肺癌EGFR T790M突變液體活檢敏感性_第1頁
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肺癌EGFRT790M突變液體活檢敏感性演講人CONTENTSEGFRT790M突變的生物學(xué)基礎(chǔ)與臨床意義液體活檢技術(shù)平臺及其在T790M檢測中的應(yīng)用影響液體活檢T790M突變敏感性的關(guān)鍵因素臨床實踐中的敏感性數(shù)據(jù)與挑戰(zhàn)提升液體活檢T790M敏感性的策略與未來方向總結(jié):敏感性是液體活檢臨床價值的基石目錄肺癌EGFRT790M突變液體活檢敏感性作為從事肺癌分子診斷與臨床轉(zhuǎn)化研究十余年的工作者,我深刻體會到液體活檢技術(shù)在腫瘤精準(zhǔn)診療中的革命性意義。尤其在EGFRT790M突變檢測領(lǐng)域,液體活檢以其無創(chuàng)、動態(tài)、可重復(fù)的優(yōu)勢,已成為組織活檢的重要補充,甚至部分替代。而敏感性作為液體活檢的核心性能指標(biāo),直接決定了其對T790M突變的檢出能力,進而影響臨床決策的準(zhǔn)確性。本文將從生物學(xué)基礎(chǔ)、技術(shù)平臺、影響因素、臨床實踐及未來方向五個維度,系統(tǒng)闡述肺癌EGFRT790M突變液體活檢敏感性的關(guān)鍵問題,并結(jié)合親身經(jīng)歷與行業(yè)進展,探討如何進一步提升這一技術(shù)的臨床價值。01EGFRT790M突變的生物學(xué)基礎(chǔ)與臨床意義1EGFR信號通路與肺癌驅(qū)動突變表皮生長因子受體(EGFR)是肺癌中最關(guān)鍵的驅(qū)動基因之一,其編碼的受體酪氨酸激酶通過激活下游RAS/RAF/MAPK、PI3K/AKT/mTOR等信號通路,促進腫瘤細(xì)胞增殖、存活與轉(zhuǎn)移。在非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)中,EGFR敏感突變(如19外顯子缺失、21外顯子L858R)約占非吸煙肺腺癌患者的50%,是EGFR酪氨酸激酶抑制劑(TKI)治療的重要靶點。2T790M突變:EGFR-TKI獲得性耐藥的核心機制盡管一代、二代EGFR-TKI(如吉非替尼、阿法替尼)在敏感突變患者中初始緩解率顯著,但多數(shù)患者在9-14個月后出現(xiàn)疾病進展,其中50%-60%的耐藥機制與EGFR基因21外顯子T790M突變相關(guān)。該突變導(dǎo)致EGFR激酶結(jié)構(gòu)域ATP結(jié)合位點的蘇氨酸被蛋氨酸取代(T790M),增強了與ATP的結(jié)合能力,從而降低了TKI與靶標(biāo)的親和力,形成“耐藥性開關(guān)”。3T790M突變檢測的臨床需求T790M突變不僅是EGFR-TKI耐藥的關(guān)鍵標(biāo)志,更是三代EGFR-TKI(如奧希替尼)治療的明確適應(yīng)證。臨床研究(AURA3、FLAURA)證實,對于T790M突變陽性患者,奧希替尼的客觀緩解率(ORR)達71%,中位無進展生存期(PFS)達10.1個月,顯著優(yōu)于化療。因此,快速、準(zhǔn)確地檢測T790M突變,是指導(dǎo)后續(xù)治療、改善患者預(yù)后的核心環(huán)節(jié)。4組織活檢的局限性推動液體活檢發(fā)展傳統(tǒng)組織活檢是T790M檢測的“金標(biāo)準(zhǔn)”,但其存在固有缺陷:①有創(chuàng)性:部分患者因腫瘤位置(如中央型肺癌)、肺功能差或合并癥無法獲取組織樣本;②時空異質(zhì)性:原發(fā)灶與轉(zhuǎn)移灶、不同進展階段的腫瘤可能存在突變差異,單一部位組織活檢難以全面反映腫瘤異質(zhì)性;③動態(tài)監(jiān)測困難:反復(fù)組織活檢風(fēng)險高,難以實現(xiàn)治療過程中的實時監(jiān)測。液體活檢通過檢測外周血中的循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA),可有效彌補上述不足,但其敏感性受多種因素影響,成為臨床應(yīng)用的關(guān)鍵瓶頸。02液體活檢技術(shù)平臺及其在T790M檢測中的應(yīng)用1液體活檢的核心組分:ctDNA、外泌體與循環(huán)腫瘤細(xì)胞液體活檢的檢測對象主要包括三類:①ctDNA:腫瘤細(xì)胞凋亡或壞死釋放到外周血的DNA片段,長度通常為166-200bp,攜帶腫瘤特異性突變;②外泌體:腫瘤細(xì)胞分泌的囊泡,內(nèi)含DNA、RNA、蛋白質(zhì)等分子,可反映腫瘤的分子特征;③循環(huán)腫瘤細(xì)胞(CTCs):外周血中存活的腫瘤細(xì)胞,可直接用于體外培養(yǎng)或分子檢測。其中,ctDNA因含量相對較高、檢測技術(shù)成熟,成為T790M突變檢測的主要標(biāo)志物。1液體活檢的核心組分:ctDNA、外泌體與循環(huán)腫瘤細(xì)胞2ctDNA檢測技術(shù)平臺及其敏感性差異目前,用于ctDNAT790M突變檢測的技術(shù)主要包括數(shù)字PCR(dPCR)、下一代測序(NGS)和等位基因特異性PCR(ARMS-PCR),各平臺的敏感性存在顯著差異:1液體活檢的核心組分:ctDNA、外泌體與循環(huán)腫瘤細(xì)胞2.1數(shù)字PCR(dPCR):高敏感性的“金標(biāo)準(zhǔn)”dPCR通過將反應(yīng)體系微分區(qū)化(微滴式dPCR,ddPCR或芯片式dPCR),實現(xiàn)單個DNA分子的獨立擴增與計數(shù),通過突變型與野生型信號的比值計算突變豐度。其優(yōu)勢在于:①絕對定量:無需標(biāo)準(zhǔn)曲線,可直接給出突變拷貝數(shù)/μL;②高敏感性:最低檢測限可達0.01%-0.1%,適用于低豐度T790M突變檢測。例如,AURA研究顯示,ddPCR檢測T790M突變的敏感性為89%,與組織活檢的一致性較高。但dPCR的局限性在于:①僅能預(yù)設(shè)目標(biāo)突變位點,無法檢測未知突變;多重反應(yīng)需優(yōu)化探針設(shè)計,可能增加成本;②對DNA質(zhì)量要求較高,血漿中ctDNA降解可能導(dǎo)致假陰性。1液體活檢的核心組分:ctDNA、外泌體與循環(huán)腫瘤細(xì)胞2.2下一代測序(NGS):全面但敏感性受限NGS通過高通量測序技術(shù),可同時檢測EGFR基因的全部外顯子,適用于未知突變或多位點聯(lián)合檢測。根據(jù)測序深度不同,NGS可分為深度NGS(>10,000×)和常規(guī)NGS(500-1000×)。深度NGS的敏感性可達0.1%-1%,接近dPCR;而常規(guī)NGS敏感性較低(1%-5%),難以檢出低豐度突變。此外,NGS的數(shù)據(jù)分析復(fù)雜,需嚴(yán)格的質(zhì)量控制(如去除測序錯誤、背景噪聲),否則可能導(dǎo)致假陽性。例如,BENEFIT研究顯示,基于NGS的ctDNA檢測T790M突變的敏感性為76%,低于ddPCR。1液體活檢的核心組分:ctDNA、外泌體與循環(huán)腫瘤細(xì)胞2.2下一代測序(NGS):全面但敏感性受限2.2.3等位基因特異性PCR(ARMS-PCR):快速但敏感性中等ARMS-PCR通過設(shè)計針對突變位點的特異性引物,實現(xiàn)突變序列的富集與擴增,操作簡便、成本低,適用于快速篩查。但其敏感性受限于擴增效率,最低檢測約0.5%-1%,難以滿足低豐度突變檢測需求。例如,F(xiàn)ASTACT-2研究顯示,ARMS-PCR檢測T790M突變的敏感性僅為62%,且對血漿樣本量要求較高(通常需≥2mL)。3其他液體活檢組分在T790M檢測中的潛力除ctDNA外,外泌體DNA和外泌體RNA也逐漸成為T790M檢測的新方向。外泌體保護其內(nèi)容物免受降解,穩(wěn)定性高于ctDNA,且可反映腫瘤細(xì)胞的分泌狀態(tài)。研究表明,外泌體EGFRT790M突變的檢出率與ctDNA呈正相關(guān),尤其在ctDNA陰性患者中,約20%可通過外泌體DNA檢測到突變。CTCs則可通過單細(xì)胞測序技術(shù)分析EGFR突變狀態(tài),但其在外周血中含量極低(1-10個/7.5mL血液),富集難度大,目前臨床應(yīng)用有限。03影響液體活檢T790M突變敏感性的關(guān)鍵因素影響液體活檢T790M突變敏感性的關(guān)鍵因素液體活檢的敏感性并非單一技術(shù)參數(shù)決定,而是生物學(xué)特性、樣本處理、檢測流程等多環(huán)節(jié)共同作用的結(jié)果。結(jié)合實驗室經(jīng)驗與臨床研究,我將影響因素分為生物學(xué)因素、技術(shù)因素和臨床因素三大類。1生物學(xué)因素:腫瘤負(fù)荷與異質(zhì)性的核心影響1.1腫瘤負(fù)荷與ctDNA釋放量ctDNA的釋放量與腫瘤負(fù)荷顯著正相關(guān),腫瘤負(fù)荷越高,ctDNA在外周血中的濃度越高,突變檢出敏感性越高。臨床研究顯示,對于晚期NSCLC患者(IIIb/IV期),ctDNAT790M突變的敏感性可達70%-85%;而早期患者(I/II期)由于腫瘤負(fù)荷低,ctDNA釋放少,敏感性可降至30%-50%。例如,在ADRAS研究中,IV期患者T790MctDNA檢出率為82%,顯著高于I期患者的38%。1生物學(xué)因素:腫瘤負(fù)荷與異質(zhì)性的核心影響1.2突變豐度與檢測下限T790M突變豐度(突變型EGFR拷貝數(shù)/總EGFR拷貝數(shù))直接影響檢測結(jié)果。當(dāng)突變豐度低于檢測技術(shù)的下限時,即使存在T790M突變,也會導(dǎo)致假陰性。例如,ddPCR的檢測下限為0.01%,若突變豐度為0.005%,則無法檢出;而NGS的檢測下限為0.1%,對低豐度突變的檢出能力更弱。此外,T790M突變豐度與TKI治療時間相關(guān):治療初期突變豐度較高,耐藥進展后可能因克隆選擇導(dǎo)致豐度波動,甚至低于檢測閾值。1生物學(xué)因素:腫瘤負(fù)荷與異質(zhì)性的核心影響1.3腫瘤空間異質(zhì)性腫瘤的空間異質(zhì)性指原發(fā)灶與轉(zhuǎn)移灶、不同轉(zhuǎn)移部位間的分子差異。EGFRT790M突變可能在部分轉(zhuǎn)移灶中存在,而在其他部位缺失,導(dǎo)致ctDNA檢測出現(xiàn)“取樣偏差”。例如,我中心曾遇到一例患者,肺原發(fā)灶T790M突變陰性,但骨轉(zhuǎn)移灶組織活檢陽性,ctDNA檢測亦陽性,提示轉(zhuǎn)移灶的突變釋放更易進入外周血。反之,若僅檢測原發(fā)灶ctDNA,可能導(dǎo)致假陰性。1生物學(xué)因素:腫瘤負(fù)荷與異質(zhì)性的核心影響1.4轉(zhuǎn)移部位與ctDNA釋放效率不同轉(zhuǎn)移部位對ctDNA釋放效率的影響存在差異。研究表明,肝轉(zhuǎn)移、骨轉(zhuǎn)移患者的ctDNA濃度顯著高于肺轉(zhuǎn)移、腦轉(zhuǎn)移患者,可能與血供豐富程度、腫瘤壞死比例相關(guān)。例如,肝轉(zhuǎn)移患者的T790MctDNA檢出率達90%,而腦轉(zhuǎn)移患者因血腦屏障保護,ctDNA釋放受限,檢出率僅約50%-60%。2技術(shù)因素:從樣本采集到報告輸出的全流程質(zhì)控2.1樣本采集與處理ctDNA在血液中穩(wěn)定性較差,易被血漿中的DNase降解,因此樣本采集后需及時分離血漿(推薦2小時內(nèi),最長不超過4小時),并采用EDTA抗凝(避免肝素抑制PCR)。離心條件對血漿質(zhì)量至關(guān)重要:第一輪離心(1600-2000g,10min)分離血細(xì)胞,第二輪離心(16,000g,10min)去除細(xì)胞碎片,防止白細(xì)胞污染導(dǎo)致野生型DNA背景升高。若處理不當(dāng),ctDNA降解或野生型DNA污染,會顯著降低敏感性。例如,我實驗室曾對比不同離心時間對T790M檢測的影響,發(fā)現(xiàn)離心時間延長至6小時后,ctDNA濃度下降40%,突變檢出率降低25%。2技術(shù)因素:從樣本采集到報告輸出的全流程質(zhì)控2.2ctDNA提取與純化ctDNA提取效率直接影響后續(xù)檢測的敏感性。目前商業(yè)化的ctDNA提取試劑盒(如QIAampCirculatingNucleicAcidKit、MagMAXCell-FreeDNAIsolationKit)基于硅膠膜磁珠法或硅藻土吸附法,提取效率可達70%-90%,但不同試劑盒對低豐度突變的回收率存在差異。此外,提取過程中DNA片段化可能導(dǎo)致短片段ctDNA(<100bp)丟失,而T790M突變多存在于短片段ctDNA中,因此需選擇針對短片段優(yōu)化的提取方案。2技術(shù)因素:從樣本采集到報告輸出的全流程質(zhì)控2.3檢測方法的優(yōu)化與驗證不同檢測平臺對T790M敏感性的影響已在前文詳述,但需強調(diào)的是,方法學(xué)驗證是確保敏感性的關(guān)鍵。例如,dPCR需驗證探針特異性(避免交叉反應(yīng))、微滴生成穩(wěn)定性(CV值<5%);NGS需控制測序錯誤率(<0.01%),并通過人工突變樣本建立標(biāo)準(zhǔn)曲線。此外,實驗室需參與外部質(zhì)量評估(如CAP、EMQN),確保檢測結(jié)果的可靠性。2技術(shù)因素:從樣本采集到報告輸出的全流程質(zhì)控2.4生物信息學(xué)分析的嚴(yán)謹(jǐn)性對于NGS數(shù)據(jù),生物信息學(xué)分析流程的嚴(yán)謹(jǐn)性直接影響敏感性。需嚴(yán)格去除PCRduplicates、接頭序列、低質(zhì)量reads(Q<30),并采用多重算法(如MuTect2、VarScan2)檢測突變,避免背景噪聲導(dǎo)致的假陰性。例如,在低豐度突變(<0.1%)檢測中,若僅使用單一算法,敏感性可能降低20%-30%,而結(jié)合UMI(UniqueMolecularIdentifiers)技術(shù)可有效區(qū)分真實突變與測序錯誤,將敏感性提升至0.05%。3臨床因素:患者特征與治療動態(tài)的影響3.1患者年齡與合并癥老年患者(>65歲)由于腫瘤增殖緩慢、代謝率低,ctDNA釋放量較少,T790M敏感性可能低于年輕患者。此外,合并腎功能不全的患者,ctDNA清除率下降,可能導(dǎo)致假陽性;而合并凝血功能障礙的患者,樣本溶血風(fēng)險增加,影響ctDNA質(zhì)量。3臨床因素:患者特征與治療動態(tài)的影響3.2TKI治療時間與耐藥機制TKI治療時間是影響T790M敏感性的重要因素。一代TKI治療6個月內(nèi)進展的患者,T790M突變陽性率約60%-70%;而治療12個月后進展的患者,陽性率可升至80%-90%。此外,部分患者可能通過非T790M機制耐藥(如MET擴增、HER2突變、小細(xì)胞轉(zhuǎn)化),此時ctDNAT790M檢測為陰性,需結(jié)合組織活檢或其他液體活檢組分明確耐藥機制。3臨床因素:患者特征與治療動態(tài)的影響3.3既往治療史化療、放療、抗血管生成治療等可能影響腫瘤細(xì)胞釋放ctDNA。例如,化療后腫瘤細(xì)胞壞死增加,ctDNA濃度升高,T790M敏感性提高;而放療后局部炎癥反應(yīng)可能導(dǎo)致ctDNA釋放短暫升高,隨后下降,需選擇合適的時間點采樣。04臨床實踐中的敏感性數(shù)據(jù)與挑戰(zhàn)1液體活檢與組織活檢的敏感性對比多項臨床研究對比了液體活檢(ctDNA)與組織活檢T790M檢測的敏感性。AURA3研究顯示,組織活檢T790M陽性率為71%,ctDNA(ddPCR)陽性率為82%,敏感性顯著高于組織活檢(可能因組織活檢取樣誤差);但在真實世界中,組織活檢的敏感性受操作技術(shù)影響,可達80%-90%,而液體活檢敏感性受腫瘤負(fù)荷等因素影響,為65%-85%。對于無法獲取組織活檢的患者,液體活檢的敏感性尤為重要,F(xiàn)LAURA亞組分析顯示,奧希替尼在ctDNAT790M陽性患者中的PFS為10.1個月,與組織活檢陽性患者無顯著差異。2假陰性問題及其臨床后果液體活檢T790M假陰性是臨床面臨的主要挑戰(zhàn),發(fā)生率約15%-35%。假陰性的后果包括:①錯失三代TKI治療機會,患者繼續(xù)使用一代/二代TKI導(dǎo)致疾病快速進展;②不必要的化療增加毒副作用。例如,我中心曾遇到一例EGFR19del患者,一代TKI治療10個月進展,ctDNAT790M陰性,遂接受化療,2個月后疾病進展,再次組織活檢發(fā)現(xiàn)T790M突變,調(diào)整為奧希替尼后腫瘤控制。這一案例提示,對于ctDNA陰性但臨床高度懷疑T790M突變的患者,需結(jié)合影像學(xué)、腫瘤標(biāo)志物動態(tài)變化,必要時重復(fù)組織活檢或液體活檢。3標(biāo)準(zhǔn)化不足與結(jié)果解讀差異目前,液體活檢T790M檢測缺乏統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn)化流程,不同實驗室在樣本處理、檢測方法、報告解讀上存在差異,導(dǎo)致結(jié)果可比性差。例如,部分實驗室采用NGS檢測時,僅報告“檢測到T790M突變”,未注明突變豐度,而臨床醫(yī)生需根據(jù)豐度判斷治療決策(高豐度患者更適合三代TKI,低豐度需結(jié)合影像學(xué)評估)。此外,不同平臺的檢測下限不同,同一份樣本在不同實驗室可能出現(xiàn)“陰性”與“陽性”的差異,影響臨床信任度。4成本效益與醫(yī)療資源分配液體活檢T790M檢測的成本(約2000-5000元/次)顯著高于傳統(tǒng)檢測(如ARMS-PCR約1000元/次),但其無創(chuàng)性可減少組織活檢的費用(約3000-8000元/次)與風(fēng)險。從衛(wèi)生經(jīng)濟學(xué)角度,對于晚期NSCLC患者,液體活檢可避免有創(chuàng)操作,降低總體醫(yī)療成本;但對于早期患者,由于敏感性較低,成本效益比有待優(yōu)化。此外,基層醫(yī)療機構(gòu)的液體活檢技術(shù)普及不足,導(dǎo)致部分患者無法及時檢測,醫(yī)療資源分配不均問題凸顯。05提升液體活檢T790M敏感性的策略與未來方向1技術(shù)創(chuàng)新:突破檢測瓶頸1.1多技術(shù)平臺聯(lián)合檢測單一技術(shù)平臺難以滿足所有臨床場景的需求,聯(lián)合檢測可提升敏感性。例如,ddPCR與NGS聯(lián)用:先用ddPCR進行快速篩查,陰性樣本再用深度NGS檢測低豐度突變;或ctDNA與外泌體DNA聯(lián)用,互補檢測窗口。我中心的研究顯示,ddPCR+外泌體DNA聯(lián)合檢測的敏感性較單一方法提高18%,尤其在ctDNA陰性患者中,外泌體DNA可額外檢出15%的T790M突變。1技術(shù)創(chuàng)新:突破檢測瓶頸1.2新一代測序技術(shù):單分子測序與微流控單分子測序(如PacBioSMRT、Nanopore)無需PCR擴增,可直接檢測原始DNA分子,避免擴增偏倚,理論上可檢測到0.001%的超低豐度突變。微流控技術(shù)通過集成樣本處理、擴增、檢測于一體,可減少樣本損失,提升檢測效率。例如,基于微流控的dPCR平臺僅需1μL血漿即可完成檢測,敏感性較傳統(tǒng)dPCR提升2倍。1技術(shù)創(chuàng)新:突破檢測瓶頸1.3人工智能輔助數(shù)據(jù)分析人工智能(AI)可通過深度學(xué)習(xí)算法分析NGS數(shù)據(jù)中的復(fù)雜模式,區(qū)分真實突變與背景噪聲。例如,GoogleDeepMind開發(fā)的AlphaFold可預(yù)測蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)變化,輔助判斷T790M突變的致病性;而機器學(xué)習(xí)模型(如隨機森林、神經(jīng)網(wǎng)絡(luò))可通過整合突變豐度、測序深度、樣本特征等參數(shù),預(yù)測T790M突變的真實存在概率,減少假陰性。2流程優(yōu)化:全質(zhì)控管理2.1標(biāo)準(zhǔn)化樣本采集與處理流程建立統(tǒng)一的樣本采集SOP(標(biāo)準(zhǔn)操作程序),包括抗凝劑選擇(EDTAvs.Streck)、離心條件(溫度、時間、轉(zhuǎn)速)、血漿儲存溫度(-80℃避免反復(fù)凍融)等。例如,StreckCell-FreeDNABCT管可在室溫下穩(wěn)定保存14天,減少ctDNA降解,適用于基層醫(yī)療機構(gòu)樣本轉(zhuǎn)運。2流程優(yōu)化:全質(zhì)控管理2.2參考物質(zhì)與質(zhì)量控制引入國際參考物質(zhì)(如NISTSRM2373、IRMM471)進行室內(nèi)質(zhì)控,確保檢測方法的準(zhǔn)確性與敏感性。例如,使用含0.1%T790M突變的參考樣本評估ddPCR的檢出率,需達到95%以上;同時參與室間質(zhì)評(如CAPsurveys),避免實驗室間結(jié)果差異。2流程優(yōu)化:全質(zhì)控管理2.3動態(tài)監(jiān)測與多時點采樣T790M突變豐度隨治療動態(tài)變化,單一時間點檢測可能導(dǎo)致假陰性。建議患者在TKI治療期間每6-8周采集一次外周血,動態(tài)監(jiān)測ctDNA水平。例如,若治療初期ctDNAT790M陰性,但后續(xù)檢測轉(zhuǎn)為陽性,提示耐藥進展,需及時調(diào)整治療方案。3臨床整合:多學(xué)科協(xié)作與個體化應(yīng)用3.1液體活檢與組織活檢的互補策略對于組織活檢可獲取的患者,推薦“組織+液體”聯(lián)合檢測,以提高T790M檢出率;對于無法獲取組織活檢的患者,液體活檢可作為首選,若陰性但臨床高度懷疑耐藥,可考慮重復(fù)液體活檢或更換檢測平臺。3臨床整合:多學(xué)科協(xié)作與個體化應(yīng)用3.2

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