合成生物基因測(cè)序數(shù)據(jù)分析工程師崗位招聘考試試卷及答案填空題（共10題，每題1分）1.基因測(cè)序中，雙脫氧鏈終止法又稱為______測(cè)序法。2.Illumina高通量測(cè)序的核心原理是______測(cè)序。3.基因序列比對(duì)工具BWA的全稱是______。4.CRISPR/Cas9系統(tǒng)的向?qū)NA縮寫是______。5.基因組中編碼蛋白質(zhì)的區(qū)域稱為______。6.測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控工具FastQC的主要作用是______。7.基因表達(dá)定量指標(biāo)FPKM的全稱是______。8.合成DNA片段組裝的常用方法是______（舉1例）。9.人類基因組大小約為______個(gè)堿基對(duì)。10.變異檢測(cè)工具GATK的全稱是______。答案：1.Sanger2.邊合成邊3.Burrows-WheelerAligner4.sgRNA5.外顯子6.評(píng)估測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量7.每百萬(wàn)片段中來(lái)自某一基因每千堿基長(zhǎng)度的片段數(shù)8.Gibson組裝9.30億（3×10?）10.GenomeAnalysisToolkit單項(xiàng)選擇題（共10題，每題2分）1.以下不屬于高通量測(cè)序的是？A.Illumina測(cè)序B.PacBioSMRT測(cè)序C.Sanger測(cè)序D.OxfordNanopore測(cè)序2.短序列比對(duì)常用工具不包括？A.BWAB.Bowtie2C.STARD.SAMtools3.合成生物學(xué)中基因回路設(shè)計(jì)的核心是？A.基因表達(dá)調(diào)控B.DNA測(cè)序C.蛋白質(zhì)純化D.細(xì)胞培養(yǎng)4.以下不屬于單核苷酸變異（SNV）的是？A.同義突變B.錯(cuò)義突變C.插入D.無(wú)義突變5.RNA-seq差異基因篩選常用工具是？A.DESeq2B.BLASTC.SAMtoolsD.FastQC6.合成DNA的載體不包括？A.質(zhì)粒B.噬菌體C.人工染色體D.核糖體7.基因組組裝常用工具是？A.SPAdesB.HISAT2C.TopHat2D.Cufflinks8.CRISPR/Cas9中Cas9的主要功能是？A.切割DNAB.結(jié)合RNAC.翻譯蛋白D.轉(zhuǎn)錄DNA9.Phred質(zhì)量值30對(duì)應(yīng)的錯(cuò)誤率約為？A.0.1%B.1%C.0.01%D.10%10.代謝工程的目標(biāo)是？A.優(yōu)化細(xì)胞代謝途徑B.測(cè)序基因組C.克隆基因D.純化蛋白答案：1.C2.D3.A4.C5.A6.D7.A8.A9.A10.A多項(xiàng)選擇題（共10題，每題2分）1.高通量測(cè)序數(shù)據(jù)常見(jiàn)質(zhì)量問(wèn)題包括？A.低質(zhì)量堿基B.接頭污染C.重復(fù)序列D.堿基組成不均一2.合成生物學(xué)核心技術(shù)包括？A.基因編輯B.代謝工程C.合成DNAD.生物信息學(xué)分析3.基因序列比對(duì)工具包括？A.BWAB.Bowtie2C.STARD.SAMtools4.CRISPR相關(guān)技術(shù)包括？A.CRISPR/Cas9B.CRISPR/Cpf1C.BaseeditingD.Primeediting5.基因表達(dá)定量指標(biāo)包括？A.FPKMB.TPMC.RPKMD.Count6.基因組變異檢測(cè)步驟包括？A.序列比對(duì)B.質(zhì)量控制C.變異callingD.變異注釋7.合成DNA常用方法包括？A.化學(xué)合成B.PCR擴(kuò)增C.基因合成D.酶促合成8.常用生物信息學(xué)分析工具/語(yǔ)言包括？A.RB.PythonC.PerlD.Java9.基因回路組成部分包括？A.啟動(dòng)子B.編碼區(qū)C.終止子D.調(diào)控元件10.測(cè)序數(shù)據(jù)處理流程包括？A.原始數(shù)據(jù)質(zhì)控B.序列比對(duì)C.變異檢測(cè)D.結(jié)果可視化答案：1.ABCD2.ABCD3.ABC4.ABCD5.ABCD6.ABCD7.ABCD8.ABC9.ABCD10.ABCD判斷題（共10題，每題2分）1.Sanger測(cè)序?qū)儆诟咄繙y(cè)序。（）2.BWA適用于Illumina短讀長(zhǎng)比對(duì)。（）3.CRISPR/Cas9只能編輯原核生物基因組。（）4.FPKM和TPM都是基因表達(dá)標(biāo)準(zhǔn)化指標(biāo)。（）5.GATK主要用于基因組變異檢測(cè)。（）6.Gibson組裝可同時(shí)連接多個(gè)DNA片段。（）7.測(cè)序數(shù)據(jù)需去除接頭序列。（）8.DESeq2適用于有生物學(xué)重復(fù)的RNA-seq。（）9.BAC人工染色體可克隆大片段DNA。（）10.合成生物學(xué)目標(biāo)是設(shè)計(jì)新生物系統(tǒng)。（）答案：1.×2.√3.×4.√5.√6.√7.√8.√9.√10.√簡(jiǎn)答題（共4題，每題5分）1.簡(jiǎn)述Illumina測(cè)序基本原理。答案：Illumina基于“邊合成邊測(cè)序（SBS）”。將DNA片段制備成文庫(kù)，連接到flowcell的oligo上，通過(guò)橋式PCR擴(kuò)增形成簇。測(cè)序時(shí)加入熒光標(biāo)記可逆終止子dNTP，每個(gè)循環(huán)僅一個(gè)堿基摻入，激光激發(fā)熒光記錄信號(hào)，去除熒光基團(tuán)和終止子后繼續(xù)循環(huán)，最終獲得短讀長(zhǎng)（150-300bp）數(shù)據(jù)。2.什么是CRISPR/Cas9？核心組件有哪些？答案：CRISPR/Cas9是源于細(xì)菌免疫的精準(zhǔn)基因編輯工具。核心組件：①Cas9蛋白（核酸內(nèi)切酶，切割DNA）；②sgRNA（向?qū)NA，識(shí)別目標(biāo)DNA）。sgRNA引導(dǎo)Cas9到目標(biāo)位點(diǎn)，切割DNA產(chǎn)生雙鏈斷裂，細(xì)胞通過(guò)NHEJ（敲除）或HDR（替換）修復(fù)，實(shí)現(xiàn)基因編輯。3.簡(jiǎn)述RNA-seq數(shù)據(jù)分析流程。答案：流程包括：①原始數(shù)據(jù)質(zhì)控（FastQC評(píng)估，Trimmomatic去低質(zhì)量堿基/接頭）；②序列比對(duì)（STAR/HISAT2比對(duì)參考基因組）；③定量分析（Cufflinks/DESeq2計(jì)算表達(dá)量）；④差異表達(dá)分析（DESeq2篩選顯著差異基因）；⑤功能富集（GO/KEGG注釋）；⑥可視化（ggplot2繪制火山圖/熱圖）。4.合成DNA組裝常用方法及Gibson組裝特點(diǎn)？答案：常用方法：Gibson組裝、GoldenGate、BioBrick。Gibson特點(diǎn)：①無(wú)縫組裝，無(wú)需限制酶切位點(diǎn)；②可同時(shí)連接數(shù)十個(gè)片段；③效率高、操作簡(jiǎn)單；④片段長(zhǎng)度廣（kb到數(shù)十kb）。原理：外切酶產(chǎn)生粘性末端，聚合酶填補(bǔ)缺口，連接酶連接片段。討論題（共2題，每題5分）1.如何評(píng)估高通量測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量？列舉3個(gè)關(guān)鍵指標(biāo)及工具。答案：關(guān)鍵指標(biāo)及工具：①堿基質(zhì)量分布（Phredscore≥20為合格，工具FastQC）；②接頭污染（需去除，工具Cutadapt/Trimmomatic）；③GC含量分布（與參考基因組對(duì)比，工具FastQC）；④reads長(zhǎng)度分布（工具FastQC）。若堿基質(zhì)量差、接頭污染嚴(yán)重或GC含量異常，需重新測(cè)序或預(yù)處理。2.CRISPR在代謝工程中有哪些應(yīng)用？舉例說(shuō)