一、數(shù)據(jù)庫概況/pubmed/

NIH：NationalInstitutesofHealth（國立衛(wèi)生研究所）NLM：NationalLibraryofMedicine（國立醫(yī)學圖書館）NCBI：NationalCenterforBiotechnologyInformation（美國國立生物技術信息中心）NCBI是目前國際上幾個重要分子生物信息網(wǎng)站之一，其成立的原因是為已故的參議院議員ClaudePepper發(fā)現(xiàn)計算信息處理方法對生物醫(yī)學研究的重要性，因此，在1988年11月4日成立NCBI。NCBI是NIH底下的NLM的部門之一。Pubmed是NCBI數(shù)據(jù)庫搜索與存取系統(tǒng)Entrez的可檢數(shù)據(jù)庫之一。在entrez上可獲取單一數(shù)據(jù)庫或多個數(shù)據(jù)庫的整合數(shù)據(jù)，例如Entrez蛋白質數(shù)據(jù)庫除了可查詢蛋白質信息，同時亦可連結到生物分類數(shù)據(jù)庫查詢生物分類信息。目前，NCBI提供的公開（OpenAccess）數(shù)據(jù)庫包括如下：醫(yī)學文獻數(shù)據(jù)庫全文電子期刊庫人類孟德爾遺傳基因圖譜DNA與蛋白質序列3D蛋白質結構NCBI分類學現(xiàn)在是1頁\一共有89頁\編輯于星期一（一）主辦單位：NLM創(chuàng)建的生物醫(yī)學文獻書目型數(shù)據(jù)庫（二）收錄范圍：年限：1949-今文獻量：

-收錄全球80多個國家和地區(qū)的5200多種生物醫(yī)學期刊，大都經(jīng)美國衛(wèi)生健康研究院的文獻選擇技術評估委員會LiteratureSelectionTechnicalReviewCommittee(LSTRC)評估挑選,由NLM和各專業(yè)協(xié)會的數(shù)據(jù)協(xié)作采集專家推薦。-累積了2000多萬篇文獻，年收錄文獻約40萬篇，涉及37個語種，回溯至1950年的數(shù)據(jù)涉及60個語種。數(shù)據(jù)庫47%為美國本土出版的文獻，90%為英文文獻，79%的文獻有著者撰寫的英文摘要?，F(xiàn)在是2頁\一共有89頁\編輯于星期一

-是一個免費的生物醫(yī)學文摘數(shù)據(jù)庫，約10%論文提供全文（PMC），大部分論文提供指向全文提供者（付費或免費）的鏈接。學科范圍：

-主要收錄生物醫(yī)學和健康科學以及生命科學相關領域的文獻。-包括行為科學、健康專業(yè)所需要的化學、生物工藝學，基礎研究和臨床、護理、公共衛(wèi)生、衛(wèi)生政策發(fā)展或相關教育活動的內(nèi)容。-2000年起增加了生物、環(huán)境科學、海洋生物、植物和動物學、生物物理學和生物化學等生命科學方面的研究內(nèi)容?，F(xiàn)在是3頁\一共有89頁\編輯于星期一（三）PubMed與MEDLINEMEDLINEIndexed 1966toprensent的MEDLINE已標引數(shù)據(jù)，有MeSH字段和摘要，每條記錄標有[PubMed-indexedforMEDLINE]

OldMDENLINE 1949-1965年間的MEDLINE數(shù)據(jù)，沒有MeSH字段和摘要，每條記錄標有[PubMed-OLDMEDLINE]

現(xiàn)在是4頁\一共有89頁\編輯于星期一（三）PubMed與MEDLINEMEDLINEInprocess 1996年8月開始，PubMed每天收錄由Medline的期刊出版商提供的尚未經(jīng)規(guī)范處理的數(shù)據(jù)，該庫中的記錄只有簡單的書目信息和文摘。該庫中的數(shù)據(jù)每周一次轉入MEDLINE，同時從PreMedline中刪去。當進入MEDLINE時就會被標引MeSH詞、文獻類型及其它數(shù)據(jù)。每條記錄標有[PubMed-inprocess]?，F(xiàn)在是5頁\一共有89頁\編輯于星期一（三）PubMed與MEDLINENotMEDLINE

出版商提供的電子文獻中MEDLINE不收錄的數(shù)據(jù)。出版商一般提供的是整本期刊的信息，一部分數(shù)據(jù)每日將被添加到PreMedline中去,若有部分沒有被MEDLINE收錄，PubMed仍保存。每條記錄標有[PubMed-assuppliedbypublisher]?，F(xiàn)在是6頁\一共有89頁\編輯于星期一Pre-MedlineNewDataPubMedProcessMedlineCollect

NotMedlineOldMedlinePubMed數(shù)據(jù)收錄情況現(xiàn)在是7頁\一共有89頁\編輯于星期一現(xiàn)在是8頁\一共有89頁\編輯于星期一基本檢索高級檢索工具與資源：提供期刊數(shù)據(jù)庫檢索、規(guī)范詞數(shù)據(jù)庫檢索、特定文獻檢索等檢索限定二、檢索途徑及檢索規(guī)則現(xiàn)在是9頁\一共有89頁\編輯于星期一

SingleCitationMatcher-單篇引文匹配器

Batch

CitationMatcher-多篇引文匹配器ClinicalQueries-與臨床相關的療法，診斷，病因，預后

Topic-Special

Queries-專題查詢提供專項信息檢索服務MeSHDatabase

-主題詞庫JournalDatabase-期刊庫Clinicaltrails-對公眾提供臨床科研的當前信息E-Utilities-Entrez程序設計公用程序Linkout-外部鏈接工具與資源現(xiàn)在是10頁\一共有89頁\編輯于星期一二、檢索途徑及檢索規(guī)則檢索規(guī)則：1、邏輯組配符AND/OR/NOT

運算符大寫如：asthmaAND(therapyORtreatment)

直接輸入一個或多個檢索詞，系統(tǒng)默認空格為AND檢索

如：placentagrowthoxygen（一）基本檢索現(xiàn)在是11頁\一共有89頁\編輯于星期一（一）基本檢索檢索規(guī)則：2、字段限定符：[]

空格按詞組匹配如：Stemcelltransplantation[ti]TItitle題名TIABtitle/abstract題名和摘要AUauthor著者ADaffiliation第一著者單位和地址SOjounaltitle刊名或ISSNPTpublicationtype文獻類型DPpublicationdate文獻出版日期LAlanguage語種ALLallfields所有字段TWtextword文本詞VIvolume卷IPissue期PGpagination頁碼TTtransliteratedtitle翻譯題名1AUfirstauthorname第一著者姓名LASTAUlastauthor排名最后著者FAUfullauthorname著者全稱PSpersonalnameassubject作為文獻主題的人名MHMeSHtermsMeSH主題詞MEJRMeSHmajortopicMeSH主題詞SHMeSHsubheadingsMeSH副主題詞PMIDUIDpubmed唯一識別號現(xiàn)在是12頁\一共有89頁\編輯于星期一PubMed記錄字段說明13文摘第一著者單位地址出版商提供文獻識別號著者群版權說明參考評論文獻合著者文獻參考評論定稿版校樣版輸入日期輸入完成日期電子出版日期現(xiàn)在是13頁\一共有89頁\編輯于星期一14電子出版日期文獻出版日期數(shù)據(jù)加入PubMed日期文獻勘誤參考文獻勘誤全部著者姓名全部調(diào)研者姓名作為文章主題的著者全稱文獻相關注釋基金編號基因符號期編號資助調(diào)研者資助調(diào)研單位國際標準期刊號美國立醫(yī)學圖書館識別號期刊全稱現(xiàn)在是14頁\一共有89頁\編輯于星期一15最后修訂日期規(guī)范詞表詞規(guī)范詞確立日期系統(tǒng)組織的文摘版權擁有者題錄提供機構的識別號病史相關與原始記錄其他關鍵詞提供其他關鍵詞的機構數(shù)據(jù)提供者機構文章總頁數(shù)出版商提供數(shù)據(jù)時間期刊出版國數(shù)據(jù)庫文獻編號現(xiàn)在是15頁\一共有89頁\編輯于星期一16作為主題詞的個人姓名出版狀態(tài)文獻類型出版模式（紙張或電子）參考文獻數(shù)已撤回的文獻酶或化學物質代碼正在撤消中的文章初版文獻修訂和再版的文章子專題文檔太空署提供的數(shù)據(jù)二次文獻數(shù)據(jù)庫以及文章討論的分子序列訪問號原文來源引用了病例的文獻內(nèi)部處理代碼標準期刊縮寫文獻標題翻譯標題更新文獻文獻正在更新期刊卷號現(xiàn)在是16頁\一共有89頁\編輯于星期一（一）基本檢索檢索規(guī)則：著者檢索(authors)：-姓全稱在前，名首字母在后-以AU作為限定字段 如：CooperSL[au]wenym[au]-2002年以后的文章可以查著者全名，字段名為FAU 如：Coopersheldonlee[FAU]現(xiàn)在是17頁\一共有89頁\編輯于星期一（一）基本檢索檢索規(guī)則：期刊檢索（journals）：-刊名全稱檢索 例：NewEnglandJournalofMedicine[so]-MEDLINE認可的標準刊名縮寫檢索 例：NEnglJMed[so]-國際標準期刊號檢索 例：0028-4793[so]現(xiàn)在是18頁\一共有89頁\編輯于星期一例1：檢索JosephLeventhal研究干細胞移植的文獻直接輸入檢索式：Stemcelltransplantation[ti]ANDLeventhalJ[AU]現(xiàn)在是19頁\一共有89頁\編輯于星期一例2：檢索《皮膚病研究雜志》上發(fā)表的文獻

直接輸入檢索式：Journalofinvestigativedermatology[SO]刊名縮寫：JInvestDermatol現(xiàn)在是20頁\一共有89頁\編輯于星期一（一）基本檢索檢索規(guī)則：3、自動轉換匹配檢索詞：智能檢索-對輸入名詞自動在規(guī)范詞表（主題詞、副主題詞、物質名稱）、著者列表、刊名列表中匹配,對于常用醫(yī)學物質名詞默認在所有記錄字段中檢索。

如：renalfailure“renalinsufficiency”[MeSHTerms]OR“renalinsufficiency”[AllFields]OR“renalfailure”[AllFields]

……

現(xiàn)在是21頁\一共有89頁\編輯于星期一（一）基本檢索檢索規(guī)則：-如果在詞表或索引中仍找不到相匹配的詞組時，PubMed就將短語劈開，再重復以上順序單獨分別查找，直到找到相匹配的詞，之后用AND連接起來。

如：pressurepoint

("pressure"[MeSHTerms]OR"pressure"[AllFields])

AND

point[AllFields]現(xiàn)在是22頁\一共有89頁\編輯于星期一（一）基本檢索檢索規(guī)則：4、強迫短語匹配符：“”嚴格按輸入形式匹配，不再自動轉換匹配和擴展檢索，常用于詞組和專有名詞檢索。

如：oxygenfreeradicals

氧自由基備注：使用searchdetails查看系統(tǒng)內(nèi)部檢索詞運算過程

現(xiàn)在是23頁\一共有89頁\編輯于星期一直接輸入oxygenfreeradicalsDetails顯示：("oxygen"[MeSHTerms]OR"oxygen"[AllFields])AND("freeradicals"[MeSHTerms]OR("free"[AllFields]AND"radicals"[AllFields])OR"freeradicals"[AllFields])現(xiàn)在是24頁\一共有89頁\編輯于星期一添加限定符："oxygenfreeradicals"Details顯示："oxygenfreeradicals"[AllFields]現(xiàn)在是25頁\一共有89頁\編輯于星期一（一）基本檢索5、SearchDetails顯示檢索詞的詳細匹配運算過程用途：

-轉換、確定規(guī)范詞如：renalfailure

renalinsufficiency

-修改檢索式現(xiàn)在是26頁\一共有89頁\編輯于星期一可直接在此修改檢索式該檢索式頁面鏈接，可保存在網(wǎng)絡收藏夾中現(xiàn)在是27頁\一共有89頁\編輯于星期一（一）基本檢索檢索規(guī)則：6、截詞符：*一般只作“后截斷”使用，系統(tǒng)最多截取600個匹配的單詞

如：輸入treat*

檢出treatment、treats、treated、treating等

備注：-

不執(zhí)行自動轉換檢索詞功能；

-截詞檢索只限于單詞，對詞組無效.

現(xiàn)在是28頁\一共有89頁\編輯于星期一（二）檢索限制(Limits)時間文獻類型語種物種性別專輯對象年齡全文獲取限定檢索字段重置或檢索現(xiàn)在是29頁\一共有89頁\編輯于星期一（二）檢索限制(Limits)

例3：檢索近兩年有關細胞凋亡的綜述文獻，要求可看免費全文

內(nèi)容特征：

apoptosis外部特征：

last2yearsreviewfreefulltext現(xiàn)在是30頁\一共有89頁\編輯于星期一輸入檢索詞選擇文獻發(fā)表年限勾選文獻類型勾選免費全文執(zhí)行檢索現(xiàn)在是31頁\一共有89頁\編輯于星期一現(xiàn)在是32頁\一共有89頁\編輯于星期一檢索式編制檢索式歷史其他檢索資源二、檢索途徑及檢索技術（三）高級檢索(Advancedsearch)現(xiàn)在是33頁\一共有89頁\編輯于星期一（三）高級檢索1、檢索式編制(searchbuilder)通過索引選詞構建復雜檢索式例4：研究重度抑郁癥激素替代療法的非中文文獻內(nèi)容特征激素替代療法hormonereplacementtherapy抑郁癥，重度depressivedisorder,major外部特征非中文NOTchinese現(xiàn)在是34頁\一共有89頁\編輯于星期一輸入檢索詞：hormonereplacement現(xiàn)在是35頁\一共有89頁\編輯于星期一直接編輯檢索式執(zhí)行檢索執(zhí)行檢索結果預覽現(xiàn)在是36頁\一共有89頁\編輯于星期一現(xiàn)在是37頁\一共有89頁\編輯于星期一（二）高級檢索2、檢索歷史(History)以列表形式顯示歷次檢索式、檢索時間和檢出篇數(shù)。組配、調(diào)整檢索式。現(xiàn)在是38頁\一共有89頁\編輯于星期一3、主題詞檢索（MeSHDatabase）確定規(guī)范化主題詞查看主題詞詞義注釋、樹狀結構表選擇副主題詞、擴展主題詞、主要主題詞現(xiàn)在是39頁\一共有89頁\編輯于星期一例5：欲查近5年腎衰竭飲食療法并進一步觀察其療效的相關文獻。內(nèi)容特征：

renalfailurediettherapytreatmentoutcome

外部特征：

last5years現(xiàn)在是40頁\一共有89頁\編輯于星期一檢索結果中有些文獻并非介紹腎衰竭藥物治療CystatinC-AFastandReliableBiomarkerforGlomerularFiltrationRateinHeadandNeckCancerPatients.

胱蛋白酶抑制劑C-一種標記頭頸癌病人腎小球過濾率的快速有效的生物標志現(xiàn)在是41頁\一共有89頁\編輯于星期一檢索分析關鍵詞檢索邏輯關系粗淺、修飾概念匹配不特定、檢索詞涵蓋不全面主題詞檢索邏輯關系緊密、修飾概念匹配特定、下位詞檢索全面現(xiàn)在是42頁\一共有89頁\編輯于星期一輸入檢索詞：Renalfailure現(xiàn)在是43頁\一共有89頁\編輯于星期一點按規(guī)范詞可獲詳細注解現(xiàn)在是44頁\一共有89頁\編輯于星期一主題詞注釋副主題詞選擇檢索式構建盒現(xiàn)在是45頁\一共有89頁\編輯于星期一加權：該主題詞作為主要主題詞檢索擴展樹：不進行下位詞擴檢入口詞：該規(guī)范詞所代替的非規(guī)范詞主題詞樹形結構表：顯示該詞的學科隸屬關系現(xiàn)在是46頁\一共有89頁\編輯于星期一CBM中對應主題詞解釋界面現(xiàn)在是47頁\一共有89頁\編輯于星期一附：副主題詞樹狀表的11棵詞樹及分支(共71個)/anatomy&histology解剖學和組織學/bloodsupply/血液供給/cytology/細胞學/pathology/病理學/ultrastructure/超微結構/embryology/胚胎學/abnormalities/畸形/innervation/神經(jīng)支配/analysis分析/blood/血液/cerebrospinalfluid/腦脊髓液/urine/尿/isolation&purification/分離和提純/chemistry化學/analogs&derivatives/類似物和衍生物/chemicalsynthesis/化學合成/Antagonists&inhibitors/拮抗劑和抑制劑/agonists/激動劑/physiology生理學/physiopathology/病理生理學/genetics/遺傳學/Growth&development/生長和發(fā)育/immunology/免疫學/secretion/分泌/metabolism/代謝/blood/血液/cerebrospinalfluid/腦脊髓液/urine/尿/biosynthesis/生物合成/enzymology/酶學/pharmacokinetics/藥代動力學/dificiency/缺乏現(xiàn)在是48頁\一共有89頁\編輯于星期一附：副主題詞樹狀表的11棵詞樹及分支(共71個)/etiology病因學/chemicallyinduced/化學誘導/complications/并發(fā)癥/secondary/繼發(fā)性/congenital/先天性/embryology/胚胎學/genetics/遺傳學/immunology/免疫學/microbiology/微生物學/virology/病毒學/parasitology/寄生蟲學/transmission/傳播/pharmacology藥理學/administration&dosage/投藥和劑量/diagnosticuse/診斷應用/pharmacokinetics/藥代動力學/contraindications/禁忌證/adverseeffects/副作用/poisoning/中毒/toxicity/毒性/diagnosis診斷/pathology/病理學/radiography/放射攝影術/radionuclideimaging/放射性核素顯像/ultrasonography/超聲檢查/statistics&numericaldata統(tǒng)計學和數(shù)值數(shù)據(jù)/epidemiology/流行病學/ethnology/人種學/mortality/死亡率/therapy治療/diettherapy/膳食療法/drugtherapy/藥物療法/radiotherapy/放射療法/surgery/外科學/transplantation/移植/prevention&control/預防和控制/nursing/護理/rehabilitation/康復現(xiàn)在是49頁\一共有89頁\編輯于星期一附：副主題詞樹狀表的11棵詞樹及分支(共71個)/therapeuticuse治療應用/administration&dosage/投藥和劑量/adverseeffects/副作用/contraindications/禁忌證/poisoning/中毒/organization&administration組織和管理/economics/經(jīng)濟學/legislation&jurisprudence/立法和法學/supply&distribution/供應和分配/manpower/人力/utilization/利用/standards/標準/trends/發(fā)展趨勢未進入樹狀表的12個副主題詞/drugeffects/藥物作用/radiationeffects/輻射效應/injuries/損傷/pathogenicity/致病力/psychology/心理學/veterinary/獸醫(yī)學/classification/分類/methods/方法/history/歷史/education/教育/instrumentation/儀器和設備/ethics/倫理學現(xiàn)在是50頁\一共有89頁\編輯于星期一將組配檢索式放入檢索盒中現(xiàn)在是51頁\一共有89頁\編輯于星期一進一步檢索腎衰竭綜合療效觀察（treatmentoutcome）輸入新主題詞：Treatmentoutcome現(xiàn)在是52頁\一共有89頁\編輯于星期一選擇邏輯組配符將主題詞放入檢索盒中現(xiàn)在是53頁\一共有89頁\編輯于星期一現(xiàn)在是54頁\一共有89頁\編輯于星期一通過MeSHDatabase檢索的結果，共26篇檢索結果更為專指現(xiàn)在是55頁\一共有89頁\編輯于星期一MESH檢索的優(yōu)點查全同義詞:

如：renal/kidneyfailure…查全子概念:

如：chronic/acutekidneyfailure根據(jù)樹形結構調(diào)整檢索詞縮小：不擴展下位詞，或選用某個下位詞；擴大：選用上位詞，或選用多個同位詞；了解同一概念的同義詞、近義詞，供自由詞檢索參考提高文獻相關度標有MeSH詞的都是文章的主題，篩去非主題的文章MajorTopicHeadings（加權，重點論述的主題）現(xiàn)在是56頁\一共有89頁\編輯于星期一MESH檢索的缺點人工標引費時，最新論文還未標MeSH詞（InProcess），用MeSH會漏檢。

Medline不收錄的文獻，Suppliedbypublisher的文獻，不標MeSH詞。新詞、一些很專指的概念沒有對應的規(guī)范詞。如：SARS（03年詞表中沒有），舌根癌備注：查上述類型文獻需結合自由詞檢索現(xiàn)在是57頁\一共有89頁\編輯于星期一例6：檢索近五年有關舌根癌治療的文獻。要求：檢出文獻盡量相關，且不要漏檢新文獻。使用主題詞檢索途徑做主要檢索使用基本檢索途徑查全新文獻現(xiàn)在是58頁\一共有89頁\編輯于星期一提示舌根癌的不同表達形式：

tonguebasecancer、cancer/carcinoma/tumoroftonguebase、cancerofthebaseoftongue…治療包括：

drugtherapy、therapy、surgery、radiotherapy、rehabilitation、treatment…現(xiàn)在是59頁\一共有89頁\編輯于星期一輸入檢索詞：tonguecancer勾選副主題詞：drugtherapy、therapy、surgery、radiotherapy、rehabilitation送入searchbox繼續(xù)組配自由詞舌根：tonguebase/baseoftongue/baseofthetongue現(xiàn)在是60頁\一共有89頁\編輯于星期一("TongueNeoplasms/drugtherapy"[Mesh]OR"TongueNeoplasms/radiotherapy"[Mesh]OR"TongueNeoplasms/rehabilitation"[Mesh]OR"TongueNeoplasms/surgery"[Mesh]OR"TongueNeoplasms/therapy"[Mesh])AND(tonguebaseORbaseoftongueORbaseofthetongue)現(xiàn)在是61頁\一共有89頁\編輯于星期一直接輸入檢索式：(tonguebase[ti]AND(cancer*[ti]ORcarcinoma*[ti]ORtumor*[ti]))AND(therapyORsurgeryORrehabilitationORradiotherapy)Photodynamictherapyandend-stagetonguebasecancer:shortcommunication.簡短交流：末期舌底腫瘤的光動力學療法Transoralroboticbiopsyofthetonguebase:Anovelparadigmintheevaluationofunknownprimarytumorsoftheheadandneck.經(jīng)機器人舌底活檢：評估未知原位頭頸腫瘤的新方法現(xiàn)在是62頁\一共有89頁\編輯于星期一4、期刊數(shù)據(jù)庫（JournalsDatabase）通過輸入刊名全稱、Medline標準縮寫瀏覽期刊出版社詳細信息。例7：輸入NENGLJMED刊名簡稱，了解其全稱及其出版情況，并進一步檢索該期刊所有文獻?，F(xiàn)在是63頁\一共有89頁\編輯于星期一輸入刊名：NENGLJMED期刊分類瀏覽現(xiàn)在是64頁\一共有89頁\編輯于星期一查看出版社詳細信息刊名加入檢索盒現(xiàn)在是65頁\一共有89頁\編輯于星期一現(xiàn)在是66頁\一共有89頁\編輯于星期一5、單引文匹配（SingleCitationMatcher)輸入文獻外部特征信息，查找特定文獻?？獪蚀_，縮寫要標準著者姓名大小寫不敏感例8：查找黃國俊2006年發(fā)表在中華腫瘤雜志上的文獻現(xiàn)在是67頁\一共有89頁\編輯于星期一現(xiàn)在是68頁\一共有89頁\編輯于星期一6、臨床問題（ClinicalQueries)專門檢索臨床研究方法學（循證醫(yī)學）文獻，分為三個專題：臨