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文檔簡介
基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學(xué)定量方法解
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醫(yī)
生
科
研
成
長0102030405質(zhì)譜定量蛋白質(zhì)組學(xué)簡介標記定量法非標記定量法DIA技術(shù)靶向定量法CONTENTS課
程
目
錄質(zhì)譜定量蛋白質(zhì)組學(xué)簡介01解
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醫(yī)
生
科
研
成
長蛋白質(zhì)組學(xué)(英語:proteomics),是以蛋白質(zhì)組為研究對象,研究細胞、組織或生物體蛋白質(zhì)組成及其變化規(guī)律的科學(xué)。Pictures
were
all
from
Bing.傳統(tǒng)Western
Blot法基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學(xué)方法蛋白有限抗體要求高高通量需求成千上萬種蛋白能篩選,能驗證高分辨,更準確解
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生
科
研
成
長1.2
質(zhì)譜儀工作原理Orbitrap
質(zhì)譜儀工作原理圖解
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醫(yī)
生
科
研
成
長1.3
質(zhì)譜儀工作示例解
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醫(yī)
生
科
研
成
長1.4
質(zhì)譜數(shù)據(jù)構(gòu)成解
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生
科
研
成
長知
識
金
牌Zoom
in解
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科
研
成
長知
識
金
牌1.3
質(zhì)譜定量法主要有哪些?利用化學(xué)分子標簽的信號相應(yīng)進行定量。利用峰面積進行定量。不依賴于母離子的信號相應(yīng),對一級和二級離子進行全掃描。對目標肽段進行精確定量。標記定量非標記定量靶向定量DIA新技術(shù)標記定量02解
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科
研
成
長知
識
金
牌1.3
標記定量法的原理兩大主流標記定量方法:優(yōu)點:定量準確,穩(wěn)定性高,重現(xiàn)性好。缺點:大樣本量成本高基于報告離子的定量方法。知
識
金
牌1.4
標記定量法的實驗流程1234567解
螺
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伴
醫(yī)
生
科
研
成
長統(tǒng)計分析生物信息學(xué)分析數(shù)據(jù)挖掘……Li,
C.,
et
al.,
Proteomic
Analysis
of
Liver
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Liver
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Induced
by
Polygonum
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Rats.
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C.,
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iTRAQ-based
proteomic
analysis
to
identify
the
molecular
mechanism
of
Zhibai
Dihuang
Granule
in
the
Yin-deficiency-
heat
syndrome
rats.
Chinese
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13(1).Chen,
Y.,
et
al.,
Transcriptomic
and
proteomic
analysis
of
potential
therapeutic
target
genes
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liver
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metformin-treatedSprague-Dawley
rats
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type
2
diabetes
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CXCL4
Contributes
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Chronic
Liver
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Immunology
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Evidence
of
Altered
Mitochondrial
Protein
Expression
After
Chronic
Ethanol
Consumption
in
the
Aged
Estrogen-
Deficient
Female
Rat
Heart.
Alcoholism:
Clinical
and
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Research,
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Dysregulation
of
the
calcium
handlingprotein,
CCDC47,
is
associated
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diabetic
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Cell
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8(1).Wenting
Li,
Z.Z.C.G.,
Original
Article
Proteomic
analysis
of
mitral
valve
in
Lewis
rat
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acute
rheumatic
heart
disease.
Int
J
Clin
Exp
Patho,2015.
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14151-14160.Littlejohns,
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The
effect
of
disease
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expression
profiles
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paired
samples
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right
and
left
ventricles.
Clinical
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In-depth
proteomic
profiling
of
left
ventricular
tissues
in
human
end-stage
dilated
cardiomyopathy.
Oncotarget,
2017.
8(29):p.
48321.解
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醫(yī)
生
科
研
成
長相關(guān)文獻 知
識
金
牌非標記定量03解
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科
研
成
長知
識
金
牌3.1
非標記定量法的原理
顧名思義,非標記定量法是指不使用同位素標記物,而是直接根據(jù)質(zhì)譜峰的強度來對肽段或蛋白進行相對定量的方法,
文獻中一般稱為“l(fā)abel
free”。其定量原理是計算一級質(zhì)譜中每個肽段的信號強度在LC-MS
色譜上的積分面積,利用MaxQuant等軟件解析這些肽段的定量信息,從而獲得對應(yīng)蛋白質(zhì)的相對定量值。此外,也可以通過計算譜圖數(shù)目進行相對定量。傳統(tǒng)定量方法:優(yōu)點:成本低,無樣本數(shù)限制,操作簡便缺點:重現(xiàn)性差解
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科
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成
長知
識
金
牌3.2
非標記定量法的流程解
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生
科
研
成
長相關(guān)文獻 知
識
金
牌Lundberg,
K.C.,
et
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Proteomics
of
skin
proteins
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from
discovery
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verification
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Quantitative
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expression
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recipient
myocardium
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New
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Identification
of
TEX101-associated
proteins
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measurement
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human
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homozygous
forthe
missense
variant
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Molecular
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Cellular
Proteomics,
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mcp.RA118.001170Latosinska,
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Comparative
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Label-Free
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Approach
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e0137048.Sebastian
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Analysis
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the
effects
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preservative-free
tafluprost
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the
tear
proteome.
Am
J
Transl
Res,
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4025-4039.DIA技術(shù)04解
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醫(yī)
生
科
研
成
長4.1
DIA技術(shù)原理 知
識
金
牌DIA(Data
Independent
Acquisition)是隨著定量蛋白質(zhì)組學(xué)而建立的質(zhì)譜掃描技術(shù)。DIA技術(shù)能夠獲得掃描范圍內(nèi)所有母離子和二級離子的信息,不會造成低豐度離子信息的丟失。Data
Dependent
Acquisition Data
Independent
Acquisition解
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生
科
研
成
長知
識
金
牌DDADIA4.1
DIA技術(shù)原理Picturewas
modified
from
matearials
of
AB
SCIEXtraining.解
螺
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醫(yī)
生
科
研
成
長知
識
金
牌4.2
DIA實驗流程Picturewas
modified
from
Tiannan
Guo,Nature
Communication,
2015.解
螺
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伴
醫(yī)
生
科
研
成
長相關(guān)文獻 知
識
金
牌Egertson,
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Multiplexed
peptide
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acquisition
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Technical
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more
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A
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Composition
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Subregion-Specific
Proteomic
Signature
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Recognition
Processes
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Integrative
proteomics
inprostate
canceruncovers
robustness
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andtranscriptomic
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spectrometric
conversion
of
tissue
biopsy
samples
into
permanentquantitative
digital
proteomemaps,
2015
April
;
21(4):
407–413.doi:10.1038/nm.3807.靶向定量05解
螺
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醫(yī)
生
科
研
成
長5.1
靶向定量的原理 知
識
金
牌PRM:平行反應(yīng)監(jiān)測(Parallel
Reaction
Monitoring,
PRM)技術(shù)是一種基于目標肽段質(zhì)譜信號獲取,以此來進行蛋白質(zhì)定量的技術(shù)。解
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科
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長知
識
金
牌5.2
靶向定量實驗流程Peterson,A.C.,etal.,Parallelreactionmonitoringforhighresolutionandhighmassaccuracyquantitative,targetedproteomics.Molecular&
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Diabetic
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MCP,
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Parallel
reaction
monitoring
on
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Q
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detection
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Plug-and-playanalysis
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phosphoproteome
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Kim
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Large-Scale
Targeted
Proteomics
Using
Internal
Standard
Triggered-Parallel
Reaction
Monitoring
(IS-PRM).Molecular
&cellular
proteomics
:MCP,2015.
14(6):
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1630
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1644.Martinez,E.,etal.,Targetedproteomicsidentifiesproteomicsignaturesinliquid-biopsiesoftheendometriumtodiagnoseendometrialcancer
and
assist
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the
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optimal
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Clinical
Cancer
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An
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TargetedMass
Spectrometry-BasedAssays
forthe
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N-Linked
Glycosite-ContainingPeptides
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Serum.Analytical
Chemistry,
2015.
87(21):
p.
10830-8.Xue,
T.,et
al
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