shè)計(jì)和改造蛋白藥物靶標(biāo)設(shè)計(jì)X- 射線晶體衍射（X-ray）多維核磁共振（ NMR ）冷凍電子顯微鏡結(jié)構(gòu)生物學(xué)主要研究方法高濃度水溶液精確度X-ray晶體，準(zhǔn)確度最高細(xì)胞和細(xì)胞器Swiss-modelI-TASSE

2、RHOMCOS 1.0ESyPred3DPymolPDB-viewerJmolRasmol郵箱郵箱模型命模型命名名氨基酸序列氨基酸序列Swiss-port/TrEMBLSwiss-port/TrEMBL登錄登錄號(hào)號(hào)郵箱郵箱模型命模型命名名比對(duì)后的序列比對(duì)后的序列比對(duì)文比對(duì)文件件同源二聚體建模異源二聚體建模識(shí)別可能的互作蛋白Interface，GUI）1、指定工作目錄2、輸入氨基酸序列3、加載模板信息（可指定加載某條鏈，可加載多模板）4、多重序列比對(duì)（可編輯比對(duì)結(jié)果）5、生成模型（自動(dòng)Loop建模，手工Loop建模）6、優(yōu)化模型、CO、 NN、 NO、 OO。得分85比較好。BLAST-PPDB

3、數(shù)據(jù)庫(kù)尋找最合適模板3UIE和4FXP（53%）EsayModeller多模板建模SAVES檢測(cè)模型質(zhì)量Chiron模型優(yōu)化SAVES再次檢驗(yàn)?zāi)Ｐ湍Ｐ兔Q模型名稱貼入序列貼入序列加載模板加載模板（PDBPDB文文件）件）模板對(duì)齊模板對(duì)齊多重序列比多重序列比對(duì)對(duì)生成模型生成模型模型優(yōu)化模型優(yōu)化自動(dòng)自動(dòng)LoopLoop建模建模手動(dòng)手動(dòng)LoopLoop建模建模模型名稱模型名稱Manual Loop modelingLoopLoop優(yōu)化的優(yōu)化的起始起始?jí)A堿基基加載一個(gè)需要優(yōu)加載一個(gè)需要優(yōu)化的化的PDBPDB模型模型LoopLoop優(yōu)化的優(yōu)化的結(jié)束結(jié)束堿基堿基手動(dòng)手動(dòng)LoopLoop建模建模后模型的文件

4、后模型的文件加載優(yōu)化的模型加載優(yōu)化的模型自動(dòng)優(yōu)化模型自動(dòng)優(yōu)化模型生成分子動(dòng)力學(xué)軌生成分子動(dòng)力學(xué)軌跡跡( (用用VMDVMD或或CHIMERACHIMERA打開查打開查看看) )繪制模型的能量繪制模型的能量圖圖修正前修正后優(yōu)化前優(yōu)化后77.41977.41968.2868.280 0優(yōu)化前優(yōu)化后三維結(jié)構(gòu)折疊進(jìn)化關(guān)系晶體或高濃度溶液中蛋白質(zhì)的四級(jí)結(jié)構(gòu)突變、單核苷酸及保守殘基的分布蛋白質(zhì)配體復(fù)合物不同基團(tuán)的相關(guān)性形態(tài)和靜電屬性表面殘基暴露與分子構(gòu)成推測(cè)相互作用界面晶胞堆積抗原位點(diǎn)及表面修飾縫隙（酶活性位點(diǎn)）催化簇/結(jié)構(gòu)功能motif催化機(jī)制配體和功能位點(diǎn)生物多聚態(tài)加載優(yōu)化的模型加載優(yōu)化的模型自動(dòng)優(yōu)化模型自動(dòng)優(yōu)化模型生成分子動(dòng)力學(xué)軌