北京市人民醫(yī)院生物信息學(xué)分析考核一、單選題（每題2分，共20題）1.在北京市人民醫(yī)院開展腫瘤基因組測(cè)序項(xiàng)目中，用于檢測(cè)低頻突變的算法不應(yīng)該是以下哪項(xiàng)？A.GATKHaplotypeCallerB.FreeBayesC.SamtoolsmpileupD.VarScan2.當(dāng)分析北京市某醫(yī)院提供的全外顯子組測(cè)序數(shù)據(jù)時(shí)，用于質(zhì)量控制（QC）的關(guān)鍵指標(biāo)不包括：A.ReadDepthB.MappingQualityC.IndelRateD.AlignmentTime3.在北京市人民醫(yī)院的微生物組研究中，用于物種注釋的數(shù)據(jù)庫通常是：A.EnsemblB.NCBIRefSeqC.GTDBD.UCSCGenomeBrowser4.北京市某醫(yī)院需要分析RNA-Seq數(shù)據(jù)，以下哪個(gè)工具最適合用于基因表達(dá)量計(jì)算？A.SamtoolsB.BedtoolsC.featureCountsD.FastQC5.在北京市人民醫(yī)院的遺傳病篩查中，用于檢測(cè)拷貝數(shù)變異（CNV）的軟件不包括：A.GISTICB.DELLYC.SAMtoolsD.Control-FREEC6.北京市某醫(yī)院開展液體活檢項(xiàng)目，用于檢測(cè)ctDNA的二代測(cè)序數(shù)據(jù)分析流程中，關(guān)鍵步驟是：A.對(duì)齊到參考基因組B.質(zhì)量控制C.變異檢測(cè)D.以上都是7.在北京市人民醫(yī)院的基因分型項(xiàng)目中，SNP位點(diǎn)識(shí)別主要依賴：A.測(cè)序平臺(tái)B.生物信息學(xué)工具C.實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)D.以上都是8.北京市某醫(yī)院使用Hi-C測(cè)序技術(shù)研究染色質(zhì)結(jié)構(gòu)，以下哪個(gè)參數(shù)對(duì)結(jié)果影響最大？A.測(cè)序深度B.樣本數(shù)量C.測(cè)序平臺(tái)D.生物信息學(xué)分析流程9.在北京市人民醫(yī)院開展單細(xì)胞測(cè)序分析時(shí)，常用的降維方法不包括：A.PCAB.t-SNEC.K-meansD.UMAP10.北京市某醫(yī)院進(jìn)行宏基因組分析，用于物種鑒定的工具通常是：A.BLASTB.Bowtie2C.SamtoolsD.HISAT2二、多選題（每題3分，共10題）1.在北京市人民醫(yī)院進(jìn)行腫瘤精準(zhǔn)醫(yī)療分析時(shí)，以下哪些數(shù)據(jù)類型是必需的？A.基因組測(cè)序數(shù)據(jù)B.蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)C.臨床信息D.微生物組數(shù)據(jù)2.北京市某醫(yī)院使用WES數(shù)據(jù)進(jìn)行遺傳病分析，以下哪些工具可能被用于變異檢測(cè)？A.GATKB.FreeBayesC.SAMtoolsD.Delly3.在北京市人民醫(yī)院的RNA-Seq數(shù)據(jù)分析中，以下哪些指標(biāo)用于評(píng)估數(shù)據(jù)質(zhì)量？A.RPKMB.FastQScoreC.MappingRateD.GCContent4.北京市某醫(yī)院進(jìn)行微生物組分析時(shí)，以下哪些數(shù)據(jù)庫可用于物種注釋？A.NCBISilvaB.GreengenesC.HMP16srRNADatabaseD.Ensembl5.在北京市人民醫(yī)院開展空間轉(zhuǎn)錄組分析時(shí)，以下哪些方法用于數(shù)據(jù)降維？A.PCAB.t-SNEC.UMAPD.K-means6.北京市某醫(yī)院進(jìn)行ctDNA分析時(shí)，以下哪些步驟是必要的？A.質(zhì)量控制B.變異檢測(cè)C.基因表達(dá)量計(jì)算D.生物學(xué)驗(yàn)證7.在北京市人民醫(yī)院的腫瘤基因組分析中，以下哪些變異類型需要重點(diǎn)關(guān)注？A.SNVB.INDELC.CNVD.SV8.北京市某醫(yī)院使用宏基因組測(cè)序研究腸道菌群，以下哪些工具可用于數(shù)據(jù)拼接？A.SPAdesB.MEGAHITC.TrinityD.Bowtie29.在北京市人民醫(yī)院進(jìn)行單細(xì)胞測(cè)序分析時(shí)，以下哪些方法用于細(xì)胞聚類？A.K-meansB.t-SNEC.UMAPD.DBSCAN10.北京市某醫(yī)院進(jìn)行表觀遺傳學(xué)分析時(shí)，以下哪些技術(shù)被廣泛使用？A.ChIP-SeqB.BisulfiteSequencingC.ATAC-SeqD.RNA-Seq三、簡(jiǎn)答題（每題5分，共5題）1.簡(jiǎn)述北京市人民醫(yī)院在進(jìn)行腫瘤基因組分析時(shí)，如何評(píng)估測(cè)序數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性？2.在北京市某醫(yī)院開展微生物組研究中，如何處理數(shù)據(jù)以消除宿主核酸的干擾？3.北京市人民醫(yī)院使用RNA-Seq數(shù)據(jù)進(jìn)行差異基因表達(dá)分析時(shí)，如何控制批次效應(yīng)？4.在北京市某醫(yī)院進(jìn)行單細(xì)胞測(cè)序分析時(shí)，如何識(shí)別和去除批次效應(yīng)？5.北京市人民醫(yī)院使用宏基因組測(cè)序研究腸道菌群時(shí)，如何評(píng)估樣本的微生物豐度？四、論述題（每題10分，共2題）1.北京市人民醫(yī)院計(jì)劃開展液體活檢項(xiàng)目，請(qǐng)論述從樣本采集到變異檢測(cè)的生物信息學(xué)分析流程。2.北京市某醫(yī)院需要建立遺傳病篩查流程，請(qǐng)論述從實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)到結(jié)果解讀的全流程，包括生物信息學(xué)分析步驟。答案與解析一、單選題答案與解析1.D.VarScan解析：VarScan主要用于SV檢測(cè)，而非低頻突變檢測(cè)。2.D.AlignmentTime解析：AlignmentTime非QC指標(biāo)，其他選項(xiàng)均為關(guān)鍵參數(shù)。3.C.GTDB解析：GTDB是微生物組物種注釋常用數(shù)據(jù)庫。4.C.featureCounts解析：featureCounts用于RNA-Seq表達(dá)量計(jì)算，其他工具非直接用途。5.C.SAMtools解析：SAMtools用于序列比對(duì)，非CNV檢測(cè)。6.D.以上都是解析：所有步驟均對(duì)ctDNA分析重要。7.B.生物信息學(xué)工具解析：SNP識(shí)別依賴工具，非實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)或平臺(tái)。8.A.測(cè)序深度解析：深度對(duì)Hi-C結(jié)果影響最大。9.C.K-means解析：K-means為聚類算法，非降維方法。10.A.BLAST解析：BLAST用于宏基因組物種鑒定，其他工具非直接用途。二、多選題答案與解析1.A,B,C解析：基因組與蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)為必需，微生物組非必需。2.A,B,D解析：SAMtools非變異檢測(cè)工具。3.B,C,D解析：FastQScore非QC指標(biāo)。4.A,C,D解析：Greengenes非常用數(shù)據(jù)庫。5.A,B,C解析：K-means非降維方法。6.A,B,D解析：基因表達(dá)量非ctDNA分析核心步驟。7.A,B,C,D解析：所有變異類型均需關(guān)注。8.A,B解析：Trinity用于RNA組裝，非宏基因組拼接。9.A,C,D解析：t-SNE為降維方法，非聚類。10.A,B,C解析：RNA-Seq非表觀遺傳學(xué)技術(shù)。三、簡(jiǎn)答題答案與解析1.答案：通過比對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)與參考基因組的一致性，計(jì)算SNV/INDEL的Q30率、映射率、重復(fù)序列比例等指標(biāo)。解析：北京市人民醫(yī)院需綜合多指標(biāo)評(píng)估數(shù)據(jù)質(zhì)量。2.答案：使用UVM（UnmappedVertebrateMapper）或Bowtie2去除宿主核酸，僅保留微生物序列。解析：需剔除人類基因組干擾以提高微生物分析準(zhǔn)確性。3.答案：使用DESeq2或edgeR進(jìn)行批次校正，或通過正則化方法如SVA消除批次效應(yīng)。解析：北京市人民醫(yī)院需確保RNA-Seq結(jié)果可比性。4.答案：通過雙降維（如PCA+t-SNE）去除批次效應(yīng)，或使用Seurat進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化和聚類。解析：需確保單細(xì)胞數(shù)據(jù)批次獨(dú)立性。5.答案：使用QIIME2或RDP工具計(jì)算Alpha多樣性指數(shù)（如Shannon指數(shù)），以評(píng)估微生物豐度。解析：北京市人民醫(yī)院需量化樣本微生物組成。四、論述題答案與解析1.答案：-樣本采集：EDTA抗凝，避免RNA降解；-提取ctDNA，使用NGS平臺(tái)測(cè)序；-生物信息學(xué)分析：質(zhì)量控制（如FastQC）、對(duì)齊（如BWA）、變異檢測(cè)（如GATK）