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第十一章核糖體核糖體是細(xì)胞最基本不可缺乏結(jié)構(gòu)其唯一功效是按照mRNA指令由氨基酸合成多肽鏈第1頁(yè)第一節(jié)
核糖體類型與結(jié)構(gòu)附著核糖體/游離核糖體70S核糖體/80S核糖體大亞基/小亞基第2頁(yè)1.1核糖體基本類型與成份基本成份r蛋白質(zhì):40%,核糖體表面rRNA:60%,核糖體內(nèi)部核糖體大小亞單位在細(xì)胞內(nèi)經(jīng)常游離于細(xì)胞質(zhì)基質(zhì)中,只有當(dāng)小亞單位與mRNA結(jié)合后,大小亞單位才與小亞單位結(jié)合形成完整核糖體。由大亞基和小亞基按照1:1百分比結(jié)合而成。第3頁(yè)第4頁(yè)1.1.170S核糖體分布原核細(xì)胞核糖體為70S核糖體線粒體和葉綠體中核糖體也近似于70S。50S大亞基23SrRNA、5SrRNA31種蛋白質(zhì);30S小亞基16SrRNA21種蛋白質(zhì);
第5頁(yè)第6頁(yè)1.1.280S核糖體分布:真核細(xì)胞核糖體為80S核糖體。60S大亞基28SrRNA、5SrRNA、5.8SrRNA49種蛋白質(zhì);40S小亞基18SrRNA33種蛋白質(zhì);體外試驗(yàn)當(dāng)Mg2+濃度降低時(shí),80S核糖體解離為大、小亞基;當(dāng)Mg2+濃度增高時(shí),則經(jīng)常形成120S二聚體。
第7頁(yè)原核生物與真核生物核糖體成份比較
第8頁(yè)1.1.3游離核糖體和附著核糖體在真核細(xì)胞中很多核糖體附著在內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜表面,稱為附著核糖體糙面內(nèi)質(zhì)網(wǎng);核外膜表面;原核細(xì)胞質(zhì)膜內(nèi)側(cè)。一些核糖體不附著在膜上,呈游離狀態(tài),分布在細(xì)胞質(zhì)基質(zhì)內(nèi),稱游離核糖體。附著核糖體與游離核糖體所合成蛋白質(zhì)種類不一樣,但核糖體結(jié)構(gòu)與化學(xué)組成是完全相同。
第9頁(yè)1.2核糖體結(jié)構(gòu)
是同一生物中不一樣種類r蛋白一級(jí)結(jié)構(gòu)均不相同,在免疫學(xué)上幾乎沒有同源性。不一樣生物同一個(gè)類r蛋白之間含有很高同源性,并在進(jìn)化上非常保守。核糖體重裝配不需要其它大分子參加,是一個(gè)自我裝配過(guò)程。裝配過(guò)程表現(xiàn)出先后次序性。第10頁(yè)1.2.1核糖體結(jié)構(gòu)與功效分析
離子交換樹脂可分離純化各種r蛋白;
純化r蛋白與純化rRNA進(jìn)行核糖體重組裝,顯示核糖體中r蛋白與rRNA結(jié)構(gòu)關(guān)系
雙向電泳技術(shù)可顯示出E.coli核糖體在裝配各階段中,與rRNA結(jié)合蛋白質(zhì)類型
雙功效交聯(lián)劑和雙向電泳分離可用于研究r蛋白在結(jié)構(gòu)上相互關(guān)系
電鏡負(fù)染色與免疫標(biāo)識(shí)技術(shù)結(jié)合,研究r蛋白在核糖體亞單位上定位。第11頁(yè)對(duì)rRNA,尤其是對(duì)16SrRNA結(jié)構(gòu)研究16SrRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)含有更高保守性:臂環(huán)結(jié)構(gòu)(stem-loopstructure)rRNA臂環(huán)結(jié)構(gòu)三級(jí)結(jié)構(gòu)模型
70S核糖體小亞單位中rRNA與全部r蛋白關(guān)系空間模型16SrRNA一級(jí)結(jié)構(gòu)是非常保守第12頁(yè)1.2.2蛋白質(zhì)合成過(guò)程中很多重
要步驟與50S核糖體大亞單位相關(guān)依賴延伸因子Tu(EF-Tu)氨酰tRNA結(jié)合;延伸因子G(EF-G)介導(dǎo)轉(zhuǎn)位作用;依賴于起始因子2fMet-tRNA結(jié)合;依賴于釋放因子蛋白合成終止作用;應(yīng)急因子與核糖體結(jié)合產(chǎn)生ppGpp(p)阻斷蛋白合成等。上述過(guò)程中多數(shù)因子為G蛋白,含有GTPase活性,故將核糖體上與之相關(guān)位點(diǎn)稱為GTPase相關(guān)位點(diǎn)。第13頁(yè)1.3核糖體蛋白質(zhì)與rRNA功效核糖體上含有一系列與蛋白質(zhì)合成相關(guān)結(jié)合位點(diǎn)與催化位點(diǎn)與mRNA結(jié)合位點(diǎn);氨?;稽c(diǎn)(A位)——與新?lián)饺氚滨RNA結(jié)合位點(diǎn)肽?;稽c(diǎn)(P位)——與延伸中肽酰tRNA結(jié)合位點(diǎn)E位點(diǎn)——肽酰轉(zhuǎn)移后與即將釋放tRNA結(jié)合位點(diǎn)與肽酰tRNA從A位點(diǎn)轉(zhuǎn)移到P位點(diǎn)相關(guān)轉(zhuǎn)移酶(即延伸因子EF-G)結(jié)合位點(diǎn);肽酰轉(zhuǎn)移酶催化位點(diǎn)。與tRNA結(jié)合P位點(diǎn)、A位點(diǎn)或E位點(diǎn)各自都包括一套rRNA上不一樣區(qū)域。第14頁(yè)第15頁(yè)E.coli核糖體小亞單位中rRNA與r蛋白相互關(guān)系示意圖線條表示相互作用及作用力強(qiáng)(粗線)與弱(細(xì)線)(引自Albertsetal,1989)第16頁(yè)在核糖體中rRNA是起主要作用結(jié)組成份含有肽酰轉(zhuǎn)移酶活性;為tRNA提供結(jié)合位點(diǎn)(A位點(diǎn)、P位點(diǎn)、E位點(diǎn));為各種蛋白質(zhì)合成因子提供結(jié)合位點(diǎn);在蛋白質(zhì)合成起始時(shí)參加同mRNA選擇性地結(jié)合以及在肽鏈延伸中與mRNA結(jié)合。核糖體大小亞單位結(jié)合、校正閱讀、無(wú)意義鏈或框架漂移校正、以及抗生素作用等。第17頁(yè)
E.coli(a)核糖體小亞單位中部分r蛋白與rRNA結(jié)合位點(diǎn)(b)核糖體小亞單位中部分r蛋白在小亞單位上部位
(引自Albertetal.,1989,圖a;Lewin,1997,圖b)
第18頁(yè)
核糖體小亞單位rRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)(a)E.coli16SrRNA;(紅色為高度保守區(qū))(b)酵母菌18SrRNA,它們都含有類似40個(gè)臂環(huán)結(jié)構(gòu)(圖中1~40),其長(zhǎng)度和位置往往非常保守;P、E分別代表僅在原核或真核細(xì)胞中存在rRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)。(Darnelletal.,1990)第19頁(yè)L11-rRNA復(fù)合物三維結(jié)構(gòu)(引自Porseet.al.,1999)第20頁(yè)r蛋白在翻譯過(guò)程中也起著主要作用;對(duì)rRNA折疊成有功效三維結(jié)構(gòu)是十分主要;在蛋白質(zhì)合成中,核糖體空間構(gòu)象發(fā)生一系列改變,一些r蛋白可能對(duì)核糖體構(gòu)象起“微調(diào)”作用;在核糖體結(jié)合位點(diǎn)上甚至可能在催化作用中,r蛋白與rRNA共同行使功效。第21頁(yè)第二節(jié)
多聚核糖體與蛋白質(zhì)合成第22頁(yè)2.1多聚核糖體由mRNA分子將許多核糖體串聯(lián)而成結(jié)構(gòu)每種多聚核糖體數(shù)目取決于mRNA長(zhǎng)度第23頁(yè)不論是附著核糖體還是游離核糖體,都經(jīng)常以多聚核糖體形式存在多聚核糖體意義大大提升多肽合成速度,尤其是對(duì)于相對(duì)分子質(zhì)量較大多肽。以多聚核糖體形式進(jìn)行多肽合成,對(duì)mRNA利用及對(duì)其數(shù)量調(diào)控更為經(jīng)濟(jì)和有效。第24頁(yè)2.2蛋白質(zhì)合成
起始階段延伸階段釋放階段第25頁(yè)2.2.1起始階段70S起始復(fù)合物小亞基對(duì)mRNA識(shí)別16SrRNA與mRNA上起始密碼AUG上游6個(gè)核苷酸結(jié)合序列配對(duì)并結(jié)合;30S起始復(fù)合物甲酰甲硫氨酸t(yī)RNA反密碼子識(shí)別mRNA上AUG并配對(duì)結(jié)合;70S起始復(fù)合物
50S大亞單位與30S起始復(fù)合物中小亞單位結(jié)合,GTP水解、IF1、IF2、IF3釋放,甲酰甲硫氨酸t(yī)RNA占據(jù)P位,確定閱讀框架。第26頁(yè)進(jìn)位:氨酰tRNA與延伸因子EF-Tu和GTP形成復(fù)合物;氨酰tRNA進(jìn)入A位點(diǎn);肽鍵生成:肽酰轉(zhuǎn)移酶催化;移位:延伸因子EF-G(移位酶),結(jié)合在EF-G上GTP水解。肽酰tRNA從A位轉(zhuǎn)移到P位,mRNA移動(dòng)3個(gè)核苷酸距離。原P位點(diǎn)無(wú)負(fù)載tRNA移到E位點(diǎn)后脫落,A位點(diǎn)空出。
2.2.2延伸階段第27頁(yè)2.2.3蛋白質(zhì)合成終止釋放如A位是UAA、UAG、UGA,氨基酰tRNA通常不能結(jié)合到核糖體上A位點(diǎn)終止密碼與釋放因子結(jié)合釋放因子RF-1可識(shí)別UAA或UAG釋放因子RF-2可識(shí)別UAA或UGA釋放因子活化肽鏈轉(zhuǎn)移酶,水解P位點(diǎn)多肽與tRNA之間連鍵,多肽脫離核糖體核糖體隨即解離為大小亞單位。
第28頁(yè)2.3RNA在生命起源中地位在蛋白質(zhì)合成過(guò)程中,rRNA表現(xiàn)出肽酰轉(zhuǎn)移酶活性;生命是自我復(fù)制體系,原始生命體中大分子,應(yīng)兼具遺傳信息載體功效和酶催化功效;在DNA、RNA和蛋白質(zhì)三種大分子中,只
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