基于組學(xué)技術(shù)的中醫(yī)藥防治肝纖維化基礎(chǔ)研究進(jìn)展2026

肝纖維化作為多種慢性肝病向肝硬化發(fā)展的關(guān)鍵病理進(jìn)程，是中醫(yī)藥防治研究的關(guān)鍵領(lǐng)域。傳統(tǒng)研究雖在揭示中藥抗炎、抗氧化和抑制肝星狀細(xì)胞（HSC）活化等作用機(jī)制方面取得進(jìn)展，但對(duì)中藥整體性、系統(tǒng)性抗肝纖維化調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的理解仍存在局限。近年來(lái)，轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)及代謝組學(xué)等技術(shù)的飛速發(fā)展與深度整合，為中醫(yī)藥防治肝纖維化的基礎(chǔ)研究提供了全新視角。這些高通量、系統(tǒng)性的技術(shù)手段顯著拓展了對(duì)中藥干預(yù)復(fù)雜病理過(guò)程的認(rèn)知邊界，揭示中藥防治肝纖維化并非通過(guò)單一靶點(diǎn)的作用，而是涉及多靶點(diǎn)、多通路、多層次（包括基因表達(dá)、蛋白功能、代謝物譜、微生物群落及網(wǎng)絡(luò)調(diào)控）協(xié)同互作的復(fù)雜調(diào)控體系。尤為重要的是，組學(xué)技術(shù)不僅為解析中醫(yī)藥藥理核心機(jī)制提供了系統(tǒng)的分子證據(jù)與全局圖譜，還能以前所未有的深度和廣度持續(xù)鑒定潛在作用靶點(diǎn)、信號(hào)通路及具有診斷或療效預(yù)測(cè)價(jià)值的生物標(biāo)志物，從而深入闡釋中藥整體調(diào)節(jié)與多組分協(xié)同作用的科學(xué)內(nèi)涵，為肝纖維化的現(xiàn)代化精準(zhǔn)防治奠定堅(jiān)實(shí)理論基礎(chǔ)。

1不同組學(xué)技術(shù)在中醫(yī)藥防治肝纖維化研究中的應(yīng)用

組學(xué)技術(shù)體系涵蓋轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)及代謝組學(xué)等多維生物學(xué)領(lǐng)域，其核心優(yōu)勢(shì)在于通過(guò)系統(tǒng)性、高靈敏度分析獲取海量數(shù)據(jù)，為深入挖掘肝纖維化病理靶點(diǎn)及作用機(jī)制提供技術(shù)支撐。

1.1

轉(zhuǎn)錄組學(xué)在中醫(yī)藥防治肝纖維化研究中的應(yīng)用基于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)，近年多項(xiàng)研究系統(tǒng)揭示了中藥通過(guò)調(diào)控相關(guān)基因群及生物過(guò)程改善肝纖維化的關(guān)鍵分子機(jī)制。Guo等通過(guò)轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析發(fā)現(xiàn)三七皂苷R1可調(diào)控覆蓋脂質(zhì)分解等生物過(guò)程，尤其通過(guò)激活過(guò)氧化物酶體增殖物激活受體γ（PPAR-γ）信號(hào)通路，從而抑制TGF-β1誘導(dǎo)的HSC活化并緩解小鼠肝纖維化損傷。此外，轉(zhuǎn)錄組測(cè)序揭示養(yǎng)陰活血湯和圣草次苷均可上調(diào)PPAR-α靶點(diǎn)。通過(guò)靶點(diǎn)相關(guān)性深入分析發(fā)現(xiàn)，養(yǎng)陰活血湯可同時(shí)下調(diào)脂肪酸合酶、脂肪酸去飽和酶2的表達(dá)，并激活腺苷酸活化蛋白激酶（AMPK）信號(hào)通路，改善脂質(zhì)代謝與氧化應(yīng)激，從而緩解CCl4誘導(dǎo)的大鼠肝纖維化；而圣草次苷則通過(guò)上調(diào)PPAR-α以抑制NLRP1（NOD樣受體熱蛋白結(jié)構(gòu)域相關(guān)蛋白1）/NLRC4（NOD樣受體含CARD結(jié)構(gòu)域蛋白4）炎癥小體及NET（中性粒細(xì)胞胞外誘捕網(wǎng)）形成，阻斷HSC活化與巨噬細(xì)胞炎癥因子釋放，從而緩解硫代乙酰胺誘導(dǎo)的小鼠肝纖維化損傷。

TGF-β/Smad信號(hào)軸的異常激活直接參與肝纖維化發(fā)生、發(fā)展過(guò)程，是影響HSC活化的另一重要機(jī)制。基于RNA測(cè)序技術(shù)篩選315個(gè)靶點(diǎn)，研究證實(shí)，復(fù)方苦參注射液能穩(wěn)定Smad7/TGF-βR1互作以再平衡Smad2/Smad3信號(hào)傳導(dǎo)，抑制HSC活化及細(xì)胞外基質(zhì)形成，從而緩解CCl4注射和蛋氨酸-膽堿缺乏（MCD）飲食誘導(dǎo)的小鼠肝纖維化損傷，并延緩肝癌發(fā)生。通過(guò)前期對(duì)24個(gè)差異表達(dá)的微RNA（miRNA）靶點(diǎn)群進(jìn)行系統(tǒng)分析與分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證，發(fā)現(xiàn)疏肝健脾方可通過(guò)上調(diào)miR-193a-3p以抑制其靶標(biāo)TGF-β2的表達(dá)，從而阻斷HSC的活化、增殖和遷移，有效緩解CCl4誘導(dǎo)的小鼠肝纖維化以及TGF-β1活化的肝星狀細(xì)胞系JS-1損傷。此外，借助mRNA測(cè)序技術(shù)的研究表明，芪甲柔肝方主要通過(guò)靶向抑制TGF-β信號(hào)通路，并調(diào)控氧化還原、脂肪酸代謝和細(xì)胞黏附等多個(gè)生物學(xué)過(guò)程，從而顯著逆轉(zhuǎn)大鼠肝臟炎癥暴發(fā)及纖維化進(jìn)展。

在AMPK通路方面，除養(yǎng)陰活血湯外，益氣柔肝湯借助轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)亦被證實(shí)能下調(diào)絲裂原活化蛋白激酶（MAPK）/磷酸肌醇3-激酶（PI3K）-蛋白激酶B（Akt）通路、上調(diào)PPAR/AMPK通路，改善內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激、細(xì)胞凋亡和自噬過(guò)程，從而緩解CCl4誘導(dǎo)的大鼠肝纖維化損傷。此外，基于環(huán)狀RNA（circRNA）測(cè)序技術(shù)，片仔癀被報(bào)道可直接調(diào)控91個(gè)差異circRNA（其中上調(diào)基因58個(gè)，下調(diào)基因33個(gè)）網(wǎng)絡(luò)表達(dá)譜，主要通過(guò)Bnip2（BCL2/腺病毒E1B19kDa相互作用蛋白2）、Plekho1（含pleckstrin同源結(jié)構(gòu)域的蛋白O1）、Knl1（動(dòng)粒支架蛋白1）及Acbd5（含?；o酶A結(jié)合結(jié)構(gòu)域的蛋白5）等circRNA靶點(diǎn)調(diào)控TNF/PI3K-Akt/IL-17/MAPK信號(hào)通路及成纖維細(xì)胞增殖等生物過(guò)程，從而緩解CCl4誘導(dǎo)的小鼠肝纖維化損傷。

基于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)，研究者還發(fā)現(xiàn)龍膽水煎劑可有效上調(diào)線粒體自噬標(biāo)志物帕金蛋白（Parkin）表達(dá)并激活Parkin信號(hào)通路，抑制HSC活化和膠原沉積。筆者團(tuán)隊(duì)?wèi)?yīng)用多組學(xué)技術(shù)篩選5個(gè)生物過(guò)程，發(fā)現(xiàn)四物湯主要抑制M2型巨噬細(xì)胞的激活以減少促纖維化細(xì)胞因子的釋放，阻遏中性粒細(xì)胞激活及其胞外陷阱的形成，并調(diào)節(jié)Fas/FasL信號(hào)通路促進(jìn)HSC凋亡，緩解膽管結(jié)扎誘導(dǎo)的小鼠肝纖維化損傷。Lan等借助轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序篩選出天黃方中47個(gè)上調(diào)基因和225個(gè)下調(diào)基因，發(fā)現(xiàn)中藥主要抑制CCL2（C-C趨化因子配體2）-CCR2（C-C趨化因子受體2）軸及其下游的MAPK/核因子κB（NF-κB）信號(hào)通路以減輕炎癥和纖維化，緩解CCl4和MCD飲食誘導(dǎo)的小鼠肝纖維化。

1.2

蛋白質(zhì)組學(xué)在中醫(yī)藥防治肝纖維化研究中的應(yīng)用基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)，可全面解析蛋白質(zhì)序列、表達(dá)豐度、功能、化學(xué)反應(yīng)性及相互作用等信息，不僅為轉(zhuǎn)錄組學(xué)發(fā)現(xiàn)提供了關(guān)鍵的蛋白水平印證與翻譯后修飾細(xì)節(jié)，更在揭示中藥調(diào)控肝纖維化關(guān)鍵信號(hào)通路機(jī)制方面發(fā)揮核心作用。在調(diào)控PI3K/Akt信號(hào)通路及其相關(guān)網(wǎng)絡(luò)方面，基于蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)發(fā)現(xiàn)，茵陳術(shù)附湯通過(guò)下調(diào)血小板衍生生長(zhǎng)因子受體β（PDGFRβ）表達(dá)并抑制PI3K/Akt信號(hào)通路（阻斷黏著斑及細(xì)胞外基質(zhì)受體互作），緩解3，5-二乙氧基羰基-1，4-二氫三甲基吡啶誘導(dǎo)的小鼠膽汁淤積性肝纖維化。同樣聚焦于該通路及其介導(dǎo)的細(xì)胞外基質(zhì)異常沉積過(guò)程，一項(xiàng)基于串聯(lián)質(zhì)譜標(biāo)簽定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)的研究揭示，余甘子低分子量活性組分可調(diào)控195種與細(xì)胞外基質(zhì)組織、肌動(dòng)蛋白結(jié)合及細(xì)胞外泌體相關(guān)的差異表達(dá)蛋白；進(jìn)一步關(guān)聯(lián)性分析比對(duì)發(fā)現(xiàn)，該組分能夠通過(guò)下調(diào)Ⅰ型膠原蛋白α2鏈、整合素αV亞基、Toll樣受體2、血管緊張素轉(zhuǎn)換酶以及PDGFRβ等5個(gè)關(guān)鍵靶點(diǎn)的表達(dá)，顯著抑制細(xì)胞外基質(zhì)-受體相互作用、局灶黏附及PI3K-Akt信號(hào)通路，從而有效緩解CCl4誘導(dǎo)的大鼠肝纖維化損傷。而芪甲柔肝湯則通過(guò)抑制PI3K/Akt的重要下游Akt/mTOR通路，下調(diào)半胱天冬酶（Caspase）促凋亡蛋白、調(diào)控氧化還原及膠原合成過(guò)程，緩解CCl4誘導(dǎo)的大鼠肝纖維化。此外，運(yùn)用高效液相色譜-質(zhì)譜技術(shù)，Zhang等揭示金銀花-連翹藥對(duì)的主要活性成分（槲皮素、山柰酚、木犀草素）通過(guò)下調(diào)α-平滑肌肌動(dòng)蛋白、環(huán)氧合酶-2、TGF-β1等關(guān)鍵分子，并抑制炎癥、氧化應(yīng)激和膠原沉積等核心生物過(guò)程，緩解大鼠肝纖維化損傷。

1.3

代謝組學(xué)在中醫(yī)藥防治肝纖維化研究中的應(yīng)用代謝組學(xué)技術(shù)通過(guò)系統(tǒng)分析生物體液（如尿液、血清）的代謝物組成差異，不僅能夠篩查肝纖維化的風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)生物標(biāo)志物，還可深入揭示疾病進(jìn)程中復(fù)雜的代謝紊亂，并闡明中藥通過(guò)調(diào)控關(guān)鍵代謝通路及網(wǎng)絡(luò)所發(fā)揮的調(diào)節(jié)作用。在基礎(chǔ)代謝調(diào)節(jié)方面，基于氫核磁共振和質(zhì)譜的代謝組學(xué)技術(shù)，茵陳五苓散被證實(shí)可通過(guò)調(diào)節(jié)氨基酸代謝、糖代謝、甘油磷脂代謝及腸道菌群代謝（如促進(jìn)尿素循環(huán)、降低血氨積累、減輕氧化應(yīng)激），緩解小鼠肝纖維化。在腸道菌群代謝調(diào)控方面，借助氣相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用和液相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用代謝組學(xué)技術(shù)發(fā)現(xiàn)，連翹脂素可通過(guò)促進(jìn)腸道短鏈脂肪酸生成（乙酸、丙酸及丁酸）并恢復(fù)膽汁酸代謝穩(wěn)態(tài)，修復(fù)腸上皮屏障及調(diào)控膽酸代謝基因表達(dá)，緩解CCl4誘導(dǎo)的肝纖維化。在機(jī)制通路解析方面，運(yùn)用代謝組學(xué)技術(shù)分析顯示，五指毛桃及其關(guān)鍵成分芹菜素可通過(guò)調(diào)控谷胱甘肽/谷胱甘肽過(guò)氧化物酶4通路，誘導(dǎo)HSC鐵死亡，從而緩解CCl4/MCD誘導(dǎo)的肝纖維化。醋制莪術(shù)-三棱藥對(duì)的乙酸乙酯提取物經(jīng)研究證實(shí)，可靶向調(diào)控PI3K/Akt/eNOS和TGF-β1/Smad信號(hào)通路，進(jìn)而改善?；撬崤c次牛磺酸代謝，緩解CCl4誘導(dǎo)的小鼠肝纖維化損傷。

2多組學(xué)技術(shù)聯(lián)合應(yīng)用在中醫(yī)藥防治肝纖維化研究中的應(yīng)用

多組學(xué)技術(shù)及其整合分析策略的快速發(fā)展，為系統(tǒng)解析中藥復(fù)方復(fù)雜作用機(jī)制提供了全新研究范式。通過(guò)整合轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)等多維度數(shù)據(jù)，并結(jié)合網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)等計(jì)算方法，顯著提升了中藥復(fù)方藥理機(jī)制研究的系統(tǒng)性與可靠性。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)與網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)相結(jié)合的研究表明，姜黃精油、逍遙散等能夠通過(guò)抑制TGF-β1/Smads、PI3K/Akt和Akt/FoxO3信號(hào)通路，減輕肝纖維化相關(guān)的病理改變。進(jìn)一步通過(guò)高通量測(cè)序與網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)等多組學(xué)分析發(fā)現(xiàn)，逍遙散還可靶向STAT3/NF-κB/PPAR-γ信號(hào)通路，調(diào)控細(xì)胞外基質(zhì)沉積、炎癥反應(yīng)及脂代謝等肝纖維化相關(guān)病因環(huán)節(jié)。代謝組學(xué)聯(lián)合網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的應(yīng)用證實(shí)，甘草-丹參藥對(duì)及其關(guān)鍵活性成分槲皮素可通過(guò)調(diào)控戊糖/葡萄糖醛酸互變代謝過(guò)程，并抑制花生四烯酸代謝通路，從而緩解大鼠肝纖維化模型中的膠原沉積與炎癥反應(yīng)。此外，醋莪術(shù)及其活性成分（如呋喃二烯）通過(guò)抑制PI3K/Akt/mTOR通路的磷酸化，促進(jìn)BAX/Caspase-3介導(dǎo)的HSC凋亡，進(jìn)而延緩肝纖維化進(jìn)程?；谏V-質(zhì)譜技術(shù)與網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)整合的研究揭示，鱉甲軟肝膠囊的入血原型成分（包括金絲桃苷、土莫酸、常春藤皂苷元等）能夠顯著下調(diào)CDK2、CDK6和PIK3CG等關(guān)鍵靶蛋白的表達(dá)，抑制HSC增殖并緩解肝纖維化病理進(jìn)展。類似地，其入肝活性成分可靶向下調(diào)PDGF-AA，抑制M2型巨噬細(xì)胞與HSC之間的交互作用，以減輕小鼠肝纖維化損傷。

此外，轉(zhuǎn)錄組學(xué)常與蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)等其他組學(xué)技術(shù)聯(lián)合應(yīng)用，共同揭示基因表達(dá)-蛋白質(zhì)功能-代謝表型之間的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)關(guān)系。通過(guò)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序和非靶向代謝組學(xué)技術(shù)，Wu等發(fā)現(xiàn)桃紅四物湯的肝臟保護(hù)作用主要與調(diào)控脂質(zhì)代謝途徑相關(guān)，可顯著上調(diào)49種代謝物及下調(diào)151種代謝物，其中主要通過(guò)抑制ACSL4（長(zhǎng)鏈?；o酶A合成酶4）的表達(dá)并促進(jìn)線粒體自噬，從而緩解硫代乙酰胺誘導(dǎo)的小鼠脂代謝紊亂及肝纖維化損傷?；谵D(zhuǎn)錄組測(cè)序與蛋白質(zhì)譜聯(lián)用技術(shù)的研究表明，片仔癀可通過(guò)調(diào)控928個(gè)差異轉(zhuǎn)錄本和138個(gè)差異蛋白，增強(qiáng)免疫過(guò)程，抑制炎癥細(xì)胞浸潤(rùn)與膠原沉積，從而緩解小鼠肝纖維化損傷。在傳統(tǒng)轉(zhuǎn)錄組-蛋白質(zhì)組-代謝組多組學(xué)聯(lián)用的基礎(chǔ)上，隨著單細(xì)胞測(cè)序和空間代謝組學(xué)等新興技術(shù)的引入，中醫(yī)藥抗肝纖維化機(jī)制研究實(shí)現(xiàn)了從分子網(wǎng)絡(luò)到細(xì)胞微環(huán)境的跨越式突破。例如，通過(guò)整合轉(zhuǎn)錄組與單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)發(fā)現(xiàn)，肝纖方能夠抑制CCL2介導(dǎo)的巨噬細(xì)胞招募，阻斷Trem2+CD9+巨噬細(xì)胞亞群的擴(kuò)增及PDGFRα+PDGFRβ+肌成纖維細(xì)胞的活化，并調(diào)控TGF-β/EGFR、PDGFB/PDGFRα等配體-受體相互作用，從而減輕CCl4誘導(dǎo)的大鼠肝纖維化損傷。此外，綜合空間代謝組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)及代謝組學(xué)的分析顯示，黃芩甲醇提取物的關(guān)鍵入肝成分黃芩素和漢黃芩素，能夠直接抑制胞質(zhì)磷脂酶A2活性，阻斷花生四烯酸代謝及其下游NF-κB炎癥通路，同時(shí)改善甘油磷脂代謝紊亂，最終緩解CCl4誘導(dǎo)的小鼠肝纖維化。

基于中藥活性成分可通過(guò)菌群-宿主互作網(wǎng)絡(luò)調(diào)控宿主代謝與基因表達(dá)的特性，微生物組學(xué)與代謝組學(xué)的整合分析策略在揭示中醫(yī)藥抗肝纖維化機(jī)制方面展現(xiàn)出獨(dú)特優(yōu)勢(shì)。例如，通過(guò)16SrRNA腸道菌群測(cè)序與非靶向代謝組學(xué)聯(lián)用技術(shù)的研究發(fā)現(xiàn)，二氫楊梅素能夠通過(guò)重塑腸道菌群結(jié)構(gòu)、改善宿主肝臟代謝紊亂，并下調(diào)TNF-α和IL-1β等炎癥因子表達(dá)，從而緩解小鼠肝纖維化損傷。茵陳五苓散則通過(guò)調(diào)節(jié)Barnesiella、Ruminococcus和Christensenella等關(guān)鍵菌屬，增加丁酸鹽產(chǎn)生菌（如Bifidobacterium、Coprococcus、Anaerostipes），進(jìn)而改善精氨酸生物合成、鞘脂代謝及丙氨酸-天冬氨酸-谷氨酸代謝通路，減輕大鼠肝纖維化損傷。芪甲柔肝湯通過(guò)改善腸道緊密連接蛋白表達(dá)、調(diào)控Turicibacter等核心腸道菌群及宿主代謝物，修復(fù)腸道屏障功能，調(diào)節(jié)腸道菌群代謝軸，從而緩解大鼠肝纖維化損傷。鱉甲煎丸則通過(guò)降低厚壁菌門豐度、提高擬桿菌豐度并影響菌群代謝物，調(diào)控腸道菌群代謝軸，抑制TMA-FMO3-TMAO生成，阻斷TMAO激活的PI3K/Akt信號(hào)通路，進(jìn)而減輕膽管結(jié)扎誘導(dǎo)的HSC活化及大鼠肝纖維化。此外，綜合運(yùn)用16SrRNA測(cè)序、非靶向與靶向代謝組學(xué)技術(shù)的研究表明，當(dāng)歸芍藥散可通過(guò)調(diào)控腸道菌群（如Veillonella等），促進(jìn)短鏈脂肪酸生成，改善膽汁酸代謝并修復(fù)腸道屏障，以減輕大鼠肝纖維化損傷。而基于宏基因組學(xué)與非靶向代謝組學(xué)的研究揭示，益氣健脾方能夠抑制TGF-β/Smad3信號(hào)通路、促進(jìn)巨噬細(xì)胞向M2表型極化、降低氧化應(yīng)激與炎癥反應(yīng)，并通過(guò)重塑腸道菌群穩(wěn)態(tài)（如抑制Calditerrivibrio_nitroreducens降解18β-甘草次酸），緩解小鼠肝纖維化損傷。3總結(jié)與展望

包括轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)及微生物組學(xué)在內(nèi)的多組學(xué)技術(shù)，系統(tǒng)性揭示了中藥抗肝纖維化的多靶點(diǎn)協(xié)同機(jī)制。轉(zhuǎn)錄組學(xué)主導(dǎo)發(fā)現(xiàn)中藥復(fù)方及成分（如養(yǎng)陰活血湯、三七皂苷R1、圣草次苷）通過(guò)激活PPAR-γ/α通路抑制TGF-β1誘導(dǎo)的HSC活化，或通過(guò)調(diào)控miR-193a-3p/circRNA靶向TGF-β/Smad、MAPK/PI3K-Akt等通路。蛋白質(zhì)組學(xué)進(jìn)一步補(bǔ)充揭示了關(guān)鍵蛋白相互作用的精細(xì)模式，如茵陳術(shù)附湯抑制PI3K/Akt介導(dǎo)的細(xì)胞外基質(zhì)形成及沉積過(guò)程；芪甲柔肝湯阻斷Akt/mTOR促凋亡信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)。代謝組學(xué)則深入闡釋了中藥調(diào)節(jié)代謝穩(wěn)態(tài)與新型作用機(jī)制，如茵陳五苓散調(diào)控尿素循環(huán)重編程、連翹脂素恢復(fù)膽汁酸穩(wěn)態(tài)及鱉甲煎丸抑制TMA-FMO3-TMAO代謝軸以調(diào)控腸道菌群。多組學(xué)整合分析更有助于系統(tǒng)性解析中藥的整體作用靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)（如發(fā)現(xiàn)鱉甲煎丸通過(guò)“菌群-TMAO-PI3K/Akt軸”抑制HSC活化），并證實(shí)中藥可同時(shí)影響免疫調(diào)節(jié)（抑制Trem2+CD9+巨噬細(xì)胞）、代謝穩(wěn)態(tài)、細(xì)胞凋亡/自噬等多個(gè)生物學(xué)層面協(xié)同作用，從而緩解肝纖維化進(jìn)程。

此外，不同組學(xué)技術(shù)在闡釋中藥藥效機(jī)制方面展現(xiàn)出高度互補(bǔ)性。轉(zhuǎn)錄組學(xué)擅長(zhǎng)系統(tǒng)性揭示中藥如何影響具體基因表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，例如miRNA/circRNA調(diào)控TGF-β相關(guān)通路；蛋白質(zhì)組學(xué)能夠提供中藥調(diào)控翻譯后修飾及功能蛋白互作證據(jù)，如中藥影響PI3K/Akt通路及其磷酸化水平改變；代謝組學(xué)則可直接反映藥物介入下病理代謝表型轉(zhuǎn)變情況，例如影響脂質(zhì)/氨基酸代謝紊亂。針對(duì)同一通路改變時(shí)，轉(zhuǎn)錄組與蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)往往呈現(xiàn)一致性變化，例如復(fù)方苦參注射液對(duì)Smad7/TGF-βR1的調(diào)控在mRNA和蛋白水平均得到驗(yàn)證；而代謝組學(xué)可補(bǔ)充相關(guān)蛋白介入的下游代謝效應(yīng)，如醋莪術(shù)對(duì)?；撬岽x的改善。不同中藥雖可共性靶向核心通路群（如TGF-β、PI3K/Akt等），但其作用特性各不相同，如疏肝健脾方強(qiáng)于miRNA調(diào)控，茵陳五苓散側(cè)重腸道菌群代謝軸修復(fù)，五指毛桃獨(dú)擅誘導(dǎo)鐵死亡影響肝纖維化進(jìn)程，這一現(xiàn)象生動(dòng)體現(xiàn)了“同通路異環(huán)節(jié)”或“同病理異機(jī)制”的中藥干預(yù)策略。

目前，組學(xué)技術(shù)在中醫(yī)藥研究中的應(yīng)用仍存在一定的局限性，主要體現(xiàn)在以下兩個(gè)方面。（1）技術(shù)挑戰(zhàn)。樣本異質(zhì)性（如病變肝組織不同病理分區(qū)存在分子特征差異）影響組學(xué)數(shù)據(jù)獲取的可靠性，且多組學(xué)整合算法仍不成熟，尤其跨組學(xué)關(guān)聯(lián)分析技術(shù)尚不完