系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建PPT第一頁，共10頁。分子系統(tǒng)發(fā)育分析系統(tǒng)發(fā)育分析是研究物種進化和系統(tǒng)分類的一種方法，研究對象為攜帶遺傳信息的生物大分子序列，采用特定的數(shù)理統(tǒng)計算法來計算生物間的生物系統(tǒng)發(fā)生的關(guān)系。并用系統(tǒng)進化樹來概括生物間的這種親緣關(guān)系。2第二頁，共10頁。系統(tǒng)發(fā)育進化樹（Phylogenetictree)用一種類似樹狀分支的圖形來概括各種生物之間的親緣關(guān)系。系統(tǒng)進化樹的主要構(gòu)成：結(jié)點（node)：每個結(jié)點表示一個分類單元（屬、種群）。進化分枝(Clade)：是指由同一生物進化而來的單一系統(tǒng)群。實體抽象為節(jié)點，實體間的進化關(guān)系抽象為連接研究對象： 包括基因序列，基因組的排列方式，二級結(jié)構(gòu)，編碼的蛋白序列及高級結(jié)構(gòu)等分子系統(tǒng)發(fā)育的核心是——構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育進化樹分子系統(tǒng)發(fā)育分析3第三頁，共10頁。人猩猩狒狒外群分支長度根進化支結(jié)點系統(tǒng)發(fā)育進化樹示例

結(jié)點：表示一個分類單元。進化支：兩種以上生物（DNA序列）及其祖先組成的樹枝。進化分支長度：用數(shù)值表示的進化枝的變化程度（遺傳距離）距離標(biāo)尺：生物體或序列之間差異的的數(shù)字尺度。根：所有分類的共同祖先。外群：一個或多個無可爭議的同源物種,與分析序列相關(guān)且具有適當(dāng)?shù)挠H緣關(guān)系距離標(biāo)尺一個單位系統(tǒng)進化樹0.54第四頁，共10頁。找到建樹目的基因（基因組）進行多序列比對選擇建樹方法建立進化樹進化樹評估系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建分析步驟5第五頁，共10頁。ClustalX（序列比對軟件）Modeltest&MrModeltest(堿基替換模型篩選軟件)PHYLIPMEGAPHYMLPAUPBEASTFigtree(樹形顯示軟件）TreeView（樹形顯示軟件）系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建軟件系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建的相關(guān)軟件6第六頁，共10頁。Distance-basedmethods基于距離的方法Unweightedpairgroupmethodusingarithmeticaverage(UPGMA)非加權(quán)分組平均法Minimumevolution(ME)最小進化方法Neighborjoining(NJ)鄰位歸并法Character-basedmethods基于特征的方法Maximumparsimony(MP)最大簡約法Maximumlikelihoodmethod(ML)最大似然法計算速度

距離法>最大簡約法>最大似然法

系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建的基本方法7第七頁，共10頁。系統(tǒng)發(fā)育樹建立方法NCBI——BLAST——輸入序列對比——記錄好以下幾方面：名稱：UnculturedbacteriumcloneYU201H10序列號：FJ694683/FJ694514文獻：TITLECircumpolarsynchronyinbigriverbacterioplankton序列長度：353相似比：99%核酸序列分類地位第八頁，共10頁。CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比對程序的Windows版本。ClustalX為進行多重序列和輪廓比對和分析結(jié)果提供一個整體的環(huán)境。

序列將顯示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比對中加亮保守區(qū)的特征。窗口上面的下拉菜單可讓你選擇傳統(tǒng)多重比對