1、王雙雙 2015年9月16日,生物信息常用軟件,為什么要學軟件 生物學研究的目的 = 解釋生物學現象及意義 拿到的數據 = 不直觀的字符 從數據到形成理論，需要軟件來幫助實現,常用軟件類型,基因組序列分析、序列比對軟件（GCG、BLAST、CLUSTAL等） 系統(tǒng)發(fā)育樹構造軟件（PHYLIP、PALM、MEGA4等） 分子動力學模擬軟件（GROMACS、NAMD等） ,怎樣選擇軟件 功能類似的軟件數不勝數，每一個都要試試？,序列比對,1 全局比對 衡量兩條序列整體的相似性，即尋找一種聯配方式，使整體相似性最大化。 Clustal，muscle，hmmer 2 局部比對 不必對兩個完整的序列進行

2、比對；可以在每個序列中使用某些部分來獲得最優(yōu)匹配。 BLAST,BLAT,CLUSTALX,Clustalx初始界面,上傳序列文件：點擊file下拉菜單，選擇load sequences。,序列加載完成的界面,進行多序列聯配,選擇輸出路徑,比對結果,.aln結果文件,.dnd文件：可選擇不同的樹形圖,BLAST,序列中可能包含一段著一段短的精確匹配的區(qū)域，或者分數非常高的一段聯配區(qū)域。尋找這樣的區(qū)域，然后向首尾兩端延伸，找到完整的聯配。 NCBIblast下載： /blast/executables/blast+/LATEST/ Nibi-bl

3、ast-2.2.31+-x64-linux.tar.gz 安裝： 解壓：tar xvzf Nibi-blast-2.2.31+-x64-linux.tar.gz,Blast類型,Blastp：蛋白質序列與蛋白庫比對 Blastx：核酸序列與蛋白質庫比對 Blastn：核酸序列與核酸庫比對 Tblastn：蛋白序列與核酸庫比對 Tblastx：核酸序列與核酸庫在蛋白級別比對,Blast的本地運行,1 建庫 ./makeblastdb -in 庫文件路徑名+文件名 dbtype nucl(pro) title 庫名稱 out 輸出路徑+庫名稱 2 序列比對 ./blastn query 路徑和文件

4、名 db 庫路徑和名臣 -task blastn num_threads n dust no outfmt n out 輸出路徑和文件名 3查看幫助文件 ./blastn -h,Blast輸出類型,sim4,將表達序列與同物種或相近物種的基因組序列進行對比，進而確定基因結構。 下載：/html/docs/sim4.html 頁面提供安裝步驟： 解壓 gunzip sim4.tar.gz | tar -xvf 進入解壓文件夾 cd sim4.* 編譯 make,使用及輸出結果,Sim4 ,構建系統(tǒng)發(fā)育樹,綜合應用軟件,綜合應用軟件功能多樣，可以用于序列比對，PCR引物設計，限制性酶切分析，質粒繪圖，蛋白分析等等。 DNAMAN EMBOSS,Eprimer3設計引物,eprimer3G:seq.faG:a.txt-mintm55.0-maxtm60.0-mingc40.0- maxgc60.0-productsizerange100-200-productosize1