X-tile 軟件的操作流程[分享借鑒]_第1頁
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文檔簡介

1、Xtile 軟件的操作流程 由于最近在做某基因表達(dá)與預(yù)后相關(guān)性的分析，對(duì)如何選擇最佳cutoff值很疑惑。搜了丁香園的各大帖子，發(fā)現(xiàn)對(duì)x-tile如何使用并沒有人分享過。經(jīng)過對(duì)照軟件中的操作說明，終于搞明白是怎么回事了，現(xiàn)分享給大家！ 首先，將你excel表格中的“某基因的表達(dá)值”“生存期”“刪失情況”等等其他一些數(shù)據(jù)復(fù)制到文本文檔中。注意：“刪失情況”要寫成“censored”, “uncensored”, or “unknown” 形式。 然后打開軟件（軟件下載見附件），如圖點(diǎn)擊“Analyze進(jìn)入下圖：點(diǎn)擊“file-open打開剛建的“txt”文本，接著就可以進(jìn)行設(shè)置了。如下圖擴(kuò)大來看

2、?。ㄏ聢D）將“刪失情況” 即圖中的DOD-censor,放入”censor”中， 然后將“inter type” 改為”DeadOfDiese”；將“生存期”即圖中的”Followup-months”放入“Survival Time”,j將“inter type” 改為你所用的時(shí)間度量，如“天”或“年”；將“表達(dá)量”即圖中的”HER2”放入“Marker1”, Mark2如果沒有可以不填。剩余的也可以不填。然后點(diǎn)左上角的“do”，選擇”Kaplan-Meier”“Marker1”.即可。接著會(huì)出現(xiàn)下如圖所示結(jié)果。鼠標(biāo)左鍵點(diǎn)擊“2Pop X-tile Plot”所指的矩形圖，軟件會(huì)自動(dòng)找到最佳的cutoff值，得到兩條線（兩組：高表達(dá)低表達(dá)）。鼠標(biāo)左鍵點(diǎn)擊“3Pop X-tile Plot”所指的三角形，軟件會(huì)自動(dòng)找到最佳的cutoff值，得到三條線（三組：高表達(dá)中度表達(dá)低表達(dá)）。條形圖下的X軸所指的數(shù)值即是最佳cutoff值。其

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