生物學(xué)生物研究機(jī)構(gòu)研究員實(shí)習(xí)生實(shí)習(xí)報(bào)告一、摘要2023年6月5日至2023年8月2日，我在XX生物研究機(jī)構(gòu)擔(dān)任研究員實(shí)習(xí)生，負(fù)責(zé)基因編輯實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)與數(shù)據(jù)分析。期間完成15組CRISPRCas9篩選實(shí)驗(yàn)，成功鑒定出3個(gè)目標(biāo)基因突變體，其突變效率達(dá)78%，顯著高于實(shí)驗(yàn)室常規(guī)水平（65%）；運(yùn)用Python腳本處理10組測(cè)序數(shù)據(jù)，生成標(biāo)準(zhǔn)化基因表達(dá)矩陣，準(zhǔn)確率達(dá)92%；參與優(yōu)化了qPCR實(shí)驗(yàn)流程，將重復(fù)實(shí)驗(yàn)變異系數(shù)從12%降至8%。通過(guò)實(shí)踐掌握了濕實(shí)驗(yàn)標(biāo)準(zhǔn)化操作、高通量數(shù)據(jù)質(zhì)控及生物信息學(xué)工具應(yīng)用，形成了一套可復(fù)用的基因功能驗(yàn)證方法論，包括“三重驗(yàn)證劑量梯度”實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)框架。二、實(shí)習(xí)內(nèi)容及過(guò)程1實(shí)習(xí)目的進(jìn)入機(jī)構(gòu)前就想好，主要是想看看實(shí)際研究跟學(xué)校實(shí)驗(yàn)室有啥不一樣，摸摸真實(shí)的科研流程，順便把學(xué)的CRISPR技術(shù)用起來(lái)，看看能不能幫上點(diǎn)啥。2實(shí)習(xí)單位簡(jiǎn)介那是個(gè)挺注重轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)的機(jī)構(gòu)，實(shí)驗(yàn)室不大但設(shè)備挺全，主要做基因功能研究和藥物靶點(diǎn)篩選，團(tuán)隊(duì)氛圍還行，大家忙但挺友善。3實(shí)習(xí)內(nèi)容與過(guò)程6月5號(hào)開(kāi)始實(shí)習(xí)，第一個(gè)月跟著導(dǎo)師熟悉項(xiàng)目，主要是文獻(xiàn)梳理和實(shí)驗(yàn)準(zhǔn)備。7月2號(hào)正式上手做篩選實(shí)驗(yàn)，目標(biāo)是鑒定能影響細(xì)胞凋亡的基因突變體。用了CRISPRCas9敲除10個(gè)候選基因，每個(gè)基因設(shè)計(jì)5個(gè)sgRNA，總共50個(gè)實(shí)驗(yàn)組，每天跑34組，周末處理數(shù)據(jù)。8月1號(hào)開(kāi)始做驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)，用qPCR檢測(cè)敲除后基因表達(dá)變化，跑了20個(gè)樣本，發(fā)現(xiàn)其中3個(gè)基因（編號(hào)G3、G7、G12）的沉默效率超過(guò)70%，比預(yù)想的高，導(dǎo)師說(shuō)這說(shuō)明sgRNA設(shè)計(jì)可以再優(yōu)化。期間還參與過(guò)測(cè)序數(shù)據(jù)的初步分析，用R語(yǔ)言處理過(guò)一次RNAseq數(shù)據(jù)集，大概10組樣本，學(xué)到了怎么標(biāo)準(zhǔn)化表達(dá)量。4實(shí)習(xí)成果與收獲最大的成果就是那3個(gè)候選基因，后續(xù)團(tuán)隊(duì)要繼續(xù)做動(dòng)物模型驗(yàn)證。個(gè)人方面，把濕實(shí)驗(yàn)流程摸熟了，從設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)方案到跑柱子、看結(jié)果，每個(gè)環(huán)節(jié)都試過(guò)，感覺(jué)比學(xué)校做畢業(yè)設(shè)計(jì)扎實(shí)多了。以前總糾結(jié)每一步的細(xì)節(jié)，現(xiàn)在知道啥時(shí)候該靈活變通，比如發(fā)現(xiàn)某個(gè)酶的活性不夠，果斷換了另一種，沒(méi)死磕。還學(xué)會(huì)了用在線工具預(yù)測(cè)sgRNA效率，效率能提高至少15%。5遇到的挑戰(zhàn)及應(yīng)對(duì)剛開(kāi)始做篩選實(shí)驗(yàn)時(shí)真頭大，第一次用顯微注射把gRNA送進(jìn)細(xì)胞，成活率只有30%，遠(yuǎn)低于預(yù)想的50%。問(wèn)了師兄才知道是操作太粗暴，細(xì)胞受損傷大。后來(lái)調(diào)整了注射參數(shù)，比如降低細(xì)胞密度、改用更溫和的培養(yǎng)基，成活率慢慢提到了45%。這讓我意識(shí)到基因編輯實(shí)驗(yàn)真是個(gè)經(jīng)驗(yàn)活兒，光看文獻(xiàn)不夠，得動(dòng)手多練。還有一次分析測(cè)序數(shù)據(jù)，原始數(shù)據(jù)有污染，直接用會(huì)誤導(dǎo)結(jié)果。幸好之前學(xué)過(guò)生物信息學(xué)，自己用fastp工具清洗了數(shù)據(jù)，過(guò)濾掉質(zhì)量差的讀長(zhǎng)，最后分析結(jié)果才準(zhǔn)確。這事兒讓我意識(shí)到，做研究得會(huì)兩手抓，既得懂實(shí)驗(yàn)又得會(huì)分析。6實(shí)習(xí)單位管理及改進(jìn)建議機(jī)構(gòu)整體還行，但有時(shí)候項(xiàng)目安排太滿，新人進(jìn)去沒(méi)幾天就得直接上手，缺乏系統(tǒng)培訓(xùn)。我剛開(kāi)始做實(shí)驗(yàn)時(shí)，連離心機(jī)轉(zhuǎn)速多少轉(zhuǎn)每分鐘都不太清楚，全靠師兄口頭交代。建議可以搞個(gè)新人手冊(cè)，把常用設(shè)備操作、試劑配置這些編進(jìn)去，至少能省不少重復(fù)詢問(wèn)的時(shí)間。另外，團(tuán)隊(duì)開(kāi)會(huì)有時(shí)會(huì)開(kāi)到晚上九點(diǎn)，雖然不強(qiáng)制，但長(zhǎng)期這樣挺累的，效率也不一定高?？梢钥紤]把非緊急討論放到白天，晚上留時(shí)間處理實(shí)驗(yàn)。7崗位匹配度及職業(yè)規(guī)劃啟發(fā)這份實(shí)習(xí)讓我更確定自己是想做研究相關(guān)的，但發(fā)現(xiàn)實(shí)驗(yàn)室工作挺枯燥的，每天就是重復(fù)實(shí)驗(yàn)、看數(shù)據(jù)，偶爾會(huì)懷疑自己這樣是不是真的適合。不過(guò)看到師兄們?yōu)榱艘粋€(gè)結(jié)果能連續(xù)熬夜，那種鉆研勁兒挺打動(dòng)人。未來(lái)可能還是會(huì)走科研路，但希望能找個(gè)結(jié)合計(jì)算生物學(xué)的崗位，比如用AI輔助實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)，或者做生物信息分析，感覺(jué)這樣效率會(huì)高很多。這次經(jīng)歷也讓我明白，做研究不能光埋頭苦干，得多跟人交流，有時(shí)候別人的一個(gè)想法就能省很多事。三、總結(jié)與體會(huì)1實(shí)習(xí)價(jià)值閉環(huán)這8周實(shí)習(xí)就像把書(shū)本知識(shí)往實(shí)踐里倒，倒過(guò)來(lái)倒過(guò)去，最后大部分都倒進(jìn)去了。剛來(lái)時(shí)以為就是幫著跑跑實(shí)驗(yàn)，結(jié)果發(fā)現(xiàn)每個(gè)環(huán)節(jié)都得自己琢磨。比如那個(gè)CRISPR篩選，開(kāi)始時(shí)每一步都照著文獻(xiàn)做，效率低得可憐。后來(lái)主動(dòng)跟師兄請(qǐng)教，才知道得根據(jù)細(xì)胞狀態(tài)調(diào)整轉(zhuǎn)染試劑濃度，再優(yōu)化培養(yǎng)條件，最后篩選效率才提到78%，比實(shí)驗(yàn)室常規(guī)水平高出一截。這讓我真切感受到，知識(shí)不是裝在腦子里的死東西，得拿到實(shí)際里去打磨才有用。從文獻(xiàn)到實(shí)驗(yàn)方案設(shè)計(jì)，再到數(shù)據(jù)分析和結(jié)果解讀，整個(gè)鏈條走下來(lái)，才明白什么叫“做研究”。2職業(yè)規(guī)劃聯(lián)結(jié)這次實(shí)習(xí)讓我更清楚自己想干嘛。之前對(duì)科研挺模糊的，覺(jué)得做實(shí)驗(yàn)就挺好，現(xiàn)在發(fā)現(xiàn)生物研究遠(yuǎn)不止這個(gè)。那個(gè)用Python處理測(cè)序數(shù)據(jù)的經(jīng)歷讓我意識(shí)到，未來(lái)可能得往生物信息方向發(fā)展，至少得把編程和實(shí)驗(yàn)結(jié)合著搞。8月15號(hào)跟導(dǎo)師聊的時(shí)候，我說(shuō)了想學(xué)點(diǎn)R語(yǔ)言，導(dǎo)師還特意給我發(fā)了幾個(gè)教程。現(xiàn)在打算下學(xué)期報(bào)個(gè)基因組學(xué)分析的課程，順便考個(gè)數(shù)據(jù)處理相關(guān)的證書(shū)。以前覺(jué)得科研就是埋頭做實(shí)驗(yàn)，現(xiàn)在明白得多跟人交流、多看行業(yè)動(dòng)態(tài)有多重要。團(tuán)隊(duì)里那個(gè)做AI藥物設(shè)計(jì)的師兄跟我說(shuō)，現(xiàn)在頂尖的實(shí)驗(yàn)室都在玩“實(shí)驗(yàn)+計(jì)算”結(jié)合，這讓我覺(jué)得自己的路子又寬了一步。3行業(yè)趨勢(shì)展望在機(jī)構(gòu)待的這段時(shí)間，明顯感覺(jué)到行業(yè)在變。比如那個(gè)基因編輯項(xiàng)目，我參與篩選的10個(gè)基因里，有3個(gè)跟免疫相關(guān)，導(dǎo)師說(shuō)這是跟當(dāng)前生物醫(yī)藥熱點(diǎn)接軌。8月10號(hào)參加組會(huì)時(shí)，老板還分享了跟藥企合作的靶點(diǎn)篩選案例，提到現(xiàn)在很看重“快速驗(yàn)證技術(shù)”，像CRISPR的遞送效率、篩選通量這些，直接關(guān)系到項(xiàng)目能不能快速落地。這讓我意識(shí)到，學(xué)校教的那些基礎(chǔ)操作太表面了，得跟上行業(yè)需求。比如那個(gè)測(cè)序數(shù)據(jù)處理，現(xiàn)在流行用云平臺(tái)，我實(shí)習(xí)時(shí)用的本地軟件效率確實(shí)低，回去得趕緊學(xué)點(diǎn)云工具。行業(yè)變化太快，不主動(dòng)學(xué)就得被淘汰。這次實(shí)習(xí)最大的收獲不是學(xué)會(huì)了多少實(shí)驗(yàn)技能，而是意識(shí)到自己得保持多線程學(xué)習(xí)狀態(tài)，才能跟得上節(jié)奏。4心態(tài)轉(zhuǎn)變以前做實(shí)驗(yàn)覺(jué)得失敗了怪試劑不行，現(xiàn)在明白得先從自己操作找原因。7月20號(hào)那會(huì)兒連續(xù)3次顯微注射失敗，細(xì)胞全部死光，當(dāng)時(shí)真想放棄，但轉(zhuǎn)念一想這是關(guān)鍵實(shí)驗(yàn)，硬著頭皮問(wèn)了師兄又改了參數(shù)。結(jié)果第4次居然成活率到40%，雖然不高但總算有進(jìn)展。這事兒讓我明白，做研究哪有不碰壁的，抗壓能力得練?，F(xiàn)在每天下班前都會(huì)復(fù)盤(pán)當(dāng)天實(shí)驗(yàn)，看看哪步可以優(yōu)化，這種習(xí)慣比單純做實(shí)驗(yàn)收獲大。從學(xué)生到職場(chǎng)人的心態(tài)轉(zhuǎn)變，其實(shí)就是從“別人告訴我怎么做”變成“我要把事情做好”，責(zé)任感一下子重了。未來(lái)要是真走科研路，得把這種心態(tài)保持下去，不然早晚得被淘汰。四、致謝1感謝實(shí)習(xí)單位感謝XX生物研究機(jī)構(gòu)給我這次實(shí)習(xí)機(jī)會(huì)，讓我能接觸到真實(shí)的科研環(huán)境，學(xué)到了很多書(shū)本上沒(méi)有的東西。2感謝導(dǎo)師感謝導(dǎo)師在實(shí)習(xí)期間給