公共計(jì)算平臺(tái)的建設(shè)與管理中國(guó)科大的公共效勞實(shí)驗(yàn)體系理化科學(xué)實(shí)驗(yàn)中心生命科學(xué)實(shí)驗(yàn)中心信息科學(xué)實(shí)驗(yàn)中心工程與材料科學(xué)中心高性能運(yùn)算中心總體概況共有199個(gè)Itanium2(Madison)峰值計(jì)算能力11520億次浮點(diǎn)運(yùn)算一臺(tái)64CPUCluster四臺(tái)32CPUSMP大型效勞器〔Superdome)外存3T高性能計(jì)算的需求 計(jì)算數(shù)學(xué)計(jì)算化學(xué)天文與空間物理計(jì)算與分析計(jì)算生物學(xué)高能物理計(jì)算機(jī)科學(xué)的研究一般的建設(shè)方式每個(gè)學(xué)科獨(dú)立建設(shè)計(jì)算中心，一般采用PC集群的方式規(guī)模較小平臺(tái)單一使用率低缺乏支持運(yùn)算使用率總體使用率較為低下時(shí)間使用率運(yùn)算資源的整合的優(yōu)點(diǎn)對(duì)應(yīng)用的調(diào)查應(yīng)用軟件類(lèi)別自主開(kāi)發(fā)開(kāi)放代碼商業(yè)購(gòu)置并行化情況MPI/PVM并行程序OPENMP并行程序多進(jìn)程串行程序單進(jìn)程串行程序?qū)?yīng)用的調(diào)查運(yùn)行操作系統(tǒng)開(kāi)發(fā)環(huán)境編程語(yǔ)言數(shù)學(xué)庫(kù)調(diào)試器可恢復(fù)性與計(jì)算周期集群系統(tǒng)構(gòu)成32臺(tái)HPrx2600,64個(gè)CPU用Myrinet交換機(jī)構(gòu)成BeowulfClusterCPU是IntelItanium2，主頻１.5GhzL3Cache6M集群系統(tǒng)構(gòu)成Itanium2芯片上共有４億４千萬(wàn)個(gè)晶體管每周期可執(zhí)行４條浮點(diǎn)乘加指令(6發(fā)射〕采用EPIC(顯式并行指令運(yùn)算〕－－在編譯時(shí)檢查相關(guān)性等，實(shí)現(xiàn)指令級(jí)高度并行操作系統(tǒng)為L(zhǎng)inux,運(yùn)行MPI程序集群系統(tǒng)軟件采用IntelFortranV8.0和C++(C)V8.0編譯器采用IntelMKLV6.0數(shù)學(xué)庫(kù)用性能分析器VTune優(yōu)化程序用Platform公司的LSFV6.0進(jìn)行Job管理HPSuperdome系統(tǒng)構(gòu)成四臺(tái)32個(gè)ItaniumCPU(主頻1.5GL3Cache6M)4個(gè)CPU用HPSX1000構(gòu)成一個(gè)Cell8個(gè)Cell用交叉開(kāi)關(guān)(CrossBar)構(gòu)成32個(gè)CPU的SMP機(jī)器HPSuperdome軟件操作系統(tǒng)為HPUXV11.23既可運(yùn)行OpenMP又可運(yùn)行MPI程序采用HPC++(C)和Fortran編譯器HPSuperdome用HPMLib并行優(yōu)化數(shù)學(xué)庫(kù)用Caliper作為工具幫助用戶(hù)優(yōu)化程序用Glance監(jiān)控系統(tǒng)運(yùn)行I/O為PCI-X用LVM進(jìn)行磁盤(pán)統(tǒng)一管理Itanium2結(jié)構(gòu)Itanium2芯片Crossbar12.8GB/sCellBoardCellControllerMEMORYItaniumItaniumItaniumItaniumMEMORY64GB

8xPCI2xor4xPCI4xI/OController…..PCIPCIASICASIC…...PCIPCIASICASIC4xPCI4xSuperdomeCellBoardI/OChassis12.8GB/sSystemPeakBandwidth/cell204GB/sin16Cellconfiguration2GB/sI/OPeakbandwidth32GB/sin16I/OChassisConfiguration8GB/sMemoryPeakbandwidth/unidirection128GB/sin16CellconfigurationItaniumOrmadisonCabinet1Cabinet0XBARXBARXBARXBARCELL0CELL1CELL2CELL3CELL4CELL5CELL6CELL7CELL8CELL9CELL10CELL11CELL12CELL13CELL14CELL15I/OChassisI/OChassisI/OChassisI/OChassisI/OChassisI/OChassisI/OChassisI/OChassisI/OChassisI/OChassisI/OChassisI/OChassisI/OChassisI/OChassisI/OChassisI/OChassisRemoteLinkRemoteLinkRemoteLinkRemoteLinkSuperdomeArchitecture背板64GB/s管理體系用戶(hù)管理滿(mǎn)足運(yùn)算需求與教學(xué)需求運(yùn)算需求用戶(hù)的管理滿(mǎn)足教學(xué)要求

用戶(hù)在網(wǎng)頁(yè)上提交開(kāi)戶(hù)申請(qǐng)用戶(hù)管理員判斷開(kāi)戶(hù)類(lèi)別管理委員會(huì)審核申請(qǐng)非重點(diǎn)學(xué)科用戶(hù)提交重點(diǎn)學(xué)用戶(hù)管理員重點(diǎn)學(xué)科用戶(hù)系統(tǒng)管理員在系統(tǒng)上開(kāi)設(shè)賬戶(hù)用戶(hù)管理員紀(jì)錄在案確認(rèn)負(fù)責(zé)人

作業(yè)管理

科大超級(jí)計(jì)算中心使用LSF對(duì)通常作業(yè)進(jìn)行自動(dòng)管理采用fairshare的方式使各學(xué)科間在相對(duì)可計(jì)算的一段時(shí)間內(nèi)公平的使用CPU資源，對(duì)有特殊要求的作業(yè)逐個(gè)審批，符合要求的特大型題目可以利用限制外的更多的資源，必要的題目甚至可以使用全部的資源資源管理外部存儲(chǔ)空間的管理內(nèi)存使用量存儲(chǔ)器