轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)演示文稿目前一頁\總數(shù)二十一頁\編于一點(diǎn)轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)目前二頁\總數(shù)二十一頁\編于一點(diǎn)第一講第二講第三講........目錄RNA-Seq技術(shù)背景RNA-Seq技術(shù)應(yīng)用領(lǐng)域RNA-Seq技術(shù)原理RNA-Seq技術(shù)優(yōu)勢RNA-Seq技術(shù)面臨的挑戰(zhàn)及發(fā)展2014-4-12目前三頁\總數(shù)二十一頁\編于一點(diǎn)第一節(jié)RNA-Seq技術(shù)背景RNA-Seq又稱轉(zhuǎn)錄組高通量測序（transcriptomesequencing）或稱為全轉(zhuǎn)錄組鳥槍法測序（WholeTranscriptomShotgunSequencingWTSS）2014-4-13目前四頁\總數(shù)二十一頁\編于一點(diǎn)RNA-Seq技術(shù)背景2014-4-1原則上，所有的高通量測序技術(shù)都能進(jìn)行RNA測序，自2005年以來，Roche公司的454技術(shù)、Illumina公司的Solexa技術(shù)和ABI公司的SOLiD技術(shù)為標(biāo)志的新一代測序技術(shù)相繼誕生，之后HelicosBiosicences公司有推出單分子測序（Singlemoleculesequencing,SMS）技術(shù)。新一代測序技術(shù)又稱作深度測序或高通量測序，是相對于傳統(tǒng)的Sanger測序而言，主要特點(diǎn)是測序高通量，測序時(shí)間和成本顯著下降。各平臺測序原理及序列長度的差異決定了各種高通量測序儀具有不同的應(yīng)用側(cè)重。羅氏公司魯米那公司高通量測序法原理美國應(yīng)用生物系統(tǒng)公司寡聚物連接檢測測序赫利公司4目前五頁\總數(shù)二十一頁\編于一點(diǎn)RNA-Seq技術(shù)背景2014-4-1廣義：指某一生理?xiàng)l件下，細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的集合，包括信使RNA、核糖體RNA、轉(zhuǎn)運(yùn)RNA及非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組（transcriptome）狹義：指所有mRNA的集合。5目前六頁\總數(shù)二十一頁\編于一點(diǎn)2014-4-1RNA-Seq技術(shù)背景轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)：是指利用第二代高通量測序技術(shù)進(jìn)行cDNA測序，全面快速地獲取某一物種特定器官或組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本。6目前七頁\總數(shù)二十一頁\編于一點(diǎn)2014-4-1RNA-Seq技術(shù)背景高通量測序技術(shù)（High-throughputsequencing）是指能夠一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進(jìn)行序列測序，每一次序列測定的讀長一般較短的測序技術(shù)。高通量測序技術(shù)是對傳統(tǒng)測序一次革命性的改變，一次對幾十萬幾百萬條DNA分子進(jìn)行序列測序，因此在有些文獻(xiàn)中稱其為下一代測序技術(shù)（nextgenerationsequencing）組件其劃時(shí)代的改變，同時(shí)高通量測序使得對一個(gè)物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進(jìn)行細(xì)致全貌的分析成為可能，所以又被稱為深度測序（deepsequencing）7目前八頁\總數(shù)二十一頁\編于一點(diǎn)2014-4-1RNA-Seq技術(shù)背景有關(guān)于ncRNA的一些知識非編碼RNA（ncRNA）主要包括：轉(zhuǎn)運(yùn)RNA（tRNA），核糖體RNA(rRNA)，小核RNA（snRNA），核仁小分子RNA（snoRNA），細(xì)胞質(zhì)小分子RNA（scRNA），不均一核RNA（hnRNA）及小RNA（microRNA,miRNA）等。功能：非編碼RNA具有調(diào)節(jié)基因表達(dá)的作用，如對染色體結(jié)構(gòu)、RNA加工修飾及穩(wěn)定性、轉(zhuǎn)錄和翻譯及一些蛋白質(zhì)穩(wěn)定性的影響。8目前九頁\總數(shù)二十一頁\編于一點(diǎn)第二節(jié)RNA-Seq技術(shù)原理2014-4-1把高通量測序技術(shù)應(yīng)用到有mRNA逆轉(zhuǎn)錄生成的cDNA上，從而獲得來自不同基因的mRNA片段在特定樣本中的含量，這就是mRNA片段或mRNA-Seq，同原理，各種類型的轉(zhuǎn)錄本都可以用深度測序技術(shù)進(jìn)行高通量檢測，統(tǒng)稱作RNA-Seq。9目前十頁\總數(shù)二十一頁\編于一點(diǎn)2014-4-1RNA-Seq實(shí)驗(yàn)流程圖10目前十一頁\總數(shù)二十一頁\編于一點(diǎn)2014-4-1RNA-Seq實(shí)驗(yàn)步驟11目前十二頁\總數(shù)二十一頁\編于一點(diǎn)2014-4-1

RNA-Seq

測序數(shù)據(jù)的分析12目前十三頁\總數(shù)二十一頁\編于一點(diǎn)2014-4-1

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提供試驗(yàn)報(bào)告原始數(shù)據(jù)報(bào)告（Fasta-Q格式），包含所有測序序列信息，堿基讀取質(zhì)量評估基本數(shù)據(jù)分析報(bào)告（Excel表格），包含有效序列的序列信息、與參考基因組比對后的注釋信息等。高級數(shù)據(jù)分析（應(yīng)客戶要求定制），如基因覆蓋率和測序深度分析，基因表達(dá)差異分析，基因結(jié)構(gòu)分析，鑒定選擇性剪切現(xiàn)象，發(fā)現(xiàn)新基因，鑒定基因融合現(xiàn)象。13目前十四頁\總數(shù)二十一頁\編于一點(diǎn)第三節(jié)2014-4-1RNA-Seq技術(shù)應(yīng)用領(lǐng)域14目前十五頁\總數(shù)二十一頁\編于一點(diǎn)第四節(jié)2014-4-1RNA-Seq技術(shù)優(yōu)勢*數(shù)字化信號：直接測定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本片段序列，單核苷酸分辨率的精確度，同時(shí)不存在傳統(tǒng)微陣列雜交的熒光模擬信號帶來的交叉反應(yīng)和背景噪音問題。*高靈敏度：能夠檢測到細(xì)胞中少至幾個(gè)拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本。*任意物種的全基因組分析：無需預(yù)先設(shè)計(jì)特異性探針，因此無需了解物種基因信息，能夠直接對任何物種進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析。同時(shí)能夠檢測未知基因，發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本，并精確地識別可變剪切位點(diǎn)及cSNP，UTR區(qū)域。*更廣的檢測范圍：高于6個(gè)數(shù)量級的動(dòng)態(tài)檢測范圍，能夠同時(shí)鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本。15目前十六頁\總數(shù)二十一頁\編于一點(diǎn)第五節(jié)2014-4-1RNA-Seq技術(shù)面臨的挑戰(zhàn)及發(fā)展RNA-Seq的發(fā)展前景

雖然RNA-Seq的技術(shù)還面臨著種種困難，但作為一個(gè)剛剛起步的新技術(shù)RNA-Seq出其他轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)無可比擬的優(yōu)勢：既能提供單堿基分辨率的轉(zhuǎn)錄組注釋又能提供全基因組范圍的“數(shù)字化”的基因表達(dá)譜，而且其成本通常比芯片和大規(guī)模的SangerEST測序要低。16目前十七頁\總數(shù)二十一頁\編于一點(diǎn)2014-4-1

RNA-Seq

的發(fā)展前景

就目前來看，作為兩個(gè)高通量的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究技術(shù)，在應(yīng)用的某些方面既存在重疊和競爭，也存在優(yōu)勢互補(bǔ)，一種技術(shù)能彌補(bǔ)另一種技術(shù)遺漏的部分，通常對一個(gè)生物學(xué)問題的回答需要不同實(shí)驗(yàn)技術(shù)的協(xié)同配合。17目前十八頁\總數(shù)二十一頁\編于一點(diǎn)2014-4-1

RNA-Seq的強(qiáng)項(xiàng)就是在于它是一個(gè)“開發(fā)系統(tǒng)”，它的發(fā)現(xiàn)能力和尋找新信息的能力從本質(zhì)上高于芯片技術(shù)，相信隨著相關(guān)學(xué)科的進(jìn)一步發(fā)展和測序成本的進(jìn)一步降低，RNA-Seq必將在轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究領(lǐng)域占主導(dǎo)地位。18

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的發(fā)展前景目前十九頁\總數(shù)二十一頁\編于一點(diǎn)2014-4-1數(shù)字表達(dá)譜與芯片的比較19目前二十頁\總數(shù)二十一頁\編于一點(diǎn)2014-4-1龐大的數(shù)