逐斜熄圻豫

實(shí)驗(yàn)記錄本

EXPERIMENTNOTEBOOK

姓名______________________

學(xué)號(hào)______________________

專業(yè)______________________

導(dǎo)師______________________

日期______________________

信息學(xué)院

COLLEGEOFINFORMATIC

實(shí)驗(yàn)記錄本的使用

實(shí)驗(yàn)記錄本是實(shí)驗(yàn)過程和結(jié)果的原始記錄，必須詳細(xì)、準(zhǔn)確記錄以使自

己或他人能夠重復(fù)實(shí)現(xiàn)該實(shí)驗(yàn)結(jié)果，同時(shí)也是論文和專利審查的重要依據(jù)。

使用實(shí)驗(yàn)記錄本應(yīng)遵守以下原則：

1.記錄力求詳細(xì)。記錄應(yīng)包含實(shí)驗(yàn)名稱、目的、方法、結(jié)果以及分析討

論等部分。

2.記錄力求清晰。清晰明了地闡述實(shí)驗(yàn)相關(guān)內(nèi)容，以便讓查閱者快速了

解該實(shí)驗(yàn)。

3.記錄力求規(guī)范。即格式要求：一級(jí)標(biāo)題為三號(hào)宋體加粗、二級(jí)標(biāo)題為

小三宋體加粗、正文內(nèi)容中文用小四宋體，英文用小四TimesNew

Roman體，其中上邊距30mm、下邊距25mm、左邊距32mm、右邊距

25mmo

4.導(dǎo)師有責(zé)任檢查所有實(shí)驗(yàn)人員的記錄。

5.該記錄本將作為考核以及學(xué)位論文答辯時(shí)的重要參考。

信息學(xué)院制

2015年12

信息學(xué)院實(shí)驗(yàn)記錄本

熱性中藥實(shí)驗(yàn)記錄............................................1

實(shí)驗(yàn)一熱性植物的選擇.....................................2

實(shí)驗(yàn)二熱性植物（中藥）中化合物的數(shù)據(jù)庫(kù)提取...............3

實(shí)驗(yàn)三中藥植物中化合物2D信息提取與處理..................7

實(shí)驗(yàn)四利用PP計(jì)算隨機(jī)相似性矩陣.........................11

實(shí)驗(yàn)五運(yùn)用Matlab軟件進(jìn)行TL-SEA算法計(jì)算................14

實(shí)驗(yàn)過程中的小Tip之三..................................18

〈一》調(diào)出Excel中數(shù)據(jù)分析并作出直方圖....................18

〈二＞matlab中直方圖的修改...............................19

〈三〉服務(wù)器上安裝軟件后更改環(huán)境變量......................20

實(shí)驗(yàn)六SEA計(jì)算結(jié)果提取、預(yù)處理與分析.....................21

實(shí)驗(yàn)七運(yùn)用cytoscape構(gòu)建可視化網(wǎng)絡(luò)......................25

1

信息學(xué)院實(shí)驗(yàn)記錄本

熱性中藥實(shí)驗(yàn)記錄

(2016年1月15日一

信息學(xué)院實(shí)驗(yàn)記錄本

實(shí)驗(yàn)一熱性植物的選擇

實(shí)驗(yàn)時(shí)間：2016年1月15日

實(shí)驗(yàn)?zāi)康模哼x出確定屬于熱性并且有較多研究的中藥若干

實(shí)驗(yàn)方法：

選擇原則：

1.據(jù)《神農(nóng)本草經(jīng)》、《本草經(jīng)集注》、《新修本草》、《證類本草》、《珍珠囊》、《本草

綱目》、《本草綱目拾遺》、《本草備要》、《中藥大辭典》、《中華本草》等十部重要

典籍對(duì)辛熱性草藥的認(rèn)定和判斷，且至少有5部判定為辛熱的中藥；

2.結(jié)合文獻(xiàn)中用到的熱性植物目錄；

3.《中國(guó)藥典》中明確列出的為熱性的植物；

4.有較多研究的，大量文獻(xiàn)報(bào)道的熱性植物。

實(shí)驗(yàn)結(jié)果：

選出的十味熱性中藥：肉桂、附子、吳茱萸、干姜、高良姜、仙茅、胡椒、草

烏、辣椒、草芨。

實(shí)驗(yàn)備注：

1.附子有毒性；附子無(wú)干姜不熱；白附子屬溫，有抗腫瘤活性；

2.胡椒：秋末至次春果實(shí)呈暗綠色時(shí)采收，曬干，為黑胡椒；果實(shí)變紅時(shí)采收，用

水浸漬數(shù)日，擦去果肉，曬干，為白胡椒；

3.巴豆：大毒，主外用舍棄；

4.去除中國(guó)知網(wǎng)中低于10000篇文獻(xiàn)報(bào)道的中藥。

2

信息學(xué)院實(shí)驗(yàn)記錄本

實(shí)驗(yàn)二熱性植物（中藥）中化合物的數(shù)據(jù)庫(kù)提取

實(shí)驗(yàn)時(shí)間：2016年1月19日

實(shí)驗(yàn)?zāi)康模簭臄?shù)據(jù)庫(kù)中提取中藥中化合物及化合物結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)

實(shí)驗(yàn)材料：

數(shù)據(jù)庫(kù)

TCMD-2005；TCMD-2009；CNPD；DNP

其中：

TCMD-2005：tcmd3d_Chinese_2005擴(kuò)展修訂版.db（密碼：nicedata2005）；

TCMD-2009：TCMdb2009.db（密碼：tcmd-2009）；

CNPD：cnpd_200506_local.db（無(wú)密碼）；

［以上三個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)都是使用MDLISIS.Base調(diào)用］

DNP：是一個(gè)光盤可安裝為DictionaryofNaturalProductsonDVD調(diào)用。

實(shí)驗(yàn)方法:

LTCMD-2005（密碼：nicedata2005）

在植物來(lái)源一欄填“l(fā)ike”％人參％點(diǎn)擊Search-ByForm，收集到128

個(gè)來(lái)源于植物人參的化合物。

將這128個(gè)植物導(dǎo)出。點(diǎn)擊File一Export—■List/SDFile一保存（命名：

tcmd2005_renshen.lst）。

2.TCMD-2009（密碼：tcmd-2009）

在植物來(lái)源一欄填“l(fā)ike"％人參％”"，點(diǎn)擊Search-ByForm，收集到180

個(gè)來(lái)源于植物人參的化合物。

3

信息學(xué)院實(shí)驗(yàn)記錄本

中草藥數(shù)據(jù)庫(kù)

化合物編號(hào)CAS二維結(jié)構(gòu)

中草藥數(shù)據(jù)庫(kù)

中文名

英文名

分子式分子量

^7

理化性質(zhì)cIO**tSs504

別名mitt*

At?(40.mp234-JMX：.[apH-417(c-O.T,構(gòu)：

2JJ5-2343t(5[p24-.402*(e>0?,杷.mp

BAdmoiiw.9-^-D-R>baAnn?is1-ffl-piinn4-aini?

藥理活性k物來(lái)源.

座理話性一里為干舟.

FmllMuVAUIMKUQS3Phutohu

熱心律失常.!H?RWaml.vJJuMiL.IBM*'Uljmi,Hr￡IS：ia?m&jotxaI83SS?Iitm

杭*窗實(shí)也無(wú)百收(人聞日B8soncWoha.傷:烽aehnuhttaah,f弱.北洌B

aaSKB?*儂B曰■幄綁尸aCkhniahncnhs(地下部分\蒼術(shù)Atraci

人參%"h>；,杭*化五/毛利a?PH*?板ECW>樂mt.X>?mL加川軍-la>K*<tftu.CMhManUuufo??u?(Syn

Hee"%jWJfmK.ECW-1tutml-9lumollXUW,抗*化避無(wú)舌ttMnu?os?a;Lodwa大ffOtIsMu

(矣[啥SU毋如M闔t?1000)*011,ifiwawT.■MbgotKi.xnAlbum—?包tfflfiLipKili

?EC?-31TILL抗壞WIREC30-U4100aHMM].抗氧ecbmata.等蟲要*Co?dycepssmensts

(DPPH.WWMEC50>lOOOpmolt.SWB3ECJO-1.L-fUfMt(OOUS-OWJSXTM!

COO.皿ilXMOt]■Rthamafkannou[SynR?hmmafkmw”

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參考文獻(xiàn)

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??③秣鏟等植枸祖1號(hào)9顰?葭1好*中中國(guó)醫(yī)芍科技出CHtlOOl“BueSaUazuwE&IE?I!DK僅

將這180個(gè)植物導(dǎo)出。點(diǎn)擊File一ExportfList/SDFile一保存(命名

tcmd2009_rensen.lst)。

3.CNPD

在Plant一欄下的中文名稱一項(xiàng)中填寫“人參"，點(diǎn)擊SearchfByForm,收集

到87個(gè)來(lái)源于植物人參的化合物。

ChineseNatiireProductsDatabase

-￥

-T

CNPD2002.8#

-ChineseNatureProductsDatabase

同屬中藥信息±

Regno-

中文名稱人參g

CAS#

拄■手突各CNPD2002.8

__同屬中藥信息

Plant性味（中文）

中文名稱七

Source

性味（英文）拉丁文名Panaxpseudo-ginseng際

Plant

歸經(jīng)（中文）性味（中文）

SpeciesPlant甘平

SourcePanaxpseudo-ginseng

歸經(jīng)（英文）性味（英文）sweet,miId

Plant

Panax歸經(jīng)（中文）入肺，脾,胃經(jīng)

TraditionalFunctionSpecies

歸經(jīng)（英文）lung,spleen,stomach

TraditionaFunction

上消化道出血，勞傷吐血，跌打損傷

Referrence

Referrence

1.Shukla,Y.N.etal,Phytochemistry,1985,24,1091

將這87個(gè)植物導(dǎo)出。點(diǎn)擊File一Export-List/SDFile一保存(命名:

cnpd_renshen.lst)

4.DNP

打開安裝好的DNP,添加搜索類別BiologicalSource,在BiologicalSource中填

寫“Panaxginseng”（人參番文名稱），點(diǎn)擊Search。收集到199個(gè)來(lái)源于植物人參的

化合物。點(diǎn)擊左上角角標(biāo)匚二，添加CRCNumber。

4

信息學(xué)院實(shí)驗(yàn)記錄本

^DictionaryofNaturalProductsonD、

FileEditView窗[J(W)HelpFileEditView窗口(W)Help

4oWelcomex[

金■?Q

Quid露，口，階TB，199Hits

Structuresearch

□ALLChemicalITameMolecularFormulaCRCIhunber

9'Substructure

Arginine;(SHorm,W2-C12H24N407NZM18

DotsubstructureAfulli

DoubleclickfromtheBip-t>-Fructopyranos-1-yl

tosketchExactprogram

三

structureGuide)<

StartMeArginine;(SAform,W2-C18H34N4012NZM19

[a力Glucopyranosyl-

02

Textsearch(1-4)-P-D-

fructopyranos-1-yl]

ChemicalName

AUD，Benzylalcohol;O43-o-ci8H26°ioNKV10

Xylopyranosyl-(1-?6>-D-

CASRegistryNos.03glucopyranoside]

ADD，

10-Chloro-1,16-CHCIOLMD08

AllText17232

04heptadecadiene-4,6-

AUD▼diyne-3,9-diol

MolecularFormulaDammara-20(22),24-C42H70O12DM074

diene-3,12-diol;(3g,

AUD▼

12p,20(22)E)-form,3-0-

05[P-o-Glucopyranosyl-

(1-2*

glucopyranoside]

Dammara-20(22),24-C3BH6007OZG98

confidiene-3,12-diol;(3P,

thet0612p,20(22)E)-form,3-0-

undocktl3-o-Glucopyranoside

將這199個(gè)植物導(dǎo)出。點(diǎn)擊File一Export一ExportalistofallitermstoCSVf

保存（命名：dnp_renshen.txt）

每個(gè)植物（中藥）建立一個(gè)文件夾,存放屬于該植物的小分子listo

實(shí)驗(yàn)結(jié)果:

序

TCMDTCMD

號(hào)中藥名英文名CNPDDNP合計(jì)

20052009

1肉桂Cinnamomumcassia11186962160

2附子Aconitumcarmichaeli2741260153481

3吳茱萸evodiarutaecarpa46576572240

4干姜Zingiberofficinale373943191310

5高良姜galangal11253839113

6仙茅Curculigoorchioides9291472124

7胡椒Pipernigrum46193188103530

8