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文檔簡介
ICS11.220
CCSB41
DB36
江西省地方標(biāo)準(zhǔn)
DB36/T1747—2023
新型鵝星狀病毒病診斷技術(shù)規(guī)程
Diagnostictechnicalregulationsfornovelgooseastrovirusdisease
2023-02-10發(fā)布2023-08-01實施
江西省市場監(jiān)督管理局發(fā)布
DB36/T1747—2023
目??次
前?言.............................................................................II
1范圍...............................................................................1
2規(guī)范性引用文件.....................................................................1
3術(shù)語和定義.........................................................................1
4臨床診斷...........................................................................1
5實驗室診斷.........................................................................2
6綜合判定...........................................................................6
附錄A(資料性附錄)病毒分離所需儀器設(shè)備和試劑耗材...................................7
附錄B(資料性附錄)樣品的采集、處理、運輸及保存.....................................8
附錄C(資料性附錄)RT-PCR所需儀器設(shè)備和試劑耗材....................................9
附錄D(資料性附錄)熒光RT-PCR所需儀器設(shè)備和試劑耗材...............................10
附錄E(資料性附錄)RT-LAMP方法所需儀器設(shè)備和試劑耗材..............................11
附錄F(資料性附錄)新型鵝星狀病毒RT-PCR引物、熒光RT-PCR的引物和探針、RT-LAMP引物12
參?考?文?獻.......................................................................14
1I
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前?言
本文件按照GB/T1.1-2020《標(biāo)準(zhǔn)化工作導(dǎo)則第1部分:標(biāo)準(zhǔn)化文件的結(jié)構(gòu)和起草規(guī)則》規(guī)定起草。
本文件由江西省農(nóng)業(yè)農(nóng)村廳提出并歸口。
請注意本文件的某些內(nèi)容可能涉及專利。本文件的發(fā)布機構(gòu)不承擔(dān)識別專利的責(zé)任。
本文件起草單位:江西省農(nóng)業(yè)科學(xué)院畜牧獸醫(yī)研究所。
本文件主要起草人:李海琴、張帆帆、康昭風(fēng)、譚美芳、楊群、曾艷兵、韋啟鵬、黃江南、方紹培、
譚佳、吳誠誠、季華員。
II
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新型鵝星狀病毒病診斷技術(shù)規(guī)程
1范圍
本文件規(guī)定了新型鵝星狀病毒病的術(shù)語定義、臨床診斷、實驗室診斷和綜合判定技術(shù)要求。
本文件適用于新型鵝星狀病毒病的診斷和流行病學(xué)調(diào)查。
2規(guī)范性引用文件
下列文件中的內(nèi)容通過文中的規(guī)范性引用而構(gòu)成本文件必不可少的條款。其中,凡是注日期的引用
文件,僅所注日期的版本適用于本文件。凡是不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改單)
適用于本文件。
GB19489實驗室生物安全通用要求
NY/T541獸醫(yī)診斷樣品采集、保存與運輸技術(shù)規(guī)范
3術(shù)語和定義
下列術(shù)語和定義適用于本文件。
3.1
新型鵝星狀病毒novelgooseastrovirus,NGoAstV
屬于星狀病毒科(Astroviridae)禽星狀病毒屬(Avastrovirus),星狀病毒(Astroviruses,AstV)是
一種呈球形的RNA病毒,直徑為25nm~35nm,病毒表面無囊膜,有5個~6個突起,用透射電子顯微鏡
觀察呈五角星狀或六角星狀。
3.2
新型鵝星狀病毒病novelgooseastrovirusdisease,NGoAstVD
指由新型鵝星狀病毒引起的以雛鵝尿酸鹽沉積在關(guān)節(jié)和(或)內(nèi)臟為主要病理特征的傳染病。。
3.3
雞肝癌細胞系chickenhepatomacellline,LMH
LMH細胞系是利用患肝細胞癌的雞肝細胞致突變培育而成,是一種可以持續(xù)傳代的雞肝癌細胞系。
4臨床診斷
4.1流行病學(xué)
病鵝、隱性帶毒鵝、帶毒種蛋是主要傳染源,自然感染的潛伏期是3d,該病既可垂直傳播、也可
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水平傳播。各品種鵝均易感,5日齡~20日齡雛鵝最易感,最早可在3日齡發(fā)病。死亡率30%~40%,
最高可超過50%。
4.2臨床癥狀
患鵝精神沉郁,食欲減退,飲水量增加,消瘦,四肢癱瘓,排白色稀便,發(fā)病高峰期約在7日齡~
14日齡。
4.3病理變化
4.3.1剖檢病變
剖檢病理變化主要表現(xiàn)為腎臟呈花斑腎,輸尿管尿酸鹽沉積,有的關(guān)節(jié)腔尿酸鹽沉積嚴重,有的心
臟、肝臟表面有白色尿酸鹽沉積。
4.3.2組織學(xué)病變
患鵝腎小管上皮細胞脫落壞死,管腔內(nèi)充滿粉紅色的尿酸鹽沉積,腎間質(zhì)出血,腎小球腫脹;有的
心臟組織中心肌纖維排列紊亂、腫脹,有的肝臟可見少量炎性細胞或肝細胞空泡變性。
4.4臨床診斷結(jié)果判定
符合4.1流行病學(xué)特征、病鵝出現(xiàn)4.2臨床癥狀和4.3病理變化,可判定為新型鵝星狀病毒病疑似病例,
應(yīng)進行實驗室確診。
5實驗室診斷
實驗室生物安全要求按照GB19489執(zhí)行。
5.1病毒分離
試驗設(shè)備和試劑耗材準(zhǔn)備見附錄A,樣品準(zhǔn)備見附錄B。
5.1.1細胞分離
5.1.1.1細胞的準(zhǔn)備
細胞的準(zhǔn)備工作包括以下內(nèi)容:
a)在37℃水浴中提前預(yù)熱消化液(0.25%胰酶)和DMEM/F12細胞培養(yǎng)液,將生長良好的LMH
細胞用無菌PBS洗滌2次,棄去PBS;
b)加入0.25%胰酶消化為單個細胞,加入細胞培養(yǎng)液,用吸管輕輕吹散細胞,再加入細胞培養(yǎng)液,
用吸管輕輕吹打使細胞分散均勻后,按每孔1mL加入到細胞培養(yǎng)瓶;
c)在37℃含5%CO2的細胞培養(yǎng)箱中培養(yǎng)24h~36h,密度達到80%時,用于細胞分離。
5.1.1.2病毒的分離培養(yǎng)
病毒的分離培養(yǎng)工作包括以下內(nèi)容:
a)將上述細胞培養(yǎng)液棄掉,用無菌PBS洗滌3次后,將處理好的樣品接種到單層細胞上,每孔
0.2mL~0.4mL;
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b)放入細胞培養(yǎng)箱1h~2h,每隔15min輕輕搖動一次,吸附后棄掉液體,用無菌PBS洗滌3
次,加入細胞維持液,每孔1mL;
c)于37℃含5%CO2的細胞培養(yǎng)箱中連續(xù)培養(yǎng)5d,每天觀察細胞狀態(tài);
d)待細胞液變黃,將細胞培養(yǎng)瓶反復(fù)凍融3次,細胞液經(jīng)5000rpm離心10min后取上清用于檢
測或置于-80℃保存。
5.1.2鵝胚分離
5.1.2.1種蛋準(zhǔn)備
將種鵝蛋(新型鵝星狀病毒陰性)置于孵化器中37℃下孵育10d~11d,用于病毒分離。
5.1.2.2鵝胚接種
將待檢樣品以0.2mL/胚的劑量經(jīng)絨毛尿囊膜途徑接種10日齡~11日齡鵝胚,37℃恒溫培養(yǎng)箱中培
養(yǎng),每天照蛋2次,連續(xù)觀察6d,并記錄死胚情況。
5.1.2.3尿囊液收集
棄掉接種后24h內(nèi)死亡的鵝胚,若接種2d~6d內(nèi)鵝胚出現(xiàn)死亡,則收集死亡鵝胚的尿囊液;若接
種6d內(nèi)鵝胚不出現(xiàn)死亡,則收集6d活胚的尿囊液。
5.2病毒的鑒定
5.2.1RT-PCR技術(shù)
試驗設(shè)備和試劑耗材準(zhǔn)備見附錄C。
5.2.1.1病毒RNA的提取
提取待檢組織樣品總RNA,提取的RNA立即用于反轉(zhuǎn)錄,否則置于-80℃冰箱凍存。
5.2.1.2病毒cDNA的合成
采用50μL體系,于無菌無酶EP管中依次加入RNA模板5μL、Buffer緩沖液10μL,隨機引物2μL、
dNTPs(2.5mMeach)4μL、M-MLV反轉(zhuǎn)錄酶(200U/μL)1μL,RNA酶抑制劑(40U/μL)2μL,補充無菌水
至總體積共50μL,置于PCR儀中進行cDNA合成,以25℃5min、50℃45min、85℃2min、4℃5min
的程序進行一個循環(huán),cDNA合成后進行PCR擴增或于-20℃保存?zhèn)溆谩?/p>
5.2.1.3PCR反應(yīng)體系及反應(yīng)條件
配置PCR反應(yīng)液,在樣品制備區(qū)加樣。采用25μL反應(yīng)體系,見表1所示。
表1PCR反應(yīng)體系
試劑體積(μL)
2×PCRMix12.5
上游引物(10μmol/L)1.0
下游引物(10μmol/L)1.0
模板cDNA2.0
無RNA酶去離子水8.5
總體積25.0
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瞬時離心,置PCR擴增儀內(nèi)進行擴增,反應(yīng)程序為95℃預(yù)變性3min;然后進入擴增循環(huán):95℃30
s,55℃30s,72℃45s,35個循環(huán);最后72℃延伸8min,4℃結(jié)束反應(yīng)。
5.2.1.4PCR產(chǎn)物檢測
將制備好的1.0%瓊脂糖凝膠放入電泳槽(帶加樣孔的一端在陰極),倒入電泳液(1×TAE)浸過膠
面。DNAMarker、陰性對照產(chǎn)物、PCR產(chǎn)物和陽性對照產(chǎn)物各取7μL加入膠孔內(nèi),在110V電壓下電泳
20min~40min;在凝膠成像分析系統(tǒng)下觀察、拍照,并記錄結(jié)果。
5.2.1.5RT-PCR結(jié)果判定
5.2.1.5.1試驗成立的條件
陰性對照樣品無條帶,陽性對照樣品出現(xiàn)489bp大小的條帶,試驗條件成立。必要時,對擴增片段
進行序列測定。
5.2.1.5.2試驗結(jié)果的判定
在試驗成立的前提下,待檢樣品出現(xiàn)489bp大小的條帶,判定待檢樣品為新型鵝星狀病毒PCR陽
性。否則為陰性,必要時,對擴增片段進行序列測定。
5.2.2熒光RT-PCR技術(shù)
試驗設(shè)備和試劑耗材準(zhǔn)備見附錄D。
5.2.2.1病毒RNA的提取
同5.2.1.1。
5.2.2.2病毒cDNA的合成
同5.2.1.2。
5.2.2.3熒光定量PCR反應(yīng)體系和反應(yīng)條件
將試劑盒中預(yù)混液、引物和探針取出,置于冰上直至融化,將下列試劑依次加入到無RNA酶的熒
光定量PCR管中。采用20μL反應(yīng)體系,見表2所示。
表2熒光定量PCR反應(yīng)體系
試劑體積(μL)
2×熒光定量PCR預(yù)混液10.0
上游引物(10μmol/L)0.4
下游引物(10μmol/L)0.4
探針(10μmol/L)0.4
cDNA1.0
無RNA酶去離子水7.8
總體積20.0
將上述成分分別加入熒光定量PCR管中,輕輕混合均勻,瞬時離心,打開熒光定量PCR儀和聯(lián)機計
算機,將上述熒光定量PCR管置于熒光定量PCR儀內(nèi),設(shè)置反應(yīng)程序為94℃30s,94℃5s,60℃30s,
45個循環(huán);4℃終止反應(yīng)。
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5.2.2.4熒光定量PCR結(jié)果判定
5.2.2.5.1試驗成立的條件
閾值設(shè)定原則根據(jù)儀器噪聲情況進行調(diào)整,以閾值線剛好超過正常陰性樣品擴增的最高點為準(zhǔn)。陰
性對照的檢測結(jié)果應(yīng)無特異性擴增,陽性對照Ct值應(yīng)<28,則試驗結(jié)果成立。
5.2.2.5.2試驗結(jié)果的判定
判定結(jié)果按照以下要求:
a)Ct值<30,而且出現(xiàn)明顯的擴增線,表明樣品中存在新型鵝星狀病毒,判為陽性;
b)無Ct值,并且無擴增曲線,或者Ct值>35,表明樣品中無新型鵝星狀病毒,判為陰性;
c)30≤Ct值≤35的樣品,判為可疑,必須重做,重做結(jié)果Ct值<30者判為陽性,否則判為陰性。
5.2.3RT-LAMP方法
試驗設(shè)備和試劑耗材準(zhǔn)備見附錄E。
5.2.3.1病毒RNA的提取
同5.2.1.1。
5.2.3.2病毒cDNA的合成
同5.2.1.2。
5.2.3.3LAMP反應(yīng)體系和反應(yīng)條件
配置LAMP反應(yīng)液,在樣品制備區(qū)加樣。采用25μL反應(yīng)體系,見表3所示。
表3LAMP反應(yīng)體系
試劑體積(μL)
2×buffer12.5
酶混合物(EM)1.0
內(nèi)引物-NGoAstV-FIP1.0
內(nèi)引物-NGoAstV-BIP1.0
外引物-NGoAstV-F30.5
外引物-NGoAstV-B30.5
環(huán)引物-NGoAstV-LB1.0
環(huán)引物-NGoAstV-LF1.0
cDNA2.0
無RNA酶去離子水4.5
總體積25.0
將上述成分分別加入無菌的PCR管中,輕輕混合均勻、離心后置于PCR擴增儀內(nèi)進行擴增,反應(yīng)
程序64℃反應(yīng)60min,然后85℃反應(yīng)2min進行酶滅活處理。
5.2.3.4LAMP結(jié)果判定
5.2.3.5.1試驗成立條件
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反應(yīng)結(jié)束后,取TE染料加入產(chǎn)物中,混勻后在紫外線下觀察。在陽性對照出現(xiàn)黃綠色熒光,同時
陰性對照不出現(xiàn)黃綠色熒光的情況下,試驗成立。
5.2.3.5.2結(jié)果判定
在紫外線下被檢樣品出現(xiàn)黃綠色熒光,判為陽性;在紫外線下被檢樣品未出現(xiàn)黃綠色熒光,判為陰
性。
6綜合判定
符合臨床診斷規(guī)定的疑似病例經(jīng)5.2.1、5.2.2、5.2.3中的任一方法檢測,結(jié)果為陽性者,可判定為新
型鵝星狀病毒病。
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BAA
附錄A
(資料性附錄)
病毒分離所需儀器設(shè)備和試劑耗材
A.1細胞分離
A.1.1儀器和設(shè)備
生物安全柜、可調(diào)微量移液器(2μL-20μL、20μL-200μL、100μL-1000μL)、高壓蒸汽滅菌鍋、
無菌離心管(1.5mL、15mL、50mL)、冰箱(4℃、-20℃、-80℃)、漩渦振蕩器、細胞培養(yǎng)箱、細
胞培養(yǎng)瓶(25㎝2、75㎝2、175㎝2)。
A.1.2試劑
磷酸鹽緩沖液(PBS)、DMEM/F12細胞培養(yǎng)液、胎牛血清(FBS)、胰酶、青霉素-鏈霉素溶液。
A.1.3分離病毒用細胞
雞肝癌細胞系(LMH),LMH培養(yǎng)特性見參考文獻[1]。
A.1.4培養(yǎng)液配制
A.1.4.1細胞培養(yǎng)液
在DMEM/F12培養(yǎng)液中加入10%FBS、1%青霉素-鏈霉素溶液(1萬U/mL),用于LMH細胞培養(yǎng)。
A.1.4.2細胞維持液
在DMEM/F12培養(yǎng)液中加入2%FBS、1%青霉素-鏈霉素溶液(1萬U/mL),用于病毒感染后的LMH
細胞維持。
A.2鵝胚分離
A.2.1儀器設(shè)備與試劑耗材
可調(diào)微量移液器(2μL-20μL、20μL-200μL、100μL-1000μL)、高壓蒸汽滅菌鍋、無菌注射器(1
mL、5mL)、無菌剪刀、無菌鑷子、無菌離心管(1.5mL、15mL、50mL)、無RNA酶的帶濾芯槍頭、
75%酒精、碘伏、冰箱(4℃、-20℃、-80℃)、孵化箱。
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CB
附錄B
(資料性附錄)
樣品的采集、處理、運輸及保存
B.1儀器設(shè)備與耗材
臺式高速冷凍離心機、高壓蒸汽滅菌鍋、高壓滅菌的剪刀、高壓滅菌的鑷子、旋渦振蕩器、可調(diào)微
量移液器(2μL-20μL、20μL-200μL、100μL-1000μL)、無菌注射器(1mL、5mL)、無RNA酶的
1.5mL離心管、無RNA酶的帶濾芯槍頭、0.22μm微孔濾器、冰箱(4℃、-20℃、-80℃)、一次性口罩、
一次性手套和一次性帽子。
B.2樣品采集
可采標(biāo)NY/T541。采集和樣品前處理過程中應(yīng)戴一次性手套、口罩、帽子,采集過程中樣品不得
交叉污染。樣品采集過程包括以下要求:
1)組織樣品:采集死亡鵝或發(fā)病鵝的心、肝、肺、腎、脾等組織,采集病料時,用無菌的剪刀剪
取組織樣品,將樣品裝入一次性無菌50mL離心管或一次性潔凈塑料自封袋,密封、編號,
待檢;
2)細胞培養(yǎng)上清液:直接將細胞培養(yǎng)上清液加入到滅菌的1.5mL離心管中,加蓋、編號,待檢。
3)鵝胚尿囊液:直接將鵝胚尿囊液加入到滅菌的1.5mL離心管中,加蓋、編號,待檢;
4)肛拭子樣品:取泄殖腔棉拭子時,將棉拭子深入泄殖腔轉(zhuǎn)3圈并沾取少量糞便,將棉拭子頭一
并放入盛有1mLPBS的無菌離心管中,蓋上管蓋并編號,10000rpm離心5min后取上清備
用。
B.3樣品處理
B.3.1組織樣品
在生物安全柜內(nèi)用滅菌剪刀剪碎后按照1:5加入無菌PBS(pH7.4、0.01mol·L?1)進行研磨,反復(fù)凍
融3次后,在4℃下10000rpm離心15min,上清液經(jīng)0.22μm濾器過濾后-80℃冰箱保存。
B.3.2細胞上清液和鵝胚尿囊液
將細胞培養(yǎng)液和鵝胚尿囊液在4℃下10000rpm離心15min,將上清液轉(zhuǎn)入滅菌的1.5mL離心管中,
依據(jù)原樣品地編號。
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DC
附錄C
(資料性附錄)
RT-PCR所需儀器設(shè)備和試劑耗材
C.1儀器設(shè)備與耗材
PCR基因擴增儀、核酸電泳儀、核酸電泳槽、凝膠成像分析系統(tǒng)、臺式高速冷凍離心機、可調(diào)微量
移液器(0.1μL-2.5μL、2μL-20μL、20μL-200μL、100μL-1000μL)、無RNA酶的1.5mL離心管、無
RNA酶的PCR管、無RNA酶的帶濾芯槍頭。
C.2試劑
商品化RNA提取試劑盒、無RNA酶去離子水、反轉(zhuǎn)錄試劑盒(包括Buffer緩沖液、M-MLV反轉(zhuǎn)錄
酶、RNA酶抑制劑)、2×PCRMix、dNTPs(2.5nmol/Leach)、DNAMarker、電泳級瓊脂糖、Tis-乙酸電
泳緩沖液TAE(50×TAE,1×TAE)、1%瓊脂糖、陽性對照(新型鵝星狀病毒)、陰性對照(陰性尿囊液
或正常細胞)。
C.3引物
C.3.1隨機反轉(zhuǎn)錄引物
Random9反轉(zhuǎn)錄引物。
C.3.2RT-PCR引物
針對鵝星狀病毒的RT-PCR檢測引物,參照附錄F。
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ED
附錄D
(資料性附錄)
熒光RT-PCR所需儀器設(shè)備和試劑耗材
D.1儀器設(shè)備與耗材
臺式高速冷凍離心機、實時熒光定量PCR儀、渦旋振蕩器、可調(diào)微量移液器(0.1μL-2.5μL、2μL-20
μL、20μL-200μL、100μL-1000μL)、無RNA酶的1.5mL離心管、無RNA酶的熒光定量PCR管、無RNA
酶的帶濾芯槍頭。
D.2試劑
商品化RNA提取試劑盒、無RNA酶去離子水、反轉(zhuǎn)錄試劑盒(包括Buffer緩沖液、M-MLV反轉(zhuǎn)錄
酶、RNA酶抑制劑)、實時熒光定量PCR試劑盒、dNTPs(2.5nmol/Leach)、陽性對照(新型鵝星狀病毒)、
陰性對照(陰性尿囊液或正常細胞)。
D.3引物
D.3.1特異反轉(zhuǎn)錄引物
Random9反轉(zhuǎn)錄引物。
D.3.2熒光定量RT-PCR引物和探針
針對鵝星狀病毒的熒光PCR引物和探針,參照附錄F。
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附錄E
(資料性附錄)
RT-LAMP方法所需儀器設(shè)備和試劑耗材
E.1儀器設(shè)備與耗材
高速冷凍離心機、水浴鍋、紫外分析儀、可調(diào)微量移液器(0.1μL-2.5μL、2μL-20μL、20μL-200μL、
100μL-1000μL)、無RNA酶的1.5mL離心管、無RNA酶的PCR管、無RNA酶的帶濾芯槍頭。
E.2試劑
商品化RNA提取試劑盒、無RNA酶去離子水、反轉(zhuǎn)錄試劑盒(包括Buffer緩沖液、M-MLV反轉(zhuǎn)錄
酶、RNA酶抑制劑)、商品化LAMP擴增試劑盒、TE可視染料、陽性對照(新型鵝星狀病毒)、陰
性對照(陰性尿囊液或正常細胞)。
E.3引物
E.3.1隨機反轉(zhuǎn)錄引物
Random9反轉(zhuǎn)錄引物。
E.3.2RT-PCR引物
針對鵝星狀病毒的RT-LAMP檢測引物,參照附錄F。
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GF
附錄F
(資料性附錄)
新型鵝星狀病毒RT-PCR引物、熒光RT-PCR的引物和探針、RT-LAMP引物
F.1新型鵝星狀病毒RT-PCR檢測引物
見表F.1。
表F.1鵝星狀病毒RT-PCR檢測用引物和探針
引物名稱引物序列(5ˊ→3ˊ,上下兩行分別為上下游引物序列)產(chǎn)物大?。╞p)基因用途
NGoAstV-FATTCTTGGCTCGGTTGTC
489ORF2RT-PCR
NGoAstV-RCCTGTGTTGC
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