PhyML系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建2023-11-28PhyML簡介PhyML是采用最大似然法估計核苷酸或氨基酸序列系統(tǒng)發(fā)生分析的軟件。PhyML3.0:newalgorithms,methodsandutilitiesPhyML可以在線使用了PhyML分析序列步驟一、輸入的序列格式要求二、PhyML中各項參數(shù)的設置及程序的運行三、結(jié)果解釋一、輸入的序列格式要求要求為phylip格式，擴展名為“.phy〞。序列可通過軟件ClusterX或網(wǎng)頁直接生成。將fasta格式的文件直接拷貝到網(wǎng)頁上，即能形成。網(wǎng)址為：://，有兩種序列展示方式，一種為交互式的，即interleaved，另一種為順序式的，即sequential。如以下圖。一定要注意。因為后面的PhyML設置中，需要這一項參數(shù)設置。二、PhyML中各項參數(shù)的設置及程序的運行有四大步，進行參數(shù)的設置。如下。其中InputData的格式要求見上一頁。下面幾步以張延明做的為參考，自己做時，先用jModelTest算出最正確替代模型，如GTR+I。其它的參數(shù)設置見下，并做相應的調(diào)整。只是其中的alpha不知道是怎么得來的。jModelTest中，相應的GTR+I中沒有alpha值。對于其中的各參數(shù)的設置意義，見說明書。

數(shù)據(jù)輸入進入Menu：InputData界面此選項為序列信息：包括DNA或蛋白序列以有序列為交互或連續(xù)〔？〕。不用設置，輸入+進入下一個menu進入Menu：Substitutionmodel界面這一步設置進化模型。phyML3.0可直接提供數(shù)種模型，每一個模型均代表一種堿基替代類型。除GTR外，其它模型均可設置其中的具體參數(shù)。同時還可以自已訂置替代模型。其中自己訂置替代模型一般為通過modeltest3.7獲得的最正確模型。Ts/tvratio〔fixed/estimated〕只在K80,HKY85orTN93models中選擇才有意義。Proportionofinvariablesites(fixed/estimated)默認為0.Thegammashapeparametercanbefixedbytheuserorestimatedviamaximum-likelihood.根據(jù)modeltest3.7軟件選擇出的最正確模型，需要自己定制進化模型，鍵入M屢次將選項改為customCustom詳細設置說明這個選項為是否優(yōu)化各堿基的比率，可以選是也可選否，影響不大這個選項為自己設置或讓程序自己估計堿基的比率，一般可以自己根據(jù)modeltest3.7獲得的最正確模型修改。以下為自己設置的方法及結(jié)果，先鍵入E，然后根據(jù)AIC標準選擇模型提供的堿基比例依次鍵入。四個堿基比例鍵入后，E選項變?yōu)閡serdefined鍵入K，設置進化模型，為自己定制的模型起名字根據(jù)modeltest結(jié)果依次鍵入堿基替代模型自定義堿基替代模型成功這一步設置可變位點的比例。這一步設置堿基替代的類別數(shù)，默認為4，最正確一般為6*這一步為設置是否優(yōu)化替代參數(shù)，自己訂置一定要選為no,否那么最終替代參數(shù)會與設置的有差異。根據(jù)modeltest3.7獲得的最正確模型中的數(shù)據(jù)修改Substitutionmodel最終設置好示意圖進入Menu：TreeSearching界面是否優(yōu)化樹的結(jié)構(gòu)，選Yes起始樹的類型，有三種，選默認最優(yōu)樹的尋找方法的設置，有三種：NNI〔最省時〕，SPR〔最費時，但最能反響種的關系〕，BEST〔上面兩者的平衡〕，這個設置我們選SPRS選項設置為SPR后出現(xiàn)R選項，更改為Yes進入Menu：BranchSupport界面對構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹進行統(tǒng)計分析，也相當重要。A：表示用本軟件自已的3個方法對結(jié)果進行統(tǒng)計分析〔速度較快，但應用不廣〕〔不推薦用〕B：bootstrap分析，應用最廣，相當費時，但可以接受，一般設置為100次。Menu：BranchSupport選項設置完成設置好后，輸入Y，開始構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹。系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建完成后文件夾內(nèi)會多出以